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.1989年1月4日;9(1):21-32.
doi:10.1161/01.atv.9.1.21。

蛋白质-糖胺聚糖相互作用的分子模拟

附属公司

蛋白质-糖胺聚糖相互作用的分子模拟

A D卡丁等。 动脉硬化. 1989年1月至4月.

摘要

根据碱性和非碱性残基的序列组织,21个蛋白质中的49个区域被鉴定为潜在的肝素结合位点。利用卵黄凝集素、载脂蛋白E和B-100以及血小板因子4中12个已知的肝素结合序列,形成两个搜索字符串,用于识别其他蛋白质中潜在的肝素连接区域。糖胺聚糖识别的共识序列被确定为[-X-B-B-X-B-X-X-X-X--]和[-X-B-B-X-X-B-X-B-X-],其中B是基本残基的概率,X是亲水残基。然后对内皮细胞生长因子、紫癜素和抗凝血酶Ⅲ中的肝素结合域进行预测。根据预测算法和圆二色性研究,许多符合这些一致模体的自然序列显示出显著的两亲周期性,具有α-螺旋构象和β-链构象。对卵黄凝集素的肝素结合域进行了建模,形成了一个亲水口袋,包裹并折叠在肝素八糖上,形成互补结构。我们认为,这些一致序列元素形成了识别蛋白质中多阴离子的潜在核化位点,并可能为识别其他蛋白质中的肝素结合区域提供有用的指导。本文讨论了蛋白-糖胺聚糖相互作用在动脉粥样硬化中的可能相关性。

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