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利用分子网络进行微生物次级代谢产物生物勘探。

代谢物|2016

海洋是一种尚未研究的细菌分离资源,有可能产生新的次生代谢物。特别是,众所周知,放线菌能产生具有广泛生物活性的化学多样性代谢物。本研究对苏格兰和南极沉积物中的孢子形成细菌进行了表征,以评估隔离位置对次级代谢产物生成的影响。由于采用了选择性分离方法,所有85个菌株均属于厚壁菌属和放线菌属,大多数菌株属于芽孢杆菌属和链霉菌属。根据形态学,选择了38个菌株进行化学研究。基于发酵提取物化学特征的分子网络(HR-MS/MS)用于比较复杂代谢物提取物。结果表明,40%和42%的母体离子分别由南极和苏格兰分离的细菌产生,这些位置之间只有8%的网络代谢物被共享,这意味着生物地理学对次生代谢物的产生具有高度影响。由此产生的分子网络包含3500多个母体离子,质量范围为m/z 149-2558,说明产生了丰富的代谢物。此外,七种发酵提取物显示出对结肠上皮腺癌细胞的生物活性,证明了从这些研究不足的位置发现新的生物活性化合物的潜力。

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相关补助金

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这是我们在本出版物中找到的工具和资源的列表。


Cytoscape(工具)

注册登记号:SCR_003032

用于复杂网络分析和可视化的软件平台。用于可视化分子相互作用网络和生物途径,并将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数据集成。

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慷慨(工具)

RRID:SCR_010519

用于序列比对、组装和分析的软件包。用于组织和分析序列数据的集成和可扩展桌面软件平台。包含分子生物学和序列分析工具的生物信息学软件平台。

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MZmine(工具)

RRID:SCR_012040

质谱数据处理软件,主要关注LC-MS数据。

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ProteoWizard(工具)

RRID:SCR_012056

通过提供一个健壮的、可插入的开发框架来简化和统一数据文件访问,并执行标准蛋白质组学和LCMS数据集计算,从而实现快速工具创建的软件。

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Thermo Xcalibur(工具)

RRID:SCR_014593

主要通过Xcalibur系统采集和处理数据集的软件。

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Hs27(工具)

RRID:CVCL_0335

细胞系Hs27是一种起源于人类的有限细胞系

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Caco-2(工具)

注册登记号:CVCL_0025

细胞系Caco-2是一种起源于人类的癌症细胞系

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