1.简介
机器人样品变换器、快速CCD和像素阵列探测器以及自动数据缩减等技术的发展极大地提高了传统大分子结晶学(MX)实验的吞吐量,这些实验适用于大晶体(尺寸为~50×50×50µm及以上)和类似尺寸的光束。最近,微焦点X射线仪器已经能够从迄今为止被认为太小或太无序的晶体样品中测量高质量的衍射数据,从而减小了成功解决结构问题所需的晶体尺寸(Riekel等。, 2005
). 不幸的是,小光束尺寸和小晶体的结合,加上样品的光学性能差,使得微束衍射实验中的样品校准和检测更加困难。
在这篇简短的通信中,我们描述了一种为钻石光源微聚焦光束线I24的用户设计的工具,该工具能够直接快速地定位晶体和对样品支架进行衍射表征,从而充分利用微焦点光束线的优势,大大提高了I24的吞吐量。该网格扫描工具已在I24上常规使用一年多,并给出了其在快速晶体检测和评估中的功效和用途的结果。
2.方法
2.1. 光束线I24,金刚石光源
I24是一种可调谐微焦点光束线,目前配置为允许用户在样品处选择三种光束尺寸中的一种,即8×8、20×20或50×30µm(水平×垂直半高宽),这是通过聚焦两对KB双晶镜(Evans等。, 2006
). 此处报告的实验使用了12.68 keV的X射线能量和8×8µm的光束尺寸。衍射图像由Rayonix MX300 CCD(美国伊利诺伊州埃文斯顿市RayonixLLC)或Pilatus P6M(瑞士巴登Dectris Ltd)探测器采集。
2.2。网格扫描
微焦点光束线用户在成功采集数据之前通常会面临两个问题之一:(i)小微晶在较大样品架中的位置以及它们与X射线束的对准,或(ii)较大无序晶体中衍射良好的晶体子体的位置。
确定样品位置的问题出现了,因为晶体可能嵌入不透明材料中,使其不可见,例如生长在脂质中的晶体和从脂质中提取的晶体中间相(Caffrey,2000年
)或折射材料(透镜状溶剂滴),导致样品看起来偏离其真实位置。在这两种情况下,使用X射线将晶体对准X射线束是比可见光学更可靠的方法(宋等。, 2007
; 切列佐夫等。, 2009
).
由Song及其同事率先提出,我们的方法使用在相对较低的X射线下记录的一系列衍射图像通量样品的不同部分。在我们的实现中,当用轴上显微镜观察时,虚拟网格叠加在整个或部分样本上。在最简单的情况下,当样品静止时,在每个网格框的中心获取衍射图像(以下称为慢扫描)。
2.3. 高速网格扫描
P6M探测器可以实现更快的网格扫描,其读出时间为2.3 ms,因此无需在图像之间打开和关闭X射线快门。虽然这以前被用来加速传统的数据收集实验(Hülsen等。, 2006
),我们使用连续探测器读数和连续等速样本平移来创建高速扫描方法,其中在网格的每一行中,在一次移动和暴露于X射线束(快速扫描)中记录一系列图像。在连续的行测量之间垂直移动样品,可以快速形成一个完整的网格。垂直平移通过安装在旋转台上的两个Attocube(AttocubeSystems AG,Munich,Germany)台来实现。这些是压电驱动步进电机,可以进行亚微米精度的运动。
快速扫描需要快速X射线快门、探测器和运动轴之间的同步,以确保样品在观察系统上看到的位置以及预期的时间段内被照亮。在I24的常规衍射实验中,一个TTL脉冲被发送到快速X射线快门和P6M探测器以开始数据采集,因此这对物体和测角表之间的精确同步协议x个axis已开发用于快速网格扫描。样本转换是通过一个由Delta Tau Turbo PMAC2控制的伺服电机实现的,该电机具有100 nm分辨率的编码器反馈。这种扫描方式比传统的慢扫描快得多,在慢扫描中,静止样品的图像在平移后被记录下来。
2.4. 实施
网格扫描已在通用数据采集软件(GDA公司;https://www.opengda.org)将Jython脚本语言与Java Swing图形用户界面(GUI)结合使用。底层电机和P6M探测器的控制在通过EPICS进行GDA。网格扫描的用户控制完全通过GUI实现。通过鼠标单击并拖动移动选择要扫描的矩形采样区域,并将网格的水平和垂直间距设置为用户定义的值通过GUI。栅格的间距定义了相邻扫描行和列的间隔,通常设置为与波束大小匹配,但对于大晶体的粗采样,可能会增加间距。在衍射实验期间,这个虚拟网格仍然覆盖在GUI上,与样品一起移动并反映扫描的进度。在完成网格扫描和用户对衍射分数或图像本身的评估后,可以通过单击对应于最佳位置的框来将样品居中。
2.5. 图像评分和实验反馈
收集每个衍射图像后,用局部颜色变化更新虚拟网格,表明在图像处理过程中盒子已曝光DISTL公司(张)等。, 2006
)在多CPU群集上。数据处理完成后,图像结果存储在ISPyB数据库(Beteva等。, 2006
)并通过进度终端向用户回显。随着扫描的进行,虚拟网格上覆盖着彩色圆圈,其直径与DISTL公司用户选择的输出条件。用户可以在总斑点的数量、布拉格候选者的数量、分辨率、冰环的数量、过载斑点的数量和最强峰值的饱和度之间进行选择。结果通常在采集图像的5秒内显示在GUI上。
4.结论和未来方向
上述网格扫描工具在I24上常规使用,已证明在检测和校准微晶和衍射良好的晶体亚体积方面非常有用。最近实施的快速网格扫描利用Pilatus探测器的短读出时间,实现了使用微束快速覆盖大晶体体积或样品架。这种提高的速度减少了在使用微束进行精细网格扫描之前,先用较大的光束尺寸进行粗网格扫描的需要。这就减少了在实验的晶体检测和数据采集阶段之间对光束线硬件(聚焦镜或孔径)进行更改的需要,从而提高了光束线上的样本吞吐量。事实证明,在结晶塔板的衍射筛分过程中,使用快速网格扫描也很有用,其中折射效果从结晶井和液滴表面都可以看出,晶体似乎离其真实位置有几十微米的距离。
目前正在进行多项网格扫描结果的合并工作φ用于自动对齐和跟踪回路中保持的多个晶体的角度,以及利用荧光探测器的读数进行网格扫描的发展,因为这允许对包含异常散射体的晶体进行低剂量网格扫描。未来的工作将允许用户选择任意形状的区域,从而最大限度地减少对空间的空白区域或不感兴趣的样本安装区域的数据收集。
钻石光源的所有其他MX光束线都在常规使用慢扫描,目前正在使用这种方法进行自动X射线晶体定中心。MX光束线上样品定位的精度要求通常由光束尺寸和使用的晶体尺寸决定。网格扫描的要求一般与标准晶体学数据采集的要求相似,因此与所使用的光束尺寸有关。这使得网格扫描的实现适用于许多MX光束线,不仅适用于微焦点光束线,而且不需要特殊仪器。
在所有情况下,网格扫描都可以提供可见光无法提供的未失真视图,并为结晶托盘的快速和全自动筛选以及基于衍射的微晶对齐提供了机会。
致谢
我们要感谢伦敦国王学院的罗伯托·斯坦纳对图1所示晶体的捐赠
牛津大学结构生物学系的Geoff Sutton和Xiaoyun Ji,感谢他们慷慨提供图2中所示的AcMNPV多面体晶体
以及Martin Walsh和Dave Stuart(钻石光源)对手稿的仔细阅读。我们还感谢Nick SauterDISTL公司与Pilatus图像兼容,并提供其软件的预发布版本。最后,我们要感谢钻石光源高分子晶体学村和数据采集团队的其他成员对本文所述工作进行测试并提供反馈。
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国际标准编号:2059-7983
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