Whole-genome analysis of human influenza A virus reveals multiple persistent lineages and reassortment among recent H3N2 viruses

doi:10.1371/journal.pbio.0030300

.2005年9月；3（9）：e300。

doi:10.1371/journal.pbio.0030300。 Epub 2005年7月26日。

人类甲型流感病毒的全基因组分析揭示了近期H3N2病毒的多重持续谱系和重组

爱德华·C·福尔摩斯¹, 埃洛迪·盖丁, 纳奥米·米勒, 吉儿泰勒, 《一鸣报》, 克里斯汀·圣乔治, 布莱恩·T·格伦费尔, 史蒂文·L·萨尔茨伯格, 克莱尔·弗雷泽, 大卫·J·利普曼, 杰弗里·托本伯格

附属公司

PMID： 16026181
预防性维修识别码：项目经理1180517
内政部： 10.1371/日记.pbio.0030300

人类甲型流感病毒的全基因组分析揭示了近期H3N2病毒的多重持续谱系和重组

爱德华·C·福尔摩斯等。公共科学图书馆生物. 2005年9月.

.2005年9月；3（9）：e300。

doi:10.1371/journal.pbio.0030300。 Epub 2005年7月26日。

作者

爱德华·C·福尔摩斯¹, 埃洛迪·盖丁, 纳奥米·米勒, 吉儿泰勒, 《一鸣报》, 克里斯汀·圣乔治, 布莱恩·格伦费尔, 史蒂文·萨尔茨伯格, 克莱尔·弗雷泽, 大卫·J·利普曼, 杰弗里·托本伯格

附属

¹美国宾夕法尼亚州大学公园宾夕法尼亚州立大学生物系传染病动力学中心。

PMID： 16026181
预防性维修识别码：项目经理1180517
内政部： 10.1371/期刊.pbio.0030300

摘要

了解甲型流感病毒在人类中的进化对于监测和疫苗株选择非常重要。我们对1999年至2004年间从美国纽约州采集的156个H3N2流感病毒全基因组进行了系统发育分析，并观察到不同人群频率的多个共循环分支。令人惊讶的是，对单个基因片段进行的系统发育推断表明，这些分支之间发生了多次重组事件，因此至少自2000年以来存在的一个H3N2病毒分支为2002-2003年流感季节后采集的所有H3N1病毒提供了血凝素基因。这一重组事件可能是导致2003-2004年流感季节类似A/福建/411/2002疫情的抗原变异流感株的祖先。然而，尽管共享相同的血凝素，这些在系统发育上不同的病毒谱系继续在同一人群中共同传播。这些数据来源于H3N2病毒的首次大规模分析，令人信服地证明，多个血统可以以流行病学上有意义的方式共存、持续和重组，并强调了基因组分析对未来流感监测的重要性。

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数字

**图1。1999-2004年纽约州甲型流感病毒连锁主要编码区的进化关系**
为了清晰起见，最大似然系统发育树以中点为根，所有水平分支长度均按比例绘制。显示了关键节点的引导值。指示了分支A（浅蓝色）、分支B（黄色）和分支C（红色）的分离株，以及参与其他重组事件的分离株：A/NewYork/2003年11月（橙色）、A/NewYork/182/2000（深蓝色）、A/NewYork/137/1999和A/NewYork/138/1999（绿色）。

**图2。1999-2004年纽约州甲型流感病毒个体主要编码区的进化关系**
为了清晰起见，所有最大似然系统发育树都是中点根，所有水平分支长度都是按比例绘制的。显示了分支A、B和C的引导值。颜色如图1所示。

**图3。1999-2005年哺乳动物宿主197个NA序列的进化关系**
为了清晰起见，最大似然系统发育树是以中点为根的，所有水平分支长度都是按比例绘制的。显示了分支A、B和C的引导值。颜色如图1所示。

**图4。1999-2004年哺乳动物宿主HA1序列256个序列的进化关系**
为了清晰起见，最大似然系统发育树基于一组不同的人类和猪病毒，所有水平分支长度均按比例绘制。显示了关键节点的引导值。颜色如图1所示，黄色表示从扩展的NA数据集分析中确定为B族病毒的所有病毒。A和B两个分支之间重配事件的系统发育位置设置在较老的B分支内最基本的A分支病毒的位置，这是根据NA分析确定的。还显示了位于155和156位点的两个关键抗原突变的系统发育位置。

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1. Cox NJ，Subbarao K。全球流感流行病学：过去和现在。《医学年鉴》2000年版；51:407–421.-公共医学
1. Simonsen L、Fukuda K、Schonberger LB、Cox NJ。流感疫情对住院的影响。传染病杂志。2000;181:831–837.-公共医学
1. Thompson WW、Shay DK、Weintraub E、Brammer L、Cox N.美国与流感和呼吸道合胞病毒相关的死亡率。睡衣。2003;289:179–186.-公共医学
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[3] Cox NJ，Subbarao K。全球流感流行病学：过去和现在。《医学年鉴》2000年版；51:407–421.-公共医学

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[8] Thompson WW、Shay DK、Weintraub E、Brammer L、Cox N.美国与流感和呼吸道合胞病毒相关的死亡率。睡衣。2003;289:179–186.-公共医学

[9] Webby RJ、Webster RG。我们准备好应对大流行性流感了吗？科学。2003;302:1519–1522.-公共医学

[10] Webby RJ、Webster RG。我们准备好应对大流行性流感了吗？科学。2003;302:1519–1522.-公共医学

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