中国野生鸟类分离的两种新城疫病毒的系统发育特征和毒力

进行持续监测以阐明天然宿主在新城疫病毒（NDV）生态学中的作用。在本研究中，对从一只无症状鸽子分离的NDV株进行了测序和分析。结果表明，该分离物全长基因组为15198个核苷酸，基因序列为3'-NP-P-M-F-HN-L-5'。该NDV分离物具有透镜原性，脑内致病性指数为0.00，平均死亡时间超过148小时。该分离物在F蛋白裂解位点具有-（112）E-R-Q-E-R-L（117）基序。此外，在融合蛋白（F）和血凝素-神经氨酸酶蛋白（HN）的功能域中分别鉴定出7个和13个氨基酸替换。对F蛋白和HN蛋白中和表位的氨基酸分析表明，分离物中分别有3个和10个氨基酸替换。系统发育分析将该分离物分为I类基因型Ib。该分离物与2005年至2013年从中国南部和东部地区野生鸟类和水禽分离的NDV毒株具有高度同源性。据我们所知，本研究首次报道了一株从鸽子中分离出的NDV毒株，该毒株属于I类的Ib基因型，而不是传统的VI基因型或II类的其他亚基因型。这项研究为阐明I类病毒的分布和进化提供了信息，以进一步预防NDV。

新城疫病毒（NDV）是一种高传染性疾病，一直困扰着全球家禽业。印度最近疫情中流行的NDV的性质和分子流行病学尚不清楚。本研究旨在利用全基因组测序和生物病理分型来表征印度接种疫苗的禽类中流行的NDV。从印度不同地区爆发的疫情中收集到12株现场分离株，根据其脑内致病性指数（ICPI）和F蛋白裂解位点的氨基酸序列，其特征为快速致病。使用Ion Torrent PGM技术对所有12个现场分离株和5个常用疫苗株进行全基因组测序，获得10个现场分离物和所有疫苗株的完整基因组序列。所有分离物的基因组长度均为15 192 nt，在APMV-I病毒的多种基因组特征中具有高度的保守性。系统发育分析和进化距离计算将这些菌株分为基因型II、IV和XIII。回顾最近报道的其他菌株，提供了基因型VI、VII和XVIII在印度流行的初步证据。现场和疫苗病毒序列的比较显示，F和血凝素-神经氨酸酶（HN）基因的重要抗原区域存在独特的基因组和氨基酸差异，可作为定点突变的靶点，以评估这些替换对病毒致病性的影响。这项研究强调了通过系统保护试验评估当前疫苗的要求，以确定对现场分离株的保护效力。

禽副粘病毒（APMV）已从世界各地的多种鸟类中报告。禽副粘病毒因其巨大的死亡率和发病率而在经济上具有重要意义。迄今为止，已有12种不同血清型的禽副黏病毒报告。禽副粘病毒属于副粘病毒科Avulavirus属。新城疫病毒（APMV-1）是APMV血清型中最具特征的成员。最近公布了所有12种APMV血清型的完整基因组序列。近年来，APMV-1因其溶瘤活性及其作为动物和人类疫苗载体的用途而吸引了病毒学家。基于APMV的重组疫苗由于其重组频率最低、转录的模块化性质以及复制过程中缺乏DNA相，为构建减毒活疫苗提供了一种合适的选择。尽管关于其他APMV血清型的数据不足，但由于现代分子生物学工具的可用性和高通量全基因组测序，我们对APMV生物学的理解正在迅速扩展。