phyloTop公司：计算系统发育的拓扑属性

phyloTop公司提供用于计算和查看系统发育树拓扑属性的工具。

正在安装phyloTop公司

要从github安装开发版本，请执行以下操作：

图书馆（开发工具）
安装github(“米歇尔·肯德尔/phyloTop”)

稳定版本可以从CRAN安装，使用：

安装程序包(“phyloTop”)

然后，要加载包，请使用：

图书馆(“phyloTop”)

##加载所需的包：ape

内容概述

中提供的关键功能phyloTop公司是：

树统计和拓扑属性：

  • 平均梯形图：查找树中的平均阶梯大小

  • 樱桃：找出树上樱桃的数量

  • 学院.学院：查找树的Colless不平衡数

  • 获取深度：查找树中每个节点的深度

  • IL编号：查找只有一个子提示的节点数

  • 梯子尺寸：查找树中任何“阶梯”的大小（连续节点，每个节点正好有一个提示子节点）

  • maxHeight（最大高度）：查找树中节点的最大高度（相当于深度）

  • n配置：在树中查找所有配置（相当于分支）的大小

  • 节点深度：查找树中给定节点的深度

  • 节点深度压裂：查找树中给定深度的节点数

  • 节点Emb：查找树中给定节点的不平衡

  • 节点ImbFrac：查找树中具有给定阈值或更高不平衡度的节点部分

  • phyloTop公司：查找树列表的一系列树统计信息（比单独调用每个函数更快）

  • 干草叉：找出树上干草叉的数量（三级树枝）

  • 萨金·菲洛：查找树的Sackin索引

  • splitTop（拆分顶部）：查找树的拆分拓扑-给定深度的分支大小

  • 楼梯：找到Norstrom et al.2012定义的“楼梯-无”措施

  • 树状柱：查找树的不平衡-每个节点的不平衡

  • 宽度：查找树中每个深度的节点数

树可视化工具：

  • 配置显示：绘制树，突出显示给定大小的配置

  • 阶梯秀：绘制树，突出显示“阶梯”

  • 子树显示：绘制树，突出显示从给定节点下降的子树

模拟流行病并创建相应的谱系：

  • 制作EpiRecord：模拟感染者、受感染者、感染时间和恢复时间的流行病学记录

  • 获取实验室系谱：根据流行病学记录创建系谱

示例

树统计信息：

将树统计函数应用于10个随机树的列表，每个树都有50个提示：

设置种子(123)
phyloTop公司(rmtree（rmtree）(10,50))

##平均阶梯樱桃colless.phylo ILnumber maxHeight干草叉sagin.phylo
## 1      0.000       19            82       12         9          9          312
## 2      2.167       16           120       18         9          7          330
## 3      2.500       19           192       12        12          6          394
## 4      2.333       16           139       18        11          9          345
## 5      2.000       18           150       14        10          8          358
## 6      2.333       17           105       16        11         10          321
## 7      2.333       19           112       12        10          5          330
## 8      2.333       15           229       20        13          9          421
## 9      3.000       17           121       16        11          7          331
## 10     3.000       16           181       18        12          7          377
##楼梯1楼梯2
## 1   0.5510  0.7257
## 2   0.5306  0.6752
## 3   0.5102  0.6907
## 4   0.6327  0.6487
## 5   0.5714  0.6880
## 6   0.6122  0.6649
## 7   0.5714  0.6696
## 8   0.6735  0.5760
## 9   0.6122  0.6487
## 10  0.6122  0.6237

树可视化工具：

绘制带有20个提示的随机树，突出显示从节点25和33下降的分支：

子树显示(rtree公司(20),节点列表=c（c）(25,33),main列=“海军”,子树Col=“青色”,节点标签列=“青色”,边缘.宽度=2)

参与/提问

欢迎通过拉入请求.

请注意，此项目发布时带有贡献者行为准则。参与此项目即表示您同意遵守其条款。

可以使用软件包的发行系统.