模拟溶剂化生色团的线性吸收光谱非常具有挑战性,因为电子态与核振动的耦合以及溶质-溶剂相互作用都有贡献。在激发态在康顿区相交的系统中非绝热的还可以观察到对吸收线形状的贡献。在这里,我们介绍了一种稳健的方法来模拟线性吸收光谱,从第一原理考虑环境和非绝热效应。该模型直接从沿溶液中发色团分子动力学(MD)轨迹计算的能隙涨落参数化线性振动耦合(LVC)哈密顿量,解释了潜在和直接溶质-溶剂相互作用中的非谐性。使用带正交多项式算法的热化时间演化密度算子(T-TEDOPA)精确求解LVC哈密顿量描述的系统动力学。将该方法应用于水中亚甲基蓝的线性吸收光谱。我们表明,实验光谱中的强肩部是由振动驱动的布居数在明亮的S1和黑暗的S2状态。溶剂环境的处理是强烈影响布居转移和线型的众多因素之一;精确的建模只能通过使用显式量子力学溶剂化来实现。T-TEDOPA的效率,结合MD的LVC哈密顿参数化,为从第一原理描述复杂环境中的各种系统提供了一种有吸引力的方法。

光谱是筛选材料和分子用于技术应用(如光伏)、理解光化学反应和研究生物过程的关键步骤。1,2在凝聚相中,环境会对光谱峰值位置和强度产生重大影响,导致分子的电子和核量子态发生变化。3–5以准确且计算上负担得起的方式模拟环境对分子的影响是一个持续的挑战。6,7此外,对核动力学和非绝热性的精确且负担得起的量子处理正在不断发展。8–11凝聚相实验光谱的精确计算需要将非绝热量子动力学的精确处理与环境影响的适当考虑统一起来。12 

在许多情况下,跃迁涉及明亮的、能量很好分离的状态,这证明了康顿近似的使用是合理的。类似地,如果生色团相对刚性,则可以对初始和最终状态绝热Born–Oppenheimer势能表面(PES)的形状进行谐波近似。13,14这种谐波Franck-Condon(FC)方法使用了与时间相关(对大型多模系统有效)和与时间无关(状态和,对较小系统有效)的技术,并且可以很容易地扩展到包括结构对过渡偶极矩的线性效应(Herzberg–Teller效应)。15–19当环境与基态和激发态的相互作用较弱时,将Franck–Condon计算与溶剂环境的极化连续体模型(PCM)相结合,可以得到高效的环境校正振动线形状,20–22对于与环境耦合性更强的系统,一些作者提出了组合集成-Franck–Condon方法来改进线型计算。7,23–25

然而,在许多情况下,这种对吸收光谱的Franck–Condon处理是不够的。例如,如果PES中有一个激发态相交的区域,导致玻恩-奥本海默近似崩溃,电子态可能混合,导致非绝热效应,例如态之间的强度借用。26,27对于多原子系统,这些交叉是普遍存在的,但康顿近似依赖于这些交叉远离初始状态平衡,代表罕见的事件。如果这些交叉点靠近基态动力学采样的势能区域,可能通过振动驱动布居转移等非绝热效应产生吸收谱,那么利用线性振动耦合(LVC)哈密顿量来描述系统动力学可能会变得有效。26 

历史上,LVC模型在描述谱线形状方面的重要性和有效性得到了很好的报道。29一个重要的例子是计算吡嗪的第二个单线态激发,30最近一个令人震惊的例子是环丙烷的紫外光谱。31在后一种情况下,作者展示了从光学黑暗中借用的极端强度A类2A类1来自的状态E类′态,完全改变吸收线形状。一般来说,这些研究集中于气相中的小的高对称性分子,在气相中,昂贵的数值方法既可行又有效。32先前强调的吡嗪和环丙烷的例子是使用多组态含时Hartree(MCTDH)方法成功建模的,该方法通常被视为非绝热问题多体方法的金标准。33不幸的是,这些方法受到了“维数灾难”的影响,这意味着仅包含少数核自由度和电子自由度是可行的,并且它们通常使用预先计算的势能表面和高级电子结构方法。34最近,Yaghoubi Jouybari及其同事使用更经济的依赖时间的密度泛函理论,将LVC哈密顿量参数化为更大分子的稠密态流形。然而,这些计算仍然通过在真空中构造LVC哈密顿量或依赖可极化连续体模型来表示环境来限制系统中的模式数。35–37 

有许多方法可以通过使用波函数的高效紧凑表示来绕过多体状态的指数缩放,如多层MCTDH、矩阵乘积状态(MPS)和张量网络状态。38–40一种基于张量网络的多体方法已被开发用于处理复杂的开放量子系统(OQS)问题,它是基于映射的具有正交多项式算法的时间演化密度算子(TEDOPA),该映射将一个或多个环境转换为具有最近邻耦合的有效振荡模式的1D链(参见下文).41–43这种几何结构释放了MPS/张量网络的全部功率,该网络对具有局部短程耦合的1D系统具有最佳性能。44实际上,最近对一维偶极链的多层MCTDH和MPS方法进行了比较,发现MPS方法速度更快,并且需要更少的计算内存来获得这类模型的准确基态。45 

TEDOPA原则上是数值精确的,可以与机器学习和纠缠重整化方法相结合,还可以充分利用可观察到的浴动力学,最近通过双戊烯的时间分辨激发态振动光谱进行了验证。40,46然而,直到最近,要达到有限的温度,就需要对镀液配置进行耗时的采样。首先通过引入热场方法克服了这一局限性,在该方法中引入了作为热能来源的负能量模式浴,然后通过Tamascelli的映射等。通过定义与温度相关的光谱密度来处理热环境,从而产生所谓的T-TEDOPA。47,48这些进展现在允许从0 K的多体纯态波函数模拟中提取有限温度OQS动力学,在效率方面比其他方法具有实质性优势。49在本文中,我们演示了这种新功能如何使我们能够预测现实环境中真实分子的光谱,可以直接与溶液中的实验进行比较。在实现这一点的过程中,我们还将展示应用于TEDOPA态的Dirac–Frenkel变分原理如何允许我们包括被证明对包括能隙至关重要的长程耦合相关性这在激发态动力学和光谱中起着决定性的作用。

我们将此方法应用于阳离子亚甲基蓝(MB)发色团在水溶液中的线性吸收光谱。分子结构和激发都已被证明对环境敏感,关于溶剂的性质和这种分子的聚集以及它如何影响谱线形状,还有许多悬而未决的问题。50,51聚焦于单体溶液,它显示出一个奇异的峰(λ最大值=664 nm,1.86 eV),在吸收最大强度的一半处具有宽的、几乎方形的更高能量肩部(610 nm,2.03 eV)。52尽管它的线型很简单,但该系统以前的模型似乎并不完整。根据电子结构、溶剂模型和所选择的振动耦合方法,宽肩强度先前被显著低估或过高估计。53例如,de Queiroz最近的一项研究等。表示S2当研究显式溶剂中的垂直激发时,状态会增加一些强度,这表明非康顿效应。然而在同一项研究中,他们对S的计算0S公司1Franck–Condon光谱真空中高估了肩部强度。54 

在这里,我们扩展了之前对MB的研究,明确包括溶剂极化激发的量子力学处理和振动线形状的核动力学。线性吸收光谱是使用沿分子动力学轨迹由能隙涨落构造的线性响应函数的累积量展开的二阶和三阶截断来计算的。我们还通过求解三个电子态的LVC问题,扩展了线型计算,以包括较高激发态的强非绝热效应,发现S2MB的状态在决定激发态动力学和吸收线形状方面起着很大的作用。与以往从电子结构理论参数化LVC哈密顿量的研究相比,我们表明LVC模型参数可以直接从相关函数中获得55根据显式溶剂环境中的一般非简谐分子动力学模拟计算,捕捉溶质-溶剂构型和极化效应。56 

本文的结构如下。首先,我们提出了背景理论,在我们的溶剂化生色团亚甲基蓝的背景下定义了线性振动子耦合问题。然后,我们介绍了T-TEDOPA方法的背景以及T-TEDOPA映射响应函数的新推导。接下来,我们特别注意解决溶剂化生色团的浴关联的性质,以及如何在T-TEDOPA框架和张量网络计算中解决它们。(a)的计算方法从头算然后描述了发色团的各种线性振动耦合参数的计算和(b)T-TEDOPA动力学的张量网络计算。在第。四、,我们对所选分子的激发和动力学进行了分析,确定了考虑暗s的重要性2状态和我们选择哈密顿量的有效性。然后,我们转向包含激发态动力学之间的相关性及其对谱线形状的影响的重要性的问题。从这些结果中,我们确定了S的作用1–S2能量间隙等探索了从电子结构计算中获得的这个值的范围。

在这项工作中,我们考虑了一个由电子基态S组成的三能级电子系统0和两个电子激发态S1和S2再加上核自由度。核自由度是通过自旋-波子模型(SBM)或布朗振子模型(BOM)描述的,该模型假设基态和激发态PES是曲率相同的谐波表面,仅因各自的极小位移不同。57,58BOM哈密顿量可以写为

H(H)̂B类O(运行)M(M)=H(H)0V(V)01V(V)02V(V)10H(H)10V(V)200H(H)2,
(1)

哪里V(V)0n个=V(V)n个0表示电子接地和n个第个激发态。我们还假设康顿近似有效,从而可以忽略跃迁偶极算符对核自由度的依赖性V(V)0n个(q个̂)V(V)0n个表示电子基态的核哈密顿量H(H)0(q个̂),在BOM中,具有N个振动模式可以写成

H(H)0(第页̂,q个̂)=j个N个第页̂j个22+12ωj个2q个̂j个2,
(2)
H(H)1(第页̂,q个̂)=j个N个第页̂j个22+12ωj个2q个̂j个负极K(K)j个{1}2+Δ01,
(3)
H(H)2(第页̂,q个̂)=j个N个第页̂j个22+12ωj个2q个̂j个负极K(K)j个{2}2+Δ02,
(4)

式中Δ01和Δ02分别是基态和第一电子激发态以及基态和第二激发态之间的绝热能隙,始终使用原子单位。K(K){1}表示第一电子激发态相对于电子基态的最小位移矢量,以及ωj个是模式的角频率j个对于上述三能级系统的简单BOM哈密顿量,系统动力学完全由第一和第二电子激发态的系统-浴耦合的两个谱密度规定,

J型01(ω)=π2j个N个ωj个K(K)j个{1}2δ(ω负极ωj个),
(5)
J型02(ω)=π2j个N个ωj个K(K)j个{2}2δ(ω负极ωj个)
(6)

假设第一激发态和第二激发态完全解耦,则采用康顿近似,核自由度由BOM哈密顿量、线性吸收谱描述σ(ω)然后可以在累积形式中精确地进行评估56,57

σ(ω)ω负极d日t吨e(电子)ωt吨χ01(t吨)+χ02(t吨),
(7)

具有

χ01(t吨)=|V(V)01|2e(电子)ω01v(v)t吨经验负极J型01(t吨)
(8)

在这里,ω01v(v)=U型01是能隙算符的基态热平均值U型01=H(H)1负极H(H)0电子基态和第一激发态之间,以及J型01(t吨)是二阶累积量线型函数。57二阶累积量展开的截断对于具有高斯能隙波动的系统是精确的,就像我们对这个BOM哈密顿量所做的那样。对于BOM中考虑的与核自由度的纯线性耦合,(t吨)完全由光谱密度决定,可以写为57 

J型(t吨)=1π0d日ωJ型(ω)ω2帆布床βω2[1负极余弦(ωt吨)]负极[(ωt吨)负极ωt吨]
(9)

对于简单的BOM哈密顿量,公式。(8)(9)得出精确的线性光谱。然而,H(H)̂物料清单忽略了实际系统中对光学吸收光谱的一些重要影响。即使在保持基态和激发态势能表面的谐波近似时,允许基态和激励态振动频率不同,也会引入非线性能隙波动,二阶累积量线型不再精确。56基于PES的谐波近似的最一般的哈密顿量是广义布朗振子模型(GBOM),56考虑到基态曲率和激发态曲率之间的差异,以及Duschinsky旋转所描述的共模效应。59GBOM哈密顿量可以通过基态和激发态简正模分析来构造,并且可以用Franck–Condon方法精确求解。16–18此类Franck–Condon计算在一系列标准电子结构包中实现。此外,通过包含Herzberg–Teller效应,康顿近似在这种形式主义中可以放松。16,17最近一些作者表明,在GBOM哈密顿量中引入的非线性耦合效应也可以通过包含一个三阶累积量校正项,在累积量形式中近似恢复。56 

累积量方法和基于GBOM哈密顿量的Franck–Condon方法都可以用于构造系统中的线性吸收谱,其中单个激发态在能量上分离得足够远,可以被视为完全解耦。然而,如果电子激发态在康顿区相交,这种相交会导致依赖于核坐标的两个激发态之间的强耦合,导致康顿近似的破坏和电子激发态之间的强度借用,这在小有机发色团的线性吸收光谱中常见。30,31,35,36

可以描述这些动力学的一个简单模型哈密顿量是线性振动耦合(LVC)哈密顿。在本工作中,我们只考虑两个电子激发态之间的线性耦合,这样LVC哈密顿量可以写成

H(H)̂L(左)V(V)C类=H(H)̂B类O(运行)M(M)+j个N个00000j个q个̂j个0j个q个̂j个0,
(10)

其中联轴器∧j个混合第一激发态和第二激发态的哈密顿量的非对角元素中的浴,然后由耦合谱密度指定

J型12(ω)=π2j个N个j个2ωδ(ω负极ωj个)
(11)

与BOM哈密顿量相反,在LVC模型中,电子哈密顿和核哈密顿不再交换,无法获得时间演化的分析描述。因此,需要更复杂的方法,在本例中为T-TEDOPA。系统动力学和线性响应函数的详细描述χ(t吨)吸收光谱所需的信息包含在第。II B类

对于气相分子,LVC哈密顿量可以用3来描述N个-6个明确定义的振动模式耦合到电子激发。在凝聚相中,例如溶液中或蛋白质环境中的生色团,大量浴模式耦合到系统,包括集体生色团环境运动。在这种情况下,考虑Sec。作为连续函数,可以由涨落算符的平衡量子相关函数构造。55光谱密度J型01(ω)描述第一激发态的耦合可以写成

J型01(ω)=θ(ω)d日t吨e(电子)ωt吨C类01(t吨),
(12)

哪里θ(ω)是Heaviside阶跃函数,能隙涨落算符的量子自相关函数由下式给出

C类01(t吨)=δU型01(q个̂,t吨)δU型01(q个̂,0),
(13)

δU型01=H(H)1负极H(H)0负极ω01v(v)=U型01负极ω01v(v)

精确的量子相关函数C类01(t吨)一般来说,除了最简单的模型系统之外,任何东西都无法计算。复杂凝聚相系统的一种实用方法是近似重构C类01(t吨)使用量子校正因子从其经典对应项中提取。60–62在这项工作中,我们使用了谐波量子校正因子61,63其可以通过将经典相关函数与Kubo变换的量子相关函数相等来导出,该量子相关函数具有与其对应物相同的对称性。64,65这个选择产生

J型01(ω)θ(ω)βω2d日t吨e(电子)ωt吨C类01c(c)(t吨),
(14)

哪里β= 1/k个B类T型θ(ω)是Heaviside阶跃函数。

方程式(14)通过评估沿基态势能表面上的分子动力学(MD)轨道计算的电子激发能量涨落的经典相关函数,可以直接计算复杂凝聚相系统的谱密度。然而,从电子结构方法(如含时密度泛函理论(TDDFT))计算激发能可以得出绝热的电子状态,即电子解耦但可以沿MD轨迹改变其电子特性的状态。相反,要参数化第节中概述的LVC哈密顿量。,有必要构建耦合非绝热的沿轨道不改变特征的状态,因此具有恒定的基态到激发态跃迁偶极矩。

至于量子校正因子的选择,61,63绝热态的选择并不是唯一的,存在几种从绝热态构造准绝热态的方法。66–69对于本例,我们感兴趣的是探索能量相近的一个亮态和一个暗态之间的耦合对光学吸收光谱的影响。在这种情况下,Medders已经概述了一种有效的糖尿病治疗策略70按照这种方法,我们定义了跃迁偶极矩阵D类作为

D类=V(V)01V(V)01V(V)01V(V)02V(V)01V(V)02V(V)02V(V)02
(15)

对角化D类结果在两种状态下具有最大不同的跃迁偶极矩和振子强度。的特征向量D类然后可用于将绝热激发能的对角矩阵旋转为一个矩阵,该矩阵具有对角上的两个非绝热激发能及其电子耦合作为非对角元素。对沿MD轨迹的每个快照执行糖尿病化过程,然后可以直接构造经典的自相关函数C类01c(c)(t吨),C类02c(c)(t吨)、和C类12c(c)(t吨),在代入公式。(14),得出定义LVC哈密顿量的光谱密度。

定义LVC哈密顿量所需的最终参数是电子能隙Δ01和Δ02假设与振动自由度的线性耦合,这些可以由能隙波动的经典热平均值来构造,使得Δ01=ω01v(v)负极λ01.给,λ01是电子态S的核重组能1可以从光谱密度计算得出J型01(ω)作为

λ01=1π0J型01(ω)ωd日ω=12j个ωj个2K(K)j个{1}2
(16)

使用上述参数,我们可以定义S之间能量间隙的两个不同度量1和S2,预计这将是该系统中决定线性吸收光谱的关键参数。首先,Δ12= Δ02− Δ01,这是非绝热S的最小值之间的差异1和S2势能面,第二,ω12av(平均值)=ω02av(平均值)负极ω01av(平均值),非绝热S的热平均1–S2能隙差,表示康顿区表面分离的度量。

在本节中,我们将简要介绍T-TEDOPA方法,并说明如何使用该方法计算响应函数。我们从分裂开始H(H)̂L(左)V(V)C类分为三部分,

H(H)̂L(左)V(V)C类=H(H)S公司+H(H)+H(H)B类
(17)

H(H)S公司是控制电子态的系统哈密顿量,

H(H)S公司=α=12λ0α+Δ0α|S公司αS公司α|+δ(|S公司1S公司2|+高压断路器。),
(18)

其中h.c.表示上述术语的厄米共轭λ0α表示S的重组能量1和S2洗澡。为了完整起见,我们还包括一个耦合δS之间1和S2,尽管在MB的情况下,此耦合非常小。哈密顿量H(H)是描述与核自由度(DOF)耦合的相互作用哈密顿量。我们进一步分解这个相互作用哈密顿量,如下所示:

H(H)=H(H)EL公司+H(H)δ,
(19)

其中能级相互作用哈密顿量H(H)EL公司描述了导致S波动的耦合1和S2能量和位置H(H)δ对S的波动负责1–S2耦合矩阵元素。首先,我们假设系统中的三个涨落运动是不相关的,因此,我们处理谱密度J型01,J型02、和J型12关于三个独立的玻色浴,我们将其标记为α分别=1、2和3。我们将在第二节中进一步完善这一假设。II C类.通过对二次量子化生成和湮灭算符的变换,我们得到了相互作用哈密顿量的以下形式:

H(H)电致发光=负极12j个,α=12K(K)j个{α}ωj个2j个α+j个α|S公司αS公司α|,
(20)
H(H)δ=j个j个2ωj个j个+j个(|S公司1S公司2|+高压断路器。)
(21)

最后,描述原子核自由运动的浴哈密顿量由下式给出

H(H)B类=j个,α=1ωj个j个αj个α
(22)

初始条件是密度矩阵的乘积,

ρ(0)=ρS公司ρ{1}ρ{2}ρ{},
(23)

哪里ρ{α}是镀液的热平衡密度矩阵α具有反温度βαρS公司= |S公司0⟩⟨S公司0|是电子基态。这些热密度矩阵可能会出现一个主要问题,因为它们代表统计混合物,意味着对大量初始状态进行平均。然而,通过应用Tamascelli的T-TEDOPA映射等。对于每个浴,我们将这些密度矩阵转换为真空状态ρ{α}→ |0⟩α,单个纯态波函数,而镀液光谱密度具有温度依赖性J型(ω) →J型β(ω).47,48这个新的热的光谱密度编码模式耦合强度中热发射和吸收的详细平衡,定义在域上ω∈[-∞,∞],从而引入有效的消极的能量模式进入浴缸。该光谱扩展环境的零温度平衡关联函数与原始有限温度环境的零温平衡关联函数相同,并且是Tr定义的简化系统动力学E类{ρ(t吨)}可以证明是由锡槽相关函数唯一确定的,代理,扩展的零温度环境可以用来获得有限的温度结果。47此外,还可以在熔池模式上反转映射,以在原始基础上为原子核提供热预期。48、49

一般来说,光学偶极算符是

V(V)̂=V(V)01|S公司0S公司1|+V(V)02|S公司0S公司2|+高压断路器。,
(24)

响应函数如下所示

χ(t吨)=V(V)̂(t吨)V(V)̂(0)ρ(0)
(25)

尽管T-TEDOPA映射保留了系统约化密度矩阵的动力学,但对于任意的多时间相关函数来说,这一点尚不清楚,尽管最近在热场方法中的三阶响应方面取得了一些进展。71然而,在本例中,可以证明响应函数取决于系统的简化密度矩阵,该密度矩阵是从特定初始状态经过时间演变而来的;因此,我们可以正确地使用映射。首先,我们扩展了方程的热预期。(25)并使用跟踪的循环属性重新排列内容,

V(V)̂(t吨)V(V)̂(0)ρ(0)=Tr公司{e(电子)H(H)̂t吨V(V)̂e(电子)负极H(H)̂t吨V(V)̂ρ(0)}=Tr公司{V(V)̂e(电子)负极H(H)̂t吨V(V)̂ρ(0)e(电子)H(H)̂t吨},
(26)

其中Tr表示在所有电子和核坐标上的轨迹,我们从中删除了下标H(H)̂LVC公司.利用康顿近似,我们首先对核自由度进行跟踪

V(V)̂(t吨)V(V)̂(0)ρ(0)=Tr公司S公司{V(V)̂Tr公司E类{e(电子)负极H(H)̂t吨V(V)̂ρ(0)e(电子)H(H)̂t吨}}=Tr公司S公司{V(V)̂ρ(t吨)}=V(V)̂ρ(t吨)
(27)

因此,响应函数可以表示为V(V)̂关于简化系统密度矩阵ρ′(t吨)从初始状态演变而来V(V)̂ρ(0)。不幸的是,V(V)̂ρ(0)不代表有效的初始状态,因为它只包含非对角分量:|S公司1⟩⟨S公司0|和|S公司2⟩⟨S公司0|; 因此,不可能用V(V)̂ρ(0)作为初始条件。的确,因为V(V)̂是一个厄米特算子,其期望值不能等同于多时间相关函数的期望值,因为后者可能是复值的。然而,使用初始状态ρS公司(0)=|ψψ|,其中|ψ⟩ =c(c)(|S公司0⟩ +V(V)01|S公司1⟩ +V(V)02|S公司2⟩),并测量非埃尔米特人操作人员V(V)̂=V(V)01|S公司0S公司1|+V(V)02|S公司0S公司2|,我们发现的期望值与我们测量的结果完全相同V(V)̂初始条件无效V(V)̂ρ(0)这是因为系统的哈密顿量不混合s1或S2带S0,因此ρS公司',例如|S公司1⟩⟨S公司2|,将通过测量V(V)̂.作为ρS公司'是一个有效的初始状态,由于没有什么阻止我们测量非厄米算符,现在可以直接为χ(t吨).

在第。二B,我们假设与两个能级及其之间的耦合相对应的三个涨落运动是完全不相关的,因此可以将其视为来自三个独立的浴槽。虽然通常有理由假定耦合涨落和能级涨落之间没有相关性,但这两种涨落所需的熔池运动具有非常不同的性质,通常情况下,它们之间的能级涨落并非如此。事实上,通过测量S的互相关器1和S2沿MD轨迹的能量波动算子,

C类交叉(t吨)=δU型01(q个̂,t吨)δU型02(q个̂,0),
(28)

我们发现MB的这两个运动之间存在着强烈的,主要是积极的相关性。这通过公式。(12),到互相关谱密度J型交叉

作为定量评估这些相关性的强度和奇偶性的方法,我们将归一化互相关谱密度定义为J型̃交叉=J型交叉/J型01J型02。此函数取值范围为[1,−1],其解释如下:如果J型̃交叉=1,我们有完全正相关的模式;镀液引起的S波动1和S2能量完全处于相位——S的升高1与S同时升高相关的能量2能量(尽管振幅由J型01J型02,不必相同)。类似地,如果J型̃交叉=负极1,波动将完全反相关-S的升高1与S降低相关的能量2能量(同样,振幅不必相同)。最后,如果J型̃交叉=0,波动不相关;即,能量涨落表现为两个独立的高斯噪声源。

从我们的能隙采样得到的MB的归一化互相关谱密度绘制在补充材料,图2。我们发现,除少数例外情况外,环境模式在40%至100%之间正相关(进一步分析见补充材料第九节)。为了在动力学模拟中包括这些关联,我们必须推广能级相互作用哈密顿量H(H)EL公司采取以下形式:

H(H)电致发光=k个αβk个αβ|S公司αS公司α|(βk个+βk个),
(29)

其中,现在,每个谐波浴耦合到两个S1和S2能量。这种相互作用哈密顿量能够描述S之间的任意关联1和S2能量波动。参数k个αβ以再现计算出的光谱密度J型01,J型02J型交叉.获取程序的详细信息k个αβ包含在补充材料,第三节。使用精确的S进行LVC计算1–S2互相关被称为MDCC(分子动力学互相关)。

这个哈密顿量有两个重要的极限情况。第一种情况发生在非对角耦合系数消失时(k个12=k个21=0),对应于第。II B类在这种情况下,两个激发态各自耦合到各自独立的玻色浴中,它们之间没有通信。第二种极限情况,我们称之为完全正相关(FPC)极限,发生在矩阵的两列k个αβ是相同的,即当k个12=k个11k个21=k个22在这种情况下,耦合矩阵k个αβ具有零特征值,因此,H(H)EL公司减少为S的集体运动的耦合1和S2单个,共享bath(其创建和湮灭操作符是线性组合b条k个()=1k个()+2k个()). 这种情况下的耦合哈密顿量采用以下形式

H(H)EL公司=k个k个11|S公司1S公司1|+k个22|S公司2S公司2|b条k个+b条k个
(30)

在FPC极限下,两个激发态的能量涨落是由同一组模式引起的,因此没有独立的特征。我们对这一FPC极限感兴趣有两个原因:首先,从理论角度考虑相关能量涨落对吸收光谱和激发态动力学的影响很有趣;其次,考虑到对于MB,大多数模式都是强正相关的,FPC极限代表了一个合理的近似值,由于只需要模拟一个浴槽,因此可以显著减少计算开销。还可以考虑耦合到系统操作员的完全负相关极限k个11|S公司1S公司1|负极k个22|S公司2S公司2|; 然而,这对MB来说是非物理的。

为了对生成水中MB必要的相关函数和光谱密度所需的能隙波动进行采样,生成了四条长度为8ps的独立轨迹。使用了一些作者先前研究中生成的相同轨迹,72其中可以找到完整的计算细节。在这里,我们总结了主要的计算细节。

为了获得四条轨迹的独立起点,在OpenMM中进行了基于力场的分子动力学模拟,73其中水由TIP3P表示74使用QUBEKit软件包生成水模型和MB力场参数。75按照参考文献。72在NVT系综中进行了一次4ns的生产运行,其中每1ns提取一次原子位置和速度,为混合量子力学/分子力学(QM/MM)模拟提供独立的起点。

使用独立的起点,使用TeraChem软件包的内置QM/MM功能生成了四个10 ps QM/MM轨迹。76动力学方面,利用CAM-B3LYP交换相关泛函对生色团及其反离子进行量子力学处理77和6-31+G*基组,所有水分子均由TIP3P力场描述。使用碰撞频率为1ps的朗之万恒温器在NVT系综中进行了计算−1,并且始终使用0.5 fs的时间步长。在QM/MM模拟中,将发色团哈密顿量从力场哈密顿变为DFT哈密顿后,每个轨迹的前2 ps被丢弃,以使系统平衡,从而使每个独立轨迹的可用轨迹为8 ps。从这些轨迹中,每2 fs提取一次快照以计算垂直激发能量,共生成16000个快照,从中构造了经典相关函数。

使用TeraChem代码中实现的随时间变化的密度泛函理论(TDDFT)计算每个快照上的绝热激发能。78评估TDDFT函数的不同选择对S的影响1/S公司2耦合时,垂直激发能量要么在Tamm–Dancoff近似的CAM-B3LYP/6-31+G*理论水平上计算,要么在B3LYP/6.31+Gx理论水平上使用全TDDFT计算。77,79这种选择的动机是相对S1/S公司2能量对密度泛函中远程Hartree–Fock交换的处理非常敏感,CAM-B3LYP泛函预测S1和S2(见第五节补充材料讨论不同密度泛函对计算的MB激发态能量的影响)。我们注意到,使用B3LYP泛函计算垂直激发能量确实在产生基态动力学的哈密顿量和产生能隙涨落的哈密尔顿量之间引入了不匹配。这种不匹配会在系统-浴耦合的计算关联函数和光谱密度中产生伪影,这是使用基于力场的MD轨迹使用TDDFT计算光谱密度时常见的现象。80–85然而,预计CAM-B3LYP和B3LYP预测的MB基态性质非常相似,因此这种失配对计算结果的影响相对较小。我们在补充材料第八节,其中我们比较了MM水中B3LYP基态动力学的单轨道谱密度与CAM-B3LYP/B3LYP和CAM-B3BYP/CAM-B3LUP混合谱密度。谱密度相当一致,与CAM-B3LYP动力学相比,B3LYP基态动力学的频率有较小的红移。

为了充分捕捉环境的动态极化对能隙涨落的影响,在TDDFT计算中,通过对每个发色团原子质心在6°以内的溶剂分子进行全量子力学处理,计算激发能,剩下的溶剂原子用经典点电荷表示。这种处理导致TDDFT计算的QM区域大小约为≈400个原子。一些作者之前的研究表明,对于一些系统,核振动与电子激发态的计算耦合对环境中极化效应的处理非常敏感,因此需要大的QM区域。5评估S之间的耦合1和S2MB中的激发态显示出对环境极化的类似敏感性,我们使用B3LYP和CAM-B3LYP泛函重新计算了所有激发能量,其中只有发色团被量子力学处理,而全溶剂环境由经典点电荷表示(参见图2本工作中考虑的两个质量管理区域的示例)。计算沿MD轨迹的所有快照的垂直激发能量是本工作中提出的计算协议中计算成本最高的部分,尤其是在使用大QM区域的情况下。在NVIDA P100 GPU上执行B3LYP/6áQM数据集所需的所有16000 TDDFT计算约24 000个图形处理单元(GPU)小时(计算成本的更详细细目见补充材料,第X节)。然而,一些作者最近的工作表明,在实际中,使用机器学习技术可以显著降低在复杂环境中构建光谱密度的计算成本,86使其在日常应用中计算上可行。

对于所有计算数据集,准绝热态是根据绝热能和跃迁偶极矩,按照参考文献中概述的方法计算的。70.此方法产生非绝热S1和S2每个快照的能量及其耦合。计算非绝热态和耦合的经典自相关函数,然后我们可以参数化包含发色团与其复杂环境之间完全耦合的LVC哈密顿量(参见第。二、A). 为了避免计算相关光谱密度所需的傅里叶变换中的数值问题,exp(−|t吨|/τ)应用于所有经典相关函数C类(t吨),其中τ=500英尺。基于C类(t吨)可在一些作者最近的出版物中找到,并在MolSpeckPy包中提供。87 

在本节中,我们提供了为确定LVC响应函数而进行的模拟的计算细节χ(t吨). 在树和链矩阵乘积状态(MPS)上,采用单点时间依赖变分原理方法(1TDVP),对LVC哈密顿量下密度矩阵的时间演化进行了研究。40,88,89张量网络模拟是使用定制的Julia代码进行的,该代码在GitHub上以“MPSDynamics.jl”的名称自由发布90该包包含为本文考虑的所有模型生成Matrix-Product-Operator(MPO)结构的例程。这些例程将链式映射哈密顿量的参数作为其参数(请参见补充材料,第IV节),必须使用外部包装ORTHPOL从光谱密度中生成。91 

MPS,或数学界所知的张量列,是一种数据结构,可用作满足一维面积定律的多体量子态的有效表示。虽然MPS原则上可以表示任意维数的一般波函数,但当所讨论的系统具有具有开放边界条件的链式拓扑时,它们最为成功。人们还可以扩展MPS概念,以考虑具有准一维拓扑的系统,即使用所谓的树MPS的树结构,前提是没有循环。40MPS近似的精度由一个称为键维数的参数控制,键维数越大,表示越准确,但成本越高。对于我们在这里提出的用于产生吸收光谱的模拟,发现20的最大键尺寸是足够的。

图1。

用于所考虑的各种镀液配置的张量网络结构。(a) 不相关浴,仅具有局部相互作用的树MPS。(b) FPC浴、链式MPS和一些长程相互作用。(c) MDCC槽、带长程联轴器的树状MPS。涉及的沐浴模式H(H)δ(耦合)显示为蓝色,而浴缸模式涉及H(H)EL公司显示为红色(调谐)。量δ表示常数S1/S公司2联轴器(参见公式。18). 虽然系统和调谐模式之间的相互作用可能会变得很长,但所有链内耦合都是最近邻的(t吨n个)对于频率振荡器¦Βn个

图1。

用于所考虑的各种镀液配置的张量网络结构。(a) 不相关浴,仅具有局部相互作用的树MPS。(b) FPC浴、链式MPS和一些长程相互作用。(c) MDCC槽、带长程联轴器的树状MPS。涉及的沐浴模式H(H)δ(耦合)显示为蓝色,而浴缸模式涉及H(H)EL公司显示为红色(调谐)。量δ表示常数S1/秒2联轴器(参见公式。18). 虽然系统和调谐模式之间的相互作用可能会变得很长,但所有链内耦合都是最近邻的(t吨n个)对于频率振荡器¦Βn个

关闭模态

通过使用链映射,42可以转换秒中描述的哈密顿量。II B类II C到具有所需拓扑的哈密顿量。我们参考了补充材料有关此过程的详细信息,请参阅。链映射产生的张量网络结构如所示图1第。II C类也适用于一般MD交叉相关(MDCC)情况。在不相关S的情况下1–S2能量波动时,三个谐波浴被转换为三个具有最近邻耦合的谐波振荡器链,每个链耦合到中心系统站点,从而形成无环树拓扑。另一方面,在FPC限制下,只有两个槽,因此其中一个槽具有链式拓扑结构。然而,由于其中一个浴缸对两个S1和S2由于光谱密度不同,无法避免长程耦合。例如,如果一个人执行关于J型01,而S1将仅耦合到第一个站点,S2将连接到链上的每个站点。实际上,在1TDVP中,这些长距离耦合只带来了计算复杂性的适度增加。88具体来说,哈密顿量的矩阵乘积算符(MPO)表示的键维数只增加了1。最后,在一般的MDCC情况下,再次获得树,但现在长程耦合出现在两条链上。

为了使这些链式映射哈密顿量的模拟成为可能,需要两种可控的近似。这些是(1)将每个链模式的局部Fock空间截断为一组有限的状态d日(2)半无限链到有限个链位的截断N个这两种近似都引入了受严格推导的边界限制的误差。92这里所示的线性吸收光谱与截断为的链模式收敛d日=20福克州和N个=每条链的150种链模式。可观察到的V(V)̂(t吨),用作响应函数的代理χ(t吨),以1000个时间步长从t吨=0到t吨=240英尺。发现响应函数在~50 fs的时间尺度上衰减到稳定状态,这对于室温下的分子光学相干具有物理合理性。在由两个12核Intel Xeon Haswell(E5-2670v3)处理器组成的节点上进行了仿真。不相关、FPC和MDCC极限的近似模拟时间分别为9、8和13小时。

在给出用LVC哈密顿量计算的结果之前,我们首先讨论了TDDFT激发态计算的结果以及在康顿近似下计算的S0S公司1过渡。这些结果共同显示在计算的吸收线形状中图2和在补充材料第五节。

图2。

明亮S的亚甲蓝实验吸收线形状和计算的康顿型光谱1状态。低(单体)浓度下在水中测得的光谱,取自参考文献。93亚甲基蓝(中间)和亚甲基蓝在6°水中的结构(右)代表了本研究计算的两个量子力学环境。图例中括号内的值是eV中的光谱偏移。

图2。

明亮S的亚甲蓝实验吸收线形状和计算的康顿型光谱1状态。低(单体)浓度下在水中测得的光谱,取自参考文献。93亚甲基蓝(中间)和亚甲基蓝在6°水中的结构(右)代表了本研究计算的两个量子力学环境。图例中括号内的值是eV中的光谱偏移。

关闭模态

对于所检查的所有泛函,当在S处计算激励时0,S1、和S2极小值,S0S公司1MB的过渡明亮,S0S公司2振荡器强度一直很低。S型0S公司2过渡显示S的强度为-0.5%0S公司1,表明任何Franck–Condon方法都可以对S建模0S公司2过渡对总线型的影响可以忽略不计。尽管振荡器强度一致,但S1–S2垂直能隙对功能选择非常敏感,范围从0.06到0.67 eV。

图2显示了MB在水中的实验吸收线形与各种Franck–Condon和积云线形计算之间的显著差异。在所有四种计算的线形中,肩部蓝色从0–0最大值偏移0.15 eV被低估,并且一般线形明显加宽不足。对于绝热Hessian Franck–Condon(AHFC)94计算,S1对激发态几何和简正模式进行了评估(在TDA/CAM-B3LYP/6-31+G*水平),并通过Duschinsky旋转解释了模式混合效应。59这相当于通过广义布朗振子模型(GBOM)表示核自由度。56合成的线条形状显示出两个肩部:一个位于0–0峰值的局部,另一个被0.15eV隔开,与宽的实验肩部一致。如所示补充材料,Sec.V B,这种AHFC线形由全TDDFT和TDA的一系列泛函再现,用于各种溶剂模型,以及当包括赫兹伯格-特勒效应时。泛函之间的主要差异是绝对光谱位置(由地面和S之间的零点修正能量差决定1最小值)和局部路肩的存在。局部肩关节的强度与功能性长程精确交换分数的增加有关。然而,除了B3LYP在真空中使用全TDDFT外,这里使用的所有DFT泛函始终低估了0–0过渡的主肩部0.15 eV,这与广泛的实验肩部一致,正如我们在下文中进一步讨论的那样。

中包含的其他线性吸收线形状图2以垂直梯度Franck–Condon(VGFC)计算94和三阶累积量方法。56在垂直梯度法中,底层的振动哈密顿量是使用基态振动模式和基态最小值处的单激发态梯度计算来参数化的BOM。因此,VG方法提供了AHFC GBOM类型计算与累积量方法中BOM的有效映射之间的联系。AHFC和VGFC方法之间保持了关键的光谱特征,这表明,与包括Duschinsky旋转或高频模式基态和激发态PES曲率之间的差异相比,只有适度的改善。然而,VGFC的展宽明显较小,这表明频率和Duschinsky旋转的变化对处理低频模式很重要。这里给出的累积线形状是根据辉绿岩化S在三阶近似下计算的16ºQM溶剂体系的光谱密度。正如将要讨论的,非绝热S2沿着这些轨迹的偶极强度几乎为零,导致对总累积线形状没有贡献。这些线型不显示局部路肩,0–0峰值反而显示为宽阔的洛伦兹剖面,但确实显示了与宽阔的实验路肩一致的次级振动峰值。与Franck–Condon方法相比,累积量对峰值的热化和宽化的建模稍好一些,这可以归因于广泛的采样捕获低频动力学(包括溶剂效应)以及PES非谐波区域采样的一些贡献。

尽管图2显示了三阶累积量线型,其中包括由于非线性耦合对超出简单BOM哈密顿量的核自由度的修正,这些线型与二阶累积量线形非常相似(参见补充材料第七节)。这种相似性表明,与核自由度的非线性耦合很小,因此BOM很好地逼近了系统的基本动力学。模型的适当性得到了小偏度值的响应(参见补充材料,第VII节)1和S2曲面。随着能隙涨落的高阶矩趋于零,它们的统计变得完全高斯,然后完全由二阶累积量近似描述,因此等价于一组位移谐振子的完美映射。

图3。

用CAM-B3LYP和6ºQM区域计算轨道1段的激发能量和振子强度。绝热能量和振子强度用实线表示,相应的非绝热值用虚线表示。绝热S的跃迁密度1和S2还显示了沿MD轨迹的两个特定快照的状态。

图3。

用CAM-B3LYP和6ÅQM区域计算的轨迹1的一段的激发能量和振荡强度。绝热能和振子强度用实线表示,相应的绝热值用虚线表示。绝热S的跃迁密度1和S2还显示了沿MD轨迹的两个特定快照的状态。

关闭模态

在最近的一项研究中,de Queiroz等。在TDDFT/B3LYP/def2-SVP水平下对真空中MB进行了AHFC计算,这产生了与实验结果一致的大肩部,这完全源于振动对S的贡献1状态。54我们对一系列泛函和线型方法的计算表明,这种大的肩部是反常的,只发生在真空中完全(非TDA)TDDFT和B3LYP的这种特定组合中,可能是由于激发态几何优化产生了混合S态1–S2字符。他们工作中的许多结果表明状态混合。例如,他们报告了优化激发态的困难以及S的强度借用效应2快照计算中包含显式溶剂的状态。在我们的研究中,TDA/B3LYP在真空中或在PCM溶剂中的任何方法学都无法再现这种线状的大型振动台肩。类似地,如果我们在真空中进行TDDFT/B3LYP水平的垂直梯度Franck–Condon计算,路肩将被移除。我们在补充材料第V C节。

总之,我们发现,尽管考虑了不同的方法来计算线型、一系列密度泛函以及通过累积量方法包含环境影响,当只考虑从基态到亮S的跃迁时,宽实验光谱肩的再现性一直很差1状态。此外,在静态(FC)计算中,从基态到S的转变2状态持续变暗,对线条形状没有显著影响。我们还发现激发态的涨落统计是近似高斯的,而BOM是解决该问题的稳健模型。最后,TDDFT计算在补充材料显示S1–S2gap对电子结构方法的选择非常敏感,对于几个泛函,gap太小,以至于在计算线性吸收光谱时解耦可能不准确。此外,de Queiroz之前的结果等。表明S之间存在显著的强度借用1和S2可以在显式溶剂中为选定的MB快照发生,54表明非绝热效应和溶剂效应可能对实验线形状起重要作用。

现在我们来分析QM/MM基态从头算分子动力学和能隙波动,作为构建光谱密度的输入,我们使用这些光谱密度来评估累积量光谱并参数化LVC动力学。图3,我们展示了单个轨迹的能隙和相应的振荡器强度的300fs窗口。在的左侧图3,我们显示了绝热态完全分离时的跃迁密度,其中S1激发具有较低的能量和较高的振荡器强度,而S2能量较高,振荡器强度较低。S的振荡器强度下降1状态为3076和3120 fs,与S中的峰值一致2强度。从3200 fs左右的振荡器强度可以看出,S之间也有交叉点1和S2状态;明亮和黑暗的状态在能量上重新排序。图3,我们显示了在简并点处绝热电子激发态的跃迁密度。这些代表S1和S2变成“左”和“右”的状态反映了退化兴奋。S的增加2势能面某些区域的偶极强度与de Queiroz的结果一致等。参见显式溶剂中的单个MD快照计算。54强状态混合(由绝热S测量2:S1振荡器强度比为1:3或更大),在CAM-B3LYP/TDA/6áQM溶剂水平下,约3.3%的快照发生。因此,激发态的非绝热混合在基态平衡附近半经常发生。然而,对于B3LYP/TDDFT/6áQM数据集,该值显著增加至16.8%,并且在考虑基态PES MD采样内的核量子效应时,该值可能会进一步增加。24 

参考文献中概述的辉绿岩化方案的应用。70绝热快照数据在分离绝热S1和S2变成明亮的非绝热S1和一个黑暗的恶魔S2状态。这些非绝热状态由中的虚线表示图3这些状态的一致性恢复了康顿近似,代价是在非绝热S之间引入了显式耦合1和S2必须通过求解LVC哈密顿量来解释的状态。应用非绝热能隙涨落经典相关函数的量子修正因子和傅里叶变换,可以得到地面到S的光谱密度1,接地至S2和耦合光谱密度如所示图4

图4。

非绝热S的光谱密度1和S2州以及S1/S公司2在6º显式QM溶剂中计算的CAM-B3LYP数据集的耦合光谱密度。

图4。

非绝热S的光谱密度1和S2州,以及S1/S公司2在6º显式QM溶剂中计算的CAM-B3LYP数据集的耦合光谱密度。

关闭模态

J型01(ω)J型02(ω)详细说明耦合到电子态的基态振动频率,而J型12(ω)描述了耦合激发态的基态振动频率。这些峰值可以近似地分配给S处计算的振动正常模式0通过频率比较优化孤立分子的几何结构,我们在补充材料,第九节。这项任务提供了对对称性和特定原子位移的进一步了解,这些对称性和原子位移耦合到状态并驱动布居转移。总之,非绝热S1和S2显示的状态与A耦合1对称模式,而非绝热耦合由非对称B驱动2模式。光谱密度在110至1710厘米范围内的显著贡献−1,S之间的耦合最强烈21710cm处的状态和模式−1,这是一种C–C对称环拉伸模式。

暗黑S1和S2谱密度及其非绝热耦合谱密度显示在补充材料第I节,以及LVC哈密顿量的详尽参数表。这些数据的关键结果是,电子结构方法之间的平均跃迁偶极矩与S2在QM和MM溶剂中,CAM-B3LYP和B3LYP始终保持深色。类似地,通过积分光谱密度获得的溶剂重组能量[等式。(16)]是一致的,并且当不同的泛函用于基态时,光谱密度的变化最小从头算分子动力学。然而,非绝热势能面的极小值之间的能隙Δ12对功能和环境非常敏感。这可以在Δ中看到12在QM溶剂中CAM-B3LYP的值为0.087 eV,在B3LYP MM溶剂中的值为-0.026 eV。这个能隙强烈影响LVC动力学中状态之间发生的混合量。

图5,我们将T-TEDOPA计算出的线型(左)和激发态布居动力学(右)应用于LVC哈密顿量,使用来自CAM-B3LYP数据集的光谱密度和参数在6°显式QM溶剂中参数化,检查处理浴关联的不同方法。为了在没有耦合的情况下测试T-TEDOPA方法,我们比较了T-TEDOPA方法应用于具有失活S的LVC哈密顿量1–S2耦合到三阶累积线形状。这两种方法具有相同的纯非绝热谱密度;然而,对于非耦合LVC方法,总线型由S的和给出1和低强度S2贡献,它略微增加并平滑了高能肩,而三阶累积量方法包括由于非线性能隙波动引起的一些影响。正如预期的那样,峰值最大值实际上是相同的(如图例中的偏移值所示),起始值非常相似,并且它们都大大低估了实验肩部。

图5:。

张量网络浴配置对线型(左)和S的影响1人口(右)使用6?QM水TDA/CAM-B3LYP/6-31+G*数据。S之间的相关振动(达到完全正相关-FPC)1和S2驱动快速非绝热跃迁到暗S2调整并增加宽肩强度。线条形状已被左侧图例值移动以匹配实验。右边的图例值是平均值S1–S2缺口ω12av(平均值)单位为eV。

图5:。

张量网络浴配置对线型(左)和S的影响1人口(右)使用6?QM水TDA/CAM-B3LYP/6-31+G*数据。S之间的相关振动(达到完全正相关-FPC)1和S2驱动快速非绝热跃迁到暗S2调整并增加宽肩强度。线条形状已被左侧图例值移动以匹配实验。右边的图例值是平均值S1–S2缺口ω12av(平均值)单位为eV。

关闭模态

如方法论中所述,并在图1,我们使用三种不同的机制来描述S之间耦合的性质1和S2在LVC哈密顿量中。计算成本最低的是不相关(标记为UC)浴,其中树MPS仅具有局部相互作用,并且假设电子状态波动之间的互相关为零。在另一个极端,即完全正相关(FPC)极限,波动之间的互相关是统一的,因此S1驱动S中的等效变化2反之亦然。各州共享一个浴缸,从而形成一个具有一些远程交互的链式MPS,并增加了UC系统的计算开销。最后,更昂贵的物理方法是包括电子态之间归一化互相关的精确结构。通过研究强烈影响线性吸收光谱的种群动力学的短时(前50 fs)状态,我们注意到种群向S的快速转移量显著不同2取决于耦合模型。如果状态解耦,则S1人口保持纯净。然而,允许任何类型的S1–S2耦合导致S的快速(<20 fs)和显著(~15%)人口迁移1至S2这种布居转移降低了线性吸收光谱中的主峰强度,并增加了肩部的强度。前8个fs在模型之间非常相似,表明部分波包从S快速过渡1到S2PES通过靠近Condon区域的锥形交叉点(CI)。在这一点之后,种群迅速发生变化;对于UC系统,种群动态演变为稳定状态,并与S进一步混合2是有限的,而FPC浴中的相关性持续存在,并推动人口进一步向S迁移或从S迁移2状态。这群S2吸收线形状反映了这一点,FPC模型显示出更强的肩部特征,更接近实验,而UC浴的肩部强度变化适中。通过布居转移降低主峰强度也会降低吸收起始点的锐度,FPC与实验起始点最为匹配。

使用MDCC浴的动力学和线型紧密镜像FPC,这是由于平均MD采样互相关值为0.8。这两个模型动力学的主要差异在于,二次下陷的驱动力不如FPC动力学中的低,并且以下峰值结构受到轻微抑制。这种衰减可能是由于特定模式的小互相关值或整个频率范围内的互相关普遍降低所致。MDCC的较低人口迁移体现在主S之间的线形部分1和S2MDCC方法保留了高能肩部特征的特征和强度。

因此,我们发现,如果状态间的互相关平均值接近1,那么FPC模型是对MDCC动力学的一个很好的近似,可以在降低计算成本的情况下为LVC哈密顿量生成合适的线型。然而,在这种情况下,由于MPS/T-TEDOPA的效率,电子态之间涨落(在MDCC中)的精确结构的包含只带来了计算成本的适度增加。总的来说,包括非绝热跃迁似乎至关重要,因为即使忽略电子态之间的相关性,也会发生显著的快速布居转移。

1.功能和环境

在发现谱肩强度对电子激发态之间的布居转移非常敏感之后,我们接下来考虑LVC哈密顿量中的参数。注意到不同溶剂模型和电子结构方法之间光谱密度、非绝热偶极矩和重组能的一致性,绝热能隙Δ12在这两个激发态表面之间,它是这个问题最重要的参数。

图6。

使用分子动力学互相关(MDCC)进行浴关联(J型̃交叉)不同的泛函和溶剂模型强烈影响电子态之间的能隙。这可以显著增加S的快速非绝热跃迁1状态并增加肩部强度。线条形状已被左边的图例值移动,以匹配eV中的实验。右边的图例值是平均间距ω12av(平均值)单位为eV。

图6。

使用分子动力学互相关(MDCC)进行浴关联(J型̃交叉)不同的泛函和溶剂模型强烈影响电子态之间的能隙。这可以显著增加S的快速非绝热跃迁1状态并增加肩部强度。线条形状已被左边的图例值移动,以匹配eV中的实验。右边的图例值是平均间距ω12av(平均值)单位为eV。

关闭模态

S的计算绝对垂直激发能1和S2根据使用的密度函数变化0.6 eV(参见补充材料,第五节)。我们还发现,非绝热S2根据泛函中的精确交换量,状态显示出更大的能量变化。这导致S的功能敏感性很强1–S2间隙。原则上,最好确定准确的S1–S2采用更高级的电子结构方法计算能隙。然而,MB分子的大小以及显式溶剂环境在能量间隙值中起着重要作用这一事实使得精确评估变得困难。相反,我们通过计算MDCC MPS/T-TEDOPA动力学和不同溶剂环境下计算参数的线型(QM vs MM),以及B3LYP/TDDFT vs CAM-B3LYP/TDA,来检查LVC参数选择对计算线型的影响。图6总结了这些结果,人口动力学图例(右)表明了给定LVC参数化的平均能量差距。平均能源缺口ω12av(平均值)是非绝热S之间的能量差1和S2基态平衡附近分子动力学构型采样的平均值(ω12av(平均值)=ω02av(平均值)负极ω01av(平均值))是康登地区各州之间差距的有力衡量标准。

最极端的平均能量差距ω12av(平均值)值为CAM-B3LYP QM(0.29 eV)和B3LYP MM(0.12 eV)。这里,使用点电荷模型进行溶剂还原ω12av(平均值)增加0.05eV。这些值直接转化为人口动态;我们发现这么大ω12av(平均值)导致人口在S1而最小的值导致最大的人口迁移。对于前20 fs,B3LYP MM在CAM-B3LYP QM上的布居转移几乎大四倍,这直接体现在吸收线形状上。虽然人口迁移的趋势是对缺口敏感的,但使用MDCC时,其结构和振荡非常一致。这种一致性源于数据集之间光谱密度和互相关的相似性。

在该图中,我们还展示了CAM-B3LYP/QM数据的MDCC和UC种群和线型,但平均能量差距人为减少了40%,以匹配B3LYP/QM系统。对于缩小间隙的MDCC,动力学结构是守恒的,但种群转移更大。短时间动态相当于B3LYP/QM,但在较长时间内,我们发现缩小差距会导致更大的人口转移,S2成为人口最多的州。然而,仅减少能量差距不足以增加线形肩部。如果忽略槽相关性(UC),则动力学(尤其是振荡)将被抑制,虽然总体人口转移较大,但肩部较弱且衰减缓慢。这一发现表明,只有在准确描述以下内容的情况下,才能以线形再现肩部J型交叉以及准确评估溶剂极化电子能。

2.控制平均能源缺口

考虑到我们的计算表明平均能隙有很大的变化,并且没有奇异值从头算该方法对于计算激发态来说无疑是更好的方法,我们研究了在平均间隙值范围内,布居动力学和线型是如何变化的。使用CAM-B3LYP/TDA/6áQM数据集,我们在图7这些结果是平均能隙减少20%的增量。该范围涵盖0.29至0.06 eV的平均能量间隙值。这个小值等于S1–S2用TDA/B3LYP/PCM计算的垂直激励能隙,如补充材料第五节。

图7。

使用分子动力学互相关(MDCC)进行浴关联(J型̃交叉),减少的平均值S1–S2间隙可以设置为减小值。对于6ºQM水的TDA/CAM-B3LYP/6-31+G*光谱密度,减小该值会显著增加向暗S的布居数转移2状态并增加肩部吸收强度。线条形状被左图例值(eV)移动,以匹配实验。右侧的图例值是平均间隙ω12av(平均值)单位为eV。

图7。

使用分子动力学互相关(MDCC)进行浴关联(J型̃交叉),减少的平均值S1–S2间隙可以设置为减小值。对于6ºQM水的TDA/CAM-B3LYP/6-31+G*光谱密度,减小该值会显著增加向暗S的布居数转移2状态,并增加肩部吸收强度。线条形状被左图例值(eV)移动,以匹配实验。右侧的图例值是平均间隙ω12av(平均值)单位为eV。

关闭模态

减小间隙并利用MDCC模型可以有效地将计算的线条形状向宽的实验肩部推进,能量间隙减少60%时效果最佳。所有种群动态都具有相似的结构,但受驱动种群向S迁移2随着差距的缩小,州的规模越来越大。这种人口迁移主要发生在前25飞行时。中间时间动力学(100–150 fs)显示出人口转移的非常相似的平稳状态。当间隙减小>40%时,长时间振荡被强烈抑制。

我们得出结论:快速S1S公司2布居转移是MB单体在水中宽线性吸收光谱肩的主要驱动因素。然而,即使使用LVC哈密顿量的精确解和显式溶剂环境包含非绝热效应,我们也无法完全重现实验光谱。这种差异可能与几个因素有关。这些考虑中最实际的是,尽管后部方式改善了线的形状,它不能正确地解释结构中的互相关变化。显然,互相关的结构在驱动快速动力学和谱肩强度方面很重要,即使是适度的改变也可以减少低频展宽和更强烈地耦合高频振动。更好的电子结构方法可能会导致更准确的特性,特别是耦合谱密度和互相关。另一个改进的来源可能是在LVC模型之外加入了非线性项。例如,虽然非绝热S的能隙起伏1和S2考虑到三阶累积量线型在二阶累积量方法上提供的微小修正,线性耦合模型似乎很好地描述了状态,我们无法确定S之间的耦合有多精确1和S2由该系统的LVC哈密顿量建模。

我们提出了一种计算LVC哈密顿量的新方法,该方法使用基于张量网络的量子动力学方法,并使用来自从头算分子动力学和TDDFT。该方法已应用于水溶液亚甲基蓝(MB)线性吸收光谱中的大而奇怪的肩部,证明了振动驱动布居数从明亮的S1到黑暗的S2状态。

这种方法非常有吸引力,因为它可以应用于复杂环境中任意大的生色团,捕获溶剂极化和动力学的影响,以及光谱密度中的一些非谐性,同时仍然给出精确的量子动力学。事实上,MPS/T-TEDOPA方法在评估两个电子态之间的非绝热动力学时表现出特别高的计算效率和可承受性,通过引入额外的浴来精确地包括互相关。它很容易扩展到更多的状态,并且对复杂的线性吸收线形状特别有吸引力,在复杂的线性吸收线形状中,只需要短时间的传播来计算收敛光谱。对T-TEDOPA的进一步研究,特别是关于多时间关联函数的性质和镀液动力学的保留,对于量子动力学的计算及其在光谱学中的解释具有很大的前景。最近的一些研究利用了浴缸观察结果,40,46这将在MB的情况下进行检查。

我们注意到MB的几个关键结果。首先,根据波动统计数据,到BOM的映射和到LVC的扩展是有效的。S型1和S2状态与A耦合到高频和低频模式1对称性,而非绝热耦合是由于B2模式。在计算LVC动力学和线型时,我们发现准确解释S波动之间的相关性至关重要1和S2和平均能量差距。关联的结构导致更有效的混合,并显示出更丰富的振荡种群动力学,而能量缺口显著影响总体种群转移。LVC的大多数光谱密度和参数对溶剂模型或TDDFT计算参数相当不敏感,但平均S1–S2差距,非常敏感,难以准确评估。在计算LVC线型时,为该参数选择一个合理的值,可以使其与实验结果更加吻合。有趣的是,激发态种群动力学在长时间尺度上显示出激发态主导特征的转变迹象,如亮S之间的平均能隙1和深色S2基态几何态被简化。虽然在室温下对吸收光谱不重要,但发射光谱对激发态的详细非绝热动力学非常敏感,因为它们在溶剂中松弛。目前的数值精确方法可以扩展到这些问题,并将在未来的工作中加以研究。

更多详细信息请参见补充材料包括LVC模型参数化所示线型的数据,验证电子结构方法和振动哈密顿量选择的数据,构建哈密顿和链映射的方法,谱密度的表征(模式分配),以及计算步骤和成本。

使用MERCED集群进行计算,该集群由国家科学基金会重大研究仪器计划(批准号ACI-1429783)以及LLNL-Pascal超级计算机支持。A.J.D.承认Ecole Doctorale Physique en Ile-de-France(批准号EDPIF ED564)的支持。A.W.C.承认ANR项目(编号:195608/ACCEPT)的支持。T.J.Z.承认俄勒冈州州立大学提供的启动资金。C.M.I.获得了美国能源部科学办公室基础能源科学部的支持,奖项编号为DE-SC0020203。

作者没有冲突需要披露。

根据合理要求,可从相应作者处获得支持本研究结果的数据。本工作中报告的累积谱是使用MolSpeckPy软件包计算的,该软件包可在https://github.com/tjz21/Spectroscopy_python_code网站。所有张量网络模拟均使用MPSDynamics.jl软件包进行,该软件包位于https://github.com/angusdunnett/MPSDynamics网站

1
联邦航空局。
祖卡
,
J。
塞古拉·阿吉拉尔
,
E.公司。
法拉利
,
第页。
穆尼奥斯
,
一、。
巴黎
,
D。
苏尔寿
,
T。
萨尔纳
,
L。
卡塞拉
、和
L。
泽卡
, “
铁、多巴胺和神经黑色素通路在脑老化和帕金森病中的相互作用
,”
掠夺。神经生物学。
155
,
96
119
(
2017
).
2
M。
托伦特河
,
L.直径。
曼德梅克
,
M。
文件
,
G.公司。
德伦
,
B。
塞瓦内
,
F、。
迈勒
、和
B.M.公司。
韦克休森
, “
原型MOF的光谱、显微镜、衍射和散射:形成、催化和薄膜中的金属位置
,”
化学。Soc.版本。
49
,
6694
6732
(
2020
).
三。
答:。
马里尼
,
答:。
穆尼奥斯·卢萨
,
答:。
比安卡尔迪
、和
B。
Mennucci公司
, “
什么是溶剂变色症?
,”
《物理学杂志》。化学。B类
114
,
17128
17135
(
2010
).
4
M.R.先生。
Provorse公司
,
T。
佩耶夫
,
C、。
、和
C.M.公司。
伊斯伯恩
, “
混合量子和经典溶剂中激发能的收敛:连续介质和点电荷模型的比较
,”
《物理学杂志》。化学。B类
120
,
12148
12159
(
2016
).
5
T·J。
祖尔斯多夫
,
H。
商行
,
L。
、和
C.M.公司。
伊斯伯恩
, “
电子极化对光谱密度的影响
,”
《物理学杂志》。化学。B类
124
,
531
543
(
2020
).
6
C、。
普扎里尼
,
J。
布洛伊诺
,
N。
塔西纳托
、和
五、。
男爵
, “
准确性和可解释性:魔鬼与圣杯。计算光谱学中跨越旧边界的新途径
,”
化学。修订版。
119
,
8131
8191
(
2019
).
7
T·J。
祖尔斯多夫
,
S.V.公司。
谢奇
,
S.-Y.公司。
,
H。
商行
,
副总裁。
阿吉雷
,
L。
、和
C.M.公司。
伊斯伯恩
, “
光谱模拟中的振动和环境效应
,”
每年。物理版。化学。
72
,
165
188
(
2021
).
8
C、。
齐纳
, “
能级非绝热交叉
,”
程序。R.Soc.伦敦,Ser。A类
33
,
696
702
(
1932
).
9
高密度。
迈耶
重量小时。
米勒
, “
非绝热碰撞过程中电子自由度的经典模拟
,”
化学杂志。物理学。
70
,
3214
3223
(
1979
).
10
M。
贝尔
, “
分子系统中电子非绝热耦合项理论简介
,”
物理学。代表。
358
,
75
142
(
2002
).
11
B.F.E.公司。
屈尔绍
T·J。
马丁内斯
, “
从头算非绝热量子分子动力学
,”
化学。修订版。
118
,
3305
3336
(
2018
).
12
一、。
塔韦尔内利
,
B.F.E.公司。
屈尔绍
、和
美国。
罗思伯格
, “
考虑溶剂效应的非绝热分子动力学:水中钌(II)三(联吡啶)的LR-TDDFT QM/MM研究
,”
化学。物理学。
391
,
101
109
(
2011
).
13
答:。
查拉夫·艾丁
,
答:。
普朗沙
,
B。
Mennucci公司
,
C、。
阿达莫
、和
D。
杰奎明
, “
选择用TD-DFT计算吸收和荧光带形状的泛函
,”
化学杂志。理论计算。
9
,
2749
2760
(
2013
).
14
E.公司。
斯滕达尔多
,
F、。
阿维拉·费雷尔
,
F、。
桑托罗
、和
R。
Improta公司
, “
基于寡噻吩的推拉生物标志物溶液的吸收和发射光谱:PCM/TD-DFT振动研究
,”
西奥。化学。会计。
135
,
150
(
2016
).
15
电动汽车。
多克托罗夫
,
I.A.公司。
马尔金
、和
五、一、。
曼科
, “
多原子分子振动跃迁的动力学对称性和Franck-Condon原理
,”
《分子光谱学杂志》。
56
,
1
20
(
1975
).
16
F、。
桑托罗
,
答:。
拉米
,
R。
Improta公司
,
J。
布洛伊诺
、和
五、。
男爵
, “
计算有限温度下大分子光谱的有效方法,包括Duschinsky和Herzberg–Teller效应:Qx个卟啉谱带的研究
,”
化学杂志。物理学。
128
,
224311
(
2008
).
17
答:。
巴亚尔迪
,
J。
布洛伊诺
、和
五、。
男爵
, “
振动光谱的一般时间相关方法,包括Franck–Condon、Herzberg–Teller和Duschinky效应
,”
化学杂志。理论计算。
9
,
4097
4115
(
2013
).
18
B。
德索萨
,
F、。
尼斯
、和
R。
伊兹萨克
, “
用路径积分法从第一性原理理论预测荧光率
,”
化学杂志。物理学。
148
,
034104
(
2018
).
19
R。
伯杰
,
C、。
费希尔
、和
M。
克莱辛格
, “
高温电子谱中振动精细结构的计算。1.苯和吡嗪
,”
《物理学杂志》。化学。A类
102
,
7157
7167
(
1998
).
20
F·J·A。
费雷尔
,
R。
Improta公司
,
F、。
桑托罗
、和
五、。
男爵
, “
计算溶液中电子跃迁的非均匀展宽:第一原理量子力学方法
,”
物理学。化学。化学。物理学。
13
,
17007
17012
(
2011
).
21
F·J。
阿维拉·费雷尔
,
J。
塞雷索
,
J。
索托
,
R。
Improta公司
、和
F、。
桑托罗
, “
考虑振动结构、温度效应和溶剂不均匀加宽的溶液中吸收光谱和荧光光谱的第一原理计算
,”
计算。西奥。化学。
1040–1041
,
328
337
(
2014
)《激发态:从孤立分子到复杂环境》特刊的一部分。
22
J。
塞雷索
,
F·J。
阿维拉·费雷尔
、和
F、。
桑托罗
, “
染料敏化太阳能电池香豆素衍生物吸收光谱中的脱纠缠振动和溶剂增宽效应
,”
物理学。化学。化学。物理学。
17
,
11401
11411
(
2015
).
23
T·J。
祖尔斯多夫
C.M.公司。
伊斯伯恩
, “
结合系综和Franck-Condon方法计算溶液中分子的光谱形状
,”
化学杂志。物理学。
148
,
024110
(
2018
).
24
T·J。
祖尔斯多夫
,
J.A.公司。
那不勒斯
,
J·M·。
米兰人
,
T.E.公司。
马克兰
、和
C.M.公司。
伊斯伯恩
, “
利用核量子效应解开电子吸收光谱:水中的光活性黄色蛋白和绿色荧光蛋白生色团
,”
化学杂志。物理学。
149
,
024107
(
2018
).
25
S.V.公司。
谢奇
,
T·J。
祖尔斯多夫
,
答:。
卡纳
,
美国。
康利
、和
C.M.公司。
伊斯伯恩
, “
线性和非线性光谱模拟中的显式环境和振动效应
,”
化学杂志。物理学。
154
,
084116
(
2021
).
26
西。
Domcke公司
D.R.公司。
雅科尼
, “
圆锥交点在分子光谱和光诱导化学动力学中的作用
,”
每年。物理版。化学。
63
,
325
352
(
2012
).
27
G.公司。
奥兰迪
西。
Siebrand公司
, “
振动强度借用理论。Herzberg-Teller和Born-Oppenheimer耦合的比较
,”
化学杂志。物理学。
58
,
4513
4523
(
1973
).
28
H。
科佩尔
,
西。
Domcke公司
、和
洛杉矶。
塞德鲍姆
, “
超越Born-Oppenheimer近似的多模分子动力学
,“in
化学物理进展
,编辑人
一、。
普里果金
美国。
大米
(
威利
,
1984
),第LVII卷,pp。
59
246
29
西。
Domcke公司
,
H。
科佩尔
、和
洛杉矶。
塞德鲍姆
, “
分子势能面锥形交点的光谱效应
,”
摩尔物理学。
43
,
851
875
(
1981
).
30
总会计师。
价值
,
高密度。
迈耶
、和
洛杉矶。
塞德鲍姆
, “
模型环境对S的影响2吡嗪的吸收光谱:处理所有24个振动模式的波包研究
,”
化学杂志。物理学。
105
,
4412
4426
(
1996
).
31
标准普尔。
内维尔
,
答:。
斯托洛
、和
医学硕士。
舒尔曼
, “
最小环环丙烷的真空紫外激发态动力学。I.重新解释电子光谱和强度借用的影响
,”
化学杂志。物理学。
149
,
144310
(
2018
).
32
D.R.公司。
雅科尼
, “
非绝热量子化学的过去、现在和未来
,”
化学。修订版。
112
,
481
498
(
2012
).
33
高密度。
迈耶
,
美国。
曼特
、和
洛杉矶。
塞德鲍姆
, “
多构型时变Hartree方法
,”
化学。物理学。莱特。
165
,
73
78
(
1990
).
34
F、。
加蒂
总会计师。
价值
,英寸
多维量子动力学:MCTDH理论与应用
,编辑人
高密度。
迈耶
(
威利VCH
,
2009
).
35
M。
雅古比·朱巴里
,
年。
线路接口单元
,
R。
Improta公司
、和
F。
桑托罗
, “
胞嘧啶和1-甲基胞嘧啶两个最低明亮激发态的超快动力学:量子动力学研究
,”
化学杂志。理论计算。
16
,
5792
5808
(
2020
).
36
D。
阿兰达
F、。
桑托罗
, “
多耦合态π共轭体系的振动光谱:基于线性振动耦合模型和六螺旋烯量子动力学测试的协议
,”
化学杂志。理论计算。
17
,
1691
1700
(
2021
).
37
J.A.公司。
绿色
,
M。
雅古比·朱巴里
,
D。
阿兰达
,
R。
Improta公司
、和
F、。
桑托罗
, “
DNA和RNA光激发碱基的非绝热吸收光谱和超快动力学
,”
分子
26
,
1743
(
2021
).
38
H。
M。
托斯
, “
含时多组态Hartree理论的多层表述
,”
化学杂志。物理学。
119
,
1289
1299
(
2003
).
39
M。
施罗德
,
S.D.公司。
伊万诺夫
,
J。
舒尔茨
,
标准普尔。
波利乌托夫
,
年。
雁鸣声
,
T。
普勒特斯
、和
O。
库恩
, “
分子聚集体中Frenkel激子动力学和光谱中的激子-振动耦合
,”
物理学。代表。
567
,
1
78
(
2015
).
40
联邦航空局。
施罗德
,
D.H.博士。
涡轮机
,
A.J.公司。
穆瑟
,
N.D.公司。
海恩
、和
A.W.公司。
, “
基于机器学习和纠缠重整化的多环境开放量子动力学张量网络模拟
,”
国家公社。
10
,
1062
(
2019
).
41
J。
之前
,
A.W.公司。
下巴
,
标准F。
韦尔加
、和
医学学士。
Plenio公司
, “
有效模拟强系统-环境相互作用
,”
物理学。修订稿。
105
,
050404
(
2010
).
42
A.W.公司。
下巴
,
Á.
里瓦斯
,
标准F。
韦尔加
、和
医学学士。
Plenio公司
, “
基于正交多项式的系统-伺服量子模型与半无限离散链的精确映射
,”
数学杂志。物理学。
51
,
092109
(
2010
).
43
答:。
下巴
,
J。
之前
,
R。
罗森巴赫
,
F、。
凯西多索勒
,
标准F。
韦尔加
、和
米B。
普列尼奥
, “
非平衡振动结构在色素-蛋白质复合物电子相干和重相干中的作用
,”
自然物理学。
9
,
113
118
(
2013
).
44
美国。
肖尔沃克
, “
矩阵乘积态年龄下的密度矩阵重整化群
,”
安·物理。
326
,
96
192
(
2011
).
45
美国。
美纳利语
,
F。
加蒂
,
D。
尤奇琴科
,
P.-编号。
罗伊
、和
高-深。
迈耶
, “
多层多组态含时Hartree(ML-MCTDH)方法和密度矩阵重整化群(DMRG)方法对线性转子链基态特性的比较
,”
化学杂志。物理学。
154
,
174106
(
2021
).
46
C、。
施奈德曼
,
上午。
阿尔维茨
,
T。
温德
,
美国。
卢克曼
,
J。
,
联邦航空局。
施罗德
,
D.H.博士。
涡轮机
,
J。
,
N.D.公司。
海恩
,
北卡罗来纳州。
格林纳姆
等,“
超快单重态裂变的分子电影
,”
国家公社。
10
,
4207
(
2019
).
47
D。
塔马塞利
,
答:。
士麦那
,
J。
,
标准F。
韦尔加
、和
医学学士。
Plenio公司
, “
有限温度开放量子系统的有效模拟
,”
物理学。修订稿。
123
,
090402
(
2019
).
48
A.J.公司。
邓内特
A.W.公司。
, “
有限温度下双浴自旋玻色子模型中非平衡稳态和瞬态热流的矩阵乘积态模拟
,”
23
,
77
(
2021
).
49
A.J.公司。
邓内特
A.W.公司。
下巴
, “
有限温度下多体波函数的量子振动动力学模拟
,”
前面。化学。
8
,
600731
(
2021
).
50
O.V.公司。
夫钦尼科夫
,
交流电压。
埃夫图霍娃
,
T.S.公司。
康德拉滕科
,
医学硕士。
斯米尔诺夫
,
V.Y.公司。
霍赫洛夫
、和
O.V.公司。
艾丽娜
, “
亚甲基蓝分子FTIR光谱中分子间相互作用的表现
,”
可控震源。光谱学。
86
,
181
189
(
2016
).
51
D。
海格
,
J。
吉尔科夫斯克
、和
第页。
克拉恩
, “
亚甲基蓝在冷冻水溶液中聚集的吸收光谱研究
,”
《物理学杂志》。化学。A类
109
,
6702
6709
(
2005
).
52
总会计师。
沙欣岩
,
A.年。
阿米尔贝基恩
、和
美国。
马卡里安
, “
亚甲基蓝在水和二甲基亚砜水溶液中的光物理性质
,”
光谱学。Acta,A部分
217
,
170
175
(
2019
).
53
J.C.公司。
院长
,
美国。
拉菲克
,
D.克。
奥林斯基
,
E.公司。
盒式磁带
,
C.C.公司。
跳跃者
、和
总直径。
斯科尔斯
, “
亚甲基蓝的宽带瞬态吸收和二维电子光谱
,”
《物理学杂志》。化学。A类
119
,
9098
9108
(
2015
).
54
T.B.公司。
德奎罗斯
,
埃及共和国。
德菲格罗阿
,
医学博士。
Coutinho-Neto公司
,
C.D.公司。
麦西塞尔
,
E.公司。
塔帕维察
,
Z.公司。
哈希米
、和
L。
勒珀特
, “
亚甲基蓝的第一原理理论光谱:在时间依赖密度泛函理论近似及其在溶剂中的实际描述的局限性之间
,”
化学杂志。物理学。
154
,
044106
(
2021
).
55
M.G.公司。
马夫罗斯
,
D。
海特
、和
T。
范·沃希斯
, “
超越康顿近似的凝聚相电子转移
,”
化学杂志。物理学。
145
,
214105
(
2016
).
56
T·J。
祖尔斯多夫
,
答:。
蒙托亚·卡斯蒂略
,
J.A.公司。
那不勒斯
,
吨当量。
马克兰
、和
C.M.公司。
伊斯伯恩
, “
凝聚相的光谱:使用动态和静态方法捕获非简谐和振动特征
,”
化学杂志。物理学。
151
,
074111
(
2019
).
57
美国。
穆卡梅尔
,
非线性光谱学原理
(
牛津大学出版社
,
纽约
,
1995
).
58
M。
, “
相干二维光谱学
,”
化学。修订版。
108
,
1331
1418
(
2008
).
59
F、。
达辛斯基
,
物理学报。城市道路安全系统
7
,
411
(
1937
).
60
J.S.公司。
贝德
B.J.公司。
伯尔尼
, “
经典模拟的量子和经典弛豫速率
,”
化学杂志。物理学。
100
,
8359
(
1994
).
61
美国。
叶戈罗夫
,
K.F.公司。
埃弗里特
、和
J.L公司。
斯金纳
, “
量子动力学与振动弛豫
,”
《物理学杂志》。化学。A类
103
,
9494
9499
(
1999
).
62
H。
基姆
P.J.公司。
罗斯基
, “
从经典数据计算量子关联函数
,”
《物理学杂志》。化学。B类
106
,
8240
(
2002
).
63
美国。
瓦洛
,
答:。
艾斯菲尔德
、和
答:。
阿斯普鲁·古兹克
, “
从混合量子经典模拟看浴相关器和光谱密度的选择
,”
化学杂志。物理学。
137
,
224103
(
2012
).
64
I.R。
克雷格
D.E.博士。
马诺洛波洛斯
, “
量子统计与经典力学:环状聚合物分子动力学的实时关联函数
,”
化学杂志。物理学。
121
,
3368
(
2004
).
65
R。
拉米雷斯
,
T。
洛佩兹城
,
第页。
库马尔P
、和
D。
马克思
, “
经典时间相关函数的量子修正:氢键和非简谐松驰模
,”
化学杂志。物理学。
121
,
3973
(
2004
).
66
T。
帕赫
,
洛杉矶。
塞德鲍姆
、和
H。
科佩尔
, “
电子哈密顿量块对角化的近似非绝热态
,”
化学杂志。物理学。
89
,
7367
7381
(
1988
).
67
J·E。
苏博特尼克
,
美国。
埃格
,
R·J。
洞穴
、和
文学硕士。
评级机构
, “
从绝热态构造绝热态:利用Boys局部化将广义Mulliken–Hush推广到多电荷中心
,”
化学杂志。物理学。
129
,
244101
(
2008
).
68
T。
范·沃希斯
,
T。
科瓦尔奇克
,
B。
卡杜克
,
左旋-右旋。
,
C.-L.公司。
、和
问。
, “
电子转移、反应势垒和分子动力学的非绝热图
,”
每年。物理版。化学。
61
,
149
170
(
2010
).
69
C.E.公司。
霍耶
,
X。
,
D。
妈妈
,
L。
加利亚迪
、和
D.克。
特鲁勒
, “
基于偶极和四极的糖尿病:DQ方法
,”
化学杂志。物理学。
141
,
114104
(
2014
).
70
G.R.公司。
Medders公司
,
欧洲委员会。
阿尔奎尔
,
答:。
耆那教
、和
J·E。
苏博特尼克
, “
通过锥形交叉点的超快电子弛豫:通过基于振子强度的绝热化框架解缠结的非绝热动力学
,”
《物理学杂志》。化学。A类
121
,
1425
1434
(
2017
).
71
M.F.公司。
Gelin公司
R。
博雷利
, “
通过热场动态传感器串方法模拟有限温度下的非线性飞秒信号:Fenna–Matthews–Olson复合体时间和频率分辨荧光的一般理论和应用
,”
化学杂志。理论计算。
17
,
4316
(
2021
).
72
T·J。
祖尔斯多夫
,
H。
商行
,
L。
、和
C.M.公司。
伊斯伯恩
, “
凝聚相的非线性光谱:Duschinsky旋转和三阶累积量贡献的作用
,”
化学杂志。物理学。
153
,
044127
(
2020
).
73
第页。
伊士曼
,
J。
沼泽地
,
J·D·。
乔德拉
,
R.T.公司。
麦吉本
,
年。
,
英国。
波尚
,
左旋-右旋。
,
交流。
西莫奈特
,
M.P.公司。
哈里根
,
C.D.公司。
斯特恩
,
钢筋混凝土。
维维奥拉
,
B.R.公司。
布鲁克斯
、和
V.S.公司。
潘德
, “
OpenMM 7:快速开发用于分子动力学的高性能算法
,”
公共科学图书馆计算。生物。
13
,
电子1005659
(
2017
).
74
W.L.公司。
约根森
,
J。
钱德拉塞卡
、和
J·D·。
马杜拉
, “
模拟液态水的简单势函数的比较
,”
化学杂志。物理学。
79
,
926
(
1983
).
75
J.T.公司。
霍顿
,
A.E.答。
艾伦
,
洛杉矶。
多达
、和
D.J.博士。
科尔
, “
QUBEKit:从量子力学自动推导力场参数
,”
化学杂志。信息模型。
59
,
1366
1381
(
2019
).
76
I.S.公司。
Ufimtsev公司
T·J。
马丁内斯
, “
图形处理单元上的量子化学。3.分析能量梯度和第一原理分子动力学
,”
化学杂志。理论计算。
5
,
2619
2628
(
2009
).
77
T。
亚奈
,
D.P.公司。
图瓦
、和
北卡罗来纳州。
轻便
, “
使用库仑衰减方法的新型混合交换相关函数(CAM-B3LYP)
,”
化学。物理学。莱特。
393
,
51
57
(
2004
).
78
C.M.公司。
伊斯伯恩
,
N。
吕尔
,
I.S.公司。
Ufimtsev公司
、和
T·J。
马丁内斯
, “
图形处理单元上具有组态相互作用单体的激发态电子结构和Tamm–Dancoff时变密度泛函理论
,”
化学杂志。理论计算。
7
,
1814
1823
(
2011
).
79
P.J.公司。
史蒂芬
,
F·J。
德夫林
,
成本加运费。
查巴洛夫斯基
、和
医学博士。
弗里希
, “
振动吸收的从头计算
,”
《物理学杂志》。化学。
98
,
11623
11627
(
1994
).
80
米。
兹维尔
,
J·M·。
肖布
、和
业务伙伴。
克鲁格
, “
凝聚相溶质光谱特性的混合分子动力学-量子力学模拟:模拟参数的评估
,”
J.计算。化学。
28
,
1572
1581
(
2007
).
81
上午。
罗斯尼克
C、。
科鲁切特
, “
基于量子力学/分子力学-分子动力学模拟的水溶性叶绿素结合蛋白光谱密度的理论表征
,”
化学杂志。理论计算。
11
,
5826
5837
(
2015
).
82
美国。
钱德拉塞克兰
,
M。
阿赫塔
,
美国。
瓦洛
,
答:。
阿斯普鲁·古兹克
、和
美国。
克莱内卡瑟夫
, “
力场和量子化学方法对BChla在溶液和FMO蛋白中光谱密度的影响
,”
《物理学杂志》。化学。B类
119
,
9995
10004
(
2015
).
83
C.W.公司。
基姆
,
J·W·。
公园
、和
年/月。
李(Rhee)
, “
生色团势模型对激子-声子相互作用描述的影响
,”
《物理学杂志》。化学。莱特。
6
,
2875
2880
(
2015
).
84
M·K。
D.F.公司。
焦化装置
, “
光捕获复合物中激发能传递过程的电子-核相互作用建模
,”
《物理学杂志》。化学。莱特。
7
,
3171
3178
(
2016
).
85
O。
安德烈西
,
I.G.公司。
普兰迪
,
M。
坎佩特拉
,
G.公司。
普兰波利尼
、和
B。
Mennucci公司
, “
为质量管理应用量身定制的经典力场:这真的是一种可行的策略吗?
,”
化学杂志。理论计算。
13
,
4636
4648
(
2017
).
86
医学硕士。
,
T·J。
祖尔斯多夫
,
T。
莫拉维茨
,
C.M.公司。
伊斯伯恩
、和
T.E.公司。
马克兰
, “
利用机器学习有效预测复杂环境中的多维光谱
,”
《物理学杂志》。化学。莱特。
11
,
7559
7568
(
2020
).
87
T·J。
祖尔斯多夫
,Molspeckpy:光谱学python代码,可在github上获得:https://github.com/tjz21/spectroscopy_python_code网站,
2021
88
J。
海格曼
,
C、。
卢比希
,
一、。
Oseledets公司
,
B。
范德雷肯
、和
F、。
弗斯特雷特
, “
用矩阵乘积状态统一时间演化和优化
,”
物理学。版本B
94
,
165116
(
2016
).
89
B。
克劳斯
,
Y.B.公司。
列夫
、和
D。
赖奇曼
, “
矩阵乘积状态流形中的时间相关变分原理:陷阱和潜力
,”
物理学。版本B
97
,
024307
(
2018
).
90
答:。
邓内特
、Mpsynamics、,
2021
91
西。
高茨基
, “
算法726:ORTHPOL–生成正交多项式和高斯型求积规则的例程包
,”
ACM事务处理。数学。软件
20
,
21
62
(
1994
).
92
M。
伍兹
,
M。
克拉默
、和
M。
Plenio公司
, “
用误差棒模拟玻色槽
,”
物理学。修订稿。
115
,
130401
(
2015
).
93
答:。
费尔南德斯·佩雷斯
,
T。
巴尔德斯·索利斯
、和
G.公司。
马尔班
, “
水中亚甲基蓝的可见光光谱分析;共振虚拟平衡假说
,”
染色猪。
161
,
448
456
(
2019
).
94
F·J。
阿维拉·费雷尔
F、。
桑托罗
, “
计算电子光谱振动结构的垂直和绝热谐波方法的比较
,”
物理学。化学。化学。物理学。
14
,
13549
13563
(
2012
).

补充材料