一种与胃癌患者预后相关的三lncRNA表达特征

最近的科学证据表明，长非编码RNA（lncRNA）作为竞争性内源性RNA（ceRNAs）的重要成员，在肿瘤发生中发挥着重要作用。癌症基因组图谱（TCGA）数据集中免费提供数百个RNA序列数据和相关临床信息。然而，肿瘤相关lncRNA在乳头状甲状腺癌（PTC）中的作用尚不完全清楚。在本研究中，我们从TCGA中鉴定了461个RNA测序数据。随后，选择45个lncRNA、21个miRNA和78个mRNA来构建PTC的ceRNA网络。然后，我们分析了这45种PTC特异性lncRNA与临床特征和患者预后之间的相关性。其中37个lncRNA与年龄、种族、性别、淋巴结转移、TNM分期系统和患者预后密切相关。此外，其中三项与PTC患者的总生存率有关。最后，我们随机选择了8个lncRNA，并对28例新诊断的PTC患者进行定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR），以验证上述结果的可靠性。qRT‐PCR的结果与生物信息学分析完全一致。此外，还发现HAND2‐AS1与肿瘤大小呈负相关（P<0.05）。结果与TCGA中的生物信息学分析一致。总之，我们鉴定了差异表达的lncRNA并构建了PTC-ceRNA网络。该研究为我们理解lncRNA在PTC发展中的作用提供了新的视角和补充，并揭示了PTC潜在的诊断和预后标记物。

本研究旨在研究长非编码RNA肿瘤易感性候选基因9（CASC9）对阿霉素耐药乳腺癌的影响，并揭示潜在的潜在机制。通过逆转录定量聚合酶链反应检测CASC9在乳腺癌组织和细胞系以及耐药乳腺癌细胞（MCF‑7/DOX）中的表达。随后，用沉默载体pS‑CASC9转染MCF‑7/DOX细胞，该载体含有齐斯特同源物增强子2（EZH2）、多药耐药蛋白1（MDR1）或对照小干扰（si）RNA。通过MTT法、流式细胞术和Transwell法分别评估转染细胞的生存能力、凋亡、迁移和侵袭。通过western blotting检测凋亡相关蛋白（凋亡调节因子Bcl-2、凋亡调节因子BAX、caspase‑3和caspase鄄9）的表达水平。进行RNA下拉分析以确定CASC9结合候选。此外，还检测了MDR1基因及其编码蛋白P‑糖蛋白的表达水平。乳腺癌组织和细胞系以及耐药乳腺癌细胞中CASC9表达上调。CASC9敲除显著抑制耐药乳腺癌细胞的生长和转移，并降低MCF‑7/DOX细胞的半数最大抑制浓度DOX。RNA下拉分析显示CASC9与EZH2结合；EZH2 siRNA显著抑制MCF‑7/DOX细胞的生长、转移和耐药性。此外，EZH2可能调节MDR1基因。本研究通过与EZH2结合并调节MDR1基因，证明CASC9在耐药乳腺癌中的致癌作用。调控CASC9的表达可能是治疗乳腺癌和耐药乳腺癌的一个有希望的靶点。

背景。许多研究表明，长非编码RNA（long noncoding RNAs，lncRNA）与各种肿瘤的发生发展密切相关，并有可能成为预后标志物。此外，肝硬化是肝癌患者预后的重要危险因素。一些研究报告称，lncRNA相关预后模型已被用于预测肝细胞癌（HCC）患者的总生存率（OS）和无复发生存率（RFS）。然而，没有人仅在肝硬化HCC患者中构建预后lncRNA模型。因此，有必要筛选新的潜在lncRNA标记物，以改善肝硬化HCC患者的预后。方法。对来自基因表达总览（GEO）的探针表达谱数据集（GSE14520-GPL3921）进行重新标记，其中包括204例肝硬化HCC样本，并获得lncRNA和mRNA表达数据集。患者被随机分配到训练集（n=103）和测试集（n=100）。应用单变量cox回归和最小绝对收缩选择算子（LASSO）模型筛选训练集中与肝硬化HCC OS相关的lncRNA。然后选择与OS有显著相关性的lncRNA，并采用多元Cox回归模型构建预后评分模型。同时确定该模型是否与训练集中的RFS相关。测试集用于验证lncRNA风险评分模型。基于lncRNA特征的风险评分用于不同临床特征的分层分析，以测试其预后表现。通过lncRNA-mRNA的共表达矩阵鉴定预后lncRNA相关蛋白基因，并通过富集这些共表达基因预测这些lncRNAs的功能。结果。签名由四个lncRNA组成：AC093797.1、POLR2J4、AL121748.1和AL162231.4。该风险模型与训练队列中肝硬化HCC的OS密切相关，危险比（HR）为3.650（95%CI:1.761-7.566），log-rank P值为0.0002。此外，该模型在训练集中对RFS也显示出良好的预后意义（HR:2.392，95%CI:1.374-4.164，logrank P=0.0015）。在测试集中验证了四lncRNA模型对OS和RFS的预测性能。此外，分层分析结果显示，四lncRNA模型是预测临床特征患者OS和RFS的独立因素，如TNM（肿瘤、淋巴结、转移系统）Ⅰ-Ⅱ期、巴塞罗那临床肝癌（BCLC）0-A期、，训练集和测试集中的孤立肿瘤。功能预测结果表明，四种lncRNA可能参与肝硬化HCC的多种代谢过程，如氨基酸、脂质和葡萄糖代谢。