研究论文\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

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同步加速器
辐射
国际标准编号:1600-5775

高能光子源的高通量大数据编配与处理系统

十字标记徽标

中国科学院高能物理研究所,北京100049,中华人民共和国b条中国科学院大学,北京100049,中华人民共和国
*通信电子邮件:zhangyi88@ihep.ac.cn,zhangchl@ihep.ac.cn

编辑:V.Favre-Nicolin,ESRF和法国格勒诺布尔阿尔卑斯大学(收到日期:2023年3月29日; 2023年8月6日接受; 在线2023年9月20日)

高数据吞吐量和多模采集实验将在下一代同步加速器束线中占主导地位。协调连接数据采集、处理、可视化和存储端的数据流管道变得越来越复杂,对于提高波束线性能至关重要。曼巴数据工作者(MDW公司)已开发用于解决即将推出的高能光子源(HEPS)的数据挑战。它是黑曼巴实验控制和数据采集软件生态系统,可实现快速数据采集和传输、数据处理管道的动态配置、流媒体中的数据多路传输以及自定义数据和元数据组装。本文介绍了MDW公司概述了所涉及的关键技术,并说明了其在北京同步辐射设施(BSRF)中的当前应用。

1.简介

同步辐射设施是尖端科学研究必不可少的国家基础设施。随着加速器技术的进步,在未来几年内,世界各地将建造大量第四代同步加速器光源,要么从现有的第三代光源升级,要么作为新建设施建造。高能光子源(HEPS)(焦等。, 2018[焦,余,余,徐,G.,崔,X.-H.,段,Z.,郭,Y.-Y.,何,P.,季,D.-H.,李,J.-Y,李,X.-Y,孟,C.,彭,Y.-M.,田,S.-K,王,J.-Q.,王,N.,魏,Y.-Y.,徐,H.-S.,严,F.,于,C.-H.,赵,Y.L.&秦,Q.(2018).J.Synchrotron Rad.25,1611-1618.])是第四代同步加速器设施之一,具有衍射限制储存环。HEPS一期项目中许多光束线正在建设中,将配备新一代光学器件、样品环境和探测器。这些最先进的波束线的实验模式具有高通量、多模式、超快频率、,就地以及动态实验,在实验控制和数据采集方面提出了重大挑战。这个布鲁斯基-基于数据采集框架黑曼巴(刘)等。, 2022[刘,Y.,耿,Y.-D.,Bi,X.-X.,Li,X.,Tao,Y.;曹,J.-S.,Dong,Y.-H.&Zhang,Y.(2022).同步加速器辐射杂志.29,664-669.])旨在系统地解决HEPS的控制和数据采集任务。经过两年的发展,黑曼巴已成功部署在中国第一代同步辐射源北京同步辐射设施(BSRF)的多条光束线上。然而,为了应对未来的大数据挑战黑曼巴–能够处理高吞吐量和多模式实验数据流的编配和处理系统。明确地,曼巴数据工作者(中密度测井)已开发用于在黑曼巴框架。

功能和性能MDW公司需要应对以下数据采集趋势。首先,在各种快速实验(动态成像、X射线光子相关光谱、串行层析成像、,)正在将数据吞吐量推到前所未有的水平。例如,HEPS的硬X射线显微镜光束线(B7)预计每天平均产生250 TB的数据。为了避免导致数据丢失的本地存储突发,需要将数据直接从探测器读数中提取到存储系统中。其次,低发射度和高相干源使X射线束更容易聚焦到微米和纳米尺度。事实上,HEPS近三分之二的光束线将以微探针或纳米探针模式运行,从而实现高空间分辨率。然而,为了检查大样本,需要对真实或互易空间这将导致数据点数量急剧增加。此外,多维扫描实验通常伴随着多模态表征(Goubran等。, 2019【Goubran,M.,Leuze,C.,Hsueh,B.,Aswendt,M.、Ye,L.,Tian,Q.,Cheng,M.Y.,Crow,A.,Steinberg,G.K.,McNab,J.A.,Deisseroth,K.&Zeineh,M.(2019),《国家公法》第10卷,第5504页。】; 巴尔加瓦等。, 2022[Bhargava,A.,Monteagudo,B.,Kushwaha,P.,Senarathna,J.,Ren,Y.,Riddle,R.C.,Aggarwal,M.&Pathak,A.P.(2022),《自然方法》,19,242-254。]). 用户希望通过单一的实验获取过程获得全面的信息,以解决结构和功能之间的相关性。因此,许多实验需要同时收集散射、衍射、光谱、显微镜、,扫描尺寸的增加、扫描机制和数据形态的复杂性增加了数据对齐和组装的巨大困难。需要一个密集的拓扑数据流网络将数据从多个数据生成传输到多个数据消费端。更重要的是就地或动态实验由于光束吞吐量高,迫切需要对实时数据进行分析以进行反馈控制,以提高数据采集效率,特别是在涉及多维扫描过程和多模态采集的实验中。的核心使命MDW公司因此,不再局限于传统的以数据采集和存储为中心的数据采集任务,而更多地致力于以最大效率将数据传输到不同的分析管道中,并提取实时结果用于决策和指导后续实验过程。随着扫描维数的增加,数据处理管道变得更长,计算节点趋向于更加分布式,这进一步增加了配置处理管道的复杂性。最后但并非最不重要的一点是,促进在线和离线数据分析,并促进FAIR(威尔金森等。, 2016[威尔金森,医学博士,杜蒙蒂尔,M.,阿尔伯斯堡,I.J.,阿普尔顿,G.,阿克斯顿,M.、巴克,A.、布隆伯格,N.,博伊顿,J.-W.,达席尔瓦·桑托斯,L.B.,伯恩,P.E.,鲍曼,J.,布鲁克斯,A.J.,克拉克,T.,克罗萨斯,M。S.、Heringa,J.、't Hoen,P.A.C.、Hooft,R.、Kuhn,t.、Kok,R.,Kok,J.,Lusher,S.J.、Martone,M.E.、Mons,A.、Packer,A.L.、Persson,B.、Rocca-Serra,P.、Roos,M.、van Schaik,R、Sansone,S.-A.、Schultes,E.、Sengstag,t.,Slater,t.答:。,Wittenburg,P.、Wolstencroft,K.、Zhao,J.和Mons,B.(2016)。科学。数据,3160018。])同步加速器设施的数据原理、丰富的元数据和灵活的数据结构记录机制需要借助于MDW公司.

一些软件项目在解决上述第三代光源数据采集挑战方面取得了实质性进展,包括HiDRA公司(费舍尔等。, 2017【Fischer,M.、Gasthuber,M.,Giesler,A.、Hardt,M..、Meyer,J.、Prabhune,A.、Rigoll,F.、Schwarz,K.和Streit,A.(2017),《物理学报》第898期,第082026页。】),ASAPO公司(https://asapo.pages.desy.de/asapo网站/)和奥丁(延德尔等。, 2017[Yendell,G.D.,Pedersen,U.K.,Tartoni,N.,Williams,S.,Greer,A.&Nicholls,T.C.(2017)。第十六届加速器和大型实验控制系统国际会议论文集(ICALEPCS2017),2017年10月8日至13日,西班牙巴塞罗那,第966-969页。TUPHA212。]). 我们知道,全球范围内的几个正在进行的项目布鲁斯基(艾伦等。, 2019【Allan,D.,Caswell,T.A.,Campbell,S.&Rakitin,M.S.(2019)。同步辐射。新闻,32,19-22。】)社区正在努力满足未来在第四代同步加速器光源上进行实验的要求。MDW公司代表了HEPS应对这些挑战的努力,是黑曼巴构建先进光源的完整数据流生命周期,并在HEPS加快在线数据采集、存储和分析的努力中发挥关键作用,促进新科学成果的产生。本文概述了MDW公司的主要功能、架构设计、开发计划、主要技术点和在BSRF的当前应用状态。

2.方法

2.1. 与其他接口黑曼巴系统

作为黑曼巴,中密度测井与其他几个系统交互,如图1所示[链接].MDW公司接收来自的控制信号和数据布鲁斯基的RunEngine在的后端运行黑曼巴,并从中检索其他元数据元数据生成器(千年发展目标)英寸Mamba GUI工作室(MGS公司)用户可以在其中输入关于实验描述、样本信息等的信息,对于低数据吞吐量实验,来自实验设备(探测器、电机、,.)通常发送自布鲁斯基MDW公司通过订阅文档事件(Arkilic等。, 2015[Arkilic,A.、Allan,D.、Chabot,D.、Dalesio,L.R.和Lewis,W.(2015)。2015年加速器和大型实验物理控制系统国际会议记录(ICALEPCS2015),2015年10月17日至23日,澳大利亚墨尔本,第645-647页。WED3O02.]). 对于涉及高数据吞吐量检测器的实验,MDW公司直接从检测器中获取数据并将数据传输到下游端,下游端包括存储器,黑曼巴前端、分析模块、科学元数据数据库、,.MDW公司可以由黑曼巴前端,布鲁斯基运行检测器的引擎或数据流。

[图1]
图1
MDW公司与其他系统的接口。

2.2. 框架设计MDW公司

由定义的通信实体MDW公司被称为工人。工人由三个不同的组成部分组成,如图2所示[链接]:源数据工作者、调度工作者和目标数据工作者。实验数据的采集、流式传输和在线处理分为两个独立的主要部分,即控制平面和数据平面。通过分离控制平面和数据平面,可以在不同的设备上执行它们,这反过来提高了系统的灵活性,并将在未来使用专用硬件实现快速处理。在控制平面中,可以通过图形用户界面(GUI)、命令行界面和其他方法执行数据平面中工作线程的配置。在数据平面中,ZeroMQ充当工作者之间的通信协议,所有数据当前都通过ZeroMQ套接字发送。

[图2]
图2
的组件MDW公司,显示()数据平面和(b条)控制平面。

源数据工作者负责收集不同格式的数据和元数据[Tiff,HDF5(Folk等。, 2011[Folk,M.、Heber,G.、Koziol,Q.、Pourmal,E.和Robinson,D.(2011)。EDBT/ICDT 2011阵列数据库研讨会论文集(公元11年),2011年3月25日,瑞典乌普萨拉,第36-47页。]),原始数据流]来自各种扫描模式下的测量设备。随后,源数据工作者通过ZeroMQ实时将数据流转发给调度工作者。调度工作人员负责根据中密度测井应用程序编程接口(API)或配置文件。数据流由目的地数据工作者接收,以满足同步辐射的各种应用要求。这些要求包括GUI和各种框架促进的实时数据可视化、根据波束线站定义的特定HDF5数据结构对多个数据流进行在线数据组装和写入,以及在线数据处理任务。目标工作线程由于其硬编码实现而展示了固有的功能,使其能够识别要采取的必要操作。每个目的地工作人员都有责任确定要对接收到的数据执行的特定操作。此外,还可以在采集过程中实时动态添加目的地。用户应该能够将配置消息传输到MDW公司通过MDW公司API,从而使调度工作者能够向新指定的目的地添加路由。随后,新添加的目标工作线程能够接收数据。

这个MDW公司框架层次结构如图3所示[链接]从下至上分为五层:内部内核层、通信模式层、事件接口层、编程接口和使用方法。

[图3]
图3
MDW公司等级制度。

(i) 核心层MDW公司由三个模块组成:动态可重构数据管道调度、高吞吐量多流数据并行传输和高性能并行磁盘文件访问。这些模块旨在解决复杂的数据流调度问题,提高网络传输性能和磁盘文件访问性能。

(ii)中密度测井基于ZeroMQ管理数据流。通信模式层包括各种通信模式,如P2P、发布-订阅(PUB–SUB)、PIPELINE处理和QUEUE。各种通信模式将支持下游数据应用程序端的各种数据协商机制。

(iii)源数据工作者中的事件接口支持多种协议来获取不同类型的数据,如检测器API、ZeroMQ流、临时文件和HTTP流。它可以同时采集多种模态类型的数据。

(iv)MDW公司提供用于编程和扩展的编程接口,包括工作者配置接口、数据链路建立接口和实验处理序列配置接口等。

(v) 用户可以通过MDW公司编程界面,包含图形GUI、用户API、命令行界面、批处理脚本和控制平面中的其他常见使用方法。这有助于满足波束线站的不同需求。

图4[链接]阐明了MDW公司。动态可重构数据管道调度模块提供了探测器、存储服务器、计算集群和用户终端等光源系统之间实验数据管道的统一视图,并提供了实验数据流管道的灵活分布和调度。在建立实验数据管道的基础上,高吞吐量多流数据并行传输模块和高性能磁盘文件并行访问模块提高了实验数据传输和存储的性能。

[图4]
图4
的三个内核模块之间的关系中密度测井.

2.3。动态数据管道调度

为了满足不同束线的多样化和不断发展的实验数据管线,MDW公司提供了一个动态数据管道创建和调度模块。该模块旨在通过抽象负责数据分发和调度的实体,包括测量设备和实验阶段,来抽象不同数据管道的共同特征,。每个实体的特定数据分配和调度机制隐藏在抽象层后面,从而能够在不同的应用场景中快速灵活地创建数据管道。动态数据管道调度对于用户交互和控制实验过程至关重要。此模块侦听来自其他工作者或用户编程接口的控制命令。然后,它解析这些控制命令,并根据命令的要求动态更改数据源和目标之间的拓扑路径。

为了让配置数据管道的体验更轻松、更流畅,基于橙色(德米沙尔等。, 2013【Demšar,J.、Curk,T.、Erjavec,A.、Gorup,采气省、Hočevar,T.,Milutinović,M.、Moíina,M..、Polajnar,M.,Toplak,M.&Starić,A.(2013),《机械学杂志》,研究14,2349-2353。】)目前正在开发作为的前端MDW公司。用户可以通过在橙色帆布。每个小部件都是一个独立的工作程序,封装了界面显示、交互控制和一些数据处理功能。这将特别有利于多模式实验数据管道的编排。

2.4. 多流数据传输

高通量和多模数据采集的趋势要求提高数据传输吞吐量,以使多模数据类型能够以流的形式从源数据工作者传输到多个接收器。MDW公司使用JSON等标准Python库实现序列化。来自不同检测器的数据使用独立的数据流传输,以提高网络带宽利用率。在多模态实验中,数据量和结构在每种模态之间变化是常见的;因此,关于每个数据管道的带宽和计算复杂性将显著不同,异步数据流需要与元数据同步,原始数据和处理的数据最终需要相互关联;因此,开发可靠的数据对齐方案至关重要。

对于低和中数据吞吐量实验,如果数据是通过布鲁斯基其已经具有自己的数据对齐机制,MDW公司直接订阅布鲁斯基事件以获取随后发送到接收器的数据和元数据。这可以通过轮询或推送机制实现,具体取决于具体的用例。例如,在步骤扫描中,目标数据工作者可以轮询每个步骤的数据并逐点接收数据。然而,对于当前未处理的动态扫描布鲁斯基而是由PandABox(Li等。, 2023[李,P.-C.,张,C.-L.,张.Y.-J.,李,C.,郭,Z.-Y.,雷,G.,张,Y.,周,A-Y.,Bi,X.-X.&Liu,Y.(2023).辐射检测技术方法,https://doi.org/10.1007/s41605-023-00416-x。])和Xpress3(克劳福德等。, 2018【Crawford,A.M.,Sylvain,N.J.,Hou,H.,Hackett,M.J.,Pushie,M.J..,Pickering,I.J.,George,G.N.&Kelly,M.E.(2018),J.Synchrotron Rad.251780-1789。】),MDW公司具有通过源数据工作者附加相关字段的能力,例如每个数据帧的采集号,这可以进一步促进数据同步。这使MDW公司有效地实时读取并按顺序将一批数据绑定到块中,块的大小可以通过配置文件进行配置。对于涉及大面积探测器的高数据吞吐量实验,中密度测井必须直接从检测器获取原始数据流。数据流附带的基本元数据信息(如时间戳或索引)将用于在后续管道中对齐数据流。

2.5. 并行磁盘文件访问

高效的文件访问对于高性能数据存储和检索至关重要。这需要实现几个关键功能,包括在线压缩、多级文件组装和多模式数据的并行写入。MDW公司提供了传统的压缩方法,如Gzip(Shah&Sethi,2019[Shah,A.&Sethi,M.(2019)。EAI认可的上下文软件系统和应用交易,第6卷,第17期,e5。]),Blosc(2010年修订)【Alted,F.(2010),《计算科学与工程》12,68-71。】)和LZ4(巴蒂克等。, 2015【Bartík,M.、Ubik,S.和Kubalik,P.(2015)。2015年IEEE电子、电路和系统国际会议(ICECS),2015年12月6日至9日,埃及开罗,第179-182页。】),并计划支持基于人工智能的高级压缩模式。中的数据汇编MDW公司具有灵活性和可定制性,允许用户在不同的波束线上定义自己的数据结构。通常,对于低数据量和中等数据量的实验,所有数据都是单个Nexus(Könnecke等。, 2015【Könnecke,M.,Akeroyd,F.A.,Bernstein,H.J.,Brewster,A.S.,Campbell,S.I.,Clausen,B.,Cottrell,S.,Hoffmann,J.U.,Jemian,P.R.,Männicke,D.,Osborn,R.,Peterson,P.F.,Richter,T.,Suzuki,J.,Watts,B.,Wintersberger,E.&Wuttke,J.(2015),J.Appl.Cryst.48,301-305.】)文件;然而,对于大数据量的实验,MDW公司支持将具有所需结构的数据同时写入链接到主NeXus文件的多个HDF5文件。MDW公司支持多种文件格式的读写,如Tiff、HDF5和Nexus。为了支持多个进程的同时读取访问,MDW公司将结合HDF Group(Rees)开发的单写/多读(SWMR)和虚拟数据集(VDS)技术等。, 2015[Rees,N.、Billich,H.、Götz,A.、Koziol,Q.、Pourmal,E.、Rissi,M.和Wintersberger,E.(2015)。2015年10月17日至23日,加速器和大型实验物理控制系统国际会议记录(ICALEPCS2015),澳大利亚墨尔本,第845-848页。WEPGF063。]).

2.6. 元数据参数配置

实验过程不仅涉及原始数据,还涉及丰富的元数据,如环境参数、样本、用户信息等。有几种机制可以将数据和元数据相互关联。与计划相关的主要实验数据和元数据是通过布鲁斯基的预组装文档。元数据也可以从千年发展目标或其他用户输入指定路径将分配到的信息,然后将包含路径的元数据发送到中密度测井,它基于路径关联数据和元数据。为了增强的参数化配置能力MDW公司每个波束线站可以根据自己的要求定制元数据格式、端口地址等参数。这避免了多余的开发工作,提高了开发效率。为了便于配置,我们专门为中密度测井系统:基于YAML的参数配置功能和前端GUI。图5[链接]演示了基于YAML的配置文件,该文件简化了数据和元数据的配置,例如MGS公司-相关参数、用户登录身份验证和检测器获取,通过易于理解的语法。

[图5]
图5
灵活的配置,可将元数据的某些参数写入自定义数据结构HDF5。

3.结果

到目前为止MDW公司已经开发,其部分功能已经过验证,同时成功实现了黑曼巴BSRF的原型软件。虽然当前实验的数据吞吐量并不是很高,MDW公司已经证明了强大的通用性和灵活性,以支持不同波束线、方法、测量设备和扫描机制的实验,如图6所示[链接].

[图6]
图6
MDW公司波束测线站的部署。

一个应用场景MDW公司是在BSRF的3W1波束线上进行的层析成像实验,其中需要高度复用内部开发的成像探测器(Dhyana 6060-CP FSI版本,像素阵列6K×6K,最大帧速率高达19Hz)生成的数据。通过开发与扫描机制模块的接口曼巴,MDW公司可以从多个扫描和命令中收集数据(获取层析成像数据集、平面图像和暗图像批处理)转换为一个主文件和多个子数据文件,为数据管理和分析提供了极大的便利。MDW公司允许从GUI在线转换数据结构和方便的用户配置,以促进可视化和分析过程。数据流直接注入重铸3D(船尾等。, 2018【Buurlage,J.-W.,Kohr,H.,Jan Palenstijn,W.&Joost Batenburg,K.(2018),《计量科学与技术》29,064005.】)用于实时层析重建、可视化和分割。的另一个应用MDW公司是在飞行吗X射线荧光在BSRF的4W1B波束线上的映射实验。MDW公司在多维连续扫描实验中,设法获取PandABox和Xpress3设备中生成的原始数据,并将其实时组装成HDF5文件。为了提供用户友好的体验,允许用户通过一键式获取和处理数据,MDW公司设法直接与PyMCA公司(索莱等。, 2007【Solé,V.A.,Papillon,E.,Cotte,M.,Walter,P.&Susini,J.(2007),摘自《光谱学》第62、63-68页。】)分析包并将实时元素分布结果转发给黑曼巴用于可视化和进一步扫描感兴趣区域提取的GUI。

4.结论

MDW公司是HEPS科学软件系统的关键组成部分,是数据采集、在线分析和存储中数据流通的主要动脉。其主要目的是建立一个基于多代和应用程序端的拓扑数据流管道,在整个实验过程中自动捕获元数据和原始数据,同时完成数据流处理任务,如压缩、采样、组装和去噪。MDW公司实现了高效的数据多路复用,解决了高吞吐量和多模式实验中异步在线数据处理的复杂性,从而提高了实验效率。经过两年的发展中密度测井即将完工。MDW公司已经证明,它具有鲁棒性和可靠性,能够支持跨多个BSRF波束线的各种实验方法。然而,真正的高通量和多模式数据采集场景尚未到来。为了解决HEPS未来的数据挑战MDW公司将继续完善。

致谢

本文的所有作者感谢北京同步辐射装置(BSRF)的3W1、4W1A和4W1B束线提供了软件测试束流时间。

资金筹措信息

该项目得到了国家自然科学基金青年基金(1200525312205328号)和中国科学院高能物理研究所技术创新计划(E25455U210号)的资助。

工具书类

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同步加速器
辐射
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