用稀疏密度表示法自动识别晶体配体

X射线结晶学提供了最准确的蛋白质-配体结构模型。这些模型是许多计算方法的基础，包括结构预测、分子建模和基于结构的药物设计。这些计算方法的成功最终取决于潜在蛋白质-配体模型的质量。X射线晶体学提供了一种将实验数据与蛋白质-配体模型联系起来的清晰数学形式的无可比拟的优势。在X射线晶体学中，主要的实验证据是形成晶体的分子的电子密度。生成精确晶体学模型的第一步是解释晶体的电子密度，通常通过构建原子模型来实现。然后必须验证原子模型是否适合实验电子密度，以及是否符合立体化学的先前预期。由于初级衍射数据的强制性沉积，蛋白质-配体模型的严格验证成为可能，现在有许多计算工具可用于帮助验证过程。蛋白质-配体复合物的验证揭示了一些对配体密度过于敏感的解释。本文讨论了蛋白质-配体质量验证的基本概念和指标，并重点介绍了协助这一过程的软件工具。终端用户必须选择高质量的蛋白质-配体模型进行计算和生物研究，我们将概述如何实现这一点。

平均而言，母液或溶剂及其成分约占大分子晶体的50%。有序和无序的溶剂组分需要在建模和精炼中准确解释，通常具有相当大的复杂性。

世界蛋白质数据库（wwPDB）中的糖蛋白和蛋白质-碳水化合物复合物可以为糖学家提供极好的信息来源。不幸的是，在这些3D结构的聚糖部分发现了相当多的错误和不一致。本综述说明了wwPDB条目中碳水化合物部分的常见问题，如命名问题、不正确的N-聚糖核心结构、缺失或错误的连接或聚糖几何结构不良，并描述了设计用于识别此类问题的碳水化合物特定验证工具。还提出了如何避免这些问题或如何纠正不正确结构的建议。