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非球面伪原子(UBDB)的理论数据库最近得到了扩展,在RNA、DNA和其他一些在生物学和药学中具有重要意义的分子中出现了100多种新的原子类型。修改了原子类型定义并添加了新的原子键,以更精确地描述原子电荷密度分布。X(X)-根据最近的中子衍射研究更新了氢键长度,并在LSDB公司程序以及用于建模适当的原子类型。UBDB2011数据库经过了广泛测试。将基于非球面原子模型数据库计算的静电相互作用能与直接从同一理论水平的波函数(SPDFG/B3LYP/6-31G**和SPDFG/B3LYP/aug-cc-pVDZ)得到的相应结果进行了比较。分析了各种小配合物,以涵盖大多数不同的相互作用类型,即。具有氢键的腺嘌呤-胸腺嘧啶和鸟苷-胞嘧啶,具有堆叠接触的鸟嘌呤-adenine,以及与氨基酸侧链相互作用的一组中性和带电核酸碱。能源趋势得到了很好的保护(R(右)2> 0.9); 然而,两种方法的能量值相差约4 kcal-mol-1个(1千卡摩尔-1个=4.184千焦摩尔-1个)平均而言。值得注意的是,在纯量子化学方法中,用一个基取代另一个基会导致相同的静电能差,即。约4千卡摩尔-1个在数量上。本研究为将UBDB2011应用于含有DNA/RNA片段的大分子开辟了可能性。本研究表明,可以根据UBDB2011数据库估算静电相互作用能,并进行结构优化。然而,一些方法的局限性是显而易见的。

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可移植文档格式(PDF)文件https://doi.org/10.107/S0108767311042176/sh5136sup1.pdf
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