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了解主要PDB结构质量指标,包括验证滑块图形中的指标;PDB结构质量在整个归档中是如何变化的;并从RCSB.org中确定好的研究结构。
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学习如何使用RCSB.org功能在实验确定的PDB结构上下文中导航3D预测的蛋白质结构。提供了两个案例研究:低密度脂蛋白受体适配器蛋白1(LDLRAP1)和II类氨酰-tRNA合成酶。
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Mol*(MolStar)是RCSB.org上提供的一个web应用程序,旨在以3D方式可视化生物分子结构。
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本网络研讨会以SARS-CoV-2主要蛋白酶为例,介绍或加强RCSB.org资源在蛋白质结构和功能教学中的使用。
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本课程向用户介绍RCSB.org网站的两个主要API:数据API和搜索API。现场课程由两部分组成:第1部分介绍API的专题讲座(10月12日)第2部分两次(10月19日和Otober 24日)举行了特色实践环节。实践环节包括两个编码示例演示,然后在休息室中进行实践编码。本在线课程仅提供第2部分中的编码演示。
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了解PDBx/mmCIF数据字典和文件格式的基础知识,它们是PDB中200000多个实验测定三维生物结构存档的基础。了解用于生成和使用PDBx/mmCIF文件的软件工具,以及用于获取PDB数据的编程访问。
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2022年8月,除了RCSB.org网站上约200000个实验确定的PDB结构外,RCSB PDB还允许访问AlphaFoldDB和RoseTTAFold的约100万个计算结构模型(CSM)。举办了虚拟速成课程,以告知RCSB.org用户如何使用定制开发的RCSB PDB工具搜索、可视化和分析CSM以及实验确定的PDB结构。
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在这个虚拟课程中,参与者有机会学习与蛋白质结构相关的工具、可视化以及集成到DOE KBase中的工作流。本课程由RCSB PDB和DOE KBase联合组织。
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这是IQB速成课程的第二部分,旨在向生命科学家介绍使用Python解决问题的能力和灵活性。本课程首先简要回顾了Python和Jupyter Notebook环境,然后深入研究了Pytython库和各种类型的数据。
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本研讨会通过介绍特定的编码技能,让生命科学家熟悉使用Python解决问题的能力和灵活性,并深入了解可用于科学计算的更广泛的开放存取资源和库。本课程由罗切斯特理工学院(RIT)生物化学教授Paul A.Craig和分子科学软件研究所(MolSSI)软件科学家Jessica A.Nash主持
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这些材料被用于2020年6月为本科生研究人员举办的训练营,该训练营通过使用各种结构生物信息学工具探索氨基酸序列和3D原子级结构,虚拟地了解了蛋白质在新冠肺炎大流行前六个月的演变过程。
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