BuD，一个用于基因组修饰的螺旋-环-螺旋DNA结合域

黄单胞菌的转录激活物样效应器（TALE）是具有前所未有的靶向特异性的可编程DNA结合蛋白。TALE重复序列之间的有限序列变异阻碍了对TALE重复结构和功能的比较研究。从青枯菌（Ralstonia solanacearum，RipTALs）和伯克霍尔德菌（Burkholderia rhizoxinica，Bats）中发现了更多的双向TALE样蛋白，但RipTAL和Bat重复序列与DNA结合残基周围的TALE重复序列是保守的。我们研究了两种新的海洋生物TALE样蛋白（MOrTL1和MOrTL2），这是迄今为止第一个非陆地来源的蛋白质。我们已经评估了它们的DNA结合特性并模拟了重复结构。我们发现，尽管TALE重复序列的相似性较低，并且BSR周围有新的残基，但这些蛋白质的重复序列介导序列特异性DNA结合符合TALE编码。然而，MOrTL1重复序列比MOrTL2重复序列显示出更强的序列辨别能力。序列比对表明，所有TALE-like蛋白的重复序列之间只有三个残基保守，包括这两个新添加的蛋白。这一保守的基序可能被证明是未来TALE样基因的有用标识符。此外，将MOrTL重复序列与其他TALE类重复序列进行比较，表明TALE、RipTAL和蝙蝠的共同进化起源。

提出了一种通用的方法来表征潜在不规则螺旋的螺旋特性，例如在蛋白质二级和三级结构以及核酸中发现的螺旋。使用具有不同数量的点、每个螺旋匝的点、螺距和半径的人工螺旋验证了该方法。通过对这些螺旋的坐标施加越来越多的随机扰动来验证该方法的灵敏度；共评估399360个螺旋。此外，还分析了蛋白质二级结构元素和核酸螺旋的螺旋参数。通常，使用我们的方法重述螺旋线的参数需要至少七个点。该方法还可用于计算核酸结合蛋白（如TALE）的螺旋参数，从而能够直接分析其螺旋互补性对序列依赖性DNA畸变的影响。

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