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根据元素原子运动和本文中描述的原子模型的相应系综解释TLS矩阵的算法的一些关键部分乌尔珠姆塞夫等。[(2015)《水晶学报》。D类71, 1668-1683]澄清和发展,并纠正错误模型上的参考。

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对应于协调运动的各向异性原子位移参数(ADP)的值可以从精确的TLS矩阵中解析或数值获得。使用这两种方法获得的ADP之间的差异可用于评估TLS细化的结果。

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描述了提取与给定TLS矩阵集相对应的振动和平动参数及其同时验证的程序。了解这些参数可以生成与这些矩阵对应的结构集合。

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Schomaker和Trueblood方程的简单推导[《水晶学报》。(1968),B24,63-76]。结果表明,选择作用中心作为原点,并用相对于平动主轴定义的参数描述运动,可以很好地解释可加细参数的意义。选择20个变量,以便TLS模型上的所有有意义约束都对应于某些具有零值的变量。结果表明,区分TLS模型和TLX模型的五个参数不会改变任何原子的均方位移。它们也不会改变平均值相对于任何原子的最大概率位置的位移。

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应用刚体理论,从X射线衍射数据中提炼出牛核糖核酸酶A中选定刚性基团的各向异性位移TLS公司模型。选择的刚性基团为酪氨酸、组氨酸和苯丙氨酸的侧链以及天冬氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺和精氨酸的平面侧链。该方法也应用于活性中心硫酸根阴离子的共结晶。这使得通过1.45°的各向异性位移椭球来描述上述侧链原子的运动成为可能。蛋白质核心中的疏水侧基主要表现为平移运动,平均振动为20度2这与一些有机小分子的封闭晶体中发现的类似。在亲水侧基中,自由位移更为显著,其大小与溶剂可及性相关。一些溶剂暴露侧链的大量释放对应于一个简单的TLS公司模型和侧群的多个方向的存在。这个TLS公司模型也应用于整个蛋白质分子,表明平均运动近似各向同性,几乎没有平动特性。

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提出了一种选择高分子晶体结构唯一描述的算法。建议作者在沉积和出版之前使用该程序,以便非晶体学家更容易解释和比较晶体结构。

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描述了一种计算真实六维旋转平移相关的分析技术。该技术通过叠加一对球状蛋白质结构域的空间形状来证明。

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中使用的决策算法和软件PDB_REDO公司以重新精炼和重建PDB中的晶体蛋白质结构。

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