修复了mdrun可能出现错误行为的地方
Verlet缓冲区估计值可能与开箱即用的初始坐标不符
由于密度估计中的周期性边界处理不正确Verlet缓冲计算，当许多原子位于矩形单元单元外。几乎在所有情况下，这都会导致缓冲区稍微过大，几乎不会过短。
第5002版
随着能量最小化，色散校正能量被加倍计算
仅影响报告的能量，因为色散校正不会影响作用在原子上的力。
第5031版
使用virtual_sites1更正力
具有单个构造原子的虚拟站点没有分配给构造原子的力。这可能不会导致无声错误，因为这完全违背了这种虚拟的目的地点。
第4978期
利用三斜方盒的Parrinello-Rahman耦合避免舍入误差
具有三斜箱和各向同性或对角Parrinello-Rahman压力耦合时，非对角缩放矩阵参数可以是非零的。这是无害的，除了在更新时导致断言失败之外在GPU上执行。
第4974期
添加对多时间步进和SD积分器组合的检查
文档说明不支持此组合，但检查因为这个在格罗姆普丢失了。现在grompp和mdrun都将退出并返回错误。
第3775期
第5053版
用MTS和扰动约束校正dH/dlambda
使用多次时间步进和扰动进行自由能计算时约束长度，对dH/dlambda的缓慢力贡献不正确乘以MTS系数。这种影响通常很小当仅集成PME网格部分的频率较低，但可能相当大时当非键对相互作用没有在每一步都积分时。
第5060版