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生命依赖于基因组编码DNA通过RNA精确级联产生蛋白质。RNA聚合酶I(Pol I)是负责DNA转录为RNA的三种类型之一。它负责核糖体中rRNA的产生。如果没有这一合成过程极低的错误率,生命的进化就不会超越细菌和阿米巴的状态。14亚单位酵母RNA聚合酶I[1,2]的X射线结构提供了对生命过程中基石之一的洞察。目前共有四种不同的晶体结构,分辨率约为3。这座美丽建筑的生物影响将由C.F.-T在本次会议上介绍。然而,这部作品不仅在生物学上,而且在晶体学上都是一部真正的杰作。在结构发表之前,必须充分利用晶体学专业知识和技术的局限性。大型复合体的有趣结构很少衍射到可以使用自动化方法的便利性的分辨率。每一步都需要非常小心。本演示文稿将解释一些重要的问题:为了克服非晶体学对称性的不足,应用了几种晶体形式的多晶体平均。当结构只有50个完整时,一个微弱的异常信号本身不足以解决结构问题,这对于从模型偏差引导的死端下沉中爬出来至关重要。编写mrtail[3]程序是为了将来自多序列比对的信息与结构数据相结合,以最大限度地减少来自外部约束的模型偏差。Mrtailor特别适合处理多域结构。对refmac5中可用的选项进行了调整,以揭示噪声湖中隐藏的特征。本演示将深入了解普通教科书知识之外的“高端”结晶学以及如何处理疑难案例。

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RNA聚合酶I晶体结构测定的详细信息为解决其他多亚单位复合物的结构提供了框架。描述了简单的晶体学实验,以提取相关的生物信息,如酶活性位点的位置。

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报道了RNA聚合酶I在5.5º分辨率下以交替晶体形式存在的晶体结构,其中三个二聚体呈假七角螺旋排列。三种二聚体中单体之间的夹角与之前报道的高分辨率结构中的夹角有显著不同。

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中实现的低分辨率优化工具REFMAC公司描述了5种方法,包括外部结构约束、螺旋约束和正则化各向异性映射锐化的使用。

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描述了RNA聚合酶I亚复合物A14/A43的结晶策略,该策略基于预测、探测和去除四个柔性蛋白区域的迭代循环。

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在真核生物中,核糖体生物合成始于RNA聚合酶I(Pol I)产生核糖体RNA,这是调节细胞生长和增殖的关键过程。我们能够获得酵母Pol I的晶体结构,这是一种总质量为590 kDa的14亚单位复合物,分辨率为3.0º[1]。目前的沟通涉及这一美丽结构的功能含义,而有关结构确定的细节将由蒂姆·格鲁尼在此次会议上介绍。该结构代表酶的潜在状态,具有三个主要特征。首先,它形成涉及柄亚单位A43的C末端尾部的二聚体。其次,两个半酶沿着DNA结合间隙旋转,产生一个开放的间隙和一个展开的桥螺旋。第三,A190亚基中的延伸环沿着裂缝模仿DNA主链,阻碍核酸结合。在酶激活过程中必须解决这三个特征。Pol I晶体结构还揭示了仅在其他RNA聚合酶中瞬时结合的固有模块。亚单位A12.2将TFIIS样锌带插入活性位点,从而深入了解其在RNA切割和Pol I对α-amanitin不敏感中的作用。A49-A34.5异二聚体通过TFIIF-like二聚化模块结合亚单位A135的外侧,表明其在转录起始和延伸期间可能如何发挥作用。

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最近的发展菲尼克斯据报道,允许使用参考模型扭转约束、二级结构氢键约束和Ramachandran约束来改进菲尼克斯定义低分辨率。

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本文介绍了在低分辨率下通过分子替换鉴定重原子位置和使用准同晶衍射数据通过多晶平均进行密度修正的程序。这些程序基于H结构测定的病历+-ATP酶和Na+,K+-ATP酶和已成功应用于转运体Mhp1,以揭示其普遍适用性。

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用于低分辨率结构优化的自动化管道(洛雷斯特)已开发用于帮助轻松解决疑难案件。管道自动选择用于外部约束生成的高分辨率同系物,并优化以下参数智能项目REFMAC公司5、改进R(右)94%的测试用例中包含因子和几何统计信息。

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