光束线\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

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同步加速器
辐射
编号:1600-5775

爱知同步加速器蛋白质晶体学光束线BL2S1

十字标记徽标

日本名古屋464-8603名古屋大学同步辐射研究中心,b条日本名古屋464-8603名古屋大学工程研究生院生物技术和生物材料化学系c(c)日本茨城筑波高能加速器研究组织材料结构科学研究所光子工厂,邮编:305-0801
*通信电子邮件:nobuhisa@nagoya-u.jp

德国马克斯·普朗克医学研究所I.Schlichting编辑(2016年7月15日收到; 2016年11月20日接受)

在爱知同步加速器的5T超导弯曲磁端口之一构建的蛋白质晶体学束线BL2S1可供学术和工业组织的用户使用。光束线主要用于蛋白质和核酸。也可以对其他材料的晶体进行衍射测量,例如无机和有机化合物。BL2S1使用非对称切割弯曲单晶单色器[Ge(111)或Ge(220)]覆盖7–17keV(1.8–0.7Ω)的能量范围,并使用镀铂硅镜进行垂直聚焦和作为高阶截止滤波器。光束线配备有一个单轴测角仪、一个CCD探测器和一个开放式低温样品冷却器。也可以使用该束线进行具有金刚石砧座细胞的高压蛋白质晶体学。

1.简介

位于日本爱知县濑户市的爱知同步加速器(AichiSR)是一个小型电子储存环,设计用于1.2 GeV光束能量,自然光束发射度为53 nm rad,耦合度为1%。名古屋大学同步辐射研究中心自规划阶段以来一直全力支持该设施。该设施包括一个50 MeV直线加速器、一个1.2 GeV加速器和一个周长72 m的1.2 GeV储存环,并以300 mA的自上而下注入模式(山本等。, 2010【山本,N.,高岛,Y.,细坂,M.,森本浩,H.,高美,K.,Hori,Y.、佐佐木,S.,柯达,S.和加藤,M.(2010)。第一届国际粒子加速器会议记录(IPAC2010),日本京都,2010年5月23日至28日,第2567-2569页。】). 最初,建造了六条光束线,并自2013年3月起投入使用(Tabuchi等。, 2016【Tabuchi,M.、Asakura,H.、Morimoto,H.,Watanabe,N.和Takeda,Y.(2016),《物理学报》第712期,第012027页。】). 该圆环有12个弯曲磁铁,其中8个是1.4 T的正常弯曲磁铁,4个是5 T的超导弯曲磁铁。5 T的超弯曲为X射线提供了临界能量4.8 keV(山本等。, 2011[山本,N.,高岛,Y.,细坂,M.,高美,K.,马诺,A.,森本浩,H.,Hori,Y.、佐佐木,S.,柯达,S.和加藤,M.(2011)。第二届国际粒子加速器会议记录,(IPAC2011),西班牙圣塞巴斯蒂安,2011年9月4日至9日,第2987-2989页。]). 该设施归爱知科学技术基金会所有,该基金会与行业、学术组织和爱知县政府合作。该设施的正常用户操作时间为每天8.5小时,从上午10:00至下午6:30,每周四天(星期二至星期五)。周一,加速器组通常进行机器研究实验。最近设计了一种新的光束线BL2S1,用于大分子晶体学,由名古屋大学建造并运行。光束线自2015年5月起对普通用户开放。

2.梁线概述

2.1. 光束线光学

BL2S1的光子源是5T超导弯曲磁体。源的同步辐射([\西格玛{x}]0.33毫米;[\sigma_{x}^{,{prime}}]0.18毫拉德;[\西格玛{y}],0.046毫米;[\sigma_{y}^{,{prime}}]0.011毫拉德;x,水平;,垂直)在光束线前端水平分割,其中2.0 mrad提供给2S1分支。第一个200µm厚的铍窗口将存储环真空与束线真空分离,并起到高通滤波器的作用。光束线组件的布局和BL2S1的光学对准如图1所示[链接],光束线参数汇总在表1中[链接]光束线光学元件包括一个垂直聚焦的弯板镜(VFM,水冷)和一个非对称切割的弯曲单晶单色器(ACCM,无冷却),用于单色化和水平聚焦光束。历史上,许多蛋白质晶体学光束线都使用这种单色器来实现聚焦单色光束(Lemonnier等。, 1978【Lemonnier,M.,Fourme,R.,Rousseaux,F.&Kahn,R.(1978),《Nucl.Instrum.Methods》,152,173-177。】). 使用单晶单色仪,光束方向随波长变化。然而,这种类型的束线设计可以在较小环的单个弯曲磁铁段上构建多个分支束线。因此,它在第二代同步加速器设施中很受欢迎(Helliwell,2006[Helliwell,J.R.(2006),《国际结晶学表》,第F卷,第155-166页。海德堡:施普林格。]),与当前的第三代低发射度存储环相比相对紧凑。在日本,BL2S1类似于Photon Factory(Satow)的前BL6A等。, 1989【Satow,Y.、Mikuni,A.、Kamiya,N.和Ando,M.(1989),科学仪器评论60,2394-2397。】).

表1
梁线详图

梁线名称 BL2S1型
源类型 5T超导弯曲磁体
镜子 1.0 m单晶硅,带铂涂层
单色仪 三角弯曲非对称Ge(111)和Ge(220)单晶
能量范围(keV) 7–17
波长范围(Å) 0.7–1.8
光束尺寸(µm) ~200×200(半高宽,无针孔准直器)
通量(光子−1) 2.6×109(6.9千伏,1.80奥)
  1.1 × 1010(11.1千伏特,1.12奥特)
  4.6 × 109(16.5千伏,0.75奥)
测角仪 水平单轴
低温性能 液氮低温样品冷却器
探测器 ADSC Quantum 315r和Dectris Pilatus 1M
†200µm针孔准直器和300 mA自顶向下操作后。使用150µm和100µm针孔时,其分别减少约0.7倍和0.4–0.6倍。
[图1]
图1
BL2S1的布局。()梁线图纸,以及(b条)各种光学组件的布局示意图。

VFM有一个镀铂的1m长反射面,安装在距离光源9.45m处,大约2:1聚焦位置。VFM也用作低通滤波器。当扫掠角度为4.0 mrad时,它会减少通量光谱范围高于21keV,可能会以高次谐波的形式通过单晶单色仪。

ACCM安装在距离光源12.57 m的实验箱内,ACCM到样品位置的距离为1.26 m。另一个200µm厚的铍窗将光束线的高真空与常压下充满氦气的ACCM室隔开。为了使用圆柱形弯曲的20cm长ACCM晶体的中心部分,通过VFM前的狭缝将水平光束发散度降低到1.2mrad。使用几个具有不同不对称角的三角形Ge(111)和(220)晶体,在不增加光束发散度的情况下,实现AichiSR储存环的水平扩展同步辐射X射线束在样品位置上的最佳10:1聚焦。现有单色器晶体及其不对称角度如表2所示[链接]。为了在设计波长下实现10:1的光束去放大率,必须以特定的不对称角度切割每个晶体。目前,BL2S1的标准单色器晶体是非对称角为7.61°的Ge(111),因为大多数蛋白质晶体学用户使用的X射线接近1.0º(12.4keV)。虽然晶体的最佳波长为1.05?(11.8 keV),但晶体的波长为1.12?(11.07 keV)K-吸收边,以避免X射线对锗的吸收。其独特的聚焦轮廓如图2所示,其中光束被水平压缩到与垂直范围相同的尺寸[链接]如果在理论最佳波长附近使用ACCM,其他单色器晶体的聚焦轮廓也类似。当大量改变X射线波长时,需要手动更换单色器晶体;这是设施工作人员的半天工作,包括光学校准。我们不使用旋转倾斜聚焦单色仪技术,该技术能够在宽波长范围内同时调谐晶体的不对称因子和曲率半径(Watanabe等。, 1999[渡边,N.,铃木,M.,东芝,Y.&坂部,N.(1999).同步加速器辐射6,64-68.]),因为获得足够大的锗晶体是不切实际的。因此,如果用户想在某些情况下使用X射线,就有必要制作一种具有特定不对称角度的单色仪晶体吸收边缘具有良好的能量分辨率。然而,我们认为现在很少要求这样做,因为使用远离吸收边的X射线波长的单波长异常衍射(SAD)方法逐渐比多波长异常衍射方法更受欢迎。

表2
单色晶体

水晶 不对称角(°) 最佳能量/波长(keV)/(Au)
锗(111) 7.06 12.7 / 0.98
  7.61 11.8 / 1.05
  13.05 7.0 / 1.78
锗(220) 8.15 18.0 / 0.69
†不对称角度是实际值,而不是设计值。
它可能有用,但当能量/波长偏离最佳值时,光束聚焦和单色性变得不兼容。
[图2]
图2
在没有针孔准直器的情况下,样品位置处1.12º光束的典型聚焦轮廓。此图像是使用Remote RadEye1探测器(加拿大Teledyne DALSA)获得的。探测器的像素尺寸为48µm。

VFM折弯机和其他光束线组件,如光束遮板、狭缝和真空系统,由日本富山制造,镜子由英国Crystal Scientific提供。ACCM系统由日本Kohzu制造,单色器晶体由日本Sarton Works提供。

2.2. 实验站

BL2S1的衍射仪设置在2θ舞台,围绕中心旋转θACCM轴(图3[链接]). 该系统由一个单轴测角仪(日本Kohzu)、一个低温样品冷却器(日本Rigaku)和一个Quantum 315r CCD探测器(美国ADSC)组成。使用旋转气缸的自主开发的气动快门装置连接到低温流喷嘴上,用于样品晶体的闪蒸冷却和退火(Giraud等。, 2009【Giraud,T.,Dobias,F.,Gabadinho,J.,Rey-Bakaikoa,V.,Nurizzo,D.,Leonard,G.A.&Mueller-Dieckmann,C.(2009),《应用结晶杂志》第42期,第125-128页。】). 单轴测角仪由电动高精度测角仪组成ω-分辨率为5×10的轴−5每步度数和电动xyz公司阶段。测角仪的混淆范围小于5µm。我们没有用于晶体安装/拆卸的机器人系统,但标准冷冻针上的晶体样品可以很容易地手动安装在测角仪旋转轴上的磁头上。使用同轴CMOS显微镜沿X射线束观察样品晶体,晶体以xyz公司角度计的阶段对普通用户来说很简单。如图4所示[链接]和5[链接]衍射仪的准直系统使用两种类型的针孔准直器。一种是用于标准低温测量,另一种是使用金刚石压砧细胞(DAC)进行高压蛋白质结晶学(Girard等。, 2007【Girard,E.,Dhaussy,A.-C.,Couzinet,B.,Chervin,J.-C.,Mezouar,M.,Kahn,R.,Ascone,I.&Fourme,R.(2007),《应用结晶杂志》,第40期,第912-918页。】). 前者由三个不同针孔尺寸的准直器组成,每个准直器都有一个前向散射防护罩(图5[链接])根据美国先进光子源光束线23-ID-B和D开发的小型光束准直器(Fischetti等。, 2009[Fischetti,R.F.,Xu,S.,Yoder,D.W.,Becker,M.,Nagarajan,V.,Sanishvili,R.,Hilgart,M.C.,Stepanov,S.、Makarov,O.&Smith,J.L.(2009),《同步辐射杂志》第16期,第217-225页。]). 对于DAC实验来说,后者只是磁盘上的三个针孔,没有前向散射防护。这使得在测角仪上安装笨重的DAC成为可能。标准Merrill–Bassett型DAC(Merrill&Bassett,1974[Merrill,L.(1974),《科学仪器评论》45,290-294。])距离旋转中心的半径小于20mm,可在不干扰准直器的情况下使用,当光束停止装置向后放置20mm时,光束停止(图4[链接]和5b条[链接]). 没有前向散射防护装置不会造成问题。DAC本身可以中断针孔边缘的正向散射。两种准直器类型的三个针孔的直径相同。这三种尺寸分别为0.1、0.15和0.2毫米,用户可以选择其中一种最适合自己的晶体尺寸。

[图3]
图3
BL2S1衍射仪的照片,显示了单轴测角仪、CCD探测器和低温样品冷却器。单色器室也可以在左侧看到。
[图4]
图4
衍射仪针孔准直器系统图。右下框中显示了一组针孔的放大视图,其中没有用于DAC实验的前向散射防护装置。
[图5]
图5
衍射仪针孔准直器系统的照片()使用标准低温针进行低温测量和(b条)使用DAC进行高压实验。

衍射数据是使用安装在线性平台上的Quantum 315r探测器收集的,允许样本到探测器的距离在90到342 mm之间。我们还有一个像素阵列探测器Pilatus 1M(瑞士Dectris),但我们目前将其用作Quantum 35r的备份。其中一个原因是,我们的化学晶体学用户更喜欢Quantum 315r的更大有效面积。在探测器边缘,最大2θQuantum 315r和Pilatus 1M接受的角度分别为60°和45°。另一个原因与AichiSR的注射方法有关。AichiSR以300 mA的自上而下注入模式运行。由于注入凸块覆盖BL2S1,因此在注入的准确时刻,样品位置的聚焦X射线束会暂时丢失,并且需要大约7 ms才能返回正常轨道。如果我们使用1.0的长时间曝光,则不会产生明显的影响s每帧或更多。然而,如果我们使用曝光时间较短的Pilatus 1M,例如0.1s,以便使用其有益的特征,我们发现衍射图像的强度的缩放明显受到1Hz的注入的影响。

光束线BL2S1也可用于高压蛋白质晶体学。使用DAC可以获得更短波长的衍射图像集合,通常为0.75º,ACCM为Ge(220)。实验柜旁边有一个使用红宝石荧光位移的辅助压力测量装置(日本Sigma Koki)。

2.3。控制系统

光束线组件和衍射仪使用STARS系统进行控制,STARS系统是一个运行的客户机/服务器光束线控制系统通过TCP/IP(Kosuge等。, 2009【Kosuge,T.,Saito,Y.,Nigorikawa,K.,Katagiri,H.,Shirakawa). 用于远程控制光束线组件,如VFM、ACCM和狭缝,STARS客户端软件,后勤指挥2是内部开发的,在Windows PC上使用。用户界面的自定义版本,用户界面由光子工厂(Gaponov)的高分子晶体学小组开发等。, 2004【Gaponov,Y.,Igarashi,N.,Hiraki,M.,Sasajima,K.,Matsugaki,N.、Suzuki,M.、Kosuge,T.和Wakatsuki,S.(2004),《同步辐射杂志》11,17-20。】),用于控制衍射仪和探测器。这使得在光子工厂有使用光束线经验的用户能够轻松操作BL2S1衍射仪。

蛋白质晶体仪使用的标准数据处理软件,例如XDS公司(卡布施,2010年【Kabsch,W.(2010),《结晶学报》,D66,125-132。】),iMosflm公司(巴蒂等。, 2011【Battye,T.G.G.,Kontogiannis,L.,Johnson,O.,Powell,H.R.&Leslie,A.G.W.(2011),《结晶学报》D67,271-281。】)和CCP4型套房(Winn等。, 2011[Winn,M.D.,Ballard,C.C.,Cowtan,K.D.,Dodson,E.J.,Emsley,P.,Evans,P.R.,Keegan,R.M.,Krissinel,E.B.,Leslie,A.G.W.,McCoy,A.,McNicholas,S.J.,Murshudov,G.N.,Pannu,N.S.,Potterton,E.A.,Powell,H.R.,Read,R.J.,Vagin,A.&Wilson,K.S.(2011),《基督学报》,D67,235-242。]),可在光束线的专用Linux台式PC上使用。

3.结论和观点

在1.2 GeV AichiSR的超导弯曲磁体端口上安装了蛋白质晶体学束线。最近发表了使用该光束线研究蛋白质晶体结构的第一份报告(Wachino等。, 2016【Wachino,J.、Yamaguchi,Y.、Mori,S.、Jin,W.、Kimura,K.、Kurosaki,H.和Arakawa,Y.(2016)。抗微生物剂化学疗法。604274-4282。】). 光束线不仅可用于蛋白质晶体仪,也可用于化学晶体仪和当地其他材料科学界。企业用户也可以使用光束线。束流时间应用程序在束流时间前两个月以先到先得的方式开放。2015财年末,约80%的可用光束时间用于用户实验。在指定的波束时间中,约60%用于学术用户,40%用于企业用户。在第三代低发射度同步加速器的高强度、明亮微束时代,我们的用户可以在BL2S1享受中等尺寸和中等强度的光束。通常,在每天8.5小时的运行时间内可以收集10个数据集;这取决于由晶体衍射质量确定的曝光时间。

作者将这些特征用于室温下辐射不敏感蛋白质晶体的衍射强度测量。例如,利用Ge(220)单色仪提供的短波X射线和几百微米的相对较大的晶体的组合,我们可以使用DAC进行高压蛋白质结晶学,而不必在波荡光束线(Girard)产生的强光束的影响下燃烧蛋白质晶体等。, 2007【Girard,E.,Dhaussy,A.-C.,Couzinet,B.,Chervin,J.-C.,Mezouar,M.,Kahn,R.,Ascone,I.&Fourme,R.(2007),《应用结晶杂志》,第40期,第912-918页。】). 在图6中[链接],的晶体结构我们的努力(手稿正在准备中)就是一个例子。数据收集参数和统计数据汇编在表3中[链接]如果提供足够大的晶体,则可以使用DAC在BL2S1处获得0.75°的完整高压衍射数据集。

表3
600 MPa泛素数据采集统计

波长(Ω) 0.75
温度(K) 297
晶体到探测器的距离(mm) 340
振荡角(°) 1
每张图像的曝光时间(s) 20
总旋转范围(°) 20
使用的晶体尺寸(mm) 0.13 × 0.13 × 0.38
 
“空间”组 P(P)622
电池尺寸(Ω) 82.79, 82.79, 55.29
分辨率(Ω) 2.00 (2.12–2.00)
镶嵌性(度) 0.067
R(右)合并(%) 6.7 (31.0)
/σ() 12.1(3.3)
完整性(%) 95.3 (98.6)
冗余 2.6
R(右)合并=[\Sigma(I-\langle{I}\langle)/\Sigma\langle{I}\langle].
[图6]
图6
使用BL2S1分析高压蛋白质晶体结构的示例。600 MPa下泛素分子的结构以绿色显示。水分子以蓝色显示。

由于注入时X射线束强度的短时变化,我们不使用像Pilatus 1M这样具有小角度振荡宽度的快速探测器或精细切片数据采集方法。名古屋大学同步辐射研究中心的光源部门正积极致力于利用脉冲多极磁铁实现光束注入。如果采用后一种方法实现了自上而下的注入,则可以克服注入引起的光束强度损失问题,并且系统在选择探测器时将变得更加灵活。

脚注

现住址:日本东木市下关市集智医科大学生理学系生物物理系。

致谢

我们要感谢名古屋大学同步辐射中心和爱知科学研究院爱知科学与技术基金会成员的支持和鼓励。光束线BL2S1采用名古屋大学2012财年补充预算建造。

工具书类

第一次引用Battye,T.G.G.、Kontogiannis,L.、Johnson,O.、Powell,H.R.和Leslie,A.G.W.(2011)。《水晶学报》。D类67, 271–281. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Fischetti,R.F.、Xu,S.、Yoder,D.W.、Becker,M.、Nagarajan,V.、Sanishvili,R.、Hilgart,M.C.、Stepanov,S.和Makarov,O.&Smith,J.L.(2009年)。J.同步辐射。 16, 217–225. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Gaponov,Y.,Igarashi,N.,Hiraki,M.,Sasajima,K.,Matsugaki,N.、Suzuki,M.、Kosuge,T.和Wakatsuki,S.(2004年)。J.同步辐射。 11, 17–20. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Girard,E.、Dhaussy,A.-C、Couzinet,B.、Chervin,J.-C、Mezuar,M.、Kahn,R.、Ascone,I.和Fourme,R.(2007年)。J.应用。克里斯特。 40, 912–918. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Giraud,T.、Dobias,F.、Gabadinho,J.、Rey-Bakaikoa,V.、Nurizzo,D.、Leonard,G.A.和Mueller-Dieckmann,C.(2009年)。J.应用。克里斯特。 42, 125–128. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Helliwell,J.R.(2006)。国际结晶学表第F卷,第155-166页。海德堡:施普林格。 谷歌学者
第一次引用Kabsch,W.(2010年)。《水晶学报》。D类66, 125–132. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Kosuge,T.、Saito,Y.、Nigorikawa,K.、Katagiri,H.、白川方明,A.、Nakajima,H.和Ito,K.,Abe,I.、Kishiro,J.和Kurokawa(2009)。第四届个人计算机和粒子加速器控制国际研讨会论文集(PCaPAC2002)2002年10月14日至17日,意大利弗拉斯卡蒂谷歌学者
第一次引用Lemonnier,M.,Fourme,R.,Rousseaux,F.&Kahn,R.(1978年)。编号。Instrum公司。方法,152, 173–177. 交叉参考 中国科学院 科学网 谷歌学者
第一次引用Merrill,L.(1974年)。科学评论。仪器。 45, 290–294. 交叉参考 谷歌学者
第一次引用Satow,Y.、Mikuni,A.、Kamiya,N.和Ando,M.(1989年)。科学评论。仪器。 60, 2394–2397. 交叉参考 中国科学院 谷歌学者
第一次引用Tabuchi,M.、Asakura,H.、Morimoto,H.,Watanabe,N.和Takeda,Y.(2016)。《物理学杂志》。Conf.序列号。 712, 012027. 交叉参考 谷歌学者
第一次引用Wachino,J.、Yamaguchi,Y.、Mori,S.、Jin,W.、Kimura,K.、Kurosaki,H.和Arakawa,Y.(2016)。抗微生物。代理Chemother。 60, 4274–4282. 交叉参考 中国科学院 谷歌学者
第一次引用渡边,N.、铃木,M.、东芝,Y.和坂部,N.(1999)。J.同步辐射。 6, 64–68. 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Winn,M.D.,Ballard,C.C.,Cowtan,K.D.,Dodson,E.J.,Emsley,P.,Evans,P.R.,Keegan,R.M.,Krissinel,E.B.,Leslie,A.G.W.,McCoy,A.,McNicholas,S.J.,Murshudov,G.N.,Pannu,N.S.,Potterton,E.A.,Powell,H.R.、Read,R.J.、Vagin,A.&Wilson,K.S.(2011)。《水晶学报》。D类67, 235–242. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Yamamoto,N.、Takashima,Y.、Hosaka,M.、Morimoto,H.、Taka,K.、Hori,Y.,Sasaki,S.、Koda,S.和Katoh,M.(2010年)。第一届国际粒子加速器会议记录(IPAC2010)2010年5月23日至28日,日本京都,第2567-2569页谷歌学者
第一次引用Yamamoto,N.、Takashima,Y.、Hosaka,M.、Taka,K.、Mano,A.、Morimoto,H.、Hori,Y.,Sasaki,S.、Koda,S.和Katoh,M.(2011年)。第二届国际粒子加速器会议记录(IPAC2011)2011年9月4日至9日,西班牙圣塞巴斯蒂安,第2987-2989页谷歌学者

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