Pathway工具软件
Pathway Tools生物信息学软件Pathway Tools是一个综合系统-生物软件与关联的系统BioCyc数据库收集并支持生物信息学中的几个用例：
- 特定组织数据库的开发将许多生物信息学数据类型，包括基因组、代谢途径、，和监管网络。
- 代谢重建和代谢流量建模使用通量平衡分析。
- 科学可视化和网络发布其中之一特定于生物体的数据库，包括：
- 基因表达、代谢组学和多组学数据集分析，包括路径分析并将组学数据绘制到全代谢网络、全调控网络的图表上，和全基因组。
- 比较基因组和通路分析。
- 生物网络分析：
- 搜索指定代谢物之间的路线
- 寻找死亡代谢物
- 识别代谢网络中的瓶颈（潜在药物靶点）
Pathway工具组件
- 病理学：创建包含预测代谢途径的新路径/基因组数据库（PGDB）输入Genbank条目。路径是根据MetaCyc公司路径数据库。
- 路径/基因组导航器：支持PGDB的查询、可视化和分析。导航器为BioCyc网站供电生物周期组织.
- MetaFlux公司：支持代谢流量模型的开发和执行。
- 路径/基因组编辑：为PGDB提供交互式编辑功能。
请参阅Pathway工具概述文件有关软件功能的更多详细信息。 Pathway Tools由开发彼得·D·卡普和同事这个生物信息学研究小组SRI国际。
Pathway工具可用性
Pathway Tools是免费用于研究目的学术、非营利和政府机构
Pathway Tools出版物
对Pathway工具的贡献我们征集新的Pathway Tools的功能。这绝不是独家的列表，而是一组可能贡献的想法。贡献可以直接集成到Pathway Tools构建中在SRI，或者可以由作者单独分发以供加载进入Pathway Tools。Pathway Tools源代码可用。感兴趣吗？联系人.
- 将生物信息学预测算法与Pathway Tools接口，以便预测由这些工具生成的可以集成到PGDB中。示例预测因子可以包括蛋白质细胞位置的预测因子，或监管要素。
- 为Pathway Tools贡献新的比较功能。
- 为Pathway Tools贡献代谢工程能力。
过去的贡献者我们衷心感谢以下贡献：
- 开发PerlCyc公司Boyce Thompson Institute的Lukas Mueller编写的Perl API到Pathway工具
- 开发Java循环TAIR项目的Java API到Pathway Tools
- 开发RCyc公司斯坦福大学Tomer Altman R项目API
- Broad Institute的Jeremy Zucker开发SBML输出模块
Pathway Tools用户组会议
其他路径工具信息
联系我们要报告软件错误或其他问题，请联系我们.订阅Pathway Tools邮件列表。邮件列表成员接收定期新闻和有关Pathway Tools的更新，例如关于新工具的公告软件和数据库的版本。邮件量为每月1-2份公告。要订阅Pathway Tools邮件列表，请发送电子邮件至用这个词订阅在主题中。 要取消订阅，请发送电子邮件至用这个词退订在主题中。 资金来源Pathway Tools的开发由R01AI160719和美国国立卫生研究院的1R24GM150703；国家科学基金会授予NSF2109898。
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