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卤代烷脱卤酶(EC 3.8.1.5;HLD)是一种微生物酶,具有催化异源和剧毒卤代脂肪族化合物水解转化为相应醇的活性。生物降解、生物传感、生物催化和细胞成像是HLD潜在的实际应用。使用两种新分离和纯化的嗜冷卤代烷烃脱卤酶,即Psychrobacter cryohaloletis K5的DpcA和Marinobacter sp.ELB17的DmxA,进行结晶实验和结构测定。DpcA(左)和DmxA(右)的衍射晶体(见图,比例尺-100μm)分别细化至1.05º和1.45º分辨率。DpcA的衍射数据收集在BESSY II电子储存环(德国赫尔姆霍兹-森特鲁姆-柏林(HZB))的光束线14.2上,并配备了波长为0.978埃的Rayonics MX-225 CCD探测器,DmxA的衍射信息则使用Pilatus 6M-F探测器在光束线ID29上波长为0.972埃的波长下收集,位于法国格勒诺布尔的欧洲同步辐射设施(ESRF)。DpcA晶体属于P21空间群,单位-细胞参数为:a=41.3,b=79.4,c=43.5 a°,α=β=90.0,γ=95.0,不对称单元中含有1个分子。DmxA晶体属于P212121空间群,单位-细胞参数:a=43.371,b=78.343,c=150.51;α=γ=β=90.0,不对称单元中含有2个分子。通过使用CCP4软件套件中的MOLREP进行分子替换来求解结构。自养黄杆菌的坐标(PDB代码:1B6G;121个残基的40%序列一致性和53%序列相似性被用作DpcA结构和红球菌DmxA的搜索模型(PDB条目4E46;142个残基的48%序列一致性,63%序列相似)。HLD属于α/β-水解酶的超家族,根据催化五肽,HLD被细分为三个亚家族。DpcA属于HLD-I:Asp-His-Asp+Trp-Trp,DmxA属于HLD–II:Asp-Hes-Glu+Asn-Trp。我们感谢M.Weiss和S.Pühringer(BESSY)。这项工作得到了捷克共和国赠款机构的支持(P207/12/0775)。同样由捷克共和国教育部负责(CZ.1.05/2.1.00/01.0024和CZ.1.005/2.1.00/01.0001)。捷克共和国科学院的支持也得到了认可。

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卤代烷脱卤酶DhaA(DhaA31)的一个突变株红色RNCIMB 13064及其与1,2,3-三氯丙烷的配合物结晶,晶体衍射至高分辨率。

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卤代烷脱卤酶DatA来自根癌A.tumefaciensC58通过坐滴气相扩散法表达、纯化和结晶。X射线衍射数据的分辨率为1.70º。

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为了从结构角度探讨突变对改性蛋白质酶活性的影响,对三个DhaA突变体的原子分辨率结构进行了详细描述和比较。

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嗜冷细菌卤代烷脱卤酶DpcA的结构嗜冷核菌K5是一种生物技术应用中很有吸引力的酶,其原子分辨率为1.05 Au。与其他卤代烷脱卤酶相比,该酶具有最短的主通道和狭缝通道。结构比较显示了帽状结构域α4螺旋区域的主要差异,这是隧道特性的决定因素之一。DpcA的结构信息为理解其催化特性奠定了基础,并可以指导这种冷适应酶的修饰以用于各种生物技术应用。

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来自的DpaA琼脂拟杆菌NO2是一种新型的卤代烷脱卤酶,已被成功纯化和结晶。基于本文报道的晶体学数据的DpaA模型提供了卤代烷脱卤酶亚家族I中四聚体结构的第一个例子。

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