下载PDB-REDO软件
如果您使用敏感数据，可以在本地安装PDB-REDOLinux和WSL.您还可以使用它来运行大量自定义PDB-REDO作业。或者，您可以使用PDB-REDO API提交批量自定义计算。
下载PDB-REDO条目
您可以使用您喜爱的分子图形程序或手动下载PDB-REDO条目。你也可以立即下载整个数据库。以下是一些基本示例，更多数据来自PDB-REDO下面描述了数据库。
分子图形：
通过网站或使用手动下载（单个条目）wget公司:
wget公司https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final.pdb下载完全优化的（重新定义和重建）PDB文件。wget公司https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final.mtz下载要生成的MTZ文件电子密度图。wget公司https://pdb-redo.eu/db/9xyz/zipped下载PDB-REDO条目的所有文件。
使用下载整个PDB-REDO数据库远程同步:
rsync-av--exclude=阁楼rsync://rsync.pdb-redo.eu/pdb-redo/pdb-redo/下载当前条目。rsync-avrsync://rsync.pdb-redo.eu/pdb-redo/pdb重做/下载整个存档。
许可证
在这里您可以找到数据使用许可证。
PDB-REDO条目描述
每个PDB-REDO条目都由一组文件组成，这些文件描述了不同状态下的结构模型（原件，重新定义、重新定义和重建）。一些数据是为了便于数据挖掘而提供的。桌子如下所示虚拟条目的文件的典型URL9千赫兹.
| 描述 |
典型URL（用于虚拟条目9xyz） |
| 原子坐标 |
| 初始模型 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_0cyc.pdb.gz |
| 重新定义（仅）模型 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_besttls.pdb.gz |
| 重新定义和重建结构模型 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final.pdb |
| 用总B因子（PDB）重新定义和重建结构模型 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final_tot.pdb |
| 重新定义和重建结构模型，总B因子（mmCIF） |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final.cif |
| 电子密度 |
| 映射原始模型的系数 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_0cyc.mtz.gz |
| 重新细化（仅）模型的映射系数 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_besttls.mtz.gz |
| 重新定义和重建结构模型的映射系数 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final.mtz |
| 验证数据 |
| WHAT_CHECK初始模型报告 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/wo/pdbout.txt |
| 重新定义（仅）模型的WHAT_CHECK报告 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/wc/pdbout.txt |
| 重新定义和重建模型的WHAT_CHECK报告 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/wf/pdbout.txt |
| 初始、重新定义和重建结构的配体和配体相互作用数据模型 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_ligval.json（仅适用于带有配体的条目；JSON架构) |
初始模型的地图拟合分数
（RSCC、RSR、EDIAm、OPIA） |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_0cyc.json.gz(JSON架构) |
| 重新定义和重建模型的地图拟合分数 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final.json(JSON架构) |
| 模型改进滑块的数据 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/pdbe.json(JSON架构) |
| 可视化工具 |
| 显示模型更改的COOT脚本 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final.py（Python）或https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final.scm（方案） |
| 描述性数据 |
| 用于数据挖掘的PDB-REDO统计数据（晶体参数、R因子、验证分数等） |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/data.json(JSON架构) |
| PDB-REDO数据库中的同源条目列表 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_available_homors.json(JSON架构) |
| 重新细化和重建模型的DSSP分析 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/9xyz_final.dssp |
| 使用的所有程序的软件版本 |
https://pdb-redo.eu/db/9xyz/versions.json(JSON架构) |
