提高数据质量并使用EThcD保存HCD生成的报告离子，用于等压标记定量蛋白质组学和全蛋白PTM研究

完整糖肽的系统范围的位点特异性分析对于理解蛋白质糖基化的确切功能相关性至关重要。为了揭示复杂生物系统中的特定糖基化改变模式，必须有一个能够以特定位置和高通量的方式同时表征和量化完整糖肽的专用工作流。在本研究中，建立了一个增强的、专门的、大规模的特定位点定量N-糖组学工作流程，其中包括使用过滤辅助样品制备（FASP）方法改进膜结合糖蛋白的特异性提取，使用顺序亲水相互作用液相色谱（HILIC）和多凝集素亲和力（MLA）富集增强N-糖肽的富集，EThcD实现的位点特异性N-糖肽表征，利用等压N，N-二甲基亮氨酸（DiLeu）进行相对定量标签和Byonic基于FDR的自动化大规模数据分析。我们的研究首次表明，HILIC在很大程度上补充了MLA的富集，在完整的N-糖肽富集中只有20%的重叠。当将所开发的工作流程应用于PANC1细胞中的位点特异性N-糖组研究时，我们能够从205个糖蛋白中识别1067个完整的N-糖肽，代表311个糖基化位点和88个聚糖组成。我们进一步应用该方法研究PKM2敲除细胞与亲代乳腺癌细胞的糖基化变化，发现不同类型聚糖的N-糖蛋白/N-糖肽模式发生改变，糖基化微观异质性差异很大。为了获得更全面的糖蛋白变化图，还分析了PNGase F治疗后的N-糖肽。共对484个脱糖基肽进行了量化，其中来自70个糖蛋白的81个脱糖肽显示出显著变化。KEGG通路分析显示PI3K/Akt信号通路高度富集，这为之前PKM2击倒癌细胞依赖Akt激活生存的研究提供了证据。由于糖基化是最重要的信号调节剂之一，我们的结果提供了额外的证据，表明信号通路受到代谢的密切调控。

内质网中的Nε-赖氨酸乙酰化是质量控制机器的重要组成部分。内质网乙酰化由膜转运蛋白AT-1/SLC33A1和两种乙酰转移酶ATase1和ATase2确保，前者将胞浆乙酰辅酶a转移到内质网腔中，后者将内质网腔内新生多肽乙酰化。由基因突变或重复事件引起的AT-1功能失调会导致严重的疾病表型。在这里，我们使用了两种AT-1失调模型来研究分泌途径的动力学：AT-1 sTg，一种系统性AT-1过度表达模型，和AT-1S113R/+，一种AT-1单倍体不足模型。动物表现出ER、ERGIC和高尔基体的重组。特别是，AT-1 sTg动物表现出高尔基体对质膜蛋白转运的显著延迟，基于高尔基体的N-聚糖修饰的显著改变，以及溶酶体网络的显著扩张。我们的研究结果表明，AT-1对于维持分泌途径的适当组织和参与至关重要。

2019年第一例冠状病毒病（COVID-19）在全球范围内引发了巨大的健康危机和不可估量的损害。迫切需要了解如何治愈这种疾病。新出现的该病毒的免疫逃逸突变体表明，它可能会像流感病毒一样在人类社会中持续存在，成为一种常见的健康威胁。因此，必须确定适当的生物标记物来指示病理和生理状态，更重要的是，临床结果。蛋白质是生命功能的执行者，其丰度和修饰状态可以直接反映免疫状态。蛋白质糖基化在调节蛋白质功能中起着重要作用。在SARS、寨卡病毒、流感等的研究中，使用未修饰和糖基化蛋白质作为生物标记物也被证明是可行的。近年来，由于质谱学的发展，基于质谱的糖组学以及蛋白质组学方法取得了显著进步。我们重点关注基于质谱的新冠肺炎生物标志物研究策略的当前发展。还讨论了糖蛋白质组学方法的潜在应用和生物标志物鉴定中的挑战。