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谐波热参数的刚性结合条件表明,原子的均方位移差一个B类沿着共价键一个-B类可以忽略不计。本文将非键分子内距离的相应条件称为刚性连接。根据TLS公司形式主义要求所有分子内的连接都是刚性的。相反,一组刚性连杆的短片并不一定等同于刚体运动。提出了一种确定最大数的算法N个独立刚性连杆的N个-原子分子。一般来说,对于位点对称性1,N个=N个-1代表线性,3代表线性N个-平面分子为6。对于三维分子,N个=N个(N个- 1)/2,N个≤8和6N个-20,N个≥ 8. 对于特定的几何图形,N个可能更小。对于许多分子,N个刚性连杆相当于刚体运动。值得注意的例外是大多数线性和平面分子,以及所有具有六个或七个原子的分子。较高的位置对称性减少并通常消除刚性连杆和刚体运动之间的这些差异。建议在晶体学最小二乘法中使用刚性约束。它们提供了一种计算简单的方法,通过TLS公司任何分子位置对称性的模型。

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一个理想化的分子几何库被创建为一个网站,用于精炼具有约束碎片几何结构的复杂结构。库应用程序通过一个实际示例进行了说明。

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扩散散射是由蛋白质晶体中的相关运动引起的,是蛋白质动力学信息的潜在来源。虽然在早期的研究中,内部运动模型能够在有限的程度上再现漫反射散射,但这里显示,迄今为止,最主要的贡献来自刚体平移,内部运动仅占总散射的一小部分。尽管有这些发现,但仍讨论了提取内部运动信息的可能性。

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提出了一种计算机程序,该程序通过优化动态模型形状来量化配位多面体、分子和笼中的畸变。

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为了细化晶体中刚性原子组的方向和位置,不需要存储相对于局域轴向系统的原子坐标。非对称单元中的所有原子都是相对于单个正交轴系统定义的。局部轴系统是通过将刚性组中的原子作为原点并将局部轴定义为平行于这些正交轴来创建的。因此,对所需导数的评估非常容易。描述了用理想的原子位置替换近似的原子位置。

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Schomaker和Trueblood方程的简单推导[《水晶学报》。(1968),B24,63-76]。结果表明,选择作用中心作为原点,并用相对于平动主轴定义的参数描述运动,可以很好地解释可加细参数的意义。选择20个变量,以便TLS模型上的所有有意义约束都对应于某些具有零值的变量。结果表明,区分TLS模型和TLX模型的五个参数不会改变任何原子的均方位移。它们也不会改变平均值相对于任何原子的最大概率位置的位移。

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解决了外消旋布洛芬II相的晶体结构从头算X射线粉末衍射。通过对苯基的刚体约束和对其他原子间键长和键角的软约束实现了Rietveld精化。

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描述了在实际空间中进行最小二乘刚体或群优化的过程。必要的导数是从差分傅里叶图中的梯度中获得的[Jack&Levitt(1978)]。《水晶学报》。一个34,931-935]允许使用快速傅里叶变换进行快速计算。计算时间几乎与正在优化的刚性组的数量无关。分子或基团的取向变换以线性矩阵形式表示。内在非线性在精化计算之外处理,避免了三角计算。线性近似提供了在细化过程中可能应用的约束类型的多功能性。通过转换矩阵的应变分量可以检测到单位-细胞参数中的错误。两个蛋白质结构的细化结果作为示例进行了描述。

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本文对全分子替换(MR)搜索中巨大的六维旋转平移空间中的微小可行区域进行了数学表征。隔离此类区域的能力先验的对于增强大分子晶体学(MX)中计算相位的稳健性和效率具有潜在的重要意义。

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通过对大量试验性刚体细化的系统研究,得到了具有较大收敛半径的优化多区域协议。

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