Identification of novel regulatory factor X (RFX) target genes by comparative genomics in Drosophila species

doi:10.1186/gb-2007-8-9-r195

.2007;8（9）：R195。

doi:10.1186/gb-2007-8-9-r195。

果蝇新的调节因子X（RFX）靶基因的比较基因组学鉴定

安妮·劳伦松¹, 拉斐尔·杜布瑞尔, 叶夫根·埃菲门科, 纪尧姆·格雷尼尔, 瑞恩·比塞特, 伊丽莎白·科尔蒂尔, 费雯·罗兰, 彼得·斯沃博达, 贝内迪克特·杜兰德

附属公司

PMID： 17875208
预防性维修识别码： PMC2375033型
内政部： 10.1186/gb-2007-8-9-r195

果蝇新的调节因子X（RFX）靶基因的比较基因组学鉴定

安妮·劳伦松等。基因组生物学. 2007.

.2007;8（9）：R195。

doi:10.1186/gb-2007-8-9-r195。

作者

安妮·劳伦松¹, 拉斐尔·杜布鲁伊尔, 叶夫根·埃菲门科, 纪尧姆·格雷尼尔, 瑞恩·比塞特, 伊丽莎白·科尔蒂尔, 费雯·罗兰, 彼得·斯沃博达, 贝内迪克特·杜兰德

附属

¹法国里昂里昂大学F-69003。laurencon@cgmc.univ-lyon1.fr。

PMID： 17875208
预防性维修识别码： PMC2375033型
内政部： 10.1186/gb-2007-8-9-r195

摘要

背景：调节因子X（RFX）转录因子在线虫、果蝇和小鼠的纤毛组装中起着关键作用。利用比较基因组学在近缘物种中的巨大优势，我们在果蝇中发现了受dRFX调控的新基因。

结果：我们首先证明，秀丽隐杆线虫和果蝇中的一组已知纤毛基因受dRFX调节，并且在两个高度分化的果蝇物种的启动子中具有保守的RFX结合位点（X-box）。然后我们设计了一个X盒共识序列，并进行了全基因组计算机屏幕，以识别RFX控制下的新基因。我们在这两个物种中发现412个基因共享ATG上游的保守X盒，其中83个基因的共识较为有限。我们分析了这83个基因中的25个，其中16个确实是RFX靶基因。其中两个从未被描述为与纤毛发生有关。此外，报告人构建的表达分析显示，所鉴定的三个基因编码的蛋白质专门定位于果蝇感觉神经元的纤毛末端。

结论：我们的X盒搜索策略导致在果蝇中识别出与感觉纤毛发生有关的新RFX靶基因。我们还建立了一个非常有价值的果蝇纤毛和基本身体数据集。这些结果证明了X盒筛查的准确性，并将有助于确定人类纤毛病的候选基因，因为已知RFX靶基因的几个人类同源物与疾病有关，例如Bardet-Biedl综合征。

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数字

图1
体内观察受控制的报告结构或*德国复兴信贷银行*-有缺陷的果蝇.（a）两个典型的脊索器官示意图果蝇腿或天线。树突和纤毛末端的不同节段如图所示。感觉神经元有一个纤毛（箭头）从树突（箭头）延伸。**（b）**GFP驱动表达的实时共焦图像*渗透压-1*对照股骨中的转基因。**（c）**GFP表达式在*德国复兴信贷银行*突变背景。**（d-i）**用抗ELAV（红色）和抗GFP（绿色）标记的脊索神经元的共聚焦成像。*oseg1-GFP*（d）控制苍蝇和（e）a中的表达*德国复兴信贷银行*突变背景。请注意*oseg1绿色荧光蛋白*在突变背景下表达不受影响。*CG3259-GFP标准*（f）对照苍蝇和（g）中的表达*德国复兴信贷银行*变种苍蝇。报告构造表达在突变背景下完全关闭。成年苍蝇触角上的约翰斯顿器官*CG9227-GFP标准*转基因在（h）控制和（i）*德国复兴信贷银行*突变蛹。注意突变背景中没有表达。比例尺=10μm。

图2
促销员比较果蝇物种。不同之间的序列一致性（50-100%）果蝇物种范围从*D.黑腹果蝇*到最遥远的地方*D.雄性*在VISTA界面[91]中为两个*德国复兴信贷银行*靶基因，*CG9595型*(*osm-6/NDG5*)和*CG8853型*(*IFT55/che-13/河马*). 编码序列用深蓝色表示，未翻译区域用浅蓝色表示，其他保守区域用粉红色表示。基因方向由水平箭头表示。每个基因的保守X盒的位置由编号的垂直箭头指示。注意，对于*渗透压-6*是一个保守的序列块，而其他(*渗透压-6*和*支票-13*)不是。

图3
DCBB基因集与纤毛蛋白质组和纤毛数据库的比较。维恩图显示了三个数据集之间的重叠：纤毛蛋白质组[46,48]；ciliome[47,49]和DCBB（附加数据文件2）。星号表示这项研究。注意，在这三个数据集中只发现了412个常见基因。括号中注明了1462、412或83个X盒基因列表（表4）中的基因数量。在不同研究中选择的用于构建每个数据集的基因数量在附加数据文件3中给出。

图4
报告者对三个含有X盒基因的GFP表达研究。**（a）**Ⅰ型感觉神经元的立体排列果蝇胚胎，位于左侧前方，用21A6抗体染色，放大一个腹部节段的背侧和外侧神经元，如（f，k）所示。箭头表示五个外侧脉络膜神经元（ch），箭头指向外部感觉器官的神经元。**（b）**两个典型的脊索器官示意图果蝇.（c-l）携带启动子区域和编码序列融合到GFP的转基因株GFP表达的共焦成像*CG6129/根素*（c-e），*CG31036号*（f-h）和*CG13125/TbCMF46*（k，l）。GFP的表达仅见于*D.黑腹果蝇*其中嵌合GFP蛋白定位于睫状体。（c）*CG6129:：GFP*报告基因表达（绿色）在胚胎脊索器官中观察到，主要沿着从纤毛底部到细胞体的树突。21A6抗体（红色，见材料和方法）标记纤毛的睫状体扩张。（d，e）雄性三龄幼虫的横向五头虫脊索动物器官的活体GFP成像*德国复兴信贷银行*缺陷（e）和对照（d）同胞。这个*elav-RFP公司*expression（红色）标记所有神经元。*CG6129/根素*受监管*德国复兴信贷银行*因为在*德国复兴信贷银行*缺乏幼虫。（f-h）*CG31036:：GFP*在外部感觉神经元（f中的箭头）和胚胎中的脊索神经细胞（f-h）中均观察到报告基因表达（绿色）。21A6抗体（红色）标记树突尖端的睫状体扩张。CG31036:：GFP蛋白定位似乎略有不同，这取决于使用的固定剂（多聚甲醛（g），甲醇（h））。（i-j）免疫检测72小时蛹腿部脉络膜器官中CG31036:：GFP的表达*德国复兴信贷银行*缺乏（j）或对照（i）同胞。抗ELAV抗体（红色）标记所有神经元。不*CG31036:：GFP*在中观察到表达*德国复兴信贷银行*缺蛹（j）。（k，l）*CG13125:：GFP*通过免疫检测可以观察到胚胎脊索器官（k，l中的箭头）和外部感觉神经元（k中的箭头（k））中的表达。外侧脉络膜器官的高倍放大（l）显示GFP与21A6免疫染色（红色）相对应。比例尺=10μm。

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