Robetta是一项蛋白质结构预测服务,通过CAMEO公司
功能包括相对快速准确的基于深度学习的方法、RoseTTAFold和TrRosetta,以及一个交互式提交界面,该界面允许对同源建模、约束、本地片段等进行自定义序列比对。它可以使用RoseTTAFold(用户必须提供成对的MSA)或比较建模(CM)对多链复合体进行建模,并提供大规模采样的选项。CM方法使用PDB100模板数据库(每周更新一次)、基于协同进化的模型数据库(MDB),并提供自定义模板的选项。计算资源由贝克实验室,HHMI的Janelia研究园区以及来自分布式计算项目的志愿者罗塞塔@家。您可以通过以下方式帮助此服务连接罗塞塔@家.
有关更多信息,请访问我们的常见问题.
非常感谢任何有助于改进此服务的反馈。您可以使用我们的联系人页面.
最近的警报和错误修复:
- 2023年11月15日,Robetta将停机几天进行维护。很抱歉给您带来不便。
- 2022年5月27日,TrRosetta不再作为建模选项提供。请使用更准确的方法,RoseTTAFold。
- 2021年8月19日—最近更新的浏览器在自定义CM模板/PDB上传和对齐功能上出现问题。如果您仍然对此功能或任何其他功能有问题,请随时联系我们.
- 2021年7月28日——目前有大量工作积压,导致等待结果的时间比平时更长。我们正在努力提高吞吐量,但需要一些时间来减少积压。请考虑使用此服务的其他人,并将您的提交数量限制为1。
- 2021年6月15日——一种改进的基于深度学习的建模方法,罗斯塔福尔德,现在可用。自上个月在CAMEO进行基准测试以来,RoseTTAFold一直是排名最高的方法。
- 2021年3月8日-为响应用户反馈,增加了为TrRosetta作业提供自己的多序列比对的选项。
- 2020年9月15日,基于深度学习的建模方法TrRosetta现已作为建模选项提供。有关此方法的更多信息,可以参考TrRosetta出版物.
- 2020年8月20日—上周,我们遇到了一个磁盘故障,影响了自上次数据备份以来的活动作业。因此,一些工作可能需要比正常情况更长的时间才能完成。很抱歉给您带来不便。
- 2020年7月11日,我们重新上线,但有一个很大的队列,所以请记住,工作可能需要一些时间才能完成。
- 2020年7月10日-由于我们的服务器出现技术问题,Robetta将无限期停机。很抱歉给您带来不便。
- 2020年5月18日-最近在多链建模的PDB模板检测和对齐方法中修复了一个错误。如果您提交了多链序列(使用正斜杠“/”),但没有提供自己的模板,则可能需要重新提交作业。
- 2020年3月18日-新冠肺炎警报。如果您计划提交与新冠肺炎相关的序列,请在您提交的“目标名称”中添加“新冠肺炎”,并请保持该工作向公众开放,以帮助可能也在同一目标上工作的其他人。
- 2020年3月2日-最近修复了Alignment集群页面中提供单个“快速”RosettaCM模型的功能。请随时联系我们如果您注意到任何其他问题或错误。
- 2020年1月31日-由于问题,PDB100数据库自去年12月以来一直没有更新。我们正在更新数据库并继续每周更新。
- 2020年1月8日-新年快乐!为了回应用户反馈,我们添加了最多提交20个作业的选项。优先考虑没有活动工单的用户。
- 2019年10月22日-由于文件系统问题,作业运行时间被延迟。很抱歉给您带来不便。
- 2019年8月5日-由于文件系统和数据库问题,作业运行时间被延迟。我们正在努力解决这些问题。很抱歉给您带来不便。
- 2019年7月2日—我们的文件系统和作业分配遇到了问题,导致作业延迟,并可能影响从对齐集群页面提交的单个RosettaCM模型作业。如果您最近提交了此类作业,则可能需要再次单击“Rosetta模型”链接重新提交。很抱歉给您带来不便。
- 2019年6月5日—我们的文件系统出现问题,导致作业运行时间延迟。很抱歉给您带来不便。
- 2019年5月31日-感谢Luki Goldschmidt不仅构建、开发和维护此服务背后的计算基础设施,而且还创建了主页图形。我们添加了每周采样的模型总数以及下面显示的先前的使用统计数据。
- 2019年5月1日-我们的联系人页面。请随时向我们发送反馈。
- 2019年4月11日-您现在无需登录即可查看非私有作业。修复了在没有加载模板的情况下尝试添加约束时提交页面上的错误。
- 2019年3月27日-更新了PDB模板上传阅读器,以跳过导致Rosetta作业失败的缺少主链原子的残留物。当修改输入序列时,在极少数情况下,当模板重新对齐失败时,将删除模板。
- 2019年3月22日-修复了用户提供的部分线程输入错误,其中没有链标识符的坐标将被跳过。更改了为RosettaCM设置多个用户提供的部分线程的方式。以前,它们在结构上是集群的,每个集群都将单独建模。这一点已更改,因此不再聚集多个用户提供的部分线程。所有自定义部分线程现在都在单个RosettaCM混合运行中使用。
PDB模板上次更新时间:2024年6月14日
排队的作业:0活动:3873
用户:60254国家:233上周的新用户:153上周的新工作:394上周新的最终型号:157
上次更新时间:2024年6月14日13:00
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