2.的能力enCIFer(enCIF)
2.1. 主要功能概述
这个enCIFer(enCIF)程序在单块或多块CIF上运行,以允许:
(一)选择成本加保险费、运费用于文件验证的字典。
(b条)语法违规的位置、报告和纠正。
(c(c))编辑现有的单个或循环数据项。
(d日)添加新的单个或循环数据项。
(e(电子))添加某些标准信息通过两个数据输入向导:
(i) 发布向导:提示输入大多数接受成本加保险费、运费沉积文件。
(ii)数据向导:提示化学和物理特性信息,这增强了原始成本加保险费、运费通过日志或数据库进行沉积。
((f))CIF中结构的可视化。
enCIFer(enCIF)可用于在编辑或添加数据的所有情况下检查修改文件的语法完整性。
2.2. 界面概述
主要enCIFer(enCIF)窗口如图1所示。它包含八个部分:
| 图1 的主控制和显示窗口enCIFer(enCIF)图形用户界面。 |
(一)顶层菜单(文件,编辑,搜索,工具,帮助).
(b条)工具栏包含许多常见的程序选项。
(c(c))浏览器框允许成本加保险费、运费字典导航(左上窗格)。
(d日)文本编辑器(右上窗格)。
(e(电子))可视化工具用于在CIF中显示晶体结构的按钮。
((f))错误列表用于显示和导航由生成的错误、警告和备注消息enCIFer(enCIF)(左下角窗格)。
(克)消息日志,滚动日志enCIFer(enCIF)消息(右下角窗格)。
(小时)状态栏在窗口底部,显示帮助消息以及行号和列号。
该界面还可以访问:
(一)循环编辑器(图2),它提供循环数据项的电子表格视图。
| 图2 这个enCIFer(enCIF) 循环编辑器窗口显示包含更正之前(上窗格)和更正之后(下窗格)错误的循环。 |
(b条)向导(例如图3)用于输入晶体、化学和出版数据。
| 图3 的数据项窗格之一enCIFer(enCIF) Crystal Data向导. |
(c(c))可视化工具窗口(例如图4),用于晶体和分子结构的图形显示。
| 图4 这个enCIFer(enCIF)可视化工具窗口。 |
2.4. 文件操作
启动时enCIFer(enCIF),的文本编辑器窗格显示空到岸价。现有的成本加保险费、运费可以使用加载正常开放,或通过在加密器UNIX中的命令行,或Windows中的拖放。可以单独加载和查看多个CIFenCIFer(enCIF)窗口或在单个可重用窗口中。(可选),enCIFer(enCIF)可以配置为打开或插入模板CIF。
一次成本加保险费、运费已加载到enCIFer(enCIF),其内容显示在文本编辑器使用可配置颜色高亮显示的窗格成本加保险费、运费语法,例如粗体红色表示数据块标题,粗体蓝色表示中的数据名称成本加保险费、运费字典,粗体洋红色表示循环关键字,等。此颜色编码在跟踪文本字段缺少结束分号的内容错误时特别有用;众所周知,这种错误很难找到。这个成本加保险费、运费分析以检查字典符合性和语法冲突。(可选)成本加保险费、运费可以检查是否存在特定日志或数据库可能需要的强制性数据项,这些数据项列在可配置文件中。检查结果分为错误、警告和备注,这些消息列在错误列表框中,并将摘要写入消息日志。双击单词旁边的相应图标可以展开或缩小消息列表错误,警告或评论.双击特定错误或警告消息显示并突出显示成本加保险费、运费在中文本编辑器窗格。
文本可以键入文本编辑器窗格作为标准纯文本编辑器。这个enCIFer(enCIF)编辑器支持复制、剪切和粘贴、撤消和重做以及查找和替换机制。在扩展文本字段中,对希腊符号和下标或上标文本的特殊表示的支持有限。为了协助编辑过程,成本加保险费、运费可以通过两种方式访问字典信息,首先,只需右键单击要在中编辑的数据项文本编辑器窗格,然后使用浏览器框。浏览器窗格提供每个成本加保险费、运费就数据块及其数据项而言。层次结构由成本加保险费、运费字典,单击可以查看完整的层次结构展开(和合同)浏览器中的按钮。当前中存在的数据项成本加保险费、运费块显示为黑色文本,而不存在的数据项显示为灰色。这提供了一种在中导航块和数据项的方法到岸价:右键单击黑色数据名可以提供有关该数据项的字典信息,并允许为非循环数据项编辑数据值,而右键单击灰色数据名可以插入和/或在当前成本加保险费、运费数据块显示在文本编辑器窗格。
成本加保险费、运费可以使用电子表格样式插入或编辑循环结构循环编辑器(图2)作为使用文本编辑器窗格(当循环编辑器被调用)。现有循环显示为电子表格,数据名称显示为列标题,循环行按顺序编号。电子表格单元格根据其数据内容进行颜色编码,灰色用于空单元格,黄色用于包含“”的单元格(占位符值)和蓝色(对于包含“?”的单元格)(未知值)。包含与不兼容的值的单元格成本加保险费、运费字典定义显示一个黄色警告三角形。右击电子表格单元格可以获得数据项帮助。这种格式的数据值的规则排列便于直观检测异相错误,其中省略了一列(或多列)数据值,但包含的数据值总数仍然是声明数据项数的整数倍。这是另一种很难通过其他方式检测到的错误类型。除了简单地更改数据值之外,循环编辑功能还包括调整或移动列和行的大小,以及添加或删除列、行或单元格的功能。使用进行的更改循环编辑器可以在将其应用于目标之前进行审查到岸价。最后,可以将一个全新的循环插入到成本加保险费、运费中当前光标位置的数据块文本编辑器窗格。
2.8. 数据输入向导
中提供了两个向导enCIFer(enCIF),即发布向导用于输入书目数据,以及Crystal Data向导为小分子结构研究输入额外的晶体和化学信息。两个向导都在当前成本加保险费、运费数据块,由文本编辑器窗格。这两个向导都将显示到岸价,因此,它们还提供了编辑或更新信息的工具。在将每个向导添加到目标中之前,可以对其进行检查到岸价。数据合并行为考虑到必要的成本加保险费、运费语法和格式规则。
这个发布向导允许输入联系人作者详细信息,也可以自动输入通过适当的首选项设置,以及期刊和作者信息。根据是否成本加保险费、运费正在提交以供发布,已发布,或作为私人通信直接提交到数据库。提供了剑桥结构数据库中已有期刊的滚动列表,以帮助数据输入。
这个Crystal Data向导提示输入表1中总结的任何或所有物理和化学数据以及衍射信息。此向导还允许晶体系统从包含允许的成本加保险费、运费值,对于space-group编号(国际结晶学表, 1995)如果它尚未出现在到岸价。Hermann–Mauguin空间组符号可能已在到岸价,或将通过以下方式获得初始值enCIFer公司使用中已经存在的任何对称等效位置到岸价,或者可以直接在向导中从对应于给定空间组编号的通用空间组设置的下拉列表中选择。如果晶体系统,空间组号和赫尔曼-莫根符号,以便在将任何信息合并到目标CIF之前可以解决这些问题。
系统化学名称 | 常用化学名称 | 莫伊提公式 | 总和公式 | 化合物的来源 | 结晶溶剂 | 熔点 | 水晶习惯 | 水晶色 | 衍射实验温度 | 衍射实验压力 | | |
3.项目可用性和文件
这个enCIFer(enCIF)该程序可从免费下载网址:http://www.ccdc.cam.ac.uk/对于真诚地研究用途。程序可执行文件可用于许多操作系统,包括Windows、Linux(Intel)、Solaris(SPARC和Intel)和SGI(IRIX)。1.0版于2003年4月发布,1.1版于2004年4月推出。请注意enCIFer(enCIF)Macintosh计算机当前不支持;然而,正在考虑使用Mac OS X端口。
完整文档(73页)和三个enCIFer公司下载中提供了教程。文档可以以HTML格式或PDF文件自由访问和查看通过上述CCDC网站。下载的文件提供了完整的安装说明。用户支持enCIFer(enCIF)由CCDC提供,有关程序及其操作的疑问可通过电子邮件发送至support@ccdc.cam.ac.uk或CCDC网站上不时另有指示。