2.1、。早年：1971年至1988年

PDB由Walter Hamilton博士于1971年在美国晶体学协会（ACA）成员和1971年冷泉港研讨会与会者的建议下成立，例如参见D.C.菲利普斯关于蛋白质晶体学的评论成年（菲利普斯，1971年). 从一开始，PDB就在晶体学界的持续支持下运作。PDB一直是一项真正的国际努力，最初在英国剑桥设有附属中心；澳大利亚墨尔本；和日本大阪。（这些中心随后得到了一些在线数据提供商的扩充，目前有42家；完整列表请参阅最新的PDB时事通讯。）数据采集和传播，通过磁带媒体从一开始就在全球范围内发展，只有一小部分员工每年处理约25次结构沉积。

1972年引入的当前PDB格式确保了这些数据以方便和标准的形式随时可供晶体学家以及生物学家和化学家访问。在过去20年中，这种数据格式已经发展成为事实上的标准，作为数百个计算机程序的输入和输出。它已经被证明是相当灵活的，最近已经被扩展到最初设计时无法想象的应用程序。例如，我们最近在PDB文件头中插入了超文本链接，将它们动态链接到世界各地的其他数据库，通过WWW（请参阅URLhttp://www.pdb.bnl.gov网站/).

2.2. 数据爆炸：1989年至1992年

大分子晶体制备和结构分析实验技术的快速发展精炼导致了结构生物学的一场革命。这些因素大大增加了进行原子分辨率大分子结构研究的实验室数量以及每个实验室的此类研究数量。进展包括：（1）重组DNA技术，几乎可以大量生产任何蛋白质或核酸；（2） 快速蛋白质和DNA（基因）测序技术蛋白质测序常规；（3） 更好的X射线探测器；（4） 实时交互式计算机图形系统，以及更自动化的方法结构测定和精细化；（5） 同步辐射，允许使用极微小的晶体，多波长反常色散（MAD）阶段化和时间分辨研究通过劳厄技术；（6） 核磁共振方法允许结构测定溶液中的大分子；和（7）电子显微镜（EM）技术，用于获得高分辨率结构。

这些巨大的进步导致了从1987年之前每年在PDB中沉积的15-25个新结构的线性增长突然过渡到快速指数增长，达到目前每周约50个提交的速度（见图1).

图1 每年可用的PDB坐标条目

在同一时期，计算机的普及和日益强大，相对廉价的交互式图形的引入，以及计算机网络的增长，极大地增加了以多种方式访问PDB数据的需求。分子生物学家、理性药物设计者以及学术界和工业界其他人的要求通常与自20世纪70年代以来PDB主要使用者的晶体学家和计算化学家的要求有根本不同。

3.1. PDB档案的内容和访问

档案包括原子坐标、文献引用、一级和二级结构信息，以及晶体结构因子和核磁共振实验数据。结构条目中的注释包括氨基酸或核苷酸序列（注意PDB和序列数据库中的结构之间的任何冲突）、生物材料来源的来源生物体、论文参考文献、二级结构、结构中包含的与小分子的复合物、，等.第三方注释包括结构的图像和电影，指向包含特定结构的结构类或族信息的其他数据库的指针；指向特定专业数据库（由他人维护）的指针，如蛋白激酶资源(http://www.sdsc.edu/Kinases/pk_home.html)以斯帖(http://www.ensam.inra.fr/胆碱酯酶/)或过时PDB条目数据库的存档(http://pdbobs.sdsc.edu/PDBAbs.cgi)以及那些提供额外实验信息的，如BioMagResBank（BMRB）核磁共振结构数据库(http://www.bmrb.wisc.edu/)以及其他解决方案数据、文章摘要、，等.

表1是PDB内容的摘要。目前的计划是在从收到条目到最终存档的三个月或更短的时间内跟上沉积率。这包括PDB专业人员仔细检查所花费的时间，以及存款人再次检查已处理条目的时间。

PDB条目可以在CD-ROM上找到，PC用户可以使用PDB-外壳浏览器。如果UNIX用户下载了浏览器软件的副本，他们也可以搜索CD。这些条目也可以从Brookhaven和全球14个镜像站点通过互联网获得，如表2所示。可以搜索和检索通过互联网浏览器（Peitsch等。1995年; 印章等。1995年)现在3DB浏览器（苏斯曼，1997年)，通过Netscape、Explorer等WWW浏览器接口等，如图2所示所有这些搜索方法都可以直接访问分子观察程序RasMol公司（Sayle和Milner-White，1995年).

图2 万维网3DB浏览器行动中（佩奇等。1995年; 邮票等。1995年; 苏斯曼，1997). 左侧是浏览屏幕，其中包含输入搜索字符串的窗口。在右上角，所选条目，即，乙酰胆碱酯酶（1ACJ）（Harel等。, 1993)显示为功能区图RasMol公司（Sayle和Milner-White，1995年). 在右下角，1ACJ条目的文本显示为蓝色文本，表示与其他数据库的HyperLink，包括SwissProt蛋白质序列数据库（Bairoch&Boeckmann，1994)

这个3DB浏览器具有许多功能，可以轻松访问PDB条目中的信息。用户可以根据化合物名称、实验标题、作者（存款人）、生物来源、期刊参考文献、沉积日期、与结构络合的小分子（异源）的性质等字段的任意组合进行搜索。布尔运算符允许高度复杂的搜索字符串。可以自动检索所选条目，并且可以使用公共域分子查看器显示分子结构RasMol公司（Sayle和Milner-White，1995年)、Netscape的Chemscape Chime插件或类似的查看器。它们还包括到SwissProt蛋白质序列数据库的超文本链接（Bairoch&Boeckmann，1994)BioMagResBank（BMRB）核磁共振结构数据库（Seavey等。, 1991)，酶委员会数据库（Bairoch，1994)PubMed访问Medline数据库和其他几个数据库（见表3链接的外部数据源列表）。通过互联网访问档案已成为从PDB检索条目的主要方式。然而，PDB继续收到我们CD-ROM产品的大量订单。PDB预计，由于各种原因，这种情况将继续存在。例如，许多位置的网络性能仍然很差，这些磁盘每季度发布一次，提供对存档内容的本地访问。使用此软件，PDB中的所有文件都存储在本地，并且可以使用PDB分发的镜像软件每天自动更新更改。

3.2. 数据沉淀

自1971年成立以来，PDB用于输入和分发信息的方法与科学期刊使用的审查和编辑模式类似。目前，提交人向PDB提交了他/她的数据，单位为mmCIF(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/)或PDB格式，通过PDB基于WWW自动折旧设施(http://www.pdb.bnl.gov:8080)（图3).自动折旧然后调用一组验证程序，返回其输出通过向PDB发送数据后几分钟内将WWW发送给存款人。

图3 基于WWW的PDB提交，通过 AutoDep公司，释放条目通过分层方法。

根据这些检查，作者可以决定立即发布条目；最多持有一年后释放；或者在完成提交过程之前，返回并根据输出诊断重新检查结构。PDB ID代码仅在作者批准发布后发布。提交的数据必须包括1997年10月PDB新闻稿中描述的所有强制性信息(http://www.pdb.bnl.gov/pdb-docs/newsletter.html)和在完整PDB提交所必需的项目列表(http://www.pdb.bnl.gov/pdb-docs/mandatory_items.html). 数据还必须通过1998年1月PDB新闻稿和文档中描述的某些验证标准分层放行验证(http://www.pdb.bnl.gov/pdb-docs/validation.html). 通过验证标准的条目将明确标识为LAYER-1。还发布了包含输出诊断的关联文件。

在此之后，PDB工作人员按照之前执行的方式处理条目。然后，PDB科学工作人员对验证套件的输入和输出进行评估，完成注释并将输入返回给作者以供评论和批准。表4总结了当前数据验证套件中包含的检查。作者的更正被合并到条目中，在存档和发布之前对其进行重新分析和验证。这项工作的大部分内容涵盖了目前尚未完全委托给自动化软件的问题。经作者批准后，生成的条目将等同于传统PDB条目，并将指定为LAYER-2。我们坚信，这种彻底的检查和注释对于确保数据的长期价值至关重要。

最初，数据流是一个手动系统，设计用于一到两名科学家的工作人员，每年的沉积率约为25-50条。一个人处理了从提交到发布的条目。到了20世纪80年代末，当引入自动化的第一步时，每个条目运行验证程序大约需要4个小时。如今，相同的步骤是高度自动化的，包括一组大大改进的验证程序，需要大约15分钟。图形化数据查看是一种有用且功能强大的注释和检查工具，自1992年以来处理器就可以使用。

理想情况下，PDB希望整个沉积过程是自动化的。然而，某些类型的问题仍然需要人工干预和处理。最麻烦的领域仍然是那些涉及处理异质（与结构复杂的小分子）、解决晶体堆积问题、代表具有非晶体学对称，以及解决提交的氨基酸序列与序列数据库中发现的氨基酸序列之间的冲突。有时会查阅出版物和其他参考文献，以核实诸如晶体数据、生物细节、参考信息、，等处理程序虽然比1991年使用的程序有了很大改进，但仍允许错误通过系统而不被检测到，需要对所有条目进行目视检查。我们正在努力扩大自动折旧一套保存和验证程序，以满足存款人和用户之间存在一定冲突的需求，同时确保档案保持最高标准的准确性。这包括从合作者那里获取软件，以解决我们和用户都发现的缺陷。

3.3. 基金

PDB由联邦政府机构资金和用户费用共同支持。支持由美国国家科学基金会、美国公共卫生署、国家卫生研究院、国家研究资源中心、国家普通医学科学研究院、美国国家医学图书馆、美国能源部和用户费用提供。