GROMACS 2023.2发行说明#

此版本于2023年7月12日发布。这些发行说明记录自之前的2023.1版本，以修复已知问题。它还包含所有在2022.6及更早版本中进行的修复，您可以找到描述在中发行说明.

修复了mdrun可能出现错误行为的地方#

修复仅扰动LJ-14参数时的mdrun segfault#

第4769期

用自由能和LJ-PME修正数值不稳定性#

将自由能计算与Lennard-Jones的PME相结合时相互作用，当两个原子距离很近。

第4780版

修复715827882个原子的mdrun域分解设置限制#

域分解网格设置中的溢出受限可以模拟为maxint/3的最大原子数，除非指定了-dd选项。

第4627期

允许缺失键合对交互#

使用-nodedcheck时，mdrun不允许缺少绑定对交互。现在又允许这样做了。

第4787版

增加并检查输出文件中的原子数限制#

检查点和trr文件中的最大原子数为715827882，增加到1431655765个原子。现在mdrun退出并显示明确的错误消息超出限制。对于XTC文件，将提高限制通过单独的修复。

第4627期

使用退火和多个T耦合组修复断言失败#

4800版

正确更新备份检查点#

2023年和2023.1年状态_版本.cpt文件从未覆盖，因此始终包含第一个检查点为了跑步。

第4810期

用长距离键合交互修复域分解#

mdrun将退出，并显示关于缺少绑定交互的错误当使用域分解并且涉及到绑定交互时距离比最接近的截点长。

第4818期

修复了gmx公司工具#

避免工具以能量最小化方式读取tpr文件时出错#

读取时，许多工具会退出并显示错误“No v in input file”积分器设置为能量最小化、NM或TPI的tpr文件。

第4774期

当读取PDB作为输入时，工具现在保留链标识符#

第4776期

gmx hbond工具可以产生随机输出#

由于内存未初始化，gmx hbond工具可以生成随机输出。这一点不会被忽视。这也修复了问题带有-ac和-life选项。

第4801版

影响可移植性的修复#

CMake-config包#

根据构建环境的不同，GROMACS 2023和2023.1可能会安装格式错误的gromacs-config.cmake中的文件前缀/共享/cmake/gromacs$后缀/那个可能会导致find包（gromacs）CMake命令。

  • 罗克夫特不再是公众的附属品。

  • 配置包文件现在完全表达了对hipSYCL（OpenSYCL）的依赖性（如果相关）。

第4793期,第4797版

其他#

gmxapi.commandline_operation环境变量筛选#

一个新的实用程序(gmxapi.runtime.filtered_mpi_environ（）)可用从中删除与MPI相关的环境变量操作系统环境，例如准备的子流程环境gmxapi.commandline_操作.

这是对第4423期，而最初的修复似乎不够。

第4736期

gmxapi运行时参数的构建相关检查#

根据GROMACS是使用MPI支持还是thread-MPI支持构建的，一些gmx mdrun未定义选项。此类错误可能只出现在MD日志文件中，因此，在API用例中很难识别。

已将其他检查添加到gmxapi.simulation.workflow.from_tpr（）为了尝试抢占用户错误，和其他使用说明已添加到gmxapi.mdrun公司.

第4771版

gmxapi.mdrun任务唯一性#

修复一个所有gmxapi.mdrun公司模拟任务具有相同的ID（和工作目录）。

第4795版

修复了在多GPU上启用CUDA图形时的崩溃#

2023.1版中引入了一个错误，导致在在多GPU上启用了非默认CUDA Graphs实验功能，由于引入了额外的同步，而不是CUDA图形代码路径所必需的。此版本通过以下方式修复了问题在使用图时避免这种同步。

第4786版

为巨型系统启用XTC支持#

（旧）XTC格式使用一个内部字符缓冲区，其大小为字节在文件中存储为整数，导致崩溃当存储含有大约3亿个以上原子的系统时。此版本通过仅引入64位大小来修复此问题对于大型系统，在中使用不同的幻数（2023）XTC标头。这只会更改大型的XTC格式系统（这在旧版本中无论如何都会导致崩溃）。短期内，大型系统XTC文件可能无法被读取外部工具（您会得到错误的幻数错误），但我们正在与外部软件包合作，以更新其实现。

第4628期

修复OpenCL中的资源泄漏#

gmx公司 mdrun软件使用OpenCL构建的内存在在GPU上运行。现在已经解决了。

第4807版

允许convert-tpr指定初始速度#

帮助集成项目，如有时依赖数千个对于每个系统的模拟，我们现在允许convert-tpr分配一个新的集合而不是使用grompp来重新生成完整的tpr。这还修复了一个错误，在mdp文件中使用0作为速度种子会导致具有与-1相同的效果，并导致从操作系统生成新种子。

第4809版

Nosé-Hoover恒温器的正确公式#

描述Nosé-Hoover温度耦合的几个公式不一致。参考手册已更新，以符合实际实施。

第4695期

修复损坏的gcc版本上的命令行测试#

gcc 9.3.1将无法生成正确的比较路径，因此测试失败。

第4785版

修复AMD Zen 4/Genoa上的SIMD检测/建议#

Zen 4提供单个AVX-512单元，但与Intel芯片相比，它是使用单个AVX-512设备比使用双AVX2设备更快，可能是由于时钟较高，指令压力较低。此更改将在Zen 4上默认选择AVX-512（可以提高5-10%的性能），它修改了硬件检测，所以我们只尝试计算AVX设备Intel CPU。它还澄清了检测消息，以明确其依据基于预期性能，而不是特定的硬件支持指令集，并确保stdout消息适合于单行。

第4715版