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同步加速器
辐射
国际标准编号:1600-5775

细线束在羟胺氧化还原酶半面孪晶结构分析中的应用

东京理工大学生物科学与生物技术学院生命科学系,地址:4259 Nagatsuta,Midori-ku,Yokohama 226,Japan
*通信电子邮件:tantaka@bio.titech.ac.jp

(收到日期:1997年8月4日; 1997年11月26日接受)

已经从孪晶中收集了精确的衍射强度数据P(P)6硝化化自养细菌24-haem蛋白羟胺氧化还原酶晶体欧洲亚硝基单胞菌,在光子工厂的BL6A站使用同步辐射。估计孪生分数和反褶积强度数据,包括天然和重原子导数数据,给出了改进的Patterson函数。从一个晶体中收集了四个衍射数据集,并对孪生进行分数来确认现象。成功确定的数据集用于当前酶的结构分析。还讨论了孪晶形成的机理。

1.简介

同步加速器光源的研究机会增加,允许使用微调和聚焦光束从具有不利特性的晶体中收集数据。孪晶在蛋白质晶体中相当常见。问题的原因之一孪生是由于相邻分子之间的弱相互作用,晶体中分子的多重稳定堆积(Fisher&Sweet,1980[Fisher,R.G.&Sweet,R.M.(1980),《晶体学报》,A36,755-760.]; 戈米斯·吕斯等。, 1995[戈米斯·吕斯(Gomis-Rüth,F.X.)、菲塔(Fita,A.)、基弗绍尔(Kiefersauer,R.)、胡贝尔(Huber,R; 里斯,1980年【Rees,D.C.(1980),《水晶学报》,A36,578-581。】; Redinbo&Yeates,1993年【Redinbo,M.R.和Yeates,T.O.(1993),《结晶学报》D49,375-380。】; 雷诺等。, 1985【Reynolds,R.A.,Remington,S.J.,Weaver,L.H.,Fisher,R.G.,Anderson,W.F.,Ammon,H.L.&Matthews,B.W.(1985),《结晶学报》B41,139-147。】). 为了从这些晶体中获得衍射强度数据,必须使用来自同步辐射源的细光束。

为了使来自不同畴的散射波分离,孪晶的畴尺寸应大于入射光束的尺寸。孪晶的衍射强度可能看起来正常,但这种情况具有误导性(Yeates,1997)【Yeates,T.O.(1997),《酶学方法》,276344-358。】). 孪生分数,假设反射来自半面体孪晶,在一个孪晶操作,允许精确测量反射强度(“反褶积”)(Britton,1972【Britton,D.(1972),《水晶学报》,第28期,第296-297页。】).

我们已经解决了X射线问题晶体结构羟胺氧化还原酶(HAO)(Igarashi、Moriyama、Mikami和Tanaka,1997年【Igarashi,N.,Moriyama,H.,Mikami,T.&Tanaka,N.(1997),《应用结晶杂志》,第30期,第362-367页。】)来自自养细菌,欧洲亚硝基单胞菌(Hooper&Nason,1965年【Hooper,A.B.&Nason,A.(1965),《生物化学杂志》240,4044-4057。】; 萨亚韦德拉·索托等。, 1994【Sayavedra-Soto,L.A.,Hommes,N.G.&Arp,D.J.(1994),《细菌学杂志》176,504-510。】). 结构分析中使用的晶体是孪晶的。为了从孪晶数据集中分离出单晶数据集,我们开发了一个两步程序精炼(Igarashi、Moriyama、Mikami和Tanaka,1997年【Igarashi,N.,Moriyama,H.,Mikami,T.&Tanaka,N.(1997),《应用结晶杂志》,第30期,第362-367页。】)使用Britton的方法(Britton,1972【Britton,D.(1972),《水晶学报》,第28期,第296-297页。】). 两步法的成功应用精炼在HAO晶体上给出了一个准确的孪生分数。基于这些观察,我们能够从HAO孪晶的单晶部分获得测量的衍射强度数据,使用微调和聚焦的同步辐射光束。我们在这里介绍这些细节。

2.结晶和衍射强度数据采集

HAO的分子质量为200000,有24个血球。它是一种电子转移蛋白。分子中血红素的数量是已知血红素蛋白中最大的。因此,这种酶呈深红色。HAO通过悬挂滴气相扩散法结晶(Mikami等。, 1991[Mikami,T.,Tanaka,N.,Sato,T.、Moriyama,H.、Numata,N.、Fujiwara,T.和Fukumori,Y.、Ymanaka,T.以及Sato,M.、Kakiuchi,K.、Katsube,Y.和Kishimoto,S.(1991),《生物化学杂志》,第110期,第681-682页。]). 晶体以椭圆形生长(晶体类似橄榄球),尺寸达0.4×0.4×0.8 mm空间组P(P)6,单元格尺寸为 =b条 = 96.2 Å,c(c)=265.7º和γ = 120°.X射线强度在R-AXIS IIc上收集分辨率高达3.5°的数据,然后使用程序进行合并过程(东芝,1990年【Higashi,T.(1990),《应用结晶杂志》,第23期,第253-257页。】). 伪双轴沿着[110],沿着b条轴。然而,不同晶体的强度分布并不一致,尽管数据集可以具有良好的内部特性R(右)因素。这些观察表明HAO晶体是孪晶的,由两个晶体组成,从完全相反的方向看。合并的可靠性因素(R(右)合并)为7.5%。对天然蛋白质和使用Hg(CH)制备的两种重原子衍生物的许多晶体进行了相同的观察首席运营官)2或K2氯化铂4.

Tsukuba光子工厂的Weissenberg相机使用高亮度和精细聚焦光束(尺寸0.1 mm)在一个晶体的不同位置收集强度数据,以此检查两个晶格的分布(Sakabe,1991)【Sakabe,N.(1991),《Nucl.Instrum.Methods》,第303、448-463页。】). 通过将晶体沿晶体的长方向移动0.2 mm,从一个晶体中收集了四组数据,最终发现晶体沿c(c)轴。使用该程序处理帧DENZO公司?(Otwinowski&Minor,1993年[Otwinowski,Z.&Minor,W.(1993)。CCP4研究周末会议记录:数据收集和处理,L.Sawyer,N.Isaacs&S.Bailey编辑,第556-562页。英国沃灵顿:SERC Daresbury实验室。])并使用CCP4型程序集(协作计算项目,1994年第4期[合作计算项目,第4期(1994年),《晶体学报》,D50,760-763。]).

3.结果和讨论

双胞胎HAO晶体的厚度基于以下观察结果(表1[链接]). 同构可靠性因素(R(右)国际标准化组织)两组数据之间的差异较大,通常为35%。从一个晶体中收集的两个数据集之间也观察到这些变化。此外,自旋转函数的强峰值出现在相对于原始峰值的60-98%峰高的伪双轴方向。这个伪对称得到了Patterson函数。沿着[110],孪晶晶格相互关联。通过我们使用的两步最小二乘法进行脱粒的效率(Igarashi、Moriyama、Mikami和Tanaka,1997【Igarashi,N.,Moriyama,H.,Mikami,T.&Tanaka,N.(1997),《应用结晶杂志》,第30期,第362-367页。】)在差异中清晰可见Patterson函数。哈克段差异的大小Patterson函数在使用原始数据计算的汞衍生物中,重原子有四个突出的峰。然而,一半的峰值从用详细数据计算的图中消失,在自转函数中观察到的额外对称性消失。这个孪生利用微小(0.1mm)同步辐射束从一个晶体获得的数据集,连续计算分数。对于每个数据集,R(右)sym(对称)值,针对每帧100的等效反射Σ|〈〉−Ij公司|/Σ|Ij公司|,介于40和5.7之间,以及比例因子,,介于0.82和1.36之间。R(右)合并,对于数据集100的等效反射Σ|〈〉−Ij公司|/Σ|Ij公司|得胜前后,分别为45.5%和3.8%,得胜程度为孪生, α0.98(=0.02)。在同一晶体的中点,对应值分别为18.5和2.2%α= 0.62. 这些结果表明,这两种晶格在晶体的中心部分确实是混合的。因此,两个晶格可以半面生长,彼此朝相反的方向。可以使用这种检查孪生分数。事实上,这已成功用于HAO(Igarashi、Moriyama、Fujiwara)的结构分析等。, 1997【Igarashi,N.、Moriyama,H.、Fujiwara,T.、Fukumori,Y.和Tanaka,N.(1997),《自然结构生物学》第4期,第276-284页。】). 在数据采集中,可以从晶体尖端获得单晶反射数据集,因此在这种情况下,必须使用具有强平行X射线的薄光束。

表1
脱矿前后强度数据统计

数据 Ra1型 Ra2型 Rb1型 卢比2 SR1号机组 SR2号机组 SR3号机组 SR4系列
R(右)sym(对称)(%) 6.5 7.1 7.6 8.1 5.7 4 4.2 5.3
孪生度(α) 0.37 0.45 0.47 0.35 0 0.06 0.62 0.98
†数据名称:Ra和Rb是使用带有R-AXIS IIc的实验室X射线源收集的数据集。Ra1和Ra2是从同一晶体中收集的,Rb1和Rb2也是如此。SR1–SR4是使用光子工厂光束从同一晶体中收集的,在不同位置进行辐照。
R(右)sym(对称)=100S公司|〈〉−|/S公司||,每个帧上的所有对称等价物的分辨率在40到3.0º之间。

分子基础孪生在晶体中如图1所示[链接]两个分子聚在一起形成双锥组件。将组件对齐以形成21螺旋轴,平行于晶体c(c)轴。沿螺旋轴的邻域由两个可能的非晶体学双轴关联。由于沿最长轴的双锥的斜面有两个不同的交叉角,因此可以为螺旋轴形成两个不同方向。由于双锥组件具有双重对称性,这些螺旋轴的性质在分子间接触方面非常相似。事实上,如果非晶体学对称性轴围绕轴30°,然后平移12.9°,然后可以在另一个轴上非晶体学对称性轴。这就是为什么会出现这种孪晶类型的原因。在生长的晶体表面,新取向的分子能够选择两种不同的分子相互作用。这个孪生是HAO晶体中分子组装的微小平移的结果。

[图1]
图1
HAO晶体的分子堆积。晶体中的分子A类A类',和B类B类'已组装。分子AA公司'和BB公司'由关联晶体对称性。“椭球体”符号表示非晶体学对称性垂直于c(c)轴。用黑色标记的平面是两个分子组装体之间的界面。If分子科科斯群岛'移动如图所示BB公司'和科科斯群岛'无法与BB公司'和AA公司’。

4.结束语

尺寸约为0.1 mm的精细聚焦光束可从晶体尖端收集无孪晶数据。即使在晶体的中间,也可以估计出孪晶分数。使用同步辐射以0.2 mm的步长平移晶体,以估计晶体长度上的孪晶分数分布。虽然研究表明,孪晶数据可以“去卷积”,但正如这里所展示的那样,有可能用精细聚焦的同步辐射束选择无孪晶的晶体部分。

致谢

我们非常感谢筑波大学的坂部信义教授和光子工厂的渡边信久博士和铃木博士就数据收集提出的友好建议。这项工作是在日本光子工厂咨询委员会的批准下进行的(提案编号:93 G202)。

工具书类

第一次引用Britton,D.(1972年)。《水晶学报》。 28, 296–297. 交叉参考 IUCr日志 科学网
第一次引用协作计算项目,第4期(1994年)。《水晶学报》。D类50, 760–763.交叉参考 IUCr日志
第一次引用Fisher,R.G.和Sweet,R.M.(1980)。《水晶学报》。A类36, 755–760.交叉参考 中国科学院 IUCr日志 科学网
第一次引用戈米斯·吕特(Gomis-Rüth,F.X.)、菲塔(Fita,A.)、基弗绍尔(Kiefersauer,R.)、胡贝尔(Huber,R。《水晶学报》。D类51, 819–823. 交叉参考 科学网 IUCr日志
第一次引用Higashi,T.(1990年)。J.应用。克里斯特。 23, 253–257.交叉参考 中国科学院 科学网 IUCr日志
第一次引用Hooper,A.B.和Nason,A.(1965年)。生物学杂志。化学。 240, 4044–4057.中国科学院 公共医学 科学网
第一次引用Igarashi,N.、Moriyama,H.、Fujiwara,T.、Fukumori,Y.和Tanaka,N.(1997)。自然结构。生物。 4, 276–284. 交叉参考 中国科学院 公共医学 科学网
第一次引用Igarashi,N.、Moriyama,H.、Mikami,T.和Tanaka,N.(1997)。J.应用。克里斯特。 30, 362–367.交叉参考 中国科学院 科学网 IUCr日志
第一次引用Mikami T.、Tanaka N.、Sato T.、Moriyama H.、Numata N.、Fujiwara T.、Fukumori Y.、Ymanaka T.、Saton M.、Kakiuchi K.、Katsube Y.和Kishimoto S.(1991年)。生物化学杂志。 110, 681–682.公共医学 中国科学院 科学网
第一次引用Otwinowski,Z.&Minor,W.(1993)。CCP4研究周末会议记录:数据收集和处理由L.Sawyer、N.Isaacs和S.Bailey编辑,第556–562页。英国沃灵顿:SERC Daresbury实验室。
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第一次引用Sakabe,N.(1991)。编号。仪器。方法,303, 448–463. 交叉参考 科学网
第一次引用Sayavedra Soto,L.A.、Hommes,N.G.和Arp,D.J.(1994年)。《细菌学杂志》。 176, 504–510.中国科学院 公共医学 科学网
第一次引用Yeates,T.O.(1997)。方法酶法。 276, 344–358. 交叉参考 中国科学院 科学网

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