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常见问题
问:
我如何获得一个或多个物种中没有同源基因的基因列表?
答:
如果你想获得没有同源基因的基因
一
其他物种,你可以
使用
获取两个基因组之间的同源序列
搜索。
低于
可选-仅返回以下项的唯一基因:
选择物种
获取基因。
注:inparalogs作为唯一基因被包括在内,但被指明
与结果相似。
如果你想获得没有同源基因的基因
倍数
物种,使用
比较基因组与比较基因组中的直方图
搜索。
这是一个2步
搜索。
在步骤1中,选择要比较的基因组。
在搜索的第2步中,您可以选择
缺少正射影像
对于所有你想用来排除你体内基因的物种
当存在直系基因时索引基因组。
这将给你的基因在所有的
选择的基因组。
问
为什么此直方图/分析没有直方图分类?
答:
Ortholuge使用一个外群物种来计算它的系统发育比率
用于观察正交散度。
如果没有合适的外群物种,
只有交互最佳BLAST预测才能用于分析。
当有可用的外群物种时,一对同源基因将
当外群基因组中有基因时,进行Ortholuge分类
这与比较物种中的两个直系同源。
如果这个外群体
基因缺失,无法进行Ortholuge评估。
问:
我可以查看同源基因的基因上下文(或相邻基因)吗?
答:
我们在
获取正交图
单个基因
和
获取两个基因组之间的同源序列
搜索。
检查
远离的
是的
在下面
显示基因上下文
显示中的基因上下文
结果表。
问:
基因颜色在基因背景图像中意味着什么?
答:
基因根据其亚细胞定位进行染色。
红色
,细胞质;
黄色的
周质膜;
橙色
,细胞质膜;
绿色
,外膜;
蓝色
,细胞外;
灰色
,未知。
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