3-[(6-Chloro­pyridin-3-yl)meth­yl]-2-thioxo-2,3,5,6-tetra­hydro­pyrimidin-4(1H)-one

Jiang, H.; Yu, C.-X.; Tu, S.-J.; Wang, X.-S.; Yao, C.-S.

doi:10.1107/S1600536806049439

3-[（6-氯吡啶-3-基）甲基]-2-硫氧基-2,3,5,6-四氢嘧啶-4（1H（H）)-一个

H.江,C.-X.余,屠呦呦,X.-S.王和C.-S.姚明

标题分子C的四氢嘧啶环₁₀H（H）₁₀氯离子_三OS，采用半椅子构造。在晶体结构中，分子通过N-H连接

S氢键，形成一维结构。

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支持信息

	结晶信息文件（CIF）https://doi.org/10.107/S1600536806049439/hg2131sup1.cif 包含全局数据块，I
	结构系数文件（CIF格式）https://doi.org/10.107/S1600536806049439/hg2131Isup2.hkl 包含数据块I

CCDC参考：633875

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关键指标

单晶X射线研究
T型=294千
R（右）系数=0.049
水风险系数=0.146
数据与参数之比=14.6

检查CIF/PLATON结果

未发现语法错误此数据块中未发现错误

计算详细信息顶部

数据收集：智能（布鲁克，1998）；单元格细化：智能; 数据缩减：圣保罗（布鲁克，1999）；用于求解结构的程序：SHELXS97标准（谢尔德里克，1997）；用于优化结构的程序：SHELXL97型（谢尔德里克，1997）；分子图形：SHELXTL公司（布鲁克，1999）；用于准备出版材料的软件：SHELXTL公司.

3-[（6-氯吡啶-3-基）甲基]-2-硫氧基-2,3,5,6-四氢嘧啶-4（1H（H）)-一个顶部

水晶数据顶部

C₁₀H（H）₁₀氯离子_三操作系统	F类(000) = 528
M（M）_第页= 255.72	D类_x=1.408毫克/米⁻^三
单诊所，P（P）2₁/n个	钼K（K）α辐射，λ= 0.71073 Å
大厅符号：-P 2yn	1449次反射的单元参数
一= 10.131 (3) Å	θ= 2.5–21.0°
b条= 5.7977 (14) Å	µ=0.47毫米⁻¹
c= 20.957 (5) Å	T型=294千
β= 101.562 (4)°	针，无色
V（V）= 1205.9 (5) Å^三	0.24×0.20×0.10毫米
Z轴= 4

数据收集顶部

Bruker SMART CCD区域探测器衍射仪	2470次独立反射
辐射源：细焦点密封管	1277次反射我> 2σ(我)
石墨单色仪	R（右）_整数= 0.034
φ和ω扫描	θ_最大值= 26.4°,θ_最小值= 2.0°
吸收校正：多扫描（SABABS；谢尔德里克，1996）	小时=−10→12
T型_最小值= 0.895,T型_最大值= 0.954	k个=−7→5
6496次测量反射	我=−26→25

精炼顶部

优化于F类²	二次原子位置：差分傅里叶映射
最小二乘矩阵：完整	氢站点位置：从邻近站点推断
R（右）[F类²> 2σ(F类²)] = 0.049	通过独立和约束精化的混合物处理的H原子
水风险(F类²) = 0.146	w个= 1/[σ²(F类_o（o）²) + (0.0614P（P）)²+ 0.3547P（P）] 哪里P（P）= (F类_o（o）²+ 2F类_c²)/3
S公司= 1.01	(Δ/σ)_最大值= 0.001
2470次反射	Δρ_最大值=0.25埃⁻^三
169个参数	Δρ_最小值=−0.24埃⁻^三
8个约束	消光校正：SHELXL，Fc^*=kFc[1+0.001xFc²λ^三/罪（2θ)]^-1/4
主原子位置定位：结构-变量直接方法	消光系数：0.0031（19）

特殊细节顶部

几何图形.所有e.s.d.（两个l.s.平面之间二面角的e.s.d.除外）使用全协方差矩阵进行估计在估计e.s.d.的距离、角度时单独考虑和扭转角；e.s.d.细胞内参数之间的相关性仅为当它们由晶体对称性定义时使用。近似（各向同性）细胞e.s.d.的处理用于估计涉及l.s.的e.s.d。飞机。

精炼.改进F类²针对所有反射。加权R（右）-因子水风险和贴合度S公司基于F类²，常规R（右）-因素R（右）基于F类，使用F类设置为零消极的F类²。的阈值表达式F类²>σ(F类²)仅用于计算R（右）-因子（gt）等.并且与选择反射进行细化无关。R（右）-基于的因素F类²从统计上看大约是两倍大作为那些基于F类、和R（右）-基于所有数据的系数将为甚至更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数²) 顶部

	x	年	z（z）	U型_{国际标准化组织}*/U型_等式	开路特性。(<1)
S1（第一阶段）	0.98460 (10)	0.3609 (2)	0.09604 (4)	0.0982 (5)
第1类	0.36045 (11)	0.4397 (2)	0.24228 (5)	0.1150 (5)
O1公司	0.6241 (3)	−0.2187 (5)	0.03536 (12)	0.1079 (10)
N1型	0.8558 (3)	0.2570 (5)	−0.02128 (13)	0.0744 (9)
甲型H1A	0.901 (3)	0.360 (6)	−0.0349 (17)	0.089*
氮气	0.7897 (2)	0.0472 (4)	0.06012 (11)	0.0587 (7)
C1类	0.8710 (3)	0.2151 (5)	0.04145 (15)	0.0598 (8)
指挥与控制	0.7853 (12)	0.116 (3)	−0.0759 (7)	0.078 (4)	0.453 (14)
过氧化氢	0.8385	−0.0180	−0.0825	0.094*	0.453 (14)
硫化氢	0.7658	0.2050	−0.1159	0.094*	0.453 (14)
C3级	0.6566 (11)	0.045 (3)	−0.0549 (6)	0.081 (4)	0.453 (14)
H3A型	0.6069	−0.0631	−0.0862	0.097*	0.453 (14)
H3B型	0.6003	0.1789	−0.0531	0.097*	0.453 (14)
C2’	0.7328 (13)	0.1882 (16)	−0.0652 (5)	0.078 (3)	0.547 (14)
氢原子吸收光谱	0.7433	0.2039	−0.1099	0.093*	0.547 (14)
H2'B型	0.6589	0.2862	−0.0588	0.093*	0.547 (14)
C3’	0.7029 (13)	−0.0599 (16)	−0.0513 (5)	0.075 (3)	0.547 (14)
H3A型	0.6186	−0.1076	−0.0789	0.090*	0.547 (14)
H3'B型	0.7741	−0.1594	−0.0601	0.090*	0.547 (14)
补体第四成份	0.6937 (4)	−0.0760 (6)	0.01649 (17)	0.0783 (10)
C5级	0.7974 (3)	−0.0065 (5)	0.12936 (14)	0.0655 (9)
H5A型	0.8839	0.0446	0.1541	0.079*
H5B型	0.7924	−0.1723	0.1345	0.079*
C6级	0.6877 (3)	0.1047 (5)	0.15670 (12)	0.0530 (7)
抄送7	0.6365 (3)	0.3181 (5)	0.13526 (14)	0.0583 (8)
H7型	0.6695	0.3936	0.1025	0.070*
抄送8	0.4871 (3)	0.3105 (6)	0.21018 (16)	0.0674 (9)
C9级	0.5360 (4)	0.0967 (6)	0.23275 (15)	0.0886 (13)	0.46 (3)
H9型	0.5022	0.0210	0.2652	0.106*	0.46 (3)
第3页	0.5369 (3)	0.4208 (5)	0.16196 (16)	0.0787 (12)	0.46 (3)
N3’	0.5360 (4)	0.0967 (6)	0.23275 (15)	0.0886 (13)	0.54 (3)
C9’	0.5369 (3)	0.4208 (5)	0.16196 (16)	0.0787 (12)	0.54 (3)
H9’	0.5035	0.5648	0.1473	0.094*	0.54 (3)
C10号机组	0.6369 (4)	−0.0019 (5)	0.20568 (14)	0.0653 (9)
H10型	0.6715	−0.1445	0.2210	0.078*

原子位移参数（²) 顶部

	U型¹¹	U型²²	U型³³	U型¹²	U型¹³	U型²³
S1（第一阶段）	0.0945 (8)	0.1388 (10)	0.0629 (6)	−0.0603 (7)	0.0195 (5)	−0.0257 (6)
第1类	0.0950 (8)	0.1483 (11)	0.1073 (9)	−0.0031 (7)	0.0338 (7)	−0.0253 (7)
O1公司	0.128 (2)	0.0932 (19)	0.0926 (18)	−0.0588 (17)	−0.0026 (16)	0.0104 (15)
N1型	0.071 (2)	0.090 (2)	0.0597 (18)	−0.0285 (15)	0.0065 (14)	0.0017 (15)
氮气	0.0577 (15)	0.0571 (15)	0.0563 (15)	−0.0085 (12)	−0.0004 (12)	0.0024 (12)
C1类	0.0474 (17)	0.070 (2)	0.062 (2)	−0.0046 (15)	0.0095 (15)	−0.0073 (16)
指挥与控制	0.060 (8)	0.100 (8)	0.070 (6)	−0.006 (6)	0.002 (6)	−0.016 (6)
C3级	0.084 (7)	0.095 (8)	0.054 (5)	−0.024 (6)	−0.007 (5)	0.001 (6)
C2’	0.054 (6)	0.124 (9)	0.049 (5)	−0.023 (5)	−0.004 (4)	0.017 (5)
C3’	0.074 (6)	0.078 (6)	0.067 (5)	−0.017 (5)	0.000 (5)	−0.012 (5)
补体第四成份	0.083 (3)	0.075 (2)	0.072 (2)	−0.026 (2)	0.0047 (19)	−0.0051 (19)
C5级	0.068 (2)	0.0597 (19)	0.0608 (19)	−0.0009 (15)	−0.0055 (16)	0.0143 (15)
C6级	0.0631 (19)	0.0440 (16)	0.0441 (16)	−0.0130 (14)	−0.0083 (14)	0.0066 (13)
抄送7	0.0612 (19)	0.0519 (18)	0.0601 (18)	−0.0095 (15)	0.0078 (16)	0.0152 (15)
抄送8	0.068 (2)	0.072 (2)	0.059 (2)	−0.0141 (17)	0.0050 (17)	−0.0110 (17)
C9级	0.108 (3)	0.096 (3)	0.059 (2)	−0.030 (2)	0.0106 (19)	−0.0004 (19)
第3页	0.076 (2)	0.071 (2)	0.081 (2)	−0.0124 (17)	−0.0027 (18)	0.0050 (17)
N3’	0.108 (3)	0.096 (3)	0.059 (2)	−0.030 (2)	0.0106 (19)	−0.0004 (19)
C9’	0.076 (2)	0.071 (2)	0.081 (2)	−0.0124 (17)	−0.0027 (18)	0.0050 (17)
C10号机组	0.090 (2)	0.0513 (18)	0.0477 (17)	−0.0117 (17)	−0.0032 (17)	0.0074 (15)

几何参数（λ，º）顶部

S1-C1号机组	1.679 (3)	C2’-H2’A	0.9700
氯1-C8	1.734 (4)	C2’-H2’B	0.9700
O1-C4	1.204 (4)	C3’-C4	1.445 (11)
N1-C1型	1.315 (4)	C3’-H3’A	0.9700
N1-C2’	1.449 (11)	C3'-H3'B	0.9700
N1-C2型	1.472 (14)	C5至C6	1.495 (4)
N1-H1A型	0.83 (3)	C5-H5A型	0.9700
N2-C1气体	1.381 (4)	C5-H5B型	0.9700
N2-C4气体	1.391 (4)	C6至C7	1.381 (4)
N2-C5气体	1.471 (4)	C6-C10型	1.383 (4)
C2-C3型	1.515 (9)	C7-N3号机组	1.383 (4)
C2-H2A型	0.9700	C7-H7型	0.9300
C2-H2B型	0.9700	C8-N3号机组	1.374 (4)
C3-C4型	1.626 (14)	C8-C9型	1.382 (5)
C3-H3A型	0.9700	C9-C10型	1.388 (5)
C3-H3B型	0.9700	C9-H9	0.9300
C2’-C3’	1.510 (8)	C10-H10型	0.9300

C1-N1-C2'	119.8 (5)	C2’-C3’-H3’A	110.1
C1-N1-C2型	128.1 (6)	C4-C3’-H3’B	110.1
C2’-N1-C2	29.6 (4)	C2’-C3’-H3’B	110.1
C1-N1-H1A	121 (2)	H3'A-C3'-H3'B型	108.5
C2’-N1-H1A型	116 (2)	O1-C4-N2型	121.0 (3)
C2-N1-H1A型	110 (2)	O1-C4-C3’	121.6 (4)
C1-N2-C4	123.6 (3)	N2-C4-立方英寸	116.0 (5)
C1-N2-C5	120.8 (2)	O1-C4-C3型	123.7 (5)
C4-N2-C5	115.6 (3)	N2-C4-C3	112.7 (6)
N1-C1-N2型	117.2 (3)	C3'-C4-C3	27.9 (5)
N1-C1-S1型	121.0 (2)	N2-C5-C6	113.0 (2)
N2-C1-S1型	121.9 (2)	N2-C5-H5A型	109
N1-C2-C3型	103.7 (10)	C6-C5-H5A型	109
N1-C2-H2A型	111	N2-C5-H5B型	109
C3-C2-H2A	111	C6-C5-H5B细胞	109
N1-C2-H2B型	111	H5A-C5-H5B型	107.8
C3-C2-H2B	111	C7-C6-C10	118.1 (3)
H2A-C2-H2B型	109	C7-C6-C5型	121.4 (3)
C2-C3-C4型	109.3 (10)	C10-C6-C5	120.5 (3)
C2-C3-H3A型	109.8	C6-C7-N3型	120.7 (3)
C4-C3-H3A型	109.8	C6-C7-H7型	119.7
C2-C3-H3B型	109.8	N3-C7-H7型	119.7
C4-C3-H3B型	109.8	N3-C8-C9	120.7 (3)
H3A-C3-H3B型	108.3	N3-C8-Cl1型	119.5 (3)
N1-C2’-C3’	108.7 (8)	C9-C8-Cl1	119.8 (3)
N1-C2’-H2’A	109.9	C8-C9-C10型	118.2 (3)
C3’-C2’-H2’A	109.9	C8-C9-H9型	120.9
N1-C2'-H2'B型	109.9	C10-C9-H9型	120.9
C3'-C2'-H2'B	109.9	C8-N3-C7号机组	120.1 (3)
H2’A-C2’-H2’B	108.3	C6-C10-C9	122.3 (3)
C4-C3'-C2'	107.8 (8)	C6-C10-H10型	118.9
C4-C3’-H3’A	110.1	C9-C10-H10	118.9

C2’-N1-C1-N2	19.7 (7)	C2’-C3’-C4-O1	151.2 (8)
C2-N1-C1-N2	−14.8 (9)	C2’-C3’-C4-N2	−41.8 (13)
C2’-N1-C1-S1	−160.2 (6)	C2’-C3’-C4-C3	48.0 (11)
C2-N1-C1-S1型	165.3 (7)	C2-C3-C4-O1型	−152.1 (11)
C4-N2-C1-N1	−0.5 (5)	C2-C3-C4-N2型	45.9 (15)
C5-N2-C1-N1	−178.4 (3)	C2-C3-C4-C3’	−57.1 (13)
C4-N2-C1-S1型	179.4 (2)	C1-N2-C5-C6	99.9 (3)
C5-N2-C1-S1	1.6 (4)	C4-N2-C5-C6	−78.1 (3)
C1-N1-C2-C3型	43.7 (17)	N2-C5-C6-C7型	−33.4 (4)
C2’-N1-C2-C3	−40.5 (12)	N2-C5-C6-C10型	148.3 (3)
N1-C2-C3-C4	−53.7 (17)	C10-C6-C7-N3型	−0.3 (4)
C1-N1-C2'-C3'	−49.0 (13)	C5-C6-C7-N3	−178.7 (3)
C2-N1-C2'-C3'	66.6 (16)	N3-C8-C9-C10	0.4 (4)
N1-C2’-C3’-C4	57.3 (15)	氯1-C8-C9-C10	179.7 (2)
C1-N2-C4-O1	−179.0 (3)	C9-C8-N3-C7	0.2 (5)
C5-N2-C4-O1	−1.0 (5)	氯-C8-N3-C7	−179.1 (2)
C1-N2-C4-C3’	14.0 (7)	C6-C7-N3-C8型	−0.3 (4)
C5-N2-C4-C3’	−168.1 (6)	C7-C6-C10-C9	1.0 (4)
C1-N2-C4-C3型	−16.5 (7)	C5-C6-C10-C9	179.4 (3)
C5-N2-C4-C3	161.5 (6)	C8-C9-C10-C6	−1.0 (4)

氢键几何形状（λ，º）顶部

D类-H（H）···A类	D类-H（H）	H（H）···A类	D类···A类	D类-H（H）···A类
N1-H1型A类···S1（第一阶段）^我	0.83 (3)	2.49 (3)	3.315 (3)	169 (3)

对称代码：（i）−x+2,−年+1,−z（z）.

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