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MassIVE存储库统计
 
公共数据集: 蛋白质:
文件数量: 肽:
总大小: 肽变体:
光谱: PSM:
数据集订阅: 修改:

MassIVE是由NIH资助的社区资源计算质谱中心全球自由交换质谱数据。可以为MassIVE数据集分配ProteomeXchange加入以满足发布要求。

访问公共数据集

提交数据

某些_文本 浏览公共可用数据集或通过数据集元数据(例如物种、PI、,等)。数据集也可以下载在线浏览提交的身份证明(对于完整数据集)。数据集所有者还可以添加丢失/请求的文件,更新元数据和将发布添加到其数据集中。已注册用户可以对数据集进行评论,以便在社区可以查看更新或查找指向新数据分析。
某些_文本 提交您的数据作为MassIVE数据集与社区共享;审阅者访问凭据ProteomeXchange标识符可以要求满足以下出版指南蛋白质组学数据集(此处显示文档).其他工作流也可用于转换供应商原始文件(质谱数据)转换为开放的mzML格式和至从常用的制表符分隔格式转换(标识数据)转换为打开的mzTab格式。

搜索标识
(原始和重新分析)

重新分析光谱

某些文本(_T) 搜索所有提交的标识在完整的数据集和数据集重新分析中。结束提交的3亿肽谱匹配可访问的错误发现率最多为1%通过这个简单的界面进行搜索肽、蛋白质与翻译后修改。
某些_文本 重新分析公共数据集使用联机MassIVE工作流分析体量光谱数据:MSGF公司+数据库搜索,MSPLIT公司光谱库搜索,国防部打开修改搜索,大师光谱网络搜索和MSPLIT-DIA(螺纹接头-直径)用于搜索数据相关采集(DIA)光谱。

结果比较

共享重新分析

某些_文本 比较识别结果在数据集之间或针对公共数据。维恩图用于比较在蛋白质、肽和光谱识别;协议、分歧并且独特的标识可以交互检查以评估标识。
某些_文本 共享数据集重新分析社区成果:揭示新的用新算法/分析进行识别之前提交的管道或挑战具有替代解释的识别对于相同的数据。

蛋白质探索者

MassIVE知识库

某些_文本 探索翻译的证据和序列覆盖几乎所有人类蛋白质,定义如下31TB公共数据的系统重分析超过20000次LC/MS运行的数据,包括超过100万合成肽谱。交互式蛋白质证据的探索包括覆盖范围地图、功能场所和完整来源每个已鉴定肽的数据集映射。
某些_文本 浏览社区大数据衍生大众知识碱基(MassIVE KB)肽谱文库。从31TB人类蛋白质组学HCD数据中提取。用户可以在这些库的内部达到峰值,浏览源数据,并跟踪完整来源创建这些库的分析任务。请参阅文件

质量、数量

日冕质量KB

质量、数量 质量、数量是质谱交互式虚拟环境的扩展(MassIVE)提供大规模数据存储的机会来自基于定量质谱的蛋白质组实验。MassIVE.quant与所有质谱数据采集兼容类型和所有计算分析工具。对于每个数据集,MassIVE.quant系统地存储原始实验数据实验设计注释、脚本(或描述)定量分析工作流程的每一步,以及中间输入和输出文件。分支结构使MassIVE.quant能够存储并查看同一数据集的不同重新分析方法和工具的组合,使用户可以检查、复制或修改工作流的任何组件,开始具有定义良好的中间文件。MassIVE.quant支持基础结构,以完全自动化分析工作流,或存储,以及浏览中间结果。
日冕质量KB 日冕质量KB是一个共享质谱数据的开放数据社区资源和(重新)与全球相关的所有实验的分析结果SARS-CoV-2大流行。CoronaMassKB旨在快速交换全球科学家群体的数据和结果了解SARS-CoV-2/COVID19的生物学特性,从而加速出现了对这一全球流行病的有效应对措施。
版权所有©2024。上次修改时间:2024-05-23。版本1.3.16-MassIVE。