慢基因结合的基因调控网络的多模性
这项工作揭示了慢-慢启动子动力学下出现多模式的机制，并从理论上对其进行了研究，并将其应用于各种模型系统，包括孤立的或群体的触发开关和跨分化网络。 慢启动子动力学基因调控网络的多模性
这项工作提供了与潜在基因调控网络相关的复杂能量景观的理论和实践特征，特别关注随机慢启动子动力学（SPK），转录因子的结合和解除受DNA甲基化和染色质重塑等表观遗传过程影响的时间尺度。 突发式基因转录：实现准确性和随机性的统一模式
对于真核生物来说，多尺度和连续模型描述的独特爆发特征与四个理论推导原理预测的特征一致，这四个原理控制着转录器的动态运行，建议在转录的结构和动力学基础水平上理解爆发动力学的统一框架。 自适应系统的动力学理论
已经确定，在这种共同进化下，选择了负责高适应度的基因型，导致在互惠遗传网络中中等水平的环境噪声中出现表型稳健性。 基因调控网络瞬态动力学的定量分析
使用生物参数进行的数量级估计表明，对于一个真实的基因调控网络，随机噪声足够小，因此不仅灭绝时间远大于生物相关时间尺度，而且基线产量的影响大于随机噪声的影响，从而避免了蛋白质灭绝这一罕见的灾难性事件。 主动开关粒子群的整体密度方程
本文推导了主动开关粒子群的广义Dean–Kawasaki方程，无论是独立开关粒子群还是受常见随机开关环境的影响，并推导了在无相互作用情况下全局密度方程的Martin–Siggia–Rose–Janssen–de Dominicis路径积分。 基因调控网络中的表型转换
研究表明，内在噪声可以在一类广泛的调控网络中诱导多模态，其相应的确定性描述缺乏多稳定性，从而为表型转换提供了一种合理的替代机制，而不需要超敏性或高度合作的交互作用。 基因表达的随机机制。
这项工作分析了控制转录起始和翻译终止的化学反应，在一个单一的这样的“遗传耦合”链接中，作为由许多这样的链接构建的网络建模的先驱。 转换环境中的随机基因表达
本文重点研究了t时刻具有最大生长速率的细胞的比例f（t），并明确给出了相关的稳态分布π，证明了经验平均值沿轨道到第一时刻的收敛性。 波动环境中的随机基因表达
使用随机种群模型表明，在这种波动环境中生长时，动态异质细菌种群有时可以实现比同质细菌种群更高的净增长率。 单细胞中的随机基因表达
这项工作构建了大肠杆菌菌株，能够检测噪音并区分产生噪音的两种机制，揭示了低分子胞内拷贝数如何从根本上限制基因调控的准确性。 基因表达中噪音的调节。
本文讨论了基于基因调控的特定分子机制的模型如何对启动子结构的变化如何反映在基因表达噪声中进行实验可测试的预测。