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The purpose of the叶肉的该软件包允许用户将生物体的轮廓添加到以R和ggplot2。为此,它使用了通过PhyloPic网站.

叶肉的最初由开发和维护斯科特·张伯伦从1.0.0版开始,该包现在由开发和维护威廉·吉尔蒂刘易斯·琼斯来自Palaeoverse团队.

安装

的稳定版本叶肉的可以使用以下工具从CRAN安装:

安装.包(“植物的”)

的开发版本叶肉的可以使用以下工具通过GitHub安装:

安装.包(“遥控器”)
遥控器::安装github(“古宇宙/地貌”)

它是如何工作的?

获取图像uuid

#负载rphylopic
图书馆(叶肉的)
#获取一个物种的单个图像uuid
乌伊德 <- 获取uuid(名称= “犬狼疮”,个= 1)
#获取uuid的图像
国际货币基金组织 <- 获取(P)(乌伊德= 乌伊德)
#但每个物种可以有多个轮廓。。。
乌伊德 <- 获取uuid(名称= “犬狼疮”,个= 5)

选择图像

#我该怎么挑选?!
#如果看不到图像本身就很难,让我们使用:
国际货币基金组织 <- pick_phylopic(pick_phylopic)(名称= “犬狼疮”,个= 5)

打印图像

基准R

#好了,现在我们得到了想要的图像。。。让我们把它加到一个情节中!
情节(x个= 1,年= 1,类型= “n”)
添加基本类(国际货币基金组织= 国际货币基金组织,x个= 1.25,年= 1.25,大小= 0.25)

#但我们不能直接使用uuid添加图像吗?当然!
乌伊德 <- 获取uuid(名称= “犬狼疮”,个= 1)
添加基本类(乌伊德= 乌伊德,x个= 1,年= 1,大小= 0.25)

#只使用链接到名称的第一个图像怎么样?一定地!
添加基本类(名称= “犬狼疮”,x个= 0.75,年= 0.75,大小= 0.25)

#黑色有点无聊吗?好 啊。。。
添加基本类(名称= “犬狼疮”,x个= 0.75,年= 1.25,尺寸= 0.25,颜色= “橙色”)

ggplot2

#所有这些功能都可用于ggplot2。。。
#但我们使用add_phylopic和geom_phylobic!
图书馆(ggplot2)
#获取图像
乌伊德 <- 获取uuid(名称= “虹膜”,个= 1)
国际货币基金组织 <- 获取植物(乌伊德= 乌伊德)
#在情节后面放一个剪影
ggplot图(虹膜) +
  添加植物(_P)(x个= 6.1,年= 3.2,img= 国际货币基金组织,阿尔法= 0.2) +
  地理点(原子发射光谱(x个= 萼片。长度,年= 萼片。宽度))
  
#将轮廓绘制为点!
ggplot图(虹膜) + 
  地质学的(原子发射光谱(x个= 萼片。长度,年= 萼片。宽度),img= 国际货币基金组织,
颜色= “紫色”,大小= 0.25)

获取属性

#PhyloPic有很多贡献者,我们应该承认
#他们的工作。您可以使用get_attribution获取有关图像的数据

#获取有效的uuid
乌伊德 <- 获取uuid(名称= “Nycticebus”)
#获取uuid的属性数据
获取属性(_A)(乌伊德= 乌伊德)

保存图像

#如何保存图像?
#获取图像
国际货币基金组织 <- 选择_植物(名称= “灰斑蝥”,个= 1)
#保存图像
保存原文件(国际货币基金组织= 国际货币基金组织)

如何做出贡献?

如果您有兴趣为叶肉的R包,您可以按照以下步骤操作指导方针.

行为准则

与任何社区项目、社会或会议一样,我们认为建立一些行为期望很重要。请阅读我们的行为准则,如果您遇到任何问题,请联系我们。每个人都有权在无骚扰的环境中生活和工作。

归因

如果您使用叶肉的在您的作品中,请确认图片的贡献者,确认PhyloPic的创作者(迈克尔·基西),并引用以下内容叶肉的:

Gearty,W.和Jones,洛杉矶,2023年。rphylopic:用于获取、转换和可视化PhyloPic轮廓的R包。生态学与进化方法,14(11),2700-2708。doi:10.1111/2041-210X.14221。