checkCIF程序

项目名称以下为:细胞Z01类型_1

目的:检查计算的单元格内容_化学公式和单元格公式单位Z匹配atom站点列表中的atom站点和symmetry信息。

程序以下为:

总结

(1) 对于_chemical_formula_sum字符串中的每个原子种类,计算使用化学公式和计数计算细胞中的原子数和cell_formula_units_Z。

(2) 对于_atom_site_列表中的每个原子种类,使用_atomsiteoccupancy值和对称sitemultiplicity值(由NSYM生成),单元中的原子数。

计算

DN=每种原子类型的[(1)中的单元内容]-[(2)中的单元格内容]

SUMDN=所有原子种类的DN总和

测试

国际单项体育联合会(1)中的原子数与atomtype中声明的原子数不同_列表(如果存在)问题概述警觉的
“警告:公式和atom_type数据中的单元格内容不同!”
每个元素的总数之间存在差异根据Z*_chemical_formula_sum计算的单位单元格中在循环结构中给出的:
回路_
_原子类型符号
_原子类型_说明
_原子类型_编号_单元格

检查_cell_formula_units_Z下的条目,_化学式sum和在上述循环中正确给出完全_chemical_formula_sum必须与所有不同部分中所有元素的真和,包括任何溶剂和所有H原子,而不是模型暗示的含量如果由于遗漏几个H原子而存在差异,或溶剂原子。

如果存在多个部分,如溶剂,或部分具有晶体对称性或无序元素,确保允许正确的成分比例在计算Z和_chemical_formula_sum时。

_chemical_formula_sum的格式也必须正确(例如do不使用下标格式:C10 H20正确,C~10~H~20~不正确)。

国际单项体育联合会H-M空间组不匹配霍尔符号问题概述警觉的
“输入H-M符号与霍尔符号不匹配”
检查_symmetry_space_group_name_H-M下给出的条目和_symmetry_space_group_name_Hall引用同一空间组并且没有印刷错误。请注意,空格_symmetry_space_group_name_H-M下的组符号不应包含排版格式(例如下标)。

例子:
以下是表示空间组14的严格正确方法。
_symmetry_space_group_name_H-M“P 1 21/c 1”

CHECKCIF也正确解释为:
_symmetry_space_group_name_H-M“P 21/c”

不正确的是:
_symmetry_space_group_name_H-M“P 2(1)/c”
_symmetry_space_group_name_H-M“P 2~1~/c”

国际单项体育联合会SUMDN>0.05发布通用警觉的
“检测到公式和atom_site内容之间的差异。”

然后

国际单项体育联合会SUMDN<0.5发布通用警觉的
“警告:检查公式化学计量或原子位置占用。”
_化学公式和原子站点列表(即原子坐标列表)。检查_chemical_formula_sum以正确的格式正确给出(例如,不要使用下标格式:C10 H20正确,C~10~H~20~不正确)。

当然,_chemical_formula_sum必须与所有不同部分中所有元素的真和,包括任何溶剂和所有H原子,而不是模型暗示的含量如果由于遗漏几个H原子而存在差异,或溶剂原子。在这种情况下,可以忽略此消息。然而,确保模型确实是完整的,并且没有任何元素分配错误。

如果存在多个部分,如溶剂,或部分具有或无序于晶体对称性元素,确保允许正确的成分比例在计算Z和_chemical_formula_sum时。

_chemical_formula_sum的格式也必须正确(例如do不使用下标格式:C10 H20正确,C~10~H~20~不正确)。

还要检查原子站点占用率是否适合否则可能会遇到不匹配的原子坐标[例如双轴上的原子通常占据1.0的位置(但倍数为0.5)]。此外,现场占用率对于无序原子位,当所有考虑了可供选择的无序位点。

国际单项体育联合会氢原子>0.5的DN发布总则警觉的
“警告:原子站点列表中缺少H原子。这是故意的吗?”
模型中必须尽可能包含H原子。例外情况可能是H原子无法定位它们的位置无法计算或预测从几何角度考虑。例如,使用溶剂或配位水氢原子或严重无序基团或溶剂分子。

ELSE公司发布将军警觉的
“警告:较大的差异可能是由于对称性错误造成的-请参阅SYMMG测试。”


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