变量上下文（htsjdk 2.8.1 API）

java.lang.Object（java.lang.对象）
- htsjdk.variant.variant上下文。变量上下文

所有实现的接口：

可定位,功能，java.io.可序列化
```
公众阶级变量上下文扩展java.lang.Object实施功能，java.io.Serializable（可串行化）
```
高级概述
VariantContext对象是一个单一的通用类系统，用于表示遗传变异数据，包括：
- 等位基因：表示单个遗传单倍型（A、T、ATC、-）（注意，此处使用空等位基因进行说明；有关如何表示indels，请参见等位基因类）
- 基因型：一个特定基因座上单个命名样本的每条染色体的等位基因分配
- VariantContext：一个抽象类，包含一个基因座和基因型的所有分离等位基因对于在该位点含有等位基因的多个个体
分类系统通过定义分离等位基因来工作，创建代表分离的变体上下文基因座上的信息，以及潜在地创造基因型并将其与环境中的个体联系起来。

所有类都进行了高度验证--调用validate（）如果您修改了它们，那么您可以依赖数据的自我一致性变量上下文手中。该系统有一套丰富的评估员和操纵器例程，以及中更复杂的静态支持例程变量上下文实用程序。

这个变量上下文（和基因型)对象具有属性（支持添加任意键/值对）和过滤（可以表示被视为可疑的变体）。

变量上下文s是动态类型的，因此变量上下文是SNP、Indel或NoVariant取决于关于上下文中等位基因的特性。请参阅有关类型下面的参数。

根据选定的基因型创建子上下文也很容易。

使用变量上下文
默认情况下，VariantContexts是不可变的。为了访问（在您需要的罕见情况下）setter例程，您需要创建可变变量上下文s和突变基因型第条。
一些示例数据
```
Allele A、Aref、T、Tref；Allele del、delRef、ATC、ATCref；
```
10时的A[ref]/T
```
GenomeLoc snpLoc=GenomeLocParser.createGenomeLoc（“chr1”，10，10）；
```
20-23的A/ATC[ref]
```
GenomeLoc delLoc=基因定位解析器.createGenomeLoca（“chr1”，20，22）；
```
//20后立即执行A[ref]/ATC
```
GenomeLoc-insLoc=基因组定位解析器.createGenomeLoc（“chr1”，20，20）；
```
等位基因
请参阅中的文档阿勒类本身
它们是什么？

Alleles可以是reference或non-reference

此处使用的等位基因示例：
```
A=新通道（“A”）；Aref=新Allele（“A”，true）；T=新通道（“T”）；ATC=新通道（“ATC”）；
```
创建变体上下文

手动
下面是引用a的a/T多态性示例：
```
VariantContext vc=新的VariantContext（名称，snpLoc，Arrays.asList（Aref，T））；
```
如果你想创建一个非变异位点，只需输入一个参考等位基因即可
```
VariantContext vc=新的VariantContext（名称，snpLoc，Arrays.asList（Aref））；
```
删除操作同样简单：
```
VariantContext vc=新的VariantContext（name，delLoc，Arrays.asList（ATCref，del））；
```
唯一区别插入和缺失的是哪一个是参考等位基因。插入有一个参考等位基因，该等位基因小于非参考等位蛋白，反之亦然。
```
VariantContext vc=新的VariantContext（“名称”，insLoc，Arrays.asList（delRef，ATC））；
```
将棒和其他数据结构转换为变量上下文秒
您可以使用通用函数将许多常见类型转换为VariantContext：
```
变量上下文适配器。convertToVariantContext（name，myObject）
```
例如，dbSNP和VCF可以作为myObject（我的对象）和a变量上下文与之相对应对象将返回。A类无效的返回值表示该类型尚不受支持。这是最好的以及使用ROD创建上下文的最简单方法。
使用基因型
```
List<Allele>等位基因=数组.asList（Aref，T）；基因型g1=新基因型（Arrays.asList（Aref，Aref），“g1”，10）；基因型g2=新基因型（Arrays.asList（Aref，T），“g2”，10）；基因型g3=新基因型（Arrays.asList（T，T），“g3”，10）；VariantContext vc=新的VariantContext（snpLoc，等位基因，Arrays.asList（g1，g2，g3））；
```
目前，我们有3种基因型，即g1-g3。您可以通过变量上下文:
```
vc.hasGenotypes（）vc.isMonomorphicInSamples（）vc.isPolymorphicInSamples（）vc.getSamples（）.size（）vc.getGenotypes（）vc.getGenotypes（）.get（“g1”）vc.has基因型（“g1”）vc.getCalledChrCount（）vc.getCalledChrCount（区域）vc.getCalledChrCount（T）
```
NO_CALL等位基因
系统允许用户创建基因型携带特殊NO_CALL等位基因一组上下文等位基因，代表基因型中的待定等位基因：
```
基因型g4=新基因型（Arrays.asList（Allele.NO_CALL，Allele.NO_CALL），“NO_DATA_FOR_SAMPLE”，10）；
```
子文本
也很容易获得仅基于基因型子集中数据的子上下文：
```
VariantContext vc12=vc.subContextFromGenotypes（Arrays.asList（g1，g2））；VariantContext vc1=vc.subContextFromGenotypes（Arrays.asList（g1））；
```
完全解码。
目前变量上下文s支持一些字段，尤其是那些存储为任何类型的通用属性。例如，字段AB可能自然是一个浮点数，0.51，但当它读入VC时未解码为Java表示，但保留为字符串“0.51”。A完全已解码变量上下文所有值都已转换为相应的Java对象类型，基于VCF标头。这个完全解码（…）方法获取头对象并创建一个新的完全解码变量上下文其中所有字段都转换为其真正的java表示。这个VCBuilder（VCBuilder）可以得知所有字段都已完全解码，在这种情况下，当请求VC的完全解码版本。
另请参阅：

序列化形式

嵌套类摘要

内部类
修改器和类型类别和说明

静态类 变量上下文。类型

静态类 变量上下文。验证

内部类
修改器和类型	类别和说明
`静态类`	`变量上下文。类型`
`静态类`	`变量上下文。验证`

现场总结

领域
修改器和类型	字段和说明
`受保护的java.util。列表<阿勒>`	`等位基因` 在这种情况下分离的一组等位基因
`受保护的CommonInfo（通用信息）`	`commonInfo（通用信息）`
`受保护的java.lang.String`	`康蒂格` 此VariantContext的位置
`受保护的int[]`	`基因型计数` 此上下文中每种可能的基因型类型的计数
`受保护的基因型上下文`	`基因型` 从sampleName->基因型对象映射与此上下文相关的所有基因型
`静止的基因型上下文`	`无基因型`
`静态双绞线`	`NO_LOG10_错误`
`静态java.util。设置<java.lang.String>`	`通道过滤器`
`静态长`	`串行版本UID`
`长保护`	`开始`
`长保护`	`停止`
`受保护的变量上下文。类型`	`类型` 此上下文的类型（出于性能原因而缓存）

构造方法摘要

建造师
修饰符	施工单位及说明
`受保护的`	`变量上下文（java.lang.String源代码，java.lang.String ID，java.lang.String控件，长期启动，长停，java.util（实用程序）。收藏<阿勒>等位基因，基因型上下文基因型，双对数10P错误，java.util（实用程序）。设置<java.lang.String>过滤器，java.util（实用程序）。映射<java.lang.String、java.lang.Object>属性，布尔完全解码，java.util（实用程序）。枚举集<变量上下文。验证>验证以执行）` 实际的构造函数。
`受保护的`	`变量上下文(变量上下文其他）` 复制构造函数

方法总结

所有方法静态方法实例方法混凝土方法
修改器和类型	方法和说明
`java.util（实用程序）。列表<java.lang.String>`	`calcVCFGenotype键(VCF引线标题）`
`布尔值`	`空ID()`
`空隙`	`extraStrict验证(阿勒报告参考，阿勒观察到的参考，java.util（实用程序）。设置＜java.lang.String＞rsID）` 对Variant Context对象运行所有超标准验证测试
`布尔值`	`过滤器WereApplied()`
`变量上下文`	`完全解码(VCF引线收割台，布尔宽松解码）` 返回与此等效的VC，但其中所有字段都已完全解码有关完全解码的信息，请参阅VariantContext文档
`阿勒`	`getAllele公司（字节[]等位基因）`
`阿勒`	`getAllele公司（java.lang.String等位基因）`
`整数`	`获取通道索引(阿勒等位基因）` 在这个变量上下文中查找等位基因索引
`java.util（实用程序）。列表<java.lang.Integer>`	`获取通道索引（java.util.Collection）<阿勒>等位基因）` 返回等位基因中每个等位基因的等位基因指数#getAlleleIndex
`java.util（实用程序）。列表<阿勒>`	`getAlleles公司()` 获取等位基因。
`阿勒`	`获取具有最高通道数的备选通道()`
`阿勒`	`获取备选通道（整数i）`
`java.util（实用程序）。列表<阿勒>`	`获取备选通道()` 获取替代等位基因。
`java.lang.Object（java.lang.对象）`	`获取属性（java.lang.String键）`
`java.lang.Object（java.lang.对象）`	`获取属性（java.lang.String键，java.lang.Object默认值）`
`布尔值`	`获取属性为布尔值（java.lang.String键，布尔默认值）`
`双重的`	`获取属性为双精度（java.lang.String键，双默认值）`
`java.util（实用程序）。列表<java.lang.Double>`	`获取属性为双重列表（java.lang.String键，双默认值）`
`整数`	`获取属性作为Int（java.lang.String键，int defaultValue）`
`java.util（实用程序）。列表<java.lang.Integer>`	`获取属性作为IntList（java.lang.String键，int defaultValue）`
`java.util（实用程序）。列表<java.lang.Object>`	`获取属性作为列表（java.lang.String键）` 如果找不到键，则返回值作为空列表，作为java.util。如果值是List或Array，如果只有一个值，则作为Collections.singletonList
`java.lang.String（java.lang.字符串）`	`获取属性字符串（java.lang.String键，java.lang.String默认值）`
`java.util（实用程序）。列表<java.lang.String>`	`获取属性AsStringList（java.lang.String键，java.lang.String默认值）`
`java.util（实用程序）。映射<java.lang.String，java.lang.Object>`	`获取属性()`
`整数`	`获取调用的ChrCount()` 返回基因型中携带任何等位基因的染色体数（即不包括NO_CALLS）
`整数`	`获取调用的ChrCount(阿勒a）` 返回基因型中携带等位基因A的染色体数
`整数`	`获取调用的ChrCount(阿勒a、，java.util（实用程序）。设置<java.lang.String>sampleIds）` 返回基因型中携带等位基因A的染色体数量
`整数`	`获取调用的ChrCount（java.util.Set<java.lang.String>sampleIds）` 返回基因型中携带任何等位基因的染色体数（即不包括NO_CALLS）
`CommonInfo（通用信息）`	`获取通用信息()`
`java.lang.String（java.lang.字符串）`	`获取Contig()` 获取此映射到的contig的contig名称。
`整数`	`获取结束()`
`java.util（实用程序）。设置<java.lang.String>`	`获取筛选器()`
`java.util（实用程序）。设置<java.lang.String>`	`getFilters可能为空()`
`基因型`	`获取基因型（整数）`
`基因型`	`获取基因型（java.lang.String示例）`
`基因型上下文`	`获取基因型()`
`受保护的基因型上下文`	`获取基因型（java.util.Collection<java.lang.String>sampleNames）` 从sampleName->Genotype返回sampleName中每个sampleName的映射。
`基因型上下文`	`获取基因型（java.util.Set<java.lang.String>sampleNames）`
`基因型上下文`	`获取基因型（java.lang.String示例名称）` 从sampleName->Genotype返回与sampleName关联的基因型的映射。
`java.lang.Iterable（java.lang.Interable）<基因型>`	`获取基因类型排序依据（java.lang.Iterable<java.lang.String>sampleOrdering）`
`java.lang.Iterable（java.lang.Interable）<基因型>`	`获取基因类型按名称排序()`
`整数[]`	`获取交替通道的GLIndecesOfAlternate(阿勒目标通道）`
`整数`	`获取热计数()` 基因型特异性功能——基因型中有多少het调用？
`整数`	`获取HomRefCount()` 基因型特异性功能——基因型中有多少hom-ref调用？
`整数`	`获取HomVarCount()` 基因型特异性功能——基因型中有多少hom-var调用？
`java.lang.String（java.lang.字符串）`	`获取ID()`
`java.util（实用程序）。列表<java.lang.Integer>`	`获取索引长度()` 获取替代等位基因的大小（如果它们是插入/删除事件），并返回其大小的列表
`双重的`	`获取日志10P错误()`
`整数`	`获取最大倍数（int defaultPloidy）` 返回此VC中所有样本的最大倍性，如果没有基因型，则返回默认值这个函数是缓存的，所以它只在第一次调用时很昂贵
`整数`	`获取混合计数()` 基因型特异性功能——基因型中有多少混合调用？
`整数`	`获取NAlleles()`
`整数`	`获取NoCallCount()` 基因型特异性功能——基因型中有多少无细胞？
`整数`	`获取N样本()`
`双重的`	`获取PhredScaledQual()`
`阿勒`	`获取参考()`
`java.util（实用程序）。设置<java.lang.String>`	`获取示例名称()`
`java.util（实用程序）。列表<java.lang.String>`	`获取样本名称按名称排序()`
`java.lang.String（java.lang.字符串）`	`获取源代码()`
`整数`	`获取开始()`
`结构变体类型`	`获取结构变量类型()` 搜索INFO=SVTYPE并返回结构变量的类型
`变量上下文。类型`	`获取类型()` 通过检查其包含的等位基因来确定（如果需要）并返回此变体的类型。
`布尔值`	`hasAllele公司(阿勒等位基因）`
`布尔值`	`hasAllele公司(阿勒等位基因，布尔ignoreRefState）`
`布尔值`	`有Alternate Allele(阿勒等位基因）`
`布尔值`	`有Alternate Allele(阿勒等位基因，布尔ignoreRefState）`
`布尔值`	`hasAttribute（hasAttribute）（java.lang.String键）`
`布尔值`	`has基因型（java.lang.String示例）`
`布尔值`	`有基因型()`
`布尔值`	`有基因型（java.util.Collection<java.lang.String>sampleNames）`
`布尔值`	`hasID（哈斯ID）()`
`布尔值`	`hasLog10P错误()`
`布尔值`	`拥有相同的AllelessAs(变量上下文其他）`
`布尔值`	`具有相同的替代AllelesAs(变量上下文其他）`
`布尔值`	`有符号通道()`
`静态布尔值`	`有符号通道（java.util.List）<阿勒>等位基因）`
`布尔值`	`是双等位基因()`
`布尔值`	`isComplexIndel（复杂索引）()`
`布尔值`	`已筛选()`
`布尔值`	`已完全解码()` 有关完全解码的信息，请参阅VariantContext文档
`布尔值`	`是索引()` indels的简便方法
`布尔值`	`是混合的()` indels的简便方法
`布尔值`	`isMNP公司()`
`布尔值`	`样本中的同态()` 基因型特异功能——基因型是否为单态w.r.t。
`布尔值`	`未筛选()`
`布尔值`	`isPoint事件()` 点事件的简便方法
`布尔值`	`是多态InSamples()` 基因型特异功能——基因型是否具有多态性。
`布尔值`	`是简单删除()`
`布尔值`	`是简单索引()`
`布尔值`	`简单插入()`
`布尔值`	`是SNP()` SNP的简便方法
`布尔值`	`isStructuralIndel（结构索引）()`
`布尔值`	`是象征性的()`
`布尔值`	`isSymbolicOrSV()`
`布尔值`	`是变体()` 变体的便利方法
`变量上下文`	`来自示例的子上下文（java.lang.String sampleName）`
`变量上下文`	`来自示例的子上下文（java.util.Set<java.lang.String>sampleNames）`
`变量上下文`	`来自示例的子上下文（java.util.Set<java.lang.String>sampleNames，布尔重新驱动AllelesFromGenotypes）` 此方法可细分为一组样本。
`java.lang.String（java.lang.字符串）`	`toString（字符串）()`
`java.lang.String（java.lang.字符串）`	`到字符串解码基因类型()`
`java.lang.String（java.lang.字符串）`	`无基因型字符串()`
`空隙`	`validateAlternate通道()`
`空隙`	`验证染色体计数()`
`空隙`	`validateReferenceBases（验证参考基础）(阿勒报告参考，阿勒观察到的参考）`
`空隙`	`验证RSID（java.util.Set<java.lang.String>rsID）`

从类java.lang.Object继承的方法
clone，equals，finalize，getClass，hashCode，notify，notifyAll，wait，wait

从接口htsjdk.tribble继承的方法。功能
获取更改

- 字段详细信息
  - 串行版本UID
```
公共静态最终长序列VersionUID
```
    另请参阅：
    
    常量字段值
  - commonInfo（通用信息）
```
受保护的通用信息commonInfo（通用信息）
```
  - NO_LOG10_错误
```
公共静态最终双精度NO_LOG10_PERROR
```
    另请参阅：
    
    恒定字段值
  - 通道过滤器
```
公共静态最终java.util。设置<java.lang.String>PASSES_FILTERS
```
  - 康蒂格
```
受保护的最终java.lang.String contig
```
    此VariantContext的位置
  - 开始
```
受保护的最终长启动
```
  - 停止
```
受保护的最终长停
```
  - 类型
```
受保护的变量上下文。类型类型
```
    此上下文的类型（出于性能原因缓存）
  - 等位基因
```
受保护的最终java.util。列表<阿勒>等位基因
```
    在这种情况下分离的一组等位基因
  - 基因型
```
受保护的基因型上下文基因型
```
    从sampleName->基因型对象映射与此上下文相关的所有基因型
  - 基因型计数
```
protected int[]基因型计数
```
    此上下文中每种可能的基因型类型的计数
  - 无基因型（_G）
```
公开静态决赛基因型上下文无基因型（_G）
```
- 建造商详图
  - 变量上下文
```
受保护的变量上下文(变量上下文其他）
```
    复制构造函数
    
    参数：
    
    其他-要复制的VariantContext
  - 变量上下文
```
受保护的VariantContext（java.lang.String源，java.lang.String ID，java.lang.String控件，长期启动，长停，java.util（实用程序）。收藏<阿勒>等位基因，基因型上下文基因型，双对数10P错误，java.util（实用程序）。设置<java.lang.String>过滤器，java.util（实用程序）。映射<java.lang.String、java.lang.Object>属性，布尔完全解码，java.util（实用程序）。枚举集<变量上下文。验证>验证以执行）
```
    实际的构造函数。仅限私人访问
    
    参数：
    
    来源-源
    
    康蒂格-contig公司
    
    开始-起始基地（一个基地）
    
    停止-停止基准（一个基准）
    
    等位基因-等位基因
    
    基因型-基因型图谱
    
    log10P错误-相等
    
    过滤器-过滤器：对未过滤过滤器使用null，对过程过滤器使用空集
    
    属性-属性
    
    验证以执行-要采取的一组验证步骤
- 方法详细信息
  - calcVCFGenotype键
```
公共java.util。列出<java.lang.String>calcVCFGenotypeKeys(VCF引线标题）
```
  - 来自示例的子上下文
```
公众变量上下文subContextFromSamples（java.util.Set＜java.lang.String＞sampleNames，布尔重新驱动AllelesFromGenotypes）
```
    此方法可细分为一组样本。同时，将等位基因返回到样本使用的等位基因，如果redriveAllelesFromGenotypes为真，则全套等位基因在此VC中，作为subContext中的一组等位基因返回，即使有些等位基因不在样本中警告：除非您知道自己在做什么，否则请小心从基因型中重新获得无应答基因
    
    参数：
    
    示例名称-样本名称
    
    从基因型中重新推导无差异基因-如果为true，则将等位基因返回到样本使用的等位基因，默认为true
    
    退货：
    
    新的VariantContext仅用于给定样本
  - 来自示例的子上下文
```
公众变量上下文subContextFromSamples（java.util.Set<java.lang.String>sampleNames）
```
    参数：
    
    示例名称-
    
    退货：
    
    另请参阅：
    
    redriveAllelesFromGenotypes=true
  - 来自示例的子上下文
```
公众变体上下文subContextFromSample（java.lang.String示例名称）
```
  - 获取类型
```
公众变量上下文。类型获取类型（）
```
    通过检查其包含的等位基因来确定（如果需要）并返回此变体的类型。
    
    退货：
    
    此VariantContext的类型
  - 是SNP
```
公共布尔值isSNP（）
```
    SNP的简便方法
    
    退货：
    
    如果这是SNP，则为true，否则为false
  - 是变体
```
公共布尔值isVariant（）
```
    变量的简便方法
    
    退货：
    
    如果这是一个变异等位基因，则为true；如果是参考，则为false
  - isPoint事件
```
公共布尔值isPointEvent（）
```
    点事件的简便方法
    
    退货：
    
    如果这是SNP或ref站点，则为true；如果这是indel或混合事件，则为false
  - 是索引
```
公共布尔值isIndel（）
```
    indels的简便方法
    
    退货：
    
    如果这是indel，则为true，否则为false
  - 简单插入
```
公共布尔值isSimpleInsert（）
```
    退货：
    
    如果等位基因指示简单插入（即参考等位基因为Null），则为true
  - 是简单删除
```
公共布尔值isSimpleDeletion（）
```
    退货：
    
    如果等位基因指示简单缺失（即单个alt等位基因为Null），则为true
  - 是简单索引
```
公共布尔值isSimpleIndel（）
```
    退货：
    
    如果等位基因指示一个简单的indel，则为true，否则为false。
  - isComplexIndel（复杂索引）
```
公共布尔值isComplexIndel（）
```
    退货：
    
    如果等位基因既不是简单的缺失也不是简单的插入，则为真
  - 是象征性的
```
公共布尔值isSymbolic（）
```
  - is结构索引
```
公共布尔值isStructuralIndel（）
```
  - isSymbolicOrSV
```
公共布尔值isSymbolicOrSV（）
```
    退货：
    
    如果变体是符号或大型indel，则为true
  - isMNP公司
```
公共布尔值isMNP（）
```
  - 是混合的
```
公共布尔值isMixed（）
```
    indels的简便方法
    
    退货：
    
    如果这是一个混合变量，则为true，否则为false
  - hasID（哈斯ID）
```
公共布尔值hasID（）
```
  - 空ID
```
公共布尔值emptyID（）
```
  - 获取ID
```
public java.lang.String getID（）
```
  - 获取源代码
```
public java.lang.String getSource（）
```
  - getFilters可能为空
```
公共java.util。设置<java.lang.String>getFiltersMaybeNull（）
```
  - 获取筛选器
```
公共java.util。设置<java.lang.String>getFilters（）
```
  - 已筛选
```
公共布尔值isFiltered（）
```
  - 未筛选
```
公共布尔值isNotFiltered（）
```
  - 过滤器WereApplied
```
公共布尔过滤器WereApplied（）
```
  - hasLog10P错误
```
公共布尔值hasLog10PError（）
```
  - 获取日志10P错误
```
public double getLog10PError（）
```
  - 获取PhredScaledQual
```
public double getPhredScaledQual（）
```
  - 获取属性
```
公共java.util。映射<java.lang.String，java.lang.Object>getAttributes（）
```
  - hasAttribute（hasAttribute）
```
public boolean hasAttribute（java.lang.String键）
```
  - 获取属性
```
公共java.lang.Object getAttribute（java.lang.String键）
```
  - 获取属性
```
public java.lang.Object getAttribute（java.lang.String键，java.lang.Object默认值）
```
  - 获取属性字符串
```
public java.lang.String getAttributeAsString（java.lang_String键，java.lang.String默认值）
```
  - 获取属性作为Int
```
public int getAttributeAsInt（java.lang.String键，int defaultValue）
```
  - 获取属性为双精度
```
public double getAttributeAsDouble（java.lang.String密钥，双默认值）
```
  - 获取属性为布尔值
```
公共布尔型getAttributeAsBoolean（java.lang.String键，布尔默认值）
```
  - 获取属性作为列表
```
公共java.util。列表<java.lang.Object>getAttributeAsList（java.lang.String键）
```
    如果找不到键，则返回值作为空列表，作为java.util。如果值是List或Array，则为List，如果只有一个值，则作为Collections.singletonList
  - 获取属性AsStringList
```
公共java.util。列表<java.lang.String>getAttributeAsStringList（java.lang_String键，java.lang.String默认值）
```
  - 获取属性作为IntList
```
公共java.util。列表<java.lang.Integer>getAttributeAsIntList（java.lang.String键，int defaultValue）
```
  - 获取属性作为双列表
```
公共java.util。列表<java.lang.Double>getAttributeAsDoubleList（java.lang.String键，双重默认值）
```
  - 获取通用信息
```
公众通用信息获取通用信息（）
```
  - 获取参考
```
公众阿勒获取引用（）
```
    退货：
    
    这种情况下的参考等位基因
  - 是双等位基因
```
公共布尔值isBiallelic（）
```
    退货：
    
    如果上下文严格为双等同性，则为true
  - 获取NAlleles
```
公共int getNAlles（）
```
    退货：
    
    在这种情况下分离等位基因的数量
  - 获取最大倍数
```
public int getMaxPloydy（int defaultPloidy）
```
    返回此VC中所有样本的最大倍性，如果没有基因型，则返回默认值这个函数是缓存的，所以它只在第一次调用时很昂贵
    
    参数：
    
    默认倍体-如果所有样本均为空，则为默认倍性
    
    退货：
    
    默认值或最大倍性
  - getAllele公司
```
公众阿勒getAllele（java.lang.String等位基因）
```
    退货：
    
    等位基因与此字符串共享相同的碱基。一种方便的方法；最好使用字节[]
  - getAllele公司
```
公众阿勒getAllele（字节[]等位基因）
```
    退货：
    
    与该字节[]共享相同碱基的等位基因，如果不存在此类等位基因则为空。
  - hasAllele公司
```
公共布尔值hasAllele(阿勒等位基因）
```
    退货：
    
    如果上下文中包含等位基因，则为True，否则为false
  - hasAllele公司
```
公共布尔值hasAllele(阿勒等位基因，布尔ignoreRefState）
```
  - 有Alternate Allele
```
公共布尔值hasAlternateAllele(阿勒等位基因）
```
  - 有Alternate Allele
```
公共布尔值hasAlternateAllele(阿勒等位基因，布尔ignoreRefState）
```
  - getAlleles公司
```
公共java.util。列表<阿勒>获取Alleles（）
```
    获取等位基因。此方法应返回该位置存在的所有等位基因，包括参考等位基因。对等位基因的排序没有任何限制在集合中。如果参考文献不是这种情况下的等位基因，则不包括在内。
    
    退货：
    
    等位基因的集合
  - 获取备选通道
```
公共java.util。列表<阿勒>获取备选通道（）
```
    获取替代等位基因。这种方法应该返回存在于该位置的所有等位基因，不包括参考等位基因。对等位基因的排序没有任何限制在集合中。
    
    退货：
    
    交替等位基因的集合
  - 获取索引长度
```
公共java.util。列表<java.lang.Integer>getIndelLengths（）
```
    获取替代等位基因的大小（如果它们是插入/删除事件），并返回其大小的列表
    
    退货：
    
    indel长度列表（如果不是indel或混合类型，则为null）
  - 获取备选通道
```
公众的阿勒getAlternateAllele（int i）
```
    参数：
    
    我---第i个等位基因（对于包含参考等位基因的n个等位序列，从0到n-2）
    
    退货：
    
    本文中的第i个非参考等位基因
    
    投掷次数：
    
    java.lang.Illegal参数异常-如果我无效
  - 拥有相同的AllelessAs
```
公共布尔值具有SameAllelesAs(变量上下文其他）
```
    参数：
    
    其他-要比较其等位基因的VariantContext
    
    退货：
    
    如果此VariantContext与其他具有相同的等位基因（ref和alts），则为true，无论排序如何。否则返回false。
  - 具有相同的替代AllelesAs
```
公共布尔值hasSameAlternateAllelesAs(变量上下文其他）
```
    参数：
    
    其他-与其替代等位基因进行比较的变量上下文
    
    退货：
    
    如果此VariantContext与其他具有相同的替代等位基因，则为true，无论排序如何。否则返回false。
  - 获取N样本
```
public int getNSamples（）
```
    退货：
    
    上下文中的样本数
  - has基因型
```
公共布尔值hasGenotypes（）
```
    退货：
    
    如果上下文具有相关基因型，则为true
  - 有基因型
```
公共布尔值hasGenotypes（java.util.Collection<java.lang.String>sampleNames）
```
  - 获取基因型
```
公众基因型上下文获取基因类型（）
```
    退货：
    
    与此上下文相关的所有基因型的集合
  - 获取基因类型按名称排序
```
公共java.lang.Iterable<基因型>获取基因类型按名称排序（）
```
  - 获取基因类型排序依据
```
公共java.lang.Iterable<基因型>getGenotypesOrderedBy（java.lang.Iterable<java.lang.String>sampleOrdering）
```
  - 获取基因型
```
公众基因型上下文获取基因型（java.lang.String sampleName）
```
    从sampleName->Genotype返回与sampleName关联的基因型的映射。返回映射与multi-get函数保持一致。
    
    参数：
    
    示例名称-样本名称
    
    退货：
    
    从样本名称到基因型的映射
    
    投掷次数：
    
    java.lang.Illegal参数异常-如果sampleName未绑定到基因型
  - 获取基因型
```
受保护的基因类型上下文getGenotypes（java.util.Collection<java.lang.String>sampleNames）
```
    从sampleName->Genotype返回sampleName中每个sampleName的映射。返回映射以与multi-get函数保持一致。仅为了测试方便
    
    参数：
    
    示例名称-样本名称的唯一列表
    
    退货：
    
    亚组基因型背景
    
    投掷次数：
    
    java.lang.Illegal参数异常-如果sampleName未绑定到基因型
  - 获取基因型
```
公众基因型上下文getGenotypes（java.util.Set＜java.lang.String＞sampleNames）
```
  - 获取示例名称
```
公共java.util。设置<java.lang.String>getSampleNames（）
```
    退货：
    
    此上下文中所有样本名称的集合，未排序
  - 获取样本名称按名称排序
```
公共java.util。列表<java.lang.String>getSampleNamesOrderedByName（）
```
  - 获取基因型
```
公众基因型getGenotype（java.lang.String样本）
```
    参数：
    
    样品-样本名称
    
    退货：
    
    在此上下文中与给定样本相关联的基因型，如果样本不在此上下文中，则为空
  - has基因型
```
public boolean hasGenotype（java.lang.String示例）
```
  - 获取基因型
```
公众基因型获取基因型（int ith）
```
    参数：
    
    第i个-样本索引
    
    退货：
    
    本文中的第i个基因型，如果没有那么多基因型，则为空
  - 获取调用的ChrCount
```
public int getCalledChrCount（）
```
    返回基因型中携带任何等位基因的染色体数（即不包括NO_CALLS）
    
    退货：
    
    染色体计数
  - 获取调用的ChrCount
```
public int getCalledChrCount（java.util.Set<java.lang.String>sampleIds）
```
    返回基因型中携带任何等位基因的染色体数（即不包括NO_CALLS）
    
    参数：
    
    示例ID-要考虑的样本ID。如果为空，则包括所有样本。
    
    退货：
    
    染色体计数
  - 获取调用的ChrCount
```
公共int getCalledChrCount(阿勒a）
```
    返回基因型中携带等位基因A的染色体数
    
    参数：
    
    一-等位基因
    
    退货：
    
    染色体计数
  - 获取调用的ChrCount
```
公共int getCalledChrCount(阿勒a、，java.util（实用程序）。设置<java.lang.String>sampleIds）
```
    返回基因型中携带等位基因A的染色体数
    
    参数：
    
    一-等位基因
    
    示例ID--要考虑的样品ID。如果为空，则包括所有样本。
    
    退货：
    
    染色体计数
  - 样本中的同态
```
公共布尔值isMonomorphicInSamples（）
```
    基因型特异性功能——基因型对在此分离的等位基因是否具有单态性现场？也就是说，在所有基因型中，交替等位基因的数量==0吗？
    
    退货：
    
    如果它是单态的，则为真
  - isPolymorphicIn示例
```
公共布尔值isPolymorphicInSamples（）
```
    基因型特异性功能——基因型对在此分离的等位基因是否具有多态性现场？也就是说，所有基因型中交替等位基因的数量是否大于0？
    
    退货：
    
    如果它是多态的，则为true
  - 获取NoCallCount
```
public int getNoCallCount（）
```
    基因型特异性功能——基因型中有多少无细胞？
    
    退货：
    
    无呼叫次数
  - 获取HomRefCount
```
public int getHomRefCount（）
```
    基因型特异性功能——基因型中有多少hom-ref调用？
    
    退货：
    
    hom-ref调用数
  - 获取热计数
```
公共int getHetCount（）
```
    基因型特异性功能——基因型中有多少het调用？
    
    退货：
    
    het呼叫数
  - 获取HomVarCount
```
public int getHomVarCount（）
```
    基因型特异性功能——基因型中有多少hom-var调用？
    
    退货：
    
    hom-var调用数
  - 获取混合计数
```
public int getMixedCount（）
```
    基因型特异性功能——基因型中有多少混合调用？
    
    退货：
    
    混合呼叫数
  - extraStrict验证
```
公共void extraStrictValidation(阿勒报告参考，阿勒观察到的参考，java.util（实用程序）。设置<java.lang.String>rsID）
```
    对Variant Context对象运行所有超标准验证测试
    
    参数：
    
    reportedReference报告参考-报道的参考等位基因
    
    观察到的参考-观察到的参考等位基因
    
    rsID-真正的dbSNP ID
  - 验证参考依据
```
公共void validateReferenceBases(阿勒报告参考，阿勒观察到的参考）
```
  - 验证RSID
```
public void validateRSID（java.util.Set<java.lang.String>rsID）
```
  - validateAlternate通道
```
公共无效验证AlternateAlleles（）
```
  - 验证染色体计数
```
公共无效验证染色体计数（）
```
  - toString（字符串）
```
public java.lang.String toString（）
```
    覆盖：
    
    toString（字符串）在课堂上java.lang.Object（java.lang.对象）
  - toString解码基因型
```
public java.lang.String to String解码基因类型（）
```
  - 无基因型字符串
```
公共java.lang.String to String WithoutGenotypes（）
```
  - 完全解码
```
公众变量上下文完全解码(VCF引线收割台，布尔宽松解码）
```
    返回与此等效的VC，但其中所有字段都已完全解码有关完全解码的信息，请参阅VariantContext文档
    
    参数：
    
    收割台-包含此VC中所有字段的类型
    
    退货：
    
    此VC的完全解码版本
  - isFully已解码
```
公共布尔值isFullyDecoded（）
```
    有关完全解码的信息，请参阅VariantContext文档
    
    退货：
    
    如果这是完全解码的VC，则为true
  - 获取Contig
```
public java.lang.String getContig（）
```
    从接口复制的描述：可定位
    
    获取此映射到的contig的contig名称。如果没有唯一映射，则可能返回null。
    
    指定人：
    
    获取Contig在接口中可定位
    
    退货：
    
    此映射到的contig的名称，可能为null
  - 获取启动
```
public int getStart（）
```
    指定人：
    
    获取开始在接口中可定位
    
    退货：
    
    基于1的变型启动位置INDEL事件通常在INDEL之前的第一个未更改的引用基上开始警告：请注意，VariantContext的开始位置是根据表示相同生物事件的VariantContexts可能具有不同的起始位置，这取决于它们派生自的vcf文件的细节
  - 获取结束
```
public int getEnd（）
```
    指定人：
    
    获取结束在接口中可定位
    
    退货：
    
    基于1的变型封闭端位置如果指定了END info字段，则返回值，否则结束值为开始+参考等位基因长度-1。对于具有单个替代等位基因的变体上下文，如果该等位基因是插入，则结束位置将位于参考基上插入事件之前。如果单个alt等位基因是缺失的，那么末端将在最终被删除的参考碱基上。
  - 有符号通道
```
公共布尔值hasSymbolicAlleles（）
```
  - 有符号通道
```
公共静态布尔值hasSymbolicAlles（java.util.List<阿勒>等位基因）
```
  - 获取具有最高通道数的备选通道
```
公众阿勒获取具有最高通道数的备选通道（）
```
  - 获取通道索引
```
公共int getAlleleIndex(阿勒等位基因）
```
    在这个变量上下文中查找等位基因索引
    
    参数：
    
    等位基因-我们想要得到其指数的等位基因
    
    退货：
    
    getAlleles（）中的等位基因索引，如果找不到，则为-1
  - 获取通道索引
```
公共java.util。列表<java.lang.Integer>getAlleleIndices（java.util.Collection<阿勒>等位基因）
```
    返回等位基因中每个等位基因的等位基因指数#getAlleleIndex
    
    参数：
    
    等位基因-我们要查找的等位基因
    
    退货：
    
    按顺序列出每个等位基因的指数
  - 获取交替通道的GLIndecesOfAlternate
```
public int[]getGLIndecesOfAlternateAllele(阿勒目标通道）
```
  - 获取结构变量类型
```
公众结构变量类型获取结构变量类型（）
```
    搜索INFO=SVTYPE并返回结构变量的类型
    
    退货：
    
    如果没有属性SVTYPE，则StructureVariantType为null

类变量上下文

高级概述

使用变量上下文

一些示例数据

等位基因

它们是什么？

创建变体上下文

手动

将棒和其他数据结构转换为变量上下文秒

使用基因型

NO_CALL等位基因

子文本

完全解码。

嵌套类摘要

现场总结

构造方法摘要

方法总结

从类java.lang.Object继承的方法

从接口htsjdk.tribble继承的方法。功能

字段详细信息

串行版本UID

commonInfo（通用信息）

NO_LOG10_错误

通道过滤器

康蒂格

开始

停止

类型

等位基因

基因型

基因型计数

无基因型（_G）

建造商详图

变量上下文

变量上下文

方法详细信息

calcVCFGenotype键

来自示例的子上下文

来自示例的子上下文

来自示例的子上下文

获取类型

是SNP

是变体

isPoint事件

是索引

简单插入

是简单删除

是简单索引

isComplexIndel（复杂索引）

是象征性的

is结构索引

isSymbolicOrSV

isMNP公司

是混合的

hasID（哈斯ID）

空ID

获取ID

获取源代码

getFilters可能为空

获取筛选器

已筛选

未筛选

过滤器WereApplied

hasLog10P错误

获取日志10P错误

获取PhredScaledQual

获取属性

hasAttribute（hasAttribute）

获取属性

获取属性

获取属性字符串

获取属性作为Int

获取属性为双精度

获取属性为布尔值

获取属性作为列表

获取属性AsStringList

获取属性作为IntList

获取属性作为双列表

获取通用信息

获取参考

将棒和其他数据结构转换为`变量上下文`秒