标签:SARS-CoV-2型

NCBI病毒SARS-CoV-2变种中的自动世系定义概述

NCBI病毒SARS-CoV-2变种中的自动世系定义概述

最近,NCBI病毒SARS-CoV-2变型概述 已移动来自手册自动化流程对于选择定义谱系所需的突变(例如。, 奥米克龙,BA.2、,约1等). 通过此更新,SARS-CoV-2变型概述提供保险范围 全部的SARS-CoV-2型血统并且不再限于只有血统疾病预防控制中心地位. 这个SARS-CoV-2变型概述网站报告分析两者的结果GenBank(基因银行)和未装配序列读取存档(SRA公司)序列数据. 允许 查看地理和频率趋势 属于记录分配给Pango血统 搜索序列记录使用血统定义或其他突变(示例如图1所示)  继续阅读“NCBI病毒SARS-CoV-2变种中现已提供自动世系定义概述”

成功的NCBI-NIAID Codeathon探索了群体基因组中的VCF文件

成功的NCBI-NIAID Codeathon探索了群体基因组中的VCF文件

变量调用格式(VCF)文件提供了一种记录和共享样本中遗传变异信息的关键方法。NCBI与国家过敏和传染病研究所(NIAID)共同主办人口基因组编码马拉松的VCF文件 (7月31日至8月4日)。这场比赛的重点是利用VCF文件的创新方法,利用来自国家医学图书馆(NLM)和NCBI的SARS-CoV-2变体调用管道这一虚拟活动取得了巨大成功,汇集了病毒进化、分子流行病学和人群基因组学方面的专家。  

我们获得了出色的参与和参与!

  • 62来自世界各地学术界、政府和行业的参与者 
  • 8 团队合作并致力于下列项目 
  • 5,000+ 对最终演示文稿的看法 
  • 100+ 强有力的申请人 
  • 21 不同的国家代表

继续阅读“成功的NCBI-NIAID Codeathon探索了群体基因组中的VCF文件”

NCBI病毒:基于突变的SARS-CoV-2数据搜索

NCBI病毒:基于突变的SARS-CoV-2数据搜索

数以百万计的严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型样本来自世界各地已经制作完成公开的组装和未组装序列数据在GenBank和序列读取档案(SRA)中.现在你可以找到序列了具有一个特别的变位选项 通过使用搜索这个蛋白质和氨基酸的变化(例如. S公司:F486伏).访问我们的SARS-CoV-2变型概述 NCBI病毒然后点击突变 选项卡开始吧 (图1)。 

图1:SARS-CoV-2变型概述。箭头表示页面上的重要功能,包括用于在视图之间切换的“沿袭”和“变异”选项卡、搜索框和描述变异格式的信息框。结果也会显示出来,包括找到的包含搜索词的总记录的摘要以及结果表。   继续阅读“NCBI病毒:基于突变的SARS-CoV-2数据搜索”

NCBI严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型资源页面将很快重定向

NCBI SARS-CoV-2资源页面将很快重定向

新冠肺炎突发公共卫生事件结束 

在新冠肺炎疫情期间,我们提供了NCBI SARS-CoV-2资源页面作为一个中心位置,帮助您快速轻松地找到我们的SARS-CoV-2相关内容和工具。因为联邦公共卫生紧急情况现在结束了,此页面将重定向到NCBI病毒中的SARS-CoV-2数据中心有效的2023年8月1日. 

别担心!所有这些信息都将保持可用。查看NLM知识库访问NCBI SARS-CoV-2数据和工具列表。  

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问题?

如果您有问题或想提供反馈,请联系我们info@ncbi.nlm.nih.gov.

优化云上对SRA COVID-19数据集的访问

简化对云上SRA新冠肺炎数据集的访问

为了让你更容易查找和访问序列读取存档(SRA)数据,我们正在重组和改进我们的云存储系统。  

从2023年4月开始,我们将把SARS-CoV-2规范化数据和源文件从Amazon Web Services(AWS)和Google Cloud Platform(GCP)上的COVID-19数据桶移动到AWS注册表中的NIH NCBI SRA我们还将从AWS和GCP COVID-19存储桶中删除SARS-CoV-2原始格式数据,并将其用于AWS冷藏库。如果您需要这些数据,可以使用云数据交付服务(CDDS)。 

发生这种变化后,我将在哪里以及如何访问严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型的标准化数据?

为了确保平稳过渡,我们希望您有足够的时间调整脚本和管道,以尽量减少对分析的干扰。   继续阅读“简化云上对SRA COVID-19数据集的访问”

NCBI-NIAID Beyond Phylogenies Codeathon取得了成功!

NCBI-NIAID Beyond Phylogenies Codeathon取得了成功!

严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型基因组数据对于监测新冠肺炎疫情的病毒传播和演变、识别新出现的变种以及制定和评估应对措施至关重要。截至2022年9月,全世界已有1300多万SARS-CoV-2基因组测序,使其成为有史以来测序最多的病原体。基因组分析的一个基石是建立一个系统发育学,它证明了单个分离物与其余已测序基因组的相关性。然而,SARS-CoV-2基因组的数量提供了新的机会超越系统发育,以及对传统基因组分析和可视化方法的计算挑战。继续阅读“NCBI-NIAID Beyond Phylogenies Codeathon取得了成功!”

宣布GenBank和SRA数据处理网页

宣布GenBank和SRA数据处理网页

有兴趣了解序列数据是如何在GenBank和序列读取档案(SRA)中提交、处理和公开的吗?宣布GenBank和SRA数据处理网页!

在这里,您可以了解国家生物技术信息中心(NCBI)(国家医学图书馆(NLM)的一部分)用于处理提交的数据和公开发布的程序,以及数据状态的关键定义。继续阅读“宣布GenBank和SRA数据处理网页”

宣布NCBI SARS-CoV-2变体呼叫管道和相关数据产品

宣布NCBI SARS-CoV-2变体呼叫管道和相关数据产品

仍在等待能够统一处理各种测序平台生成的原始序列数据的分析管道?你的等待结束了!宣布SARS-CoV-2变型调用管道现已投入运行并进行了优化,以支持多个测序平台,包括,Illumina公司,牛津纳米孔、和PacBio公司.

这种新的管道可以使等位基因频率呼叫等于或高于15%。请参阅我们的出版物预印本和我们的GitHub存储库了解更多详细信息。这条优化的管道是NIH领导的新冠肺炎研究社区努力的结果加速新冠肺炎治疗干预和疫苗(ACTIV)倡议是一项公私合作伙伴关系,旨在制定协调的研究战略,以支持和加快新型冠状病毒治疗和疫苗的开发。继续阅读“宣布NCBI SARS-CoV-2变体呼叫管道和相关数据产品”

ASM NGS 2022会议上的NCBI研讨会

2022年ASM NGS会议上的NCBI研讨会

云中NCBI微生物病原菌和SARS-CoV-2资源

获得云中NCBI病原体检测和SARS-CoV-2监测数据的实际操作经验。无需先前的云体验!

NCBI工作人员正在美国微生物学会下一代测序(ASM NGS)2022年会议2022年10月16日,星期日,美国东部时间上午10点至下午3点(休息1小时),帮助与会者了解两个NCBI云托管资源病原体检测SARS-CoV-2基因组序列数据集。继续阅读“ASM NGS 2022会议上的NCBI研讨会”

宣布NCBI数据集SARS-CoV-2分类页面

宣布NCBI数据集SARS-CoV-2分类页面

需要SARS-CoV-2组装基因组序列或特定的SARS-CoV-2蛋白序列?你可以在新的SARS-CoV-2分类页面给你带来的NCBI数据集.

NCBI数据集SARS-CoV-2分类页面将为您提供SARS-CoV-2基因组和蛋白质、SARS-CoV-2的基本信息以及与相关NCBI页面的连接,所有这些都在一个地方(见图1和图2)。

图1。NCBI数据集SARS-CoV-2分类页面。对于命令行访问,请尝试数据集命令行工具(机顶盒)。有关自定义筛选选项,请签出NCBI病毒(底部框)。

如果您向下滚动分类页面,您会发现一个SARS-CoV-2蛋白质表,每个蛋白质都带有“Actions”(操作),提供从所有注释的SARS-CoV-2基因组下载蛋白质序列包的选项(图2),以及到NCBI基因和参考基因组中蛋白质序列的链接。

图2。NCBI数据集SARS-CoV-2分类页面(续)。 单击蓝色下载按钮下载所有SARS-CoV-2基因组(6 M,截至22年7月15日计数)的包,或仅下载SARS-CoV 2参考基因组(顶框)。下面是SARS-CoV-2蛋白质表,每个蛋白质都有“Actions”(操作),可通过三个部分的菜单获得,该菜单提供了从所有带注释的SARS-CoV-2基因组(底部框)下载蛋白质序列包的选项。

我们想听听你的意见!查看新的SARS-CoV-2分类页面,让我们知道您的想法。联系我们提出问题或反馈。

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