病例对照研究中利用基因-环境独立性的半参数极大似然估计

@文章{Chatterjee2005SemiparametricML，title={病例对照研究中利用基因-环境独立性的半参数最大似然估计}，author={Nilanjan Chatterjee和Raymond J.Carroll}，journal={Biometrika}，年份={2005}，体积={92}，页数={399-418}，url={https://api.semanticscholar.org/CorpusID:7226269}}
当基因和环境暴露在潜在人群中独立时，我们考虑了基因-环境与疾病关联的病例对照研究中的最大似然估计问题。在这种情况下，传统的逻辑回归分析可能并不有效。我们研究了逻辑回归参数的半参数最大似然估计，该估计利用了基因环境独立性假设，并留下了
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基因-环境无关模型病例对照研究中的半参数有效估计

病例对照数据分析中的基因-环境独立性假设

用于分析病例对照数据的贝叶斯方法很容易适用于仅病例数据的分析，允许灵活地结合不同的疾病流行率先验信念，并提出了一种易于实现的数值算法，用于在实践中寻找估计值。

病例对照研究中复杂多基因-基因-环境相互作用的半参数分析

提出了一种分析病例对照研究的通用、计算简单的半参数方法，该方法允许利用基因-环境独立性的假设，而无需对两组因素中任何一组的边际分布进行任何进一步的参数建模假设。

条件基因环境独立性下病例对照数据的半参数贝叶斯分析

提出了一种新的半参数贝叶斯方法，用于在控制人群中基因-环境独立性假设下的模型分层效应，并在标准参数模型假设不成立时提供了灵活、稳健的替代方案。

利用基因-环境独立性的伪半参数最大似然估计用于复杂样本的基于人群的病例对照研究。

开发了适用于复杂抽样PBCCS的伪半参数最大似然估计量（Pseudo-SPMLE），并使用模拟进行了研究，并以美国肾癌病例对照研究进行了说明。

环境因素存在下病例对照遗传数据的半参数分析

本文描述了新的Stata命令单倍体，它实现了高效的轮廓-似然半参数方法，用于在罕见疾病的非常重要的特殊情况下拟合基因-环境模型，Hardy-Weinberg平衡中的单个候选基因，以及遗传和环境因素的独立性。

基因型和暴露条件独立下研究基因-环境相互作用的最大似然方法

在基因型和暴露之间独立性假设下导出的典型推断方法被扩展到更一般的条件独立性假设，当作者只有案例数据时，可以简化为简单地拟合多项式logistic模型。

遗传学和分子生物学中的统计应用——在假设遗传和非遗传危险因素分布的情况下推断其相互作用

这项工作描述了罕见疾病交互作用估计量的另一种推导方法，该方法基于病例对照推断的经典参数，从而简化了方差估计量。

在基因-环境相互作用的研究中使用共享遗传控制。

本文发展了一种半参数轮廓似然方法以及相关的伪似然和工作似然方法，这些方法在实践中易于实现，并基于渐近理论提出了这些方法的方差估计。

环境暴露中非相位基因型和测量误差的病例对照研究的单体型回归分析和推断

这项工作修正了标准渐近结果，以说明LR检验基于似然型函数，并建议使用伪似然和相关EM算法进行参数估计。
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16参考文献

设计和分析病例对照研究，利用基因型和暴露的独立性。

本文描述了基于对数线性模型的最大似然方法，该模型明确规定了独立性假设，这是常规逻辑回归分析无法做到的。

用于识别基因-环境相互作用的个案设计的局限性。

作者通过仿真探讨了该程序对独立性假设的不确定性的鲁棒性，并证明了当偏离独立性假设时，有关与仅案例设计的乘法交互的推论可能会严重失真。

评估基因-环境相互作用的个案研究的潜在误解。

作者量化了允许基因携带者有更高疾病风险的影响，当研究中的基因具有高度渗透性时，并表明，从仅病例数据计算的交叉乘积比率可能大大小于从病例对照数据计算的比值比，因此可能低估了人口比值或比率比率。

在基于家庭的病例对照研究中利用基因-环境独立性：增强检测关联、相互作用和联合效应的能力

提出了一种新的条件似然框架，用于利用族内G‐E独立性假设，并由此产生了一种简单而高效的方法来估计相互作用和各种其他科学感兴趣的风险参数。

基于人群的病例对照研究中评估易感性的非层次logistic模型和仅病例设计。

如果暴露和基因分类独立发生，且疾病罕见，那么仅基于病例的分析是有效的，并且与基于完整数据的分析相比，在估计基因-环境相互作用方面提供了更好的精度。

协变误差病例对照研究的半参数混合方法

在一项病例对照研究中，设计了一些方法来估计前瞻性logistic模型的参数，该研究采用了二分法反应D，反应D依赖于协变量X，采用非参数混合分布来提高效率并减少参数估计的偏差。

病例对照数据有效估计的注记

众所周知，在估计logistic回归模型的奇数比参数时，将病例对照数据视为通过随机抽样获得的数据是有效的。这个…

用最大似然法拟合病例对照数据的回归模型

摘要我们考虑将分类回归模型拟合到通过分层或非分层病例对照或反应选择性抽样从已知的有限人群中获得的数据…

Logistic疾病发病模型与病例对照研究

结果表明，将原始logistic回归模型应用于病例对照研究，可以获得比值比估计量及其渐近方差矩阵，如同数据是在前瞻性研究中获得的一样。

遗传流行病学基础