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《水晶学报》。
(2019).
D类
75
,
451-454
https://doi.org/10.107/S2059798319004522
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宣布必须向蛋白质数据库(PDB)提交PDBx/mmCIF格式的晶体沉积文件
P.D.亚当斯
,
P.V.阿富宁
,
K.Baskaran公司
,
H.M.伯曼
,
J.贝里斯福德
,
G.布里科涅
,
D.G.布朗
,
S.K.伯利
,
陈先生
,
Z.Feng先生
,
C.弗伦斯堡
,
A.古特马纳斯
,
J.C.霍赫
,
Y.池川
,
Y.Kengaku先生
,
E.克里斯内尔
,
G.库里苏
,
Y.Liang先生
,
D.利布施纳
,
马克
,
J.L.马克利
,
N.W.莫里亚蒂
,
G.N.穆尔舒多夫
,
M.诺贝尔
,
E.佩萨赫
,
一、波斯科娃
,
B.K.Poon先生
,
O.V.索博列夫
,
E.L.乌尔里奇
,
S.Velankar公司
,
C.冯海恩
,
J.韦斯特布鲁克
,
M.沃迪尔
,
M.Yokochi先生
和
J.Y.杨
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《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
899-907
https://doi.org/10.107/S090744902003451
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蛋白质数据库
H.M.伯曼
,
T.巴蒂斯图斯
,
T.N.巴特
,
W.F.布卢姆
,
P.E.伯恩
,
K.伯克哈特
,
Z.Feng先生
,
G.L.吉利兰
,
L.Iype公司
,
S.Jain公司
,
P.法根
,
J.马文
,
D.帕迪拉
,
V.拉维坎德兰
,
B.施耐德
,
N.Thanki公司
,
H.韦西格
,
J.D.韦斯特布鲁克
和
C.扎尔德基
蛋白质数据库是全球唯一的生物大分子基本结构数据档案。
本文介绍并描述了PDB的目标、数据存储和访问的系统、如何获取更多信息以及资源未来开发的计划。
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《水晶学报》。
(2002).
D类
58
,
889-898
https://doi.org/10.107/S090744902003487
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核酸数据库
H.M.伯曼
,
J.韦斯特布鲁克
,
Z.Feng先生
,
L.Iype公司
,
B.施耐德
和
C.扎尔德基
本文介绍了核酸数据库的体系结构和功能,以及该资源支持的一些研究。
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J.应用。
克里斯特。
(2024).
57
,
859-864
https://doi.org/10.107/S160057672400284X
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i模型
:交互式三维晶体结构可视化程序
J.曹
,
Z.Feng先生
,
B.吕
,
十、太阳
,
S.Chang公司
,
J.张
和
T·张
i模型
是一个3D晶体结构可视化程序,允许用户操作和自定义模型。
使用开发
虚拟仪器
和Python,它是一个潜在的强大工具,用于晶体结构可视化。
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《水晶学报》。
(2011).
E类
67
,
公元896年
https://doi.org/10.107/S1600536811008440
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正常开放
接近
双(3,5-二甲氧基-苯)膦酸
W.Cheng先生
,
Z.-Q.冯
和
J.-M.唐
在标题化合物的晶体结构中,C
16
H(H)
19
O(运行)
6
P、 分子间O-H
O相互作用将分子链连接成平行于
b条
轴。
这些链条由C-H连接
π和π–π相互作用[centroid–centroid distance=3.7307(29)Ye]形成三维网络。苯环之间的二面角为73.5(1)°。
所有四个甲氧基的C和O原子都非常接近其所附环的平均平面;
C原子在所附环的平均平面外为0.055(2)–0.1038(1)Ω。
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《水晶学报》。
(2021).
A类
77
,
193年
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PDB格式的生命和时代——通过mmCIF展望未来
G.克莱克洛
,
C.劳森
,
J.韦斯特布鲁克
,
S.白肋烟
,
S.Abbott公司
,
K.Baskaran公司
,
J.贝里斯福德
,
Z.Feng先生
,
Y.池川
,
M.Yokochi先生
,
J.Y.杨
,
J.霍赫
和
G.库里苏
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《水晶学报》。
(2023).
A类
79
,
a135型
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使用ORCiD登录在OneDep中存放3D生物结构来增长PDB核心档案
G.V.克里奇洛
,
Z.Feng先生
,
Y.Liang先生
,
E.佩萨赫
,
一、波斯科娃
,
J.Y.杨
,
wwPDB团队
和
S.K.伯利
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J.应用。
克里斯特。
(2015).
48
,
1581-1586
https://doi.org/10.107/S1600576715015125
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自动FP
:使用基于
FullProf教授
X.崔
,
Z.Feng先生
,
Y.Jin先生
,
Y.Cao先生
,
D.邓
,
H.Chu(朱棣文)
,
S.曹
,
C.董
和
J.张
自动FP
作为广泛使用的Rietveld细化程序的高度自动化软件工具包自由分发
FullProf教授
.
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《水晶学报》。
(2007).
E类
63
,
o2992年
https://doi.org/10.1107/S16053687023859
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2,10,12-三甲基-12
H(H)
-5,7-二氧-6-噻二苯并[
一
,
d日
]环辛烯6-氧化物
S.-L.Dong
,
B.徐
,
Z.-Q.冯
和
J.-T.王
在标题化合物的两个独立分子中,C
16
H(H)
16
O(运行)
三
S、 苯环间的二面角为79.06(2)°和78.46(2”)°。
销售代表
2
C
5
环不是平面的,有船椅状的构象。
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《水晶学报》。
(2008).
E类
64
,
公元1120年
https://doi.org/10.107/S1600536808014025
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正常开放
接近
2-(1,3-二苄基咪唑啉-2-亚基)丙二腈
冯学智
,
F.-F.严
和
Z.-P.李
在标题分子中,C
20
H(H)
18
N个
4
咪唑啉环与两个苯环的二面角分别为86.74(2)和81.18(3)°。
在没有经典分子间相互作用的情况下,晶体堆积通过范德瓦尔斯力稳定。
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(2007).
E类
63
,
m529-m531型
https://doi.org/10.107/S1600536807001882
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水-(2,2′-联吡啶-κ
2
N个
,
N个
′){2-[(3,5-二氯-2-氧化苄基亚基)氨基]-3-甲基-五氮基-κ
三
N个
,
O(运行)
,
O(运行)
'}铜(II)2.5水合物
X.-Z.冯
,
S.-H.张
,
Z.刘
,
G.-Z.李
和
L.-X.金
在标题化合物中,[Cu(C
13
H(H)
13
氯
2
否
三
)(C)
10
H(H)
8
N个
2
)]·2.5小时
2
O、 铜
二
手性配体2-[(3,5-二氯-2-氧化苄基亚基)氨基]-3-甲基戊酸盐中的两个O原子和一个N原子和2,2′-联吡啶的两个N原子以略微扭曲的四角锥体几何构型对原子进行配位。
非对称单元由两个铜组成
二
复合物和五个水分子。
在晶体结构中,水分子由O-H连接
O氢键形成五元环,进一步连接成链。
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(2009).
E类
65
,
公元2275年
https://doi.org/10.107/S1600536809033583
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正常开放
接近
(1
E类
,4
E类
)-1,5-二(2,4-二甲基-酚基)戊-1,4-二烯-3-酮
Z.Feng先生
,
J.李
和
Y.Lin先生
在标题化合物中,C
21
H(H)
22
O、 作为生物活性化合物姜黄素的衍生物,芳香环平面之间的二面角为20.57(11)°。
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(2005).
A类
61
,
c128号
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H.M.伯曼
,
H.杨
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(2002).
A类
58
,
c214号机组
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,
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(2007).
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63
,
2008年8月
https://doi.org/10.1107/S16053687020697
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4,4'-二苯并环丁烯
Z.-Q.冯
,
H.苍
,
W.-W.田
,
S.-L.Dong
和
J.-T.王
在标题化合物的分子量中,C
16
H(H)
14
平面环之间的二面角在两对融合环之间为1.92(3)和0.27(3)°,在两个六元环之间为38.00(4)°。
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(2006).
E类
62
,
电话:2646-o2647
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1,2-二氢苯并环丁烯-4-羧酸
Z.-Q.冯
,
B.徐
,
程伟
和
J.-T.王
在标题化合物的分子量中,C
9
H(H)
8
O(运行)
2
,苯并环丁烯体系几乎是平面的。
在晶体结构中,分子间O-H
O氢键将分子沿着
c(c)
轴。
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,
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正常开放
接近
2-苄基磺胺基-3-(2,2,2-三氟乙氧基)吡啶
Z.-Q.冯
,
X.-L.杨
,
Y.-F.叶
和
T·东
标题化合物C
14
H(H)
12
F类
三
NOS是由2-氯-3-(2,2,2-三氟乙氧基)吡啶和苯基甲烷硫醇反应合成的。
芳香环之间的二面角为76.7(2)°。
在晶体结构中,吡啶环的反转相关对之间的弱芳香族π–π堆积[质心到质心的分离=3.776(2)Au]可能有助于建立填充。
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66
,
o3163号
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正常开放
接近
中尺度的
-2,5-二溴己二酸二甲酯
冯志军
,
Y.-F.叶
,
X.-L.杨
,
T·东
和
王海清(H.-Q.Wang)
标题化合物C
8
H(H)
12
溴
2
O(运行)
4
位于中心C-C键中点的反转晶体中心。
后者也适用于观察
中尺度的
分子内没有氢键,但分子间的C-H连接着分子
相互作用,形成三维网络。
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,
o366号
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2-氯-5-(氯甲基)吡啶
Z.-Q.冯
,
X.-L.杨
,
Y.-F.叶
,
王海清(H.-Q.Wang)
和
L.-Y.郝
标题化合物C
6
H(H)
5
氯
2
N、 几乎是平面的,除5-氯甲基Cl原子外,所有原子的均方根误差为0.0146º。
偏移的Cl原子位于该平面上方,Cl-C-C角为111.11(17)°。
在晶体中,分子是相连的
通过
分子间C-H
N氢键,形成二聚体。
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66
,
o3119号
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2-[(4-溴苯胺基)亚甲基]丙二酸二乙酯
Z.-Q.冯
,
X.-L.杨
,
Y.-F.叶
,
T.董
和
王海清(H.-Q.Wang)
在标题化合物中,C
14
H(H)
16
溴化氮
4
,分子间C-H
O氢键连接分子,形成稳定的结构。
分子内N-H
氢键导致六元环的形成,并有助于建立几乎是平面的分子构象,r.m.s偏差为0.0842。
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