OMArk基于靶蛋白组使用现存物种基因库重建的选定谱系的共同祖先的预期基因库。O标记结果分为两部分：完整性和全蛋白质组评估.
完整性统计是估计物种的实际基因含量在蛋白质组中所占的比例。它通过寻找保守基因家族的代表（在这里表示为HOG:层次同源群）——至少存在于80%所选谱系的物种，预计会出现。
结果代表了基因组中发现或未发现的HOG的比例，并分为三部分：
该基因家族由蛋白质组中的一个基因表示。
该基因家族由蛋白质组中的多个基因表示。
该基因家族在蛋白质组中没有表示。
整体蛋白质组评估给出了由与已知同源物一致的基因模型组成的蛋白质组的比例估计，以及错误的比例。这是基于与目标物种相同谱系的所有现存物种的基因含量的比较。
一致性：最近基因家族来自所选谱系的基因比例。
污染：最近的基因家族来自另一谱系且可能来自污染或水平基因转移的基因比例（多个基因与该谱系的代表相关联）
不一致的：最接近的基因家族来自另一谱系但可能由噪声导致的基因比例（可能存在可疑的基因模型/非编码区的虚假注释）
未知：未发现最接近同源基因的基因比例-可能是虚假基因或孤儿物种特定基因
来自前三类的基因也可以标记为：
来自其最接近的基因家族的具有共享k-mer含量的序列少于80%的基因。
长度小于其最近基因家族中位数基因含量一半的基因
高质量蛋白质组通常具有高一致比例,无污染、和低部分映射和碎片.
OMArk统计数据是使用OMA数据库中的物种分布进行计算的，因此世系的采样和多样性会有所不同。因此，不建议将结果与不同谱系物种的结果进行比较，最好与其他相近物种进行比较。
比较视图允许进行这样的比较——根据经验法则，如果与同一范围的物种相比，缺失比例更低（或类似），一致比例更高（或相似），则认为结果令人满意。
此处显示的所有蛋白质组均于2022年2月从Uniprot下载
OMArk是一个评估从基因组序列（也称为蛋白质组）注释的基因库质量的软件。它依赖于与目标物种的预测祖先基因库和近亲物种的现有基因库的比较：
