确定生物结构的概率方法：整合不确定数据源

@文章{Altman1995PA，title={确定生物结构的概率方法：整合不确定数据源}，author={Russ B.Altman}，journal={Int.J.Hum.Comput.Stu.}，年份={1995}，体积={42}，页码={593-616}，网址={https://api.semanticscholar.org/CorpusID:18976223}}
  • R.奥尔特曼
  • 出版在里面国际期刊休谟计算。螺柱。 1995年6月1日
  • 生物学、化学、计算机科学
  • 国际期刊休谟计算。螺柱。
提出了一种确定三维空间中原子坐标的贝叶斯方法，并描述了如何扩展该算法以使其适用于非高斯约束。
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概率结构计算的表面测量

使用概率最小二乘计算方法研究了在分子结构计算中应用表面测量的有效性，该方法有助于引入多个、有噪声、异构的数据源。

蛋白质结构预测的统计模型和蒙特卡罗方法

介绍了一种形式化的贝叶斯框架，该框架利用基于结构段的联合序列结构概率模型来综合结构预测中的各种序列信息源，并描述了一组以段间位置的条件独立性为特征的结构段概率模型。

并行层次分子结构估计

对原始算法进行了分层分解，大大降低了顺序计算复杂性，并揭示了问题的“扁平”组织中不存在的新的并行轴，以及新的并行化问题。

通过匹配距离分布的力矩来限制体积

本文使用估计距离分布的前两个矩（均值和方差）来约束计算结构的体积，并证明了结构约束的概率表示的灵活性，以及包含体积信息以约束结构计算的重要性，尤其是在稀疏数据的情况下。

分子结构计算的层次结构

本文表明，将自然层次结构与经验层次结构相结合的三种方法产生了分解，将计算效率提高了50倍，并建议仅通过分解即可预期大约5倍的加速。

分子结构计算的层次组织

本文表明，将自然层次结构与经验层次结构相结合的三种方法产生了分解，将计算效率提高了50倍，并建议仅通过分解即可预期大约5倍的加速。

从原子距离估算分子结构的约束全局优化

这项工作引入了一种约束全局优化算法，该算法在生成保证满足已知分离约束的近最优三维配置方面具有鲁棒性和高效性。

基于原子距离估计分子结构的改进约束全局优化

一种使用距离有效满足已知扭转信息的方法，并表明使用该方法可显著提高o形螺旋和/？蛋白质中的链和增强的GNOMAD分子结构估计框架在比较建模中预测蛋白质结构是有效的。

[28]结构实验数据的计算建模

从RNA SHAPE数据中提取信息：卡尔曼滤波方法

本工作探讨了SHAPE数据中噪声的不同表示，并通过提出噪声的对数正态表示并讨论其相关性，提出了一个从多个SHAPE复制中提取可靠反应性信息的统计合理框架。

35参考文献

基于不确定数据的并行蛋白质结构测定

作者研究了概率算法PROTEAN，该算法可以结合多个不确定数据源来估计分子的三维结构，并预测估计结构中的不确定性度量。

概率结构计算：序列相关数据中的三维tRNA结构

本文讨论了用于分子结构计算的概率公式的优点，描述了这种公式的一种实现，并展示了它在一组对齐转移RNA序列内的统计相关性分析所得数据集上的性能。

显示大分子结构不确定性的方法：应用于珠蛋白。

实验数据中蛋白质结构测定的排除方法

蛋白质溶液结构对输入核磁共振数据质量的依赖性。双迭代卡尔曼滤波技术在催产素中的应用

非高斯噪声下的概率约束满足

从平均力势计算构象系综。基于知识的球状蛋白质局部结构预测方法。

核磁共振数据中三种结构测定方法的系统比较：对数据质量和数量的依赖

无论计算方法如何，计算结构的精度对于较大的蛋白质来说都低于较小的蛋白质，并且通过约束分子动力学计算的平均结构的精度高于通过纯几何方法获得的结构的精度。

通过核磁共振测量溶液中分子内1H−1H近似值来确定小蛋白质和其他大分子结构的距离几何程序

距离几何算法对构象空间的有限采样：对核磁共振数据生成的结构的影响。

使用度量矩阵距离几何算法进行的计算表明，该算法的标准实现通常对构象空间的非常有限的区域进行采样，并且倾向于一致地生成类似的结构，而不是对与输入距离信息一致的所有结构进行采样。