CIF应用\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

期刊徽标的日志
应用
结晶学
国际标准编号:1600-5767

成本加保险费、运费应用。十五、。enCIFer(enCIF):用于查看、编辑和可视化CIF的程序

英国剑桥CB2 1EZ联合路12号剑桥晶体数据中心
*通信电子邮件:allen@ccdc.cam.ac.uk

(收到日期:2004年1月12日; 2004年2月13日接受)

这个enCIFer(enCIF)程序允许在单块或多块晶体学信息文件(CIF)中定位、报告和纠正语法和格式冲突。该程序还允许编辑现有的单个或循环数据项,以及在这些类别中添加新数据,并提供数据引擎向导,用于为小分子结构研究添加两种类型的标准信息,即出版物数据和化学和物理特性信息。用于图形化可视化和操作成本加保险费、运费还提供了。

1.简介

这个晶体学信息文件(到岸价;霍尔等。, 1991【霍尔,S.R.,艾伦,F.H.&布朗,I.D.(1991),《水晶学报》A47,655-685。】; Brown&McMahon,2002年【Brown,I.D.&McMahon,B.(2002),《结晶学报》,B58,317-324。】;http://www.iucr.org/iucr-top/cif/)是个人和实验室之间晶体信息传输的国际标准,最重要的是,越来越多地被采用为提交晶体结构数据到期刊和数据库。虽然成本加保险费、运费是专门设计为可供人阅读的,语法要求使其不适合使用标准文本编辑器进行直接编辑或增强。的核心数据项到岸价,记录结构解决方案的结果,以及精细化,通常由晶体学软件包自动生成,主体需要编辑成本加保险费、运费当数据准备在期刊上发布或传输到数据库时发生。这需要添加,除其他外、关于作者姓名和地址的信息、物质的化学描述以及各种化学和物理性质,例如晶体颜色、熔点、,。即使是核心数据,有时也必须更改或更新,例如,以指示应在论文中发布的几何参数。正是在这些编辑过程中成本加保险费、运费除非特别小心(或使用软件)检查结果文件,否则很容易违反语法约定。

接近95%的新用户晶体结构剑桥结构数据库数据(CSD;Allen,2002【Allen,F.H.(2002),《水晶学报》,B58,380-388。】)现在以电子形式到达剑桥晶体数据中心(CCDC),这些数据的绝大多数都在成本加保险费、运费格式。在将近一半的传入CIF中,违反了语法规则,尽管其中许多违反相对较小,但它们阻止了成本加保险费、运费无法正确解析,例如水银CCDC的结构可视化工具(Taylor&Macrae,2001)【Taylor,R.&Macrae,C.F.(2001),《水晶学报》,B57,815-827。】; 布鲁诺等。, 2002[Bruno,I.J.,Cole,J.C.,Edgington,P.R.,Kessler,M.,Macrae,C.F.,McCabe,P.M.,Pearson,J.&Taylor,R.(2002),《结晶学报》B58,389-397.])或由CCDC内部软件系统支持将原始CIF增值转换为分布式CSD中的条目。因此,我们现在已经开发了enCIFer公司程序作为通用程序成本加保险费、运费编辑。该软件将本地编写的C++类与C++Qt(数量)图书馆(Trolltech AS,1995【Trolltech AS(1995),挪威奥斯陆,Qt.Trollttech AS。】)用于构建图形用户界面(GUI)。本文描述了程序1.1版中可用的工具。

2.的能力enCIFer(enCIF)

2.1. 主要功能概述

这个enCIFer(enCIF)程序在单块或多块CIF上运行,以允许:

()选择成本加保险费、运费用于文件验证的字典。

(b条)语法违规的位置、报告和纠正。

(c(c))编辑现有的单个或循环数据项。

(d日)添加新的单个或循环数据项。

(e(电子))添加某些标准信息通过两个数据输入向导:

(i) 发布向导:提示输入大多数接受成本加保险费、运费沉积文件。

(ii)数据向导:提示化学和物理特性信息,这增强了原始成本加保险费、运费通过日志或数据库进行沉积。

((f))CIF中结构的可视化。

enCIFer(enCIF)可用于在编辑或添加数据的所有情况下检查修改文件的语法完整性。

2.2. 界面概述

主要enCIFer(enCIF)窗口如图1所示[链接]。它包含八个部分:

[图1]
图1
的主控制和显示窗口enCIFer(enCIF)图形用户界面。

()顶层菜单(文件,编辑,搜索,工具,帮助).

(b条)工具栏包含许多常见的程序选项。

(c(c))浏览器框允许成本加保险费、运费字典导航(左上窗格)。

(d日)文本编辑器(右上窗格)。

(e(电子))可视化工具用于在CIF中显示晶体结构的按钮。

((f))错误列表用于显示和导航由生成的错误、警告和备注消息enCIFer(enCIF)(左下角窗格)。

()消息日志,滚动日志enCIFer(enCIF)消息(右下角窗格)。

(小时)状态栏在窗口底部,显示帮助消息以及行号和列号。

该界面还可以访问:

()循环编辑器(图2[链接]),它提供循环数据项的电子表格视图。

[图2]
图2
这个enCIFer(enCIF) 循环编辑器窗口显示包含更正之前(上窗格)和更正之后(下窗格)错误的循环。

(b条)向导(例如图3[链接])用于输入晶体、化学和出版数据。

[图3]
图3
的数据项窗格之一enCIFer(enCIF) Crystal Data向导.

(c(c))可视化工具窗口(例如图4[链接]),用于晶体和分子结构的图形显示。

[图4]
图4
这个enCIFer(enCIF)可视化工具窗口。

2.3.成本加保险费、运费支持的词典

有效成本加保险费、运费每个名称的数据名和允许的数据值类型在计算机可读词典中表示,其中词典语法在单独的词典定义语言(DDL;霍尔和库克,1995年【Hall,S.R.&Cook,A.P.F.(1995),《化学信息计算科学杂志》35,819-825。】).enCIFer(enCIF)能够加载符合DDL1.4格式的字典(http://www.iucr.org/iucr-top/cif/)包括小分子核心字典和粉末衍射字典。当前的DDL1字典包含在enCIFer(enCIF)在版权持有人IUCr的许可下发行。enCIFer(enCIF)不支持DDL2字典,例如mmCIF,大分子成本加保险费、运费字典。

2.4. 文件操作

启动时enCIFer(enCIF),的文本编辑器窗格显示空到岸价。现有的成本加保险费、运费可以使用加载正常开放,或通过在加密器UNIX中的命令行,或Windows中的拖放。可以单独加载和查看多个CIFenCIFer(enCIF)窗口或在单个可重用窗口中。(可选),enCIFer(enCIF)可以配置为打开或插入模板CIF。

2.5.成本加保险费、运费显示和语法或格式检查

一次成本加保险费、运费已加载到enCIFer(enCIF),其内容显示在文本编辑器使用可配置颜色高亮显示的窗格成本加保险费、运费语法,例如粗体红色表示数据块标题,粗体蓝色表示中的数据名称成本加保险费、运费字典,粗体洋红色表示循环关键字,。此颜色编码在跟踪文本字段缺少结束分号的内容错误时特别有用;众所周知,这种错误很难找到。这个成本加保险费、运费分析以检查字典符合性和语法冲突。(可选)成本加保险费、运费可以检查是否存在特定日志或数据库可能需要的强制性数据项,这些数据项列在可配置文件中。检查结果分为错误、警告和备注,这些消息列在错误列表框中,并将摘要写入消息日志。双击单词旁边的相应图标可以展开或缩小消息列表错误,警告评论.双击特定错误警告消息显示并突出显示成本加保险费、运费在中文本编辑器窗格。

2.6.成本加保险费、运费使用编辑成本加保险费、运费字典辅助

文本可以键入文本编辑器窗格作为标准纯文本编辑器。这个enCIFer(enCIF)编辑器支持复制、剪切和粘贴、撤消和重做以及查找和替换机制。在扩展文本字段中,对希腊符号和下标或上标文本的特殊表示的支持有限。为了协助编辑过程,成本加保险费、运费可以通过两种方式访问字典信息,首先,只需右键单击要在中编辑的数据项文本编辑器窗格,然后使用浏览器框。浏览器窗格提供每个成本加保险费、运费就数据块及其数据项而言。层次结构由成本加保险费、运费字典,单击可以查看完整的层次结构展开(和合同)浏览器中的按钮。当前中存在的数据项成本加保险费、运费块显示为黑色文本,而不存在的数据项显示为灰色。这提供了一种在中导航块和数据项的方法到岸价:右键单击黑色数据名可以提供有关该数据项的字典信息,并允许为非循环数据项编辑数据值,而右键单击灰色数据名可以插入和/或在当前成本加保险费、运费数据块显示在文本编辑器窗格。

2.7. 编辑或插入成本加保险费、运费回路

成本加保险费、运费可以使用电子表格样式插入或编辑循环结构循环编辑器(图2[链接])作为使用文本编辑器窗格(当循环编辑器被调用)。现有循环显示为电子表格,数据名称显示为列标题,循环行按顺序编号。电子表格单元格根据其数据内容进行颜色编码,灰色用于空单元格,黄色用于包含“”的单元格(占位符值)和蓝色(对于包含“?”的单元格)(未知值)。包含与不兼容的值的单元格成本加保险费、运费字典定义显示一个黄色警告三角形。右击电子表格单元格可以获得数据项帮助。这种格式的数据值的规则排列便于直观检测异相错误,其中省略了一列(或多列)数据值,但包含的数据值总数仍然是声明数据项数的整数倍。这是另一种很难通过其他方式检测到的错误类型。除了简单地更改数据值之外,循环编辑功能还包括调整或移动列和行的大小,以及添加或删除列、行或单元格的功能。使用进行的更改循环编辑器可以在将其应用于目标之前进行审查到岸价。最后,可以将一个全新的循环插入到成本加保险费、运费中当前光标位置的数据块文本编辑器窗格。

2.8. 数据输入向导

中提供了两个向导enCIFer(enCIF),即发布向导用于输入书目数据,以及Crystal Data向导为小分子结构研究输入额外的晶体和化学信息。两个向导都在当前成本加保险费、运费数据块,由文本编辑器窗格。这两个向导都将显示到岸价,因此,它们还提供了编辑或更新信息的工具。在将每个向导添加到目标中之前,可以对其进行检查到岸价。数据合并行为考虑到必要的成本加保险费、运费语法和格式规则。

这个发布向导允许输入联系人作者详细信息,也可以自动输入通过适当的首选项设置,以及期刊和作者信息。根据是否成本加保险费、运费正在提交以供发布,已发布,或作为私人通信直接提交到数据库。提供了剑桥结构数据库中已有期刊的滚动列表,以帮助数据输入。

这个Crystal Data向导提示输入表1中总结的任何或所有物理和化学数据以及衍射信息[链接]。此向导还允许晶体系统从包含允许的成本加保险费、运费值,对于space-group编号(国际结晶学表, 1995[国际晶体学表(1995年),A.Dordrecht:Kluwer学术出版社。])如果它尚未出现在到岸价。Hermann–Mauguin空间组符号可能已在到岸价,或将通过以下方式获得初始值enCIFer公司使用中已经存在的任何对称等效位置到岸价,或者可以直接在向导中从对应于给定空间组编号的通用空间组设置的下拉列表中选择。如果晶体系统,空间组号和赫尔曼-莫根符号,以便在将任何信息合并到目标CIF之前可以解决这些问题。

表1
可以添加到成本加保险费、运费使用Crystal Data向导在里面enCIFer(enCIF)

()物理和化学信息

系统化学名称
常用化学名称
莫伊提公式
总和公式
化合物的来源
结晶溶剂
熔点
水晶习惯
水晶色
衍射实验温度
衍射实验压力

(b条)衍射信息

辐射类型
辐射波长
辐射源

2.9. 结构可视化

晶体结构可以通过单击可视化工具按钮就在文本编辑器窗格玻璃(图1[链接]). 默认情况下,显示一个2×3网格的可视化工具窗口,每个包含晶体结构中的数据到岸价。缩放功能允许在单个可视化窗口中隔离单个结构(图4[链接]). 右键单击可视化工具背景或特定对象(原子、键、平面、,.)将生成访问表2中总结的显示选项的菜单[链接]中的可视化设备enCIFer公司使用CCDC中使用的许多底层C++代码水银计划(Taylor&Macrae,2001【Taylor,R.&Macrae,C.F.(2001),《水晶学报》,B57,815-827。】,布鲁诺等。, 2002[Bruno,I.J.,Cole,J.C.,Edgington,P.R.,Kessler,M.,Macrae,C.F.,McCabe,P.M.,Pearson,J.&Taylor,R.(2002),《结晶学报》B58,389-397.]).水银它本身可以读取CIF并提供更广泛的结构可视化设施,特别是用于生成和探索分子间接触网络。水银可从免费下载http://www.ccdc.cam.ac.uk/对于真诚地研究目的。

表2
中可用的结构可视化功能摘要enCIFer(enCIF)

旋转、平移和缩放三维晶体结构显示器
向下查看单元格轴、倒数单元格轴和平面法线
可视化选项范围,例如不同的显示样式、颜色和标签选项、隐藏和重新显示原子、分子的能力,.
测量距离、角度和扭转角
创建和显示质心和最小二乘平均平面
绘制单个单元单元的晶体填充图

3.项目可用性和文件

这个enCIFer(enCIF)该程序可从免费下载网址:http://www.ccdc.cam.ac.uk/对于真诚地研究用途。程序可执行文件可用于许多操作系统,包括Windows、Linux(Intel)、Solaris(SPARC和Intel)和SGI(IRIX)。1.0版于2003年4月发布,1.1版于2004年4月推出。请注意enCIFer(enCIF)Macintosh计算机当前不支持;然而,正在考虑使用Mac OS X端口。

完整文档(73页)和三个enCIFer公司下载中提供了教程。文档可以以HTML格式或PDF文件自由访问和查看通过上述CCDC网站。下载的文件提供了完整的安装说明。用户支持enCIFer(enCIF)由CCDC提供,有关程序及其操作的疑问可通过电子邮件发送至support@ccdc.cam.ac.uk或CCDC网站上不时另有指示。

脚注

现住址:英国伦敦WC1E 7HX马莱街伯克贝克学院晶体学系。

鸣谢

作者感谢IUCr的Brian McMahon和Peter Strickland在成本加保险费、运费词典方面enCIFer(enCIF)并对软件的开发版本提供有价值的意见。感谢CCDC技术和科学支持小组的工作人员生成和维护下载和安装机制,维护文档,并对程序进行广泛的内部和外部测试。我们感谢外部测试人员和许多用户enCIFer(enCIF)1.0版,用于提供有价值的反馈。

工具书类

第一次引用Allen,F.H.(2002)。《水晶学报》。B类58, 380–388. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Brown,I.D.和McMahon,B.(2002年)。《水晶学报》。B类58, 317–324. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Bruno,I.J.、Cole,J.C.、Edgington,P.R.、Kessler,M.、Macrae,C.F.、McCabe,P.M.、Pearson,J.&Taylor,R.(2002)。《水晶学报》。B类58, 389–397. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Hall,S.R.,Allen,F.H.&Brown,I.D.(1991年)。《水晶学报》。47, 655–685. 交叉参考 中国科学院 科学网 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Hall,S.R.&Cook,A.P.F.(1995)。化学杂志。Inf.计算。科学。 35, 819–825. 交叉参考 中国科学院 科学网 谷歌学者
第一次引用国际结晶学表(1995). 卷A.Dordrecht:Kluwer学术出版社。 谷歌学者
第一次引用Taylor,R.和Macrae,C.F.(2001年)。《水晶学报》。B类57, 815–827. 科学网 交叉参考 中国科学院 IUCr日志 谷歌学者
第一次引用Trolltech AS(1995)。数量。挪威奥斯陆Trolltech AS。 谷歌学者

©国际结晶学联合会。如果引用了原文作者和来源,则无需事先获得许可即可复制本文中的简短引文、表格和数字。有关详细信息,请单击在这里.

期刊徽标的日志
应用
结晶学
国际标准编号:1600-5767
遵循J.Appl。克里斯特。
注册电子通知
遵循J.Appl。克里斯特。在推特上
在脸书上关注我们
注册RSS订阅源