类似文章

下载引文
下载引文


下载引文
下载引文

链接到html
描述了一种在满足以下约束条件下求最大熵密度分布的有效算法(Σ|F类|cos(2π小时。第页-φ)),其中和是在相位已确定的反射子集上的,是常数。该算法与溶剂展平相结合,将相扩展到更高的分辨率。本文讨论了核糖核酸酶A结构的测试方法及其在两个未知结构测定中的应用。

下载引文
下载引文

链接到html
基于计算机程序,描述了一种实用的、普遍适用的程序,该程序用于对受可靠相的中等较大基组和分子包络线约束的大分子数据集进行最大似然指数建模老鼠【Bricogne&Gilmore(1990)。《水晶学报》。A类46, 284-297]. 程序首先用模拟数据集进行测试。生成了精确且随机扰动的振幅和相位,以及无溶剂蛋白质和电子致密结晶母液中蛋白质的已知包络,这是许多真实蛋白质晶体的典型特征。这些实验为各种参数确定了有用的指导原则和值。使用从最大振幅中选择的基组进行的测试表明,在分辨率极限为5或3º时,可以从反射总数的16%(平均相位误差约为30°)构建具有相当正确的外推相位和振幅信息的指数模型。当大分子晶体中溶剂通道的形状已知时,它提供了一个重要的额外信息来源。老鼠因此,适用于平均由输入包络线定义的分子边界外的密度。这种平坦化过程在溶剂填充的通道中施加均匀的密度分布,作为对指数模型的附加约束,并且类似于传统溶剂平坦化中的溶剂处理。胞苷脱氨酶是最近通过广泛使用传统溶剂压平法解决的一种结构,其实验数据提供了最大熵方法在实际情况下的性能示例,并将该方法与标准程序进行了令人信服的比较。用反常散射(MIRAS)进行多次同晶置换获得的最可靠相约束的电子密度指数模型(优值>0.7,代表总反射数的34%)通过包络线可以得到质心电子密度图,这些图在数量上比传统的溶剂平坦密度图优越。这些地图与2的相似性F类光突发事件-F类计算用模型晶体学精细化后获得的相位计算的图表明,与原始质心MIRAS分布相比,最大熵外推为剩余66%的反射提供了更好的相位。重要的是,溶剂平坦化的电子密度,尽管它确实允许对该图进行解释,而MIRAS图并不容易完成,但它包含了很大的误差。有人提出,这类错误可能是溶剂稀释法之前所指出的缺陷的原因[Fenderson,Herriott&Adman(1990)]。J.应用。克里斯特。 23, 115-131]以及偶尔有错误解释被晶体学精细化“锁定”的倾向[Brändén&Jones(1990)。自然(伦敦),343、687-689以及其中引用的参考文献]。结合熵和似然最大化的溶剂平坦化表示了一个独立于原子模型的相位重定义路径,使用实验振幅和最可靠的相位。因此,它应该成为测定大分子晶体结构的一种有价值且普遍有用的方法。

下载引文
下载引文

链接到html
描述了一种通过似然函数的倒数空间最大化来改进晶体学相的方法,该似然函数包括实验相和电子密度图的特征。

下载引文
下载引文


下载引文
下载引文


下载引文
下载引文

链接到html
为了将概率直接法推广到大分子领域,提出了一种基于熵最大化和似然排序的新的多解定相方法,该方法已在两个不同的计算机程序中实现,并应用于各种各样的问题。后者包括从单晶或粉末获得的X射线衍射数据和通过电子显微图像处理部分相位的电子衍射数据中确定小晶体结构从头算小蛋白质相集的生成和排序;以及在溶剂平坦度的约束下,以中等分辨率改善较大蛋白质的劣质相。这些应用表明,这种新方法的主要目标已经实现,即与传统直接方法相比,提高概率相位指示的准确性和灵敏度。该方法的主要组成部分是(1)通过试验阶段集空间进行树定向搜索;(2) 利用熵最大化计算结构因素联合概率的鞍点法;(3) 基于lihood的分数排序试验阶段集并修剪搜索树;(4) 基于纠错码的采样试验相位集的有效方案;(5) 自动选择可靠相位指示的分数统计分析。它们已在计算机程序中实现到不同程度的完整性(巴斯特)并在两个小结构和小蛋白crambin上进行了测试。成功的主要障碍从头算在后一种情况下,相位变化似乎存在于相位采样误差的积累和缺乏适当定义的分子包络,这两种情况都可以在所提出的方法中得到纠正。对贝叶斯统计理论(包括所有阶段化过程)的回顾表明,目前可用的技术巴斯特进一步完善了标准大分子相技术的一些主要改进,即同晶置换、分子置换、溶剂压平和非晶体学对称平均。逐步实施这一“贝叶斯方案”的后续阶段,应能为大分子结构的测定提供一个越来越完整、有效和可靠的分阶段程序。

下载引文
下载引文

链接到html
TR碎片晶体结构的比较2C具有完整的钙调蛋白和TR的核磁共振结构2C表示。

下载引文
下载引文

链接到html
Bricogne&Gilmore介绍的方法[《水晶学报》。(1990年)。A类46,284-297](I)适用于三个有机小分子。蔗糖八乙酸酯(C28H(H)38O(运行)19)从300个相位正确的基准集U型震级证实了指数建模和平面搜索算法在非常苛刻的条件下的稳定性;外推相位与正切公式产生的相位具有可比性,尽管通过过度拟合观测值和计算值是可能的U型数量级,以获得比切线细化更好的结果。这个从头算两个小分子的相位,一个(diamantan-4-ol,C14H(H)20O) 中心对称和另一个[(-)-扁桃体,C8H(H)152]非中心对称,表明似然函数是比传统直接方法中迄今为止可用的任何优值更强大的相位选择鉴别器;即使在基集中少于十个相位反射的情况下,也很容易实现由相位角置换产生的相位集的正确区分。在非中心对称情况下,条件概率准则P(P)(δq) ∝ ∫δq(x个)2/q个(x个)d日x个[,方程(1.4)]在探索统计相位指示的多模态方面起着至关重要的作用,并用作构建相位树的过滤器。最后,将似然函数成功地用于(-)-platy-necine中的相位细化,其中使用仅27个反射的基集,无着丝粒反射的平均绝对相位误差减少了6.1°。在传统的直接方法中,这样的计算是不可能的。

下载引文
下载引文

链接到html
直接相位测定的新的多解方法[Bricogne(1984)。《水晶学报》。A类40,410-445]已经在小晶体结构上实现和测试。它包括有组织地搜索与“基础集”反射相关联的那些阶段组合,这些反射具有最大似然,即。这导致将最高条件概率分配给属于基集外反射的观测模。阶段选择是按顺序进行的,逐步扩大基础集,记账涉及一个“多解树”,它总结了它们之间的亲子关系。用于评估似然性的结构因子的条件概率分布(c.p.d.)由鞍点法获得的联合分布导出。后者涉及具有最大熵与所做的所有阶段选择兼容,因此对于多解树的每个节点都是不同的。这些分布q个通过指数建模和非常稳健的平面搜索(通常简化为直线搜索)进行数值构造。不在基组中的少量结构因子的C.p.d.很容易通过以下公式计算得出:q个正确表示其多模态。这些c.p.d.的进一步“对角线”近似允许将对数似然写成单个非基反射贡献的总和。阶段化过程是通过指定初始填充和对映体定义阶段,并形成相应的q个它通过幻数整型技术大致定位附加结构因子的c.p.d.最大值,更新q个分别针对每个最大值,并评估其各自的可能性。通过数值最大化其可能性,最可能的相位集被进一步细化,并被接受为扩大的基集。这是广义贝叶斯相位确定理论的第一个近似实现[Bricogne(1988)]。《水晶学报》。A类44, 517-545]. 配套论文【Gilmore,Bricogne&Bannister(1990)。《水晶学报》。A类46,297-308]介绍了成功应用于从头算小分子的相位,这证明了这种新方法的可行性,并表明在区分正确相位和错误相位方面,可能性远远优于任何现有的优点数字。

关注IUCr日志
注册电子通知
在推特上关注IUCr
在脸书上关注我们
注册RSS订阅源