2.1. 这个iMOSFLM公司窗格

每个iMOSFLM公司task有自己的窗格，可以在其中设置相关参数并显示结果。可用任务（图像、索引、策略、单元格精炼，集成和历史）列在GUI左侧的垂直图标栏上（图1)可以由用户选择，但特定图标只会激活(即用户可选择）。例如，只有在使用“图像”窗格中的“添加图像”按钮将图像添加到会话后，才能选择索引。这将显示一个文件浏览器，选择任何图像文件都会添加具有相同文件名模板的所有图像。也可以添加具有不同文件名模板的图像，但会将其分配给不同的扇区。列出了每个图像的开始和结束振荡角度，一旦图像处理完毕，就会添加错位角度（晶体方向相对于初始方向的变化）。细胞，空间组，镶嵌和镶嵌块大小也列在“图像”窗格中（可由用户编辑）。

图1 概述iMOSFLM公司图形用户界面。此时将显示集成窗格，并且窗口左侧的垂直图标栏中会显示各种任务的图标。精细的探测器和晶体参数分别以图形方式显示在中央上部和中部窗口中。强度统计信息显示在中下角和右下角的窗口中。探测器中央区域斑点的平均斑点轮廓显示在右上面板中，探测器不同区域的标准轮廓显示在中央面板中。

2.2. 图像显示窗口

一旦将一个或多个图像添加到会话中，第一个图像将显示在image Display（图像显示）窗口中（图2). 工具栏中的按钮控制直接光束位置、发现的点（用于分度）、预测反射、遮罩区域的显示(例如backstop shadow）、斑点搜索区域和分辨率限制，而其他图标控制缩放和平移、选择工具、手动添加斑点、遮罩区域的定义、圆心的定义以及遮罩或手动添加斑点的擦除。其他图标控制图像缩放（关于当前中心）、图像大小和图像对比度。可以从下拉列表中选择任何图像进行显示。缩放窗口的一个有用功能是，当从一个图像切换到另一个图像时，缩放区域总是预先设置好的。菜单栏中的“视图”选项允许更改图像显示的大小，而“工具”选项允许定位具有特定索引的反射。选择工具显示图像中任意点的分辨率（按下Ctrl键时），当超过预测的反射时，也显示米勒指数。它可以用于对点搜索区域、分辨率限制、直射位置和遮蔽区域进行“拖放”调整。

图2 这个iMOSFLM公司图像显示窗口。主文本中解释了工具栏中按钮的功能。

2.3. 下拉菜单

始终可以访问会话和视图菜单通过菜单栏。会话下拉菜单允许用户启动新会话、保存当前会话或加载以前保存的会话。每次都会启动一个新会话iMOSFLM公司运行或通过下拉菜单选择时。保存会话会存储有关界面当前状态的所有信息，包括已读取的图像、所有可细化参数和处理选项的当前值，以及会话期间执行的所有步骤的图形信息。“视图”菜单允许访问各种设置对话框，这些对话框允许定义实验和检测器参数（在“实验设置”下），以及影响要设置的处理阶段的大量参数和选项（在“处理选项”下）。其中一些将在后面的部分中进行描述。

3.1. 聚光参数

控制点查找的参数列在“处理选项”对话框的“点查找”选项卡中。默认情况下，搜索区域设置为位于半径圆之间，半径对应于以直边位置为中心的内切圆半径的5%和95%，但可以使用图像显示上的点对准按钮或通过显式设置值以图形方式进行调整。像素被视为光点的一部分的默认阈值设置为5.0σ背景上方（其中σ并应用各种抑制标准来区分图像中的真实布拉格斑点和噪声特征。这些包括最小像素数、最小和最大尺寸（mm）、斑点内像素值的最小均方根变化、斑点尺寸的最大各向异性、斑点内的最小斑点间距和最大峰值间距。默认值已针对同步加速器束线采集的图像进行了优化，其中光斑往往小于实验室源采集的图像。对于后者，如果斑点较大且弥散，则可以通过降低阈值获得更好的结果(例如至2.0σ)，将最小像素数增加到20–30，将r.m.s.斑点变化减少到1.0，并将最小斑点间距设置为1.5 mm左右（尽管这最好设置为图像中衍射斑点的实际大小）。

有两种算法可用于确定局部X射线背景。较简单的一种假设背景是关于直射光束位置的圆对称，并确定50像素宽的放射状条纹中的背景。此条纹的方向与旋转轴的方向成90°，以避免固体止动器支架产生任何阴影（假设这些支架通常与旋转轴平行对齐），但可以通过在图像显示或通过“斑点查找”选项卡。对于平铺的探测器，此条纹会自动偏移，以避免在平铺之间的间隙中使用像素来初步估计径向背景。第二种算法通常是首选算法，它使用本地背景计算，默认情况下在大小为50×50像素的方框中查找背景。在某些情况下，局部背景方法会导致伪点靠近图像中的清晰阴影(例如由于逆止器支撑）。这些通常低于用于自动诱导的阈值，可以忽略，但减小了局部背景区域的大小(例如到20×20像素）通常会消除这些伪点。即使在使用局部背景方法时，也会确定初始径向条纹背景，以设置与背景确定相关的参数，因此该条纹（可通过点向搜索区域按钮显示在图像上）不得位于探测器上的大阴影上。

结晶冰中的斑点很容易导致自诱导失效。为了避免这个问题，以六角形结晶冰的主反射为中心的窄分辨率壳内的斑点会被自动排除。此外，如果衍射非常微弱，则斑点探测的分辨率极限会自动降低到4.5º，以避免包括在较高分辨率下可能出现的任何噪声特征(例如由于锌），最小斑点尺寸也减小了。如果只存在几个真正的布拉格点，那么只包含少量的噪声点可能导致索引失败。最后，根据衍射强度（在最后处理的图像上），自动诱导中包含的斑点的强度阈值自动设置为5、10或20，这也降低了索引失败的可能性。可以在“处理选项”对话框中覆盖所有这些选项。

3.2. 索引参数

只有两个用户定义的参数会影响索引算法。这些是索引中包含的点的阈值（如§3.1）和最大单元边缘。后者的默认值设置为与索引中使用的最近两个点对应的实际空间距离，但如果伪点高于索引阈值或存在第二个晶格，则此值可能过高。

3.3. 判断索引的成功

评估所选解决方案是否正确的最可靠方法是检查结果预测，最好是在索引中使用的所有图像上，如果可用，也可以在索引中未使用的某些图像上。预测的反射应与观测到的布拉格斑点在位置和月球的总体外观上一致（图像上典型的新月形或有时近似圆形的斑点区域，每个区域都包含来自倒数空间中不同平面的反射）。请注意，除非已估计镶嵌性（参见§3.7）并非所有观测点都能预测。可以在索引结果表中选择不同的解决方案来检查相应的预测。如果实验参数（直射位置、距离和波长）的值正确，正确的解决方案通常会有低于20的惩罚。另一个有用的指标是位置残差，表示为σ表中的（x，y），即观测点位置与计算点位置之间的r.m.s.差值。同步加速器图像的典型值为0.1–0.2 mm，使用实验室源（斑点较大的地方）采集的图像为0.2–0.3 mm。然而，如果斑点是分裂的或形状非常不规则，对于正确的解决方案，该值可能高达1–1.5 mm，因此不可能定义适用于所有情况的截止值。实验参数中的误差也可能产生较大的值。位置残差可以有效地指示伪对称。例如，如果对称性是单斜的，但具有β角度接近90°时，自动选择的解决方案可能是（伪）正交的解决方案。如果仔细检查发现存在位置残差比正交溶液小0.1 mm以上的单斜溶液，则很可能单斜溶液是正确的。在选择数据收集策略时，选择正确的解决方案很重要，但要确信正确的劳厄组，唯一的方法是收集和整合与小旋转相对应的图像(例如3–10°），然后运行无意义（埃文斯，2011年; 参见§6.7).

3.4. 索引失败的常见原因

3.5. 其他索引问题

如果只使用单个图像进行索引，则需要小心，因为对于低对称空间组，可以找到一种索引解决方案，该方案可以正确预测一个图像，但不能正确预测在Φ。这就是为什么iMOSFLM公司默认情况下始终使用两个图像。

在检查预测的图案时，还必须检查伪中心或晶格重复是否导致特定类别的反射系统较弱。如果在索引中仅使用强反射，则生成的单位电池太小，无法预测弱反射，应使用降低的强度阈值重复索引。

3.6. 空间组的选择

如果正确空间组已知，可以从下拉菜单中选择。如果不知道，则应假设最低对称性，直到数据被整合，并用无意义（参见§6.7). 选择空间组只会影响策略计算，对单元格没有任何影响精炼或数据集成。

3.7. 镶嵌估计

获得了晶体镶嵌性的初步估计（Rossmann，1979)通过将（第一个）图像与不同的马赛克扩散值集成，并选择所有预测斑点的总强度达到平台值的值（图4一). 如果单位电池较大时，随着一些反射被标记为重叠且未集成，马赛克扩展的较大值的总强度将下降（图4b条). 镶嵌在细胞中得到细化精炼以及数据集成，因此该初始估计的准确性并不重要。

图4 镶嵌估计。所有预测斑点的总强度被绘制为马赛克扩散的函数。(一)在大多数情况下，总强度将达到马赛克扩散的正确值。(b条)当单位单元较大（或振荡角较大）时，总强度可能会下降，而不是趋于稳定，因为空间上重叠的点不整合。

3.7.1. 马赛克块尺寸

如果晶体的镶嵌块尺寸很小（小于几微米），则会改变视晶体镶嵌性，并将其作为分辨率的函数（Nave，1998; 朱尔斯等。, 2007). 实际上，与高分辨率下的较小值相比，这可能会在低分辨率下产生一到两度的明显马赛克扩散。这可以通过减小镶嵌块尺寸（默认值100µm）来建模，以便预测在低分辨率和高分辨率下与观察到的图案相匹配（图5). 这是通过在“图像”窗格中输入马赛克块大小的不同值手动执行的，但最好在单元格之后执行精炼（参见§5） 当单元、镶嵌扩展和晶体错位角度得到优化时。

图5 镶嵌块尺寸对预测衍射图案的影响。减小镶嵌块大小可以有效地增加低分辨率下的明显镶嵌扩展，而在高分辨率下几乎没有影响。(一)100µm镶嵌块尺寸。(b条)2µm镶嵌块尺寸。

6.1. 改进的探测器参数

随着积分的进行，精细的探测器参数被绘制出来。可以同时绘制任何参数组合，但为了简单起见，只允许使用两种不同的垂直比例。还可以选择在输入值处固定任何可细化参数，这可以改进对非常微弱的衍射数据的处理。这些图表将突出显示精致。通常，光束坐标的变化不应超过0.1 mm，探测器倾斜和扭曲的变化不应超过0.2°，距离应稳定在0.5 mm以内，YSCALE值应等于1.000（§5） 用于所有图像。此外，均方根残差（观测到的和预测到的斑点位置之间的均方根差值）应保持近似恒定，特别是对于探测器中心区域的斑点，除非斑点形状发生明显变化。同步加速器数据的典型值为0.03–0.06 mm，其中斑点通常相对较小。

如果由于辐射损伤，在数据采集过程中晶体单元-细胞参数发生显著变化，则晶体到探测器的距离将单调减小，YSCALE参数也可能发生变化。此外，如果单元参数不准确，YSCALE和探测器距离参数将以系统方式变化，以实现预测和观测点位置的最佳拟合。不准确的电池参数也可能导致探测器倾斜和扭曲的较大变化。例如，当为实际单斜但具有β角度接近90°。探测器倾斜和扭曲的系统变化是电池参数不准确或集成存在其他问题的极好指标。

6.2. 精细晶体参数

晶体错位角度[Φ(x),Φ(年),Φ(z（z）)]对每个图像（或者，对于精细切片数据，对于图像组）进行独立优化。对于一个完整的数据集，这些角度变化十分之几度并不罕见。这可能反映出方向上真正的微小变化，也可能是旋转轴与X射线束不完全正交的结果（这是一个隐含的假设），从而导致错位角发生明显变化，并以360°的周期重复。如果连续图像之间的方向变化小于晶体镶嵌度的约十分之一，则这些方向变化不会影响数据质量。在集成期间，单元参数通常是固定的，因为由于技术原因，没有足够的可用数据来准确定义所有单元参数的值。晶体镶嵌在积分过程中得到细化，因为镶嵌可能是各向异性的，并且可能由于辐射损伤而增加。马赛克风格精炼可能是不稳定的，如果晶胞尺寸或晶体方向存在错误，则会细化到接近零的值。因此，在细胞的第一个周期中精炼（参见§5） 只有在所有图像都被整合后，才对镶嵌效果进行细化。如果马赛克精炼不稳定时，建议将其固定在估计值并整合少量图像。这将更新晶体方向，如果这些图像随后被重新整合精炼通常是稳定的，镶嵌性不再需要固定。

6.3. 强度和其他统计数据

强度与其比值的平均值标准不确定度[我/σ(我)]分别绘制所有反射和最高分辨率单元中的反射，作为全部和部分记录反射的图像数的函数（图1，左下方图表）。这些曲线图表明衍射的总强度是否随时间而变化，例如由于辐射损伤或由于光束中的晶体不同心。还根据图像编号绘制了空间重叠反射、过载反射和标记为“坏点”的反射的数量。对于轴（或多个轴）很长的晶体，可能需要减小最小斑点间距值（根据斑点大小自动计算），以避免大量反射被标记为低分辨率的空间重叠。这些参数可以更改通过处理选项对话框。

6.4. 中心光斑轮廓

为处理的每个图像绘制探测器中心反射的平均光斑轮廓（图1)，测量框的峰值和背景区域之间的边界绘制为蓝色轮廓。探测器参数中的问题精炼通常会导致平均斑点轮廓的外观恶化。这个MOSFLM公司程序自动确定测量框参数，这些参数定义了框的总体大小和峰值-背景边界的位置。通过改变“处理选项”对话框中的轮廓公差参数，可以实现对峰值-背景定义的额外控制，使峰值区域变小或变大。对于间隔非常近的点，可以增加轮廓公差值，减小峰值的大小，从而使其更加稳定精炼探测器参数和改进的光斑轮廓。根据平均光斑轮廓峰值区域的大小计算允许的最小光斑间距，并针对每个图像块进行更新。

6.5. 标准配置文件

每个处理过的图像块都会显示探测器不同区域的标准配置文件。按照中心光斑轮廓的说明绘制峰值-背景边界。标准轮廓的外观很好地表明了衍射的质量。理想情况下，所有标准剖面均为规则形状，不会显示斑点分裂或冰点或其他非布拉格衍射污染的迹象。当衍射太弱而无法形成明确的标准轮廓时，通过包括探测器相邻区域的斑点来计算平均轮廓。平均轮廓以红色边框表示，单击相关轮廓可以查看原始（未平均）轮廓。控制剖面平均值的参数可以更改通过处理选项对话框。

6.6. 分辨率相关统计

平均值我/σ(我)不同分辨率范围内的值绘制为每个图像的直方图，完全记录和部分记录的反射分别绘制。该图可以提供数据分辨率极限的估计值，作为平均值的分辨率我/σ(我)降至2.0以下，但最终分辨率极限将取决于数据的多样性和是否存在辐射损伤，因此这只是一个近似指标。

6.7. 使用检查对称性无意义：QuickSymm

集成一系列图像后，工具栏中的QuickSymm按钮启动程序运行无意义（埃文斯，2011年)检测劳厄和空间群对称性。结果以图形形式显示在web浏览器中，并使用CCP4作为摘要和完整日志文件圣诞饰品公用事业（Briggs&Cowtan，2007).无意义通常仅基于少量数据为劳厄组提供可靠的结果，因此如果空间组未知，运行是有用的无意义在细胞之前的一些图像上精炼或完整数据集的集成。只需知道正确的劳厄组（而不是空间组）即可优化数据集成。

6.8. 使用执行初步缩放标量：快速缩放

快速缩放按钮将首先运行无意义确定正确的劳厄组，然后运行SCALA公司（埃文斯，2011年)按以下公式计算劳厄组中的数据无意义。无法控制的输入SCALA公司，使用默认选项运行。结果也显示在web浏览器中，使用圣诞饰品。虽然可能需要微调SCALA公司选项以获得最佳最终缩放，此方法提供了一个非常快速且有用的数据质量指标。

6.9. 以非交互方式处理数据

虽然以交互方式处理数据有很多优点，但会带来很大的时间损失。对于简单的数据集，通常最有效的方法是交互式地索引和细化单元格，并可能集成一些图像以确保没有问题，但将非交互式地执行集成步骤作为后台作业。工具栏中的Process按钮允许提交批处理作业通过下拉按钮选项。选择批次将显示MOSFLM公司在新窗口中处理作业的脚本。此脚本可以直接在主机上运行，也可以提交给网络上的远程主机。有经验的用户可以在提交之前编辑脚本，甚至可以将其复制并粘贴到现有的通用数据处理命令脚本中。这导致处理速度更快，但缺点是目前无法生成iMOSFLM公司批处理作业的图形输出。然而，中显示的许多图形iMOSFLM公司也可以通过运行中央对手方清算所4程序日志记录关于由生成的摘要文件MOSFLM公司.

6.10. 警告消息

生成的警告消息摘要MOSFLM公司在弹出框中生成，可通过单击任何iMOSFLM公司窗格。显示警告的重要性级别，双击警告或查看MOSFLM公司日志文件。