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描述了一个简单的无约束最速下降过程,用于在实际空间中对蛋白质坐标进行初步细化。通过对核糖核酸酶S的应用说明了该方法。

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描述了在菲尼克斯·real_space_refine来自的程序菲尼克斯套件及其在重新定义低温EM衍生模型中的应用。

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本文提出了一种新的方法,将有限分辨率和最终非均匀分辨率的映射作为所有原子参数(包括局部分辨率)的解析函数进行计算。讨论了地图计算的实际细节。

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实空间精化与倒数空间精化交替使用,可以获得比仅在倒数空间中精化更高质量的模型,即使是从基于通常较差的同构替换阶段的映射开始。

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提出了一种新的算法来自动拟合主链片段与两个锚定残基之间的电子密度。包括该算法在完成初始蛋白质模型中的应用示例。

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用施密特分析钇稳定氧化锆的中子和x射线漫散射等。[《水晶学报》。(2023年),B79, 137–147]使用三维成对分布函数(3D-ΔPDF)确定局部结构相关性,而无需复杂建模。

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实时模拟退火优化是在交互式分子图形包中实现的。这加快了模型构建的速率限制步骤,提高了后续常规细化的起点和最终质量。

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论文上有评论[Urzhumtsev和Lunin(2022年)。IUCrJ大学,9, 728–734]提出了一种用于静电势体和电子密度图中非均匀分辨率分析建模的新方法,以改进真实空间的精细化。

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展望了低温电子显微镜中真实空间方法的未来发展。

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