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《水晶学报》。
(2020).
D类
76
,
221-237
https://doi.org/10.107/S2059798320000339
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接近
序列滑块
:用多侧链假设扩展聚丙氨酸片段进行阶段化
R.J.博尔赫斯
,
K.Meindl公司
,
J.特里维诺
,
桑米托先生
,
A.麦地那
,
C.密兰
,
M.阿尔科洛
,
J.A.赫莫索
,
M.R.M.字体
和
I.乌森
当无法从部分多胺启动模型完成阶段化时,以多解决方案的方式扩展带有侧链的模型可能会成功。
序列滑块
实现此方法以用于
阿西姆博尔多
.
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《水晶学报》。
(2020).
D类
76
,
209-220
https://doi.org/10.107/S205979832000056X
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ALIXE公司
:一种用于基于片段的分子替换的相组合工具
C.密兰
,
E.吉梅内斯
,
A.舒斯特
,
K.Diederichs公司
和
I.乌森
软件
ALIXE公司
,可以作为独立程序使用,也可以集成到
阿西姆博尔多
程序,在倒数空间中组合部分解以增加信号并减少中间解的数量。
它的新实现速度更快,默认情况下,即使在普通硬件上,也可以在分段过程中使用它。
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《水晶学报》。
(2022).
D类
78
,
1283-1293
https://doi.org/10.107/S2059798322009706
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验证:使用增强的预测模型进行无模型阶段化
ARCIMBOLDO_螺纹
A.麦地那
,
E.吉梅内斯
,
I.卡巴列罗
,
A.卡斯特尔维
,
特里维诺山谷
,
M.阿尔科洛
,
R.莫利纳
,
J.A.赫莫索
,
桑米托医学博士
,
R.博尔赫斯
和
I.乌森
使用预测模型的准确性
AlphaFold公司
和
罗斯塔福尔德
通过分子替换简化了相位调整,并提出了模型偏差问题。
ARCIMBOLDO_螺纹
通过引入相位解决方案的系统、局部验证,解决结构问题,同时在晶体学测定中建立实验信息。
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《水晶学报》。
(2018).
D类
74
,
290-304
https://doi.org/10.107/S205979831800136
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利用远距离同源物分阶段生成紧凑片段、局部折叠细化和部分解组合
C.密兰
,
桑米托医学博士
,
A.J.McCoy公司
,
A.F.Z.纳西门托
,
G.佩蒂略
,
R.D.Oeffner先生
,
T.Domínguez-Gil公司
,
J.A.赫莫索
,
R.J.阅读
和
I.乌森
ARCIMBOLDO_螺纹
使用低同源模型中的片段求解结构。
通过对实验数据进行细化或裁剪,可以改进搜索片段。
一致的解决方案结合在一起。
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IUCrJ大学
(2015).
2
,
177-187
https://doi.org/10.107/S2052252515000238
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由第一原理确定的13倍超螺旋(几乎)的结构
G.A.Schoch公司
,
桑米托先生
,
C.密兰
,
I.乌森
和
M.G.鲁道夫
通过自转函数分析判断,一种肽偶然结晶形成具有13倍非晶体学对称性的基序。
分子替换定相使用小α-螺旋作为搜索模型,直到最近部署的
ARCIMBOLDO_LITE公司
.
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(2018).
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74
,
194-204
https://doi.org/10.107/S2059798317017582
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阿西姆博尔多
在螺旋线圈上
I.卡巴列罗
,
桑米托先生
,
C.密兰
,
A.列别捷夫
,
N.索勒
和
I.乌森
这个
阿西姆博尔多
通过定位小碎片的阶段化方法结合密度调整和自动追踪特别适合螺旋结构,但螺旋线圈仍然具有挑战性。
设计用于解决分辨率高达3º的螺旋线圈的功能在150个结构的水池上进行了测试。
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《水晶学报A》。
(2016).
A类
72
,
第22页至第23页
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片段-基于片段的快速分子替换
H.T.詹金斯
和
A.A.安特森
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《水晶学报》。
(2012).
D类
68
,
336-343
https://doi.org/10.107/S090744911056071
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实际结构解决方案
阿西姆博尔多
D.罗德里格斯
,
桑米托先生
,
K.Meindl公司
,
I.M.de Ilarduya先生
,
M.波特拉茨
,
G.M.谢尔德里克
和
I.乌森
阿西姆博尔多
将小碎片的位置与
相位器
和密度修改
SHELXE公司
所有可能的
相位器
解决。
通过实际测试案例对其使用进行了解释和说明。
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《水晶学报》。
(2013).
D类
69
,
2251-2256
https://doi.org/10.107/S090744913027534
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接近
用扩展分子置换解决方案
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A.索恩
和
G.M.谢尔德里克
在有利的条件下,密度调整和多胺追踪
SHELXE公司
可用于改进和验证分子置换的潜在解决方案。
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《水晶学报》。
(2018).
D类
74
,
245-255
https://doi.org/10.107/S2059798318004357
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期望对数似然增益在分子替换决策中的应用
R.D.Oeffner先生
,
P.V.Afonine公司
,
C.密兰
,
桑米托先生
,
I.乌森
,
R.J.里德
和
A.J.McCoy公司
预期的对数似然增益可用于预测分子置换的结果和优化分子置换策略。
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