从存储库或本地文件安装程序包
说明
从类似CRAN的存储库或本地文件。
用法
install.packages(pkgs,lib,repos=getOption(“repos”),contriburl=控件url(repo,类型),方法,可用=NULL,destdir=NULL,依赖项=NA,类型=getOption(“pkgType”),configure.args=getOption(“configure.aargs”),configure.vars=getOption(“configure.vars”),clean=FALSE,Ncpus=getOption(“Ncpus”,1L),verbose=getOption(“verbose”),libs_only=假,INSTALL_opts,quiet=假,keep_outputs=FALSE,…)
论据
包装 |
其文件包名称的字符向量应从存储库下载当前版本。
如果repo=空 ,文件路径的字符向量,
- 在窗口上,
-
'的文件路径.zip文件'包含二进制版本的文件包装。(网址:// 和文件:// 也接受URL文件将从本地副本下载和安装。)存档的源目录或文件路径或URL可能是用指定type=“源” ,但某些软件包需要安装了合适的工具(请参阅“详细信息”部分)。
- 在Unix-alikes上,
这些文件路径可以是源目录或存档或二进制包存档文件(由创建R CMD构建--二进制 ). (网址:// 和文件:// URL也是接受,文件将从本地下载并安装副本。)关于CRAN构建R(右)对于macOS,这些可以是.tgz型’包含二进制包存档的文件。Tilde-expansion将在文件路径上进行。
如果缺少,则显示在可能的情况下,在交互式R(右)会话。
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图书馆 |
提供库目录的字符向量安装软件包。根据需要回收。如果缺少,则默认为的第一个元素.lib路径() .
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回购 |
字符向量,存储库的基本URL使用CRAN镜像的URL,例如"https://cloud.r-project.org" 。有关的详细信息,请参阅支持的URL方案请参阅网址 .
可以是无效的 要从本地文件、目录或URL进行安装,请执行以下操作:这将通过扩展从包装 如果长度为1。
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贡献 |
存储库的控件部分的URL。使用这个参数,如果您的存储库镜像不完整,例如,因为你只烧了'控制'部分,或只有二进制包。覆盖参数回购 .与不兼容type=“两者” .
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方法 |
下载方法,请参见下载.file 。如果未使用非-无效的 可获得的 已提供。
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可获得的 |
返回的矩阵可用的包 列出存储库中可用的包,或无效的 什么时候该函数对进行内部调用可用的包 .与不兼容type=“两者” .
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目标目录 |
存储下载包的目录。如果是的话无效的 (默认)子目录下载的包 会话的临时将使用目录(并且文件将被删除课程结束时)。
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依赖关系 |
逻辑指示是否也要安装这些包所依赖的已卸载包/link导入/建议(等等)。在以下情况下不使用repo=空 .也可以是字符向量c(“依赖”、“导入”、“链接到”、“建议”、“增强”) .
仅在以下情况下受支持图书馆 长度为1(或缺失),因此,在哪里安装依赖程序包是明确的。如果但事实并非如此,它会被忽略,并发出警告。
默认值,不适用 ,表示c(“依赖”、“导入”、“链接到”) .
真的 使用的方法c(“依赖”、“导入”、“链接到”、“建议”) 对于包装 和c(“依赖”、“导入”、“链接到”) 对于添加的依赖项:这将安装运行所需的所有包包装 ,他们的示例、测试和小插曲(如果包作者指定了它们正确)。
在所有这些中,“链接到” 对于二进制包省略。
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类型 |
字符,指示要下载的包的类型和安装。将“源” Windows和某些macOS除外构建:请参阅“二进制包”一节了解这些内容。
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配置.args |
(仅用于源安装。)字符向量或命名列表。如果提供了没有名称的字符向量,则元素为连接成单个字符串(用空格分隔),用作的值--配置参数在呼叫中标记R CMD安装 。如果字符向量具有以下名称假定为确定--配置参数对于单个包裹。这允许用户指定如果其中任何一个要安装程序包。(因此,这些设置可以是重新使用并作为默认设置。)
命名列表也可以用于相同的效果,并且允许每个包使用多元素字符串连接到单个字符串,用作的值--配置参数.
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配置.vars |
(仅用于源安装。)类似于配置.args 对于标志--配置变量,用于设置环境变量配置 运行。
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清洁的 |
一个逻辑值,指示是否添加--清洁标记呼叫R CMD安装 .这有时用于在末尾执行附加操作除了删除中间文件之外,还删除了包安装的。
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Ncpus公司 |
用于并行的并行进程数安装多个源程序包。值大于1如果制作 由指定的命令Sys.getenv(“制造”,“制造”) 接受参数-k-jNcpus公司 .
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冗长的 |
逻辑指示是否应给出一些“进度报告”。
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仅libs |
逻辑值:应该--仅libs选项用于只为源安装安装额外的子体系结构?(另请参阅INSTALL_opts(安装端口) .)这也可以在Windows上用于安装仅显示二进制包中的DLL,例如添加64位32位安装的DLL。
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INSTALL_opts(安装端口) |
要传递给的附加选项的可选字符向量R CMD安装 用于安装源程序包。例如。,c(“--html”,“--no-multiarch”,“--no-test-load”) .
也可以是要用作的字符向量的命名列表附加选项,名称为各个包的名称。
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安静的 |
逻辑:如果为true,则减少输出量。这是不传递给可用的.packages() 如果需要,在目的。
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保持输出(_O) |
逻辑:如果为true,则不安装源程序包在当前工作目录中,带有输出文件的名称带有“”的包名称.输出'附加。或者提供保存输出的目录的字符串。从本地文件安装时忽略。
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... |
要传递给的参数下载.file ,可用的包 ,或二进制的函数在macOS和Windows上安装(接受参数“锁定” :请参阅“锁定”部分)。
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细节
这是安装软件包的主要功能。它需要一个向量名称和目标库,从存储库并安装它们。(如果省略了库默认为中的第一个目录.lib路径()
,带有消息如果有多个。)如果图书馆
省略或长度一个且不是(组)可写目录,在交互中使用代码提供创建个人库树(Sys.getenv(“R_LIBS_USER”)
)并安装在那里。
在Windows上检测可写目录有问题:请参阅“注释”部分。
对于从存储库进行的安装,会尝试安装包的顺序应考虑其依赖性。这是真的假设图书馆
位于默认库中安装路径(由环境变量设置远程智能广播系统(_L)).
建议您跑步更新程序包
之前安装.包
确保已安装的依赖项有其最新版本。
价值
不可见的无效的
.
二进制程序包
本节仅适用于二进制包可用:适用于macOS的Windows和CRAN版本。
R(右)包主要作为来源包,但二元的包(已安装包的打包)是也支持,以及Windows上最常用的类型和CRAN为macOS构建。此函数可以通过以下任一方式安装任一类型从存储库或本地文件下载文件。
的可能值类型
是(当前)“源”
,“mac.binary”
、和“win.binary”
:支持的适当二进制类型可以也被选为“二进制”
.
对于从存储库进行的二进制安装,该函数检查同一存储库上源程序包的可用性,以及报告如果源包有更高版本,或者可用但没有二进制版本为。可以使用
选项(install.packages.check.source=“no”)
如果存在仅包含二进制文件的部分存储库,则应为文件夹。
另一种选择(和当前默认值)是“两者”
这意味着'如果可用且当前,请使用二进制,否则请尝试源”。如果存在首选的源包,则执行该操作但可能包含需要编译的代码getOption(“install.packages.compile.from.source”)
.type=“两者”
将静默更改为“二进制”
如果任何一个贡献
或可获得的
已指定。
将包与一起使用type=“源”
始终工作,前提是该包不包含需要编译的C/C++/Fortran代码。否则,
- 在Windows上
您需要安装Rtools集合,如“R for Windows FAQ”中所述和你必须有路径根据需要设置环境变量由Rtools提供。
对于32/64位安装R(右)在Windows上带有编译代码的包需要INSTALL_opts(安装端口)=“--强制制动”
或INSTALL_opts=“--merge-multiarch”
对于源安装。(当从存储库或tarball进行安装,尽管需要一些速度较慢。)
在Windows上安装软件包时,安装.包
将中止如果检测到包已经安装并且当前正在使用。在某些情况下(例如R(右)同时运行并共享库)不会检测到问题,但由于Windows锁定正在使用的文件,安装可能会失败。
- 在Unix-alikes上,
当包中包含C/C++/Fortran代码时需要编译,在macOS上您需要安装“Xcode的命令行工具”(请参阅“R安装和管理”手册),如果需要通过一个Fortran编译器包,并将它们放在您的路径中。
锁定
锁定有各种选项:源和二进制安装。
默认情况下,对于源安装,库目录为通过创建目录“锁定”00锁定“在里面。这个有两个目的:它可以防止任何其他进程安装到其中库并发,并用于存储出现错误时要还原的程序包。细粒度锁定由提供选项--pkglock公司为每个锁创建一个单独的锁包:这为并行提供了足够的自由安装。在安装单个包,当Ncpu>1L
.最后,可以通过以下方式抑制锁定(和错误恢复--不锁定.
对于macOS二进制安装,默认情况下不进行锁定。设置论点锁
到真的
(默认值为getOption(“install.lock”,FALSE)
)将使用每个教区锁定,如源安装所述。对于Windows二进制安装,默认情况下使用目录锁定(锁
默认为的值getOption(“install.lock”,TRUE)
). 如果值为“pkglock”
将使用逐包锁定。
如果在Windows上使用包锁定libs_only=真
和安装失败,程序包将恢复到以前的状态状态。
注意,包安装可能会严重失败锁定目录没有被删除:这将禁止任何进一步的操作安装到库目录(或用于--pkglock公司
的包),直到手动删除锁目录。
并行安装
如果出现以下情况,则尝试并行安装包装
长度大于一个和Ncpu>1
。它使用了一个平行制作
,所以制作
指定(默认制作
)何时R(右)是建造必须能够支持品牌-jn个
:GNU品牌,德马克
和普马克
可以,但Solaris制作
和旧版FreeBSD制作
不:如有必要,使用环境变量制造可以为当前会话设置以选择合适的制作
.
安装.包
需要能够计算所有的依赖关系包装
从可获得的
,包括其中一个的元素包装
间接依赖于他人。这意味着例如,如果您正在安装CRAN(起重机)依赖于生物导体封装,反过来又取决于CRAN(起重机)包装,可获得的
需要涵盖这两者CRAN(起重机)和生物导体封装。
超时
每次调用的运行时间限制R CMD安装
(因此对于源安装)可以设置通过环境变量_R_INSTALL_PACKAGES_ELAPSED_TIMEOUT安装包_:以秒(或分钟)为单位或带有可选后缀的小时米或小时,后缀秒默认秒数)0
意思是没有限制。
对于非并行安装,将执行此操作通过这个超时
的论点系统2
:用于并联安装通过操作系统超时
命令。(一个测试来自GNUcoreutils公司,通常在Linux上可用,但不是其他类似Unix的产品。如果没有此类命令可用,则超时请求被忽略,并发出警告。)对于并行安装错误124消息来自制作
表示超时发生。
安装过程中的超时可能会留下锁定目录不恢复以前的版本。
源安装的版本要求
如果您没有运行最新版本的R(右)您可能会看到类似消息
包“RODBC”不可用(适用于R版本3.5.3)
一种可能是该软件包在任何选定存储库;另一个是,它只适用于的当前或最新版本R(右)。对于CRAN(起重机)包裹需要查看软件包的CRAN页面(例如。,https://cran.r-project.org/package=RODBC). 如果这表明这个取决于字段依赖于更高版本的R(右)你需要查看旧来源部分并选择URL与您的年龄相当的版本R(右).然后你可以提供URL作为的第一个参数install.packages()(安装程序包)
:您可以需要首先手动安装其依赖项。
对于其他存储库,使用available.packages(过滤器=“操作系统类型”)[pkgname公司, ]
将显示包是否可用对于任何R(右)版本(适用于您的操作系统)。
注释
- 在Unix-alikes上:
-
的一些二进制分布R(右)有安装
在单独的捆绑,例如R-开发
每分钟转数。安装.包
将如果使用调用,则给出错误type=“源”
在这样一个系统上。
的一些二进制Linux发行版R(右)可以安装在机器上如果没有安装软件包所需的工具:一种可能的补救方法是完成的安装R(右)这应该会带来所有这些工具依赖关系。
- 在Windows上:
-
安装.包
尝试检测您是否具有写入权限指定的库目录,但Windows报告不可靠。如果只有一个库目录(默认),R(右)尝试通过创建测试目录进行查找,但即使这样也不需要整个故事:您可能有权限在库目录中写入但没有写入二进制文件的权限(例如“.dll文件'文件)那里。有关解决方法,请参阅“R for Windows FAQ”。
另请参见
更新包
,可用的包
,下载.包
,已安装的.packages
,控件.url
.
请参见下载.file
如何处理代理和监视文件传输的其他选项。
解开
用于手动解压缩源包tarballs。
安装
,删除
,删除程序包
,图书馆
,.个包
,阅读.dcf
“R安装和管理”手册设置存储库。
示例
##未运行:##Fedora的udunits2头布局的Linux示例。install.packages(c(“ncdf4”,“RNetCDF”),configure.args=c(RNetCDF=“--with-netcdf-include=/usr/include/udunits2”)##结束(未运行)