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的正式成员
联合体
MassIVE存储库统计
公共数据集:
蛋白质:
文件数量:
肽:
总大小:
肽变体:
光谱:
PSM:
数据集订阅:
修改:
搜索数据集标识符或元数据:
搜索
搜索通用频谱标识符(USI):
搜索
(例如USI)
MassIVE是由NIH资助的社区资源
计算质谱中心
全球自由交换质谱数据。
可以为MassIVE数据集分配ProteomeXchange
加入以满足发布要求。
访问公共数据集
提交数据
浏览公共可用数据集
或通过数据集元数据(例如物种、PI、,
等)。
数据集也可以下载
在线浏览提交的身份证明
(对于完整数据集)。
数据集所有者还可以
添加丢失/请求的文件,更新元数据和
将发布添加到其数据集中。
已注册
用户可以对数据集进行评论,以便在
社区可以查看更新或查找指向新
数据分析。
提交您的数据
作为MassIVE数据集与社区共享;
审阅者访问凭据
和
ProteomeXchange标识符
可以要求满足以下出版指南
蛋白质组学数据集
(
此处显示文档
).
其他工作流也可用于
转换供应商原始文件
(质谱数据)转换为开放的mzML格式
和至
从常用的制表符分隔格式转换
(标识数据)转换为打开的mzTab格式。
搜索标识
(原始和重新分析)
重新分析光谱
搜索所有提交的标识
在完整的数据集和数据集重新分析中。
结束
提交的3亿肽谱匹配
可访问的错误发现率最多为1%
通过这个简单的界面进行搜索
肽、蛋白质与翻译后
修改。
重新分析公共数据集
使用联机MassIVE工作流分析体量
光谱数据:
MSGF公司+
数据库搜索,
MSPLIT公司
光谱库搜索,
国防部
打开修改搜索,
大师
光谱网络搜索和
MSPLIT-DIA(螺纹接头-直径)
用于搜索数据相关采集(DIA)
光谱。
结果比较
共享重新分析
比较识别结果
在数据集之间或针对
公共数据。
维恩图用于比较
在蛋白质、肽和
光谱识别;
协议、分歧
并且独特的标识可以交互
检查以评估
标识。
共享数据集重新分析
社区成果:揭示新的
用新算法/分析进行识别
之前提交的管道或挑战
具有替代解释的识别
对于相同的数据。
蛋白质探索者
MassIVE知识库
探索
翻译的证据和序列覆盖
几乎所有人类蛋白质,定义如下
31TB公共数据的系统重分析
超过20000次LC/MS运行的数据,包括超过
100万合成肽谱。
交互式
蛋白质证据的探索包括覆盖范围
地图、功能场所和完整来源
每个已鉴定肽的数据集映射。
浏览
社区大数据衍生大众知识
碱基(MassIVE KB)肽谱文库。
从31TB人类蛋白质组学HCD数据中提取。
用户可以在这些库的内部达到峰值,
浏览源数据,并跟踪完整来源
创建这些库的分析任务。
请参阅
文件
。
质量、数量
日冕质量KB
质量、数量
是质谱交互式虚拟环境的扩展
(MassIVE)提供大规模数据存储的机会
来自基于定量质谱的蛋白质组实验。
MassIVE.quant与所有质谱数据采集兼容
类型和所有计算分析工具。
对于每个数据集,
MassIVE.quant系统地存储原始实验数据
实验设计注释、脚本(或描述)
定量分析工作流程的每一步,以及中间
输入和输出文件。
分支结构使MassIVE.quant能够存储
并查看同一数据集的不同重新分析
方法和工具的组合,使用户可以
检查、复制或修改工作流的任何组件,开始
具有定义良好的中间文件。
MassIVE.quant支持
基础结构,以完全自动化分析工作流,或存储,以及
浏览中间结果。
日冕质量KB
是一个共享质谱数据的开放数据社区资源
和(重新)与全球相关的所有实验的分析结果
SARS-CoV-2大流行。
CoronaMassKB旨在快速交换
全球科学家群体的数据和结果
了解SARS-CoV-2/COVID19的生物学特性,从而加速
出现了对这一全球流行病的有效应对措施。
版权所有©2024。
上次修改时间:2024-05-23。
版本1.3.16-MassIVE。