基因组分析模拟程序(GASP)
可用于以下方面的软件工具的可用性可促进用于统计遗传分析的计算机软件的开发:
- 验证特定分析方法下的算法(即统计测试)
- 确定统计测试的经验型I错误率
- 确定测试的威力
- 确定测试对基础假设失败的稳健性
基因组分析模拟程序(G.A.S.P.)是一种软件工具,可以根据用户指定的遗传模型生成家庭数据样本。生成的数据可以简单到随机个体的单个样本,具有单一的正态分布特征,也可以复杂到数千个扩展家族的样本,这些样本基于主基因座、多基因、共同同胞环境和协变量成分的线性组合,具有多个特征。特征可以基于许多用户指定的组件生成,组件可以是单个特征的唯一组件,也可以由多个特征共享。用户首先指定所有期望成分的列表,然后通过指定期望成分对表型方差的贡献加权来创建每个性状。
G.A.S.P.可以两种方式使用。首先,可以以独立的方式生成数据。由此产生的家族数据可以保存,然后用作样本数据,用于演示遗传分析的应用和方法,或用于测试和验证统计遗传学中新开发的算法。为此应用程序提供了一个简单的驱动程序(“dataonly”)。其次,可以使用现有的统计数据包立即生成和分析数据。可以设计一个驱动程序来调用广泛可用的遗传分析程序的子程序版本。
G.A.S.P.可以用于什么?
- 根据基础理论验证分析算法
- 测试新开发的遗传分离和连锁分析方法的统计有效性,并调查测试统计量的统计特性
- 确定这些方法的威力和稳健性
- 将从这些模拟实验中获得的见解应用于正在进行的协同遗传分析
软件版本:V3.33(2003年7月30日)
上次修改时间:2017年5月1日星期一15:31:39 EDT