葡萄糖氧化酶是一种黄烷依赖酶，催化β的氧化-D类-葡萄糖通过分子氧转化为δ-葡萄糖内酯和过氧化氢。酶的结构黑曲霉之前的分辨率为2.3º，现在的分辨率为1.9ºR（右）值为19.0%，酶的结构amagasakiense青霉菌，具有65%的序列同一性，已通过分子置换确定，并以1.8Å的分辨率精制为R（右）值为16.4%。部分脱糖酶的结构对于主链原子的r.m.s.偏差为0.7º，并显示出四个N个-糖基化位点，在Asn89具有扩展的碳水化合物部分。酶的底物复合物A.尼日尔采用力场法建模。所得模型与定点突变实验的结果一致，并显示β-D类-葡萄糖分子位于葡萄糖氧化酶的活性部位，通过12个氢键以及与三个相邻芳香残基和黄素腺嘌呤二核苷酸的疏水接触来稳定。其他己糖，如α-D类-葡萄糖、甘露糖和半乳糖是酶的不良底物，以及2-脱氧-D类-葡萄糖与相邻氨基酸形成较少的键或不利的接触。模拟还原酶和产物δ-葡萄糖酸内酯之间的复合物，为内酯缺乏对产物的抑制作用提供了解释。
