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在过去的几年里,药物发现中的核磁共振策略已经从最初的结构重点发展到一系列本质上是非结构的技术,但这些技术对实际药物先导的识别和优化有着更大的影响。基于NMR的筛选方法,如SHAPES策略,有助于在相对高通量的实施中快速确定药物设计的良好起点。SHAPES方法使用简单的核磁共振技术检测有限但多样的低分子量可溶化合物库与潜在药物靶点的结合。SHAPES库化合物主要来源于已知治疗药物中最常见的分子框架。这些协议中使用的核磁共振实验基于众所周知的核磁共振技术,可应用于分子量不受限制且无需同位素标记的靶点。筛选后,SHAPES点击可用于指导虚拟筛选、组合文库合成,并对第一批进行高通量筛选的化合物进行偏倚。将SHAPES策略与迭代X射线晶体结构测定相结合,可以非常有用地导出初始结构药效团模型,并取得显著效果在体外在短时间内发挥效力。这里提供了一些例子,说明NMR SHAPES筛选、虚拟筛选、分子建模和X射线结晶学的结合如何在几个药物发现项目中产生新的药物支架:JNK3 MAP激酶和脂肪酸结合蛋白aP2。

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由于药物通过定向氢键以及非定向疏水和静电相互作用与靶点结合,中子晶体学可以帮助指导基于结构的药物设计。麦肯纳及其同事对此进行了说明[阿加瓦尔等。(2016)中,IUCrJ大学,, 319-325]他们将人类碳酸酐酶II与临床抑制剂甲唑胺的复合物的室温中子结构描述为2.2º分辨率,并将其与先前确定的与临床抑制剂乙酰唑胺复合的人碳酸氢酐II的室温中子结构进行比较,分辨率为2.0Å[费希尔等。(2012).美国化学杂志。Soc公司。 134电话:14726-14729].

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单粒子低温电子显微镜(cryo-EM)已经获得了`贵族文学“在结构生物学中。技术和计算进步的协同融合现在使这成为一种可行的方法,用于确定近原子到原子分辨率(~5–2º)的结构。讨论了低温电子显微镜对药物发现的潜在影响,以及该方法如何提供与大分子复合物功能相关的构象变异信息。

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结构导向药物发现是一个关于蛋白质晶体学应用和学术界与工业界知识交流的故事。它已导致美国食品药品监督管理局批准了新药,并有望在发展中国家治疗罕见遗传病和传染病。

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需要更好的指标才能在全球蛋白质数据库验证报告中评估大分子结构中的小分子配体。目前用于评估配体电子密度拟合异常值的局部配体密度拟合(LLDF)分数会产生大量假阳性和假阴性。

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用于治疗流感的神经氨酸酶抑制剂是结晶学发现药物的早期示例。

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在38周内的7个时间点对铼(I)与模型蛋白质的有机金属共价结合进行了详细分析。描述了在时间序列中Re结合位点诱导的蛋白质结构的变化,以及溶剂通道与含有最高利用率Re的残基之间的关系。

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