研究论文\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

IUCrJ大学
第9卷| 第5部分| 2022年9月| 第573-579页
国际标准编号:2052-2525

准确晶体结构X射线衍射和Hirshfeld原子细化得到的冰VI

十字标记徽标

波兰华沙大学化学系生物与化学研究中心,b条美国伊利诺伊州莱蒙市南卡斯大道9700号阿贡国家实验室先进光子源,邮编60439c(c)夏威夷地球物理和行星学研究所,夏威夷大学,1680 East-West Road,Honolulu,HI 96822,USA
*通信电子邮件:ml.chodkiewicz@uw.edu.pl,kwozniak@chem.uw.edu.pl

编辑:P.Lightfoot,英国圣安德鲁斯大学(2022年5月3日收到; 2022年6月28日接受; 2022年7月16日在线)

水是生命有机体的一种基本化合物,已知其二十种不同的晶体固体形式(冰)。尽管如此,这些结构仍存在许多基本问题,例如确定氢原子的正确位置和热运动。冰结构列表尚不完整,因为DFT计算表明存在其他未知阶段。在许多冰结构中,中子衍射、DFT计算和X射线衍射方法都无法轻易解决氢原子无序问题,也无法准确确定其各向异性位移参数(ADP)。这里,H的精确晶体结构2O、 D类2O和混合(50%H2O/50%天2O) Hirshfeld原子获得的冰VI精炼给出了高压单晶同步加速器(HAR)和实验室X射线衍射数据。可以获得无序氢原子的O-H/D键长和ADP,这与相应的单晶中子衍射数据非常一致。这些结果表明,在详细研究冰和其他富氢化合物晶体的多晶型时,HAR结合X射线衍射可以与中子衍射相竞争。由于中子衍射相对昂贵,需要更大的晶体,这可能很难获得,而且中子设施的使用受到限制,因此更便宜、更容易获得的X射线测量与HAR相结合可以促进对现有冰多晶型的验证和对新晶型的探索。

1.简介

水是地球水圈和生物的主要组成部分。它形成不同的液体形式,如气溶胶和20种不同的固态冰相。水对所有已知的生命形式都是必不可少的,它与最重要的生物物质如蛋白质、DNA和多糖,影响蛋白质折叠,DNA基本配对以及其他关键现象。

对冰的第一次结构研究可能是开普勒于1611年发表的论文《论六角雪花》(Hoinkes,1967)[Hoinkes,H.(1967).J.Glaciol.6757-757.]). 他用圆形炮弹的排列比喻来解释不同形状雪花的形成,冰晶(六角冰I小时在现代术语中)。下一个重大突破是通过对布拉格斯和马克斯·冯·劳厄(Röntgen,1898)的研究实现的[Röntgen,W.C.(1898),《物理学年鉴》第300卷,第12-17页。])冰晶的X射线衍射的一些最早应用(Rinne,1917[Rinne,F.(1917).数学-物理.69,57-62.]).

目前已知20种不同的固态冰晶体形式(参见支持信息)以及两种非晶固体形式(卓别林,2019[卓别林,M.F.(2019),《水的百科全书》,第1-19页。新泽西州霍博肯:约翰·威利。]). 其中,可以区分三个亚稳相(冰IV、冰XII和冰XVII)。氢原子在其他八个相(冰II、VIII、IX、X、XI、XIII、XIV、XV)中有序,共有九个相观察到无序氢(冰I小时,我c(c),我标准偏差、III、V、VI、VII、XVI、XVII)。冰X不被认为是无序相,因为氢原子位于氧原子的中间。冰I标准偏差是一种堆积无序的冰I(马尔金等。, 2014【Malkin,T.L.、Murray,B.J.、Salzmann,C.G.、Molinero,V.、Pickering,S.J.和Whale,T.F.(2015)。《物理化学化学物理》17、60-76。】). 然而,据信存在更多冰相(Hansen,2021【Hansen,T.C.(2021),《国家公法》第12卷,第3161页。】; 约瓦诺维奇等。, 2020[Jovanović,D.,Zagorac,D.,Schön,J.C.,Milovanovć,B.,Zagurac,J.(2020),Z.Naturforsch.75,125-128.]; Militzer&Wilson,2010年【Militzer,B.&Wilson,H.F.(2010),《物理评论稿》105,195701。】; 得到等。, 2021【Gets,K.,Zhdanov,R.K.,Bozhko,Y.Y.&Belosludov,V.R.(2021).物理化学杂志,125,15659-15663.】; 普拉卡彭卡等。, 2021【普拉卡彭卡,V.B.,霍尔特格鲁,N.,洛巴诺夫,S.S.&冈查洛夫,A.F.(2021),《自然物理学》第17期,第1233-1238页。】; 等。, 2020[朱,C.,高,Y.,朱,W.,刘,Y..,Francisco,J.S.&Zeng,X.C.(2020),《物理化学杂志》第11期,第7449-7461页。]; 格兰德等。, 2022【Grande,Z.M.,Pham,C.H.,Smith,D.,Boisvert,J.H.,Huang,C.,Smiths,J.S.,Goldman,N.,Belof,J.L.,Tschauner,O.,Steffen,J.H&Salamat,A.(2022),《物理评论B》,105,104109。】). 由于氢原子对中子的衍射比X射线更强烈,所以冰结构的准确测定主要是使用中子衍射进行的。然而,X射线衍射(XRD)更容易获得,使用更小的样品,需要更短的测量时间。在本文中,我们使用最新开发的方法,测试了利用XRD准确测定冰结构的可能性,该方法大大提高了氢原子结构参数(Capelli等。, 2014【Capelli,S.C.,Bürgi,H.-B.,Dittrich,B.,Grabowsky,S.&Jayatilaka,D.(2014年),IUCrJ,1,361-379。】; 温斯卡等。, 2016【Woiáska,M.,Grabowsky,S.,Dominiak,P.M.,Woźniak,K.&Jayatilaka,D.(2016),《科学评论》第2期,e1600192页。】, 2021【Woiñska,M.,Chodkiewicz,M.L.&Woźniak,K.(2021),《化学通讯》57,3652-3655。】; 乔德凯维奇等。, 2020[Chodkiewicz,M.L.,Woiñska,M.&Woźniak,K.(2020),国际癌症联盟,第7期,第1199-1215页。]; 桑胡安·斯克拉茨等。, 2020【Sanjuan-Szklarz,W.F.,Woiñska,M.,Domagała,S.,Dominiak,P.M.,Grabowsky,S.、Jayatilaka,D.,Gutmann,M.&Woźniak,K.(2020),国际癌症研究联合会,第7期,第920-933页。】)并将其应用于冰VI的研究。

Kamb(1965)首次描述了冰VI的结构【Kamb,B.(1965),《科学》,150,205-209。】)后来卡吉证实了它在地球上以钻石包裹体的形式存在等。(2000[Kagi,H.,Lu,R.,Davidson,P.,Goncharov,A.F.,Mao,H.K.&Hemley,R.J.(2000),《采矿杂志》第64期,第1089-1097页。]). 这是室温下存在的最低高压冰相,含有无序氢原子(Kuhs等。, 1984【Kuhs,W.,Finney,J.,Vettier,C.&Bliss,D.(1984),《化学物理杂志》81,3612-3623。】). 冰VI的结构已通过中子粉末衍射(Kuhs等。, 1984【Kuhs,W.,Finney,J.,Vettier,C.&Bliss,D.(1984),《化学物理杂志》81,3612-3623。】; 萨尔兹曼等。, 2016【Salzmann,C.G.,Slater,B.,Radaelli,P.G.,Finney,J.L.,Shephard,J.J.,Rosillo-Lopez,M.&Hindley,J.(2016),《化学物理杂志》145,204501。】; 福特斯等。, 2012【Fortes,A.D.、Wood,I.G.、Tucker,M.G.和Marshall,W.G.(2012),《应用结晶杂志》,第45期,第523-534页。】)和中子单晶衍射(Ahsbahs等。, 1990【Ahsbahs,H.、Dorwarth,R.、Kuhs,W.F.和Londono,D.(1990),高等出版社,研究5,807-809。】; 库斯等。, 1989[Kuhs,W.,Ahsbahs,H.,Londono,D.&Finney,J.(1989),《物理学B》,156-157,684-687。], 1996[Kuhs,W.F.,Bauer,F.C.,Hausmann,R.,Ahsbahs,H.,Dorwarth,R.&Hölzer,K.(1996),高等出版社研究14,341-352.]). 最近,在常规衍射仪(小松)上对冰VI进行了X射线单晶测量等。, 2011[小松,K.,卡吉,H.,靖国,T.,小泉,T)报道了高压冰(包括冰VI)的近红外光谱等。, 2021[Tonauer,C.M.,Köck,E.M.,Gasser,T.M.,Fuentes-Landete,V.,Henn,R.,Mayr,S.,Kirchler,C.G.,Huck,C.W.&Loerting,T.(2021).物理化学杂志,125,1062-1068.]). 还描述了冰VI(以及冰XV和XIX)的非弹性中子谱(Rosu-Finsen等。, 2020【Rosu-Finsen,A.,Amon,A.,Armstrong,J.,Fernandez-Alonso,F.&Salzmann,C.G.(2020),《物理化学杂志》第11期,第1106-1111页。】). 对于某些高压相,高温无序相和有序低温相之间存在对应关系,导致试图预测冰VI有序类似物的结构(Knight&Singer,2005【Knight,C.&Singer,S.J.(2005),《物理化学杂志》,第109期,第21040-21046页。】; 风扇等。, 2010【樊,X.,Bing,D.,Zhang,J.,Shen,Z.&Kuo,J.-L.(2010).计算机材料科学49,S170-S175.】; Kuo&Kuhs,2006年【Kuo,J.L.和Kuhs,W.F.(2006),《物理化学杂志》,第110期,第3697-3703页。】). 此外,发现冰VI、XV(Salzmann等。, 2009【Salzmann,C.G.,Radaelli,P.G.,Mayer,E.&Finney,J.L.(2009),《物理评论稿》103,105701。】)和XIX(Gasser等。, 2021【Gasser,T.M.,Thoeny,A.V.,Fortes,A.D.&Loerting,T.(2021a),《国家公法》第12卷第1128页。】, 2018【Gasser,T.M.,Thoeny,A.V.,Plaga,L.J.,Köster,K.W.,Etter,M.,Böhmer,R.&Loerting,T.(2018).化学科学9,4224-4234.】; 山根等。, 2021【Yamane,R.,Komatsu,K.,Gouchi,J.,Uwatoko,Y.,Machida,S.,Hattori,T.,Ito,H.&Kagi,H.(2021),《国家公社》,第12卷,第1129页。】; 萨尔兹曼等。, 2021【Salzmann,C.G.,Loveday,J.S.,Rosu-Finsen,A.&Bull,C.L.(2021),《国家通讯》第12卷第3162页。】). 而无序相VI、有序相XV和部分有序相XIX形成了一类冰结构家族,其中从有序到有序、从有序到无序以及从无序到有序的转变是可能的(Gasser等。, 2021b条【Gasser,T.M.,Thoeny,A.,Greussing,V.&Loerting,T.(2021b),《物理化学杂志》,第125期,第11777-11783页。】). 结构变形被认为是冰XIX的主要结构特征(萨尔兹曼等。, 2021【Salzmann,C.G.,Loveday,J.S.,Rosu-Finsen,A.&Bull,C.L.(2021),《国家通讯》第12卷第3162页。】).

尽管许多冰相的晶体结构已经知道多年了,但仍需要氢的准确位置以及氢键参数来准确预测可能的相变,这一信息主要是通过密度泛函理论(DFT)(Fan等。, 2010【樊,X.,Bing,D.,Zhang,J.,Shen,Z.&Kuo,J.-L.(2010).计算机材料科学49,S170-S175.】; Kuo&Kuhs,2006年【Kuo,J.L.和Kuhs,W.F.(2006),《物理化学杂志》,第110期,第3697-3703页。】; 勃兰登堡等。, 2015【Brandenburg,J.G.,Maas,T.&Grimme,S.(2015),《化学物理杂志》第142、124104页。】; 蒲原等。, 2012【Kambara,O.,Takahashi,K.,Hayashi,M.&Kuo,J.-L.(2012).物理化学化学物理.1411484-11490.】; 等。, 2020【肖瑞、黄立、韩毅、刘杰、李杰(2020).化学物理学报760138015.】). 研究侧重于特定目标,例如创建高效算法来生成氢键排列(松本等。, 2021[松本,M.,Yagasaki,T.&Tanaka,H.(2021),《化学信息杂志》,模型61,2542-2546。], 2018【Matsumoto,M.,Yagasaki,T.&Tanaka,H.(2018),《计算化学杂志》39,61-64。】),并试图根据第一原理预测水的完整相图(Reinhardt&Cheng,2021[Reinhardt,A.和Cheng,B.(2021),《国家通讯》第12卷,第588页。]; 等。, 2020[Lu,Q.,Ali,I.&Li,J.(2020),《新化学杂志》第44期,第21012-21020页。]). 然而,确定冰结构中无序氢原子的真实位置和描述其热运动仍然是一个挑战。在无机物中沉积的23种固体冰结构中晶体结构数据库(Hellenbrandt,2004【Hellenbrandt,M.(2004),《结晶学评论》,第10版,第17-22页。】)在7种结构中,未确定H/D原子的位置,在10种结构中仅细化了H/D的各向同性位移参数。冰中原子的位移参数不仅受热效应的影响。取向无序也可能导致原子位置的不确定性。这既适用于氢原子,也适用于氧原子。由取向无序引起的位移用球谐函数(Nelmes等。, 1998【Nelmes,R.J.、Loveday,J.S.、Marshall,W.G.、Hamel,G.、Besson,J.M.和Klotz,S.(1998)。《物理评论稿》81、2719-2722。】).

现代结构冰研究的一个重大局限性与以下事实有关:大多数多形冰可以通过压力变化获得。这些压力需要使用金刚石压砧(DAC)。不幸的是互易空间DAC大大减少了从这些实验中获得的信息量(可用反射的数量)。因此,此类实验通常表现出较低的数据完整性。

虽然XRD是常规测量中使用最广泛的衍射技术,但它并不是冰相研究的首选方法。XRD测定共价键对于有机分子来说,氢原子的长度通常短10-15%(Woin ska等。, 2016【Woiáska,M.,Grabowsky,S.,Dominiak,P.M.,Woźniak,K.&Jayatilaka,D.(2016),《科学评论》第2期,e1600192页。】; 桑胡安·斯克拉茨等。, 2020【Sanjuan-Szklarz,W.F.,Woiñska,M.,Domagała,S.,Dominiak,P.M.,Grabowsky,S.、Jayatilaka,D.,Gutmann,M.&Woźniak,K.(2020),国际癌症研究联合会,第7期,第920-933页。】)氢置换参数仅以各向同性形式确定。这主要是由于氢原子的X射线散射功率相对较低,以及常用的独立原子模型(IAM)的局限性,IAM假设原子电子密度为球对称。更先进的模型结合了非球面原子电子密度,可以更精确地确定氢原子的位置和热参数。最有希望的方法之一是希什菲尔德原子精炼(HAR)(卡佩利等。, 2014【Capelli,S.C.,Bürgi,H.-B.,Dittrich,B.,Grabowsky,S.&Jayatilaka,D.(2014年),IUCrJ,1,361-379。】; Jayatilaka&Dittrich,2008年[Jayatilaka,D.和Dittrich,B.(2008),《晶体学报》,A64,383-393。]). 它基于电子密度的量子力学计算。该模型中的原子形状因子是根据原子对通过应用Hirshfeld分区获得的电子密度的贡献来计算的(Hirshfeld,1977[赫什菲尔德(Hirshfeld,F.)(1977),《修道院学报》,第44期,第129-138页。]),但也可以使用其他分区(Chodkiewicz等。, 2020[Chodkiewicz,M.L.,Woiñska,M.&Woźniak,K.(2020),国际癌症联盟,第7期,第1199-1215页。]). 然后在最小二乘中进一步使用形状因子精炼得到了改进的结构。接下来,随着计算的电子密度提供进一步的原子形状因子集,达到收敛的点,该过程继续进行(见图1[链接]).

[图1]
图1
HAR程序的方案。

还有其他适用于推导氢原子结构参数的方法。可转移非球面原子模型(TAAM)利用了原子电子密度的可转移性概念(Brock等。, 1991【Brock,C.P.,Dunitz,J.D.&Hirshfeld,F.L.(1991),《结晶学报》B47,789-797。】)用Hansen–Coppens多极模型表示。极端定域分子轨道库(ELMOs)(Meyer&Genoni,2018[Meyer,B.和Genoni,A.(2018).J.Phys.Chem.A,1228965-8981。]; Macetti&Genoni,2019年【Macetti,G.&Genoni,A.(2019),《物理化学杂志》,第123期,第9420-9428页。】)将这一概念应用于分子轨道,结合HAR方法,可以得到HAR–ELMO方法(Malaspina等。, 2019[马拉菠菜,L.A.,维德威特,E.K.,伯格曼,J.,克莱米斯,F.,梅耶,B.,鲁伊斯-洛佩斯,M.F.,帕尔,R.,赫普夫,E.,贝克曼,J..,皮尔茨,R.O.,爱德华兹,A.J.,格拉博夫斯基,S.&热那尼,A.(2019),《物理化学杂志》,第10期,第6973-6982页。]). ELMO也可用于更先进的技术,称为HAR–QM/ELMO(Wieduwilt等。, 2021【Wieduwilt,E.K.,Macetti,G.&Genoni,A.(2021),《物理化学杂志》,第12期,第463-471页。】)其中,ELMO描述了晶体环境,系统的“中心部分”被量子力学处理(如HAR中所述)。

两个TAAM(Pichon-Pesme等。, 1995【Pichon-Pesme,V.,Lecomte,C.&Lachekar,H.(1995),《物理化学杂志》,99,6242-6250。】; Domagała公司等。, 2012【Domagała,S.,Fournier,B.,Liebschner,D.,Guillot,B.&Jelsch,C.(2012),《水晶学报》,A68,337-351。】; Dittrich公司等。, 2004【Dittrich,B.,Koritsánszky,T.&Luger,P.(2004),Angew.Chem.Int.Ed.43,2718-2721.】; 伯克等。, 2011【Bąk,J.M.,Domagała,S.,Hübschle,C.,Jelsch,C.,Dittrich,B.&Dominiak,P.M.(2011),《结晶学报》A67,141-153。】; 古玛等。, 2019【Kumar,P.、Gruza,B.、Bojarowski,S.A.和Dominiak,P.M.(2019),《水晶学报》A75、398-408。】)HAR–ELMO和HAR–QM/ELMO可用于晶体学精炼以获得氢原子的准确结构参数。虽然HAR通常比TAAM或HAR–ELMO慢,但它不依赖于可转移性的概念,并考虑到分子间的相互作用(这对于TAAM和HAR–ELMO尚不可能实现)。这使得HAR比其他两种方法略为准确(至少在小分子结构的情况下)。HAR的两个版本允许精炼无序晶体的结构(Kleemis等。, 2021[Kleemis,F.,Dolomanov,O.V.,Bodensteiner,M.,Peyerimhoff,N.,Midgley,L.,Bourhis,L.J.,Genoni,A.,Malaspina,L.A.,Jayatilaka,D.,Spencer,J.L.,White,F.、Grundkötter-Stock,B.,Steinhauer,S.,Lentz,D.,Puschmann,H.&Grabowsky,S.(2021)。《化学科学》第12期,1675-1692页。]; 乔德凯维奇等。, 2022[Chodkiewicz,M.,PawlÉdzio,S.,Woińska,M.和Woźniak,K.(2022)。国际癌症研究所,9,298-315。]). 在本研究中DiSCaMB公司HAR版本用于所有HAR改进(Chodkiewicz等。, 2020[Chodkiewicz,M.L.,Woiñska,M.&Woźniak,K.(2020),国际癌症联盟,第7期,第1199-1215页。]). 除了一项实验电荷密度研究(vanBeek等。, 1996【Beek,C.G.V.,Overeem,J.,Ruble,J.R.&Craven,B.M.(1996)。加拿大化学杂志。74,943-950。】). 在这项工作中,我们想检验HAR在高压冰结构研究中的作用,包括冰VI、氘化冰VI和混合冰(50%H2O/50%直径2O) 冰VI。

1.1. 冰的结构VI

冰VI的结构是由270 K(Dunaeva)下0.6–2.2 GPa压力范围内的液态水形成的等。, 2010【Dunaeva,A.N.、Antsyshkin,D.V.和Kuskov,O.L.(2010),《Sol.Syst.Res.44,202-222》。】). 到目前为止,许多实验人员已经确定了冰VI在不同压力和温度下的结构。例如,它的氘化变体D2O由Kuhs描述等。(1989[Kuhs,W.,Ahsbahs,H.,Londono,D.&Finney,J.(1989),《物理学B》,156-157,684-687。]) [第页=0.85 GPa,T型=296(1)K,= 6.21 Å,c(c)=5.73º],也由Kuhs提供等。(1984【Kuhs,W.,Finney,J.,Vettier,C.&Bliss,D.(1984),《化学物理杂志》81,3612-3623。】) (第页=1.1 GPa,T型=225 K,= 6.1812 Å,c(c)=5.698?),其氢化变体由Kamb(1965年【Kamb,B.(1965),《科学》,150,205-209。】)[环境压力,T型=98 K,= 6.27 (1) Å,c(c)=5.79(1)Au]和小松等。(2011[小松,K.,卡吉,H.,靖国,T.,小泉,T) [第页=0.95(5)GPa,T型= 298 (1),= 6.1990 (14) Å,c(c)= 5.698 (3) Å].

冰VI形成四方晶体P(P)42/国家军事委员会(编号137)空间组对称性。通过氢键连接的水分子形成两个独立的互穿但不互连接的框架[参见支持信息]. 有两种不同的水分子和四种不同的氢键(Kuo&Kuhs,2006【Kuo,J.L.和Kuhs,W.F.(2006),《物理化学杂志》,第110期,第3697-3703页。】). 如图2所示[链接],氧原子和大多数氢原子被放置在特殊位置。

[图2]
图2
冰VI结构中选定的对称元素。为了清晰起见,删除了滑面和反转中心:()O2及其最接近的环境(b条)O1及其最近的环境(c(c))HAR中使用的259种配置中选择的水簇示例。

每个水分子与四个相邻的水分子形成氢键。平均而言单位电池,每个氢原子都有部分占据率(0.5),并且与另一个氢原子相邻。在实际结构中,只有两个原子中的一个存在[例如给定集群中的D1C或D2,见图3()[链接]]并且每个氧周围的四个氢位点中只有两个被占据。这两个条件被称为冰规则或伯纳尔-福勒规则(Ortiz-Ambriz等。, 2019【Ortiz-Ambriz,A.,Nisoli,C.,Reichhardt,C.,赖赫哈特,C.J.O.&Tierno,P.(2019),《现代物理学评论》91,041003。】; 伯纳尔和福勒,1933年【Bernal,J.D.&Fowler,R.H.(1933),《化学物理杂志》,第1期,第515-548页。】). 有许多氢原子的排列可以满足这些规则。对于每一个氧原子,可以构建周围氢原子的六种构型。在O1的情况下,所有配置都是同样可能的(结构对称的结果)。对于由四个对称等效氢位包围的O2,有两种不同的H-O-H角配置[见图S2]。DFT计算表明,在室温下,这些配置的概率接近相等(Kuo&Kuhs,2006【Kuo,J.L.和Kuhs,W.F.(2006),《物理化学杂志》,第110期,第3697-3703页。】)我们在HAR中使用了这个假设。

[图3]
图3
无序()–(d日)D类2O和(e(电子))–()H(H)2O分子及其各向异性热椭球由()中子衍射(b条)同步辐射X射线数据的HAR(c(c))实验室X射线源数据的HAR,以及(d日)IAM公司精炼同步加速器X射线数据(e(电子))中子数据((f))实验室源X射线数据的HAR,以及()混合冰(50%D2O/50%高2O) 实验室X射线源数据的HAR。

1.2. HAR程序

由于冰VI的结构是无序的,用HAR模拟散射强度需要计算系统的多种构象的电子密度。氢在O1原子周围有四种对称-依赖排列,在O2原子周围有两种排列。最简单的方法(以下称为模型1)需要对4+2配置进行量子力学计算。然而,当同时考虑第一邻水分子(模型2)时,对称性相关构型的数量迅速增长到190+69=259。这种方法假设计算由五个水分子构建的团簇的波函数[参见图2中这类团簇的三个选定例子。2(c(c))[链接]]. 在这两个模型中,我们还使用点电荷和偶极子来表示库仑和周围分子的相互作用。HAR计算和水分子构型测定的详细信息包括在支持信息.

原子形状因子是使用水分子原子的原子电子密度在所有簇上平均计算得出的:

[\langle\rho_A(r)\rangle=P\mathop\sum\limits_i{n_i}{\rho_{A,i}}(r,]

哪里ρA类(第页)是原子的平均电子密度A类求和遍历系统所有可能的对称独立配置,P(P)是配置概率(假设所有配置都相同),n个是对称等价于配置和ρA类,(第页)是原子的原子电子密度A类在此配置中。在模型2中,只考虑中心分子原子的电子密度。

模型2预计比模型1更准确,因为它以量子力学的方式处理结构的更大片段。我们测试了这两种方法,差异相对较小(键长的平均差异仅为3 m Au,键长的标准偏差约为15 m Au)。模型1的数据包括在支持信息。我们还没有尝试对包括第二邻水分子在内的较大簇进行计算。

2.结果

2.1. D类2O冰VI

使用同步加速器和内部来源收集的数据,从HAR获得的重冰VI结构的结构参数与中子衍射获得的结构参数相似(表1[链接]). 键长的平均差异分别为19和16 mΩ,X射线和中子数据的键长不确定性分别为16 mΩ和1.5 mΩ。为了进行比较,我们使用了Kuhs测定的氘化冰VI的最新结构等。(1989[Kuhs,W.,Ahsbahs,H.,Londono,D.&Finney,J.(1989),《物理学B》,156-157,684-687。])使用单晶中子衍射(Kuhs等。, 1989【Kuhs,W.、Ahsbahs,H.、Londono,D.和Finney,J.(1989)。Physica B,156-157,684-687。】). 实验室衍射仪(D2O冰VI情况)与中子参考值(在实验不确定度范围内;见表1[链接]). 用X射线和中子衍射测量的各向异性位移参数(ADP)之间的相似性也相对较高,特别是对于内部源测量,但很容易发现一些定性差异(见图3[链接]). 我们对这些进行了比较(表1[链接])使用相似性指数S中的值12(请参见支持信息Whitten&Spackman(2006)介绍的描述符定义【Whitten,A.E.&Spackman,M.A.(2006),《水晶学报》,B62,875-888。】)ADP张量分量的平均绝对差和相对差。有人认为,S的ADP值达到了非常好的一致性12等于或小于1,内部源测量使用HAR(Wanat等。, 2021【Wanat,M.、Malinska,M.,Hoser,A.A.和Woźniak,K.(2021)。分子,26,3730。】). X射线和中子结构之间的良好一致性不应被视为理所当然,因为HAR对X射线数据的质量非常敏感。在不同来源(DESY)进行的同步加速器测量得出的平均差异要大得多X(X)-H键长等于60 mÅ,ADP值明显低于合理值(见支持信息).

表1
冰VI中键长和氢ADP的比较

有关ADP值,请参阅支持信息.[|\增量U_{ij}|]是ADP分量之间的平均绝对差值,[|\Delta U_{ij}|_{\rm rel}]是一个类似值,考虑到每个ADP的相对差异,但除以平均值和S12是激素ADP的平均相似性指数。

  D类2O冰VI H(H)2O(运行) H(H)2O: D类2O(1:1)
辐射 中子 X射线 中子 X射线 X射线
来源   同步加速器 门诊化验室 同步加速器   门诊化验室 室内
模型   HAR公司 HAR公司 国际机械师协会   HAR公司 HAR公司
键长
O2-H2(氧气) 0.932 (1) 0.951 (15) 0.913 (18) 0.806 (13) 0.932 (4) 0.899 (20) 0.927 (50)
O1-H1A(盎司) 0.942 (1) 0.947 (12) 0.930 (13) 0.797 (9) 0.942 (3) 0.919 (15) 0.997 (30)
O1-H1B型 0.945 (1) 0.988 (15) 0.932 (20) 0.819 (13) 0.947 (3) 0.928 (20) 0.967 (40)
O1-H1C型 0.932 (2) 0.954 (15) 0.917 (17) 0.810 (13) 0.938 (4) 0.891 (20) 0.886 (50)
 
中子和X射线结构之间键长的平均差异(Ω)
    0.019 0.016 0.133   0.031  
 
中子和X射线结构中氢ADP的平均差异
[|\增量U_{ij}|]   0.0056 0.0040 0.0062   0.0075  
[|\Delta U_{ij}|_{\rm rel}]   0.23 0.17 0.23   0.28  
S公司12   1.48 0.61 2.65   1.52  

自从精炼只提供冰的平均结构信息(我们观察到的图片是结构中水分子的各种可能构型的组合),O-D距离和D-O-D角与冰VI的真实局部结构中的距离不对应,在每种情况下,冰VI都是259个团簇中的一个。然而,单晶XRD给出了所有259个团簇的平均结构。因此,涉及O2原子有两个完全不同的D-O-D角:95°和115°。

利用同步加速器数据和“经典模型”进行改进,使用球形原子电子密度(IAM),得出的O-D距离明显短于中子测量值(平均133 m Au)。有趣的是,可以细化氘原子的各向异性位移参数,并且这些参数在视觉上与从HAR获得的参数非常相似(见图3[链接]).

我们还想补充一下,在数据处理过程中精细化,我们还可以看到氧原子的一些位置无序;然而,X射线数据的质量似乎不足以解决和改善这种疾病。

2.2. H(H)2O冰VI

正常H的结构2使用内部来源收集的数据从HAR获得的O ice VI与中子结构不太相似——键长的差异平均为31 mÅ,ADP值的定性差异更容易识别(图3[链接]). 然而,与IAM的结构相比,它达成了更好的协议精炼(对于两个D2O和H2O;对于H2O数据,请参阅支持信息).

2.3. 混合H2O: 天2O(1:1)冰VI

正常和重水表1中包括了使用内部来源收集的数据从HAR获得的冰VI[链接]在这种情况下没有参考中子数据,但这种结构的测定可能不如H2O和D2O结构,如O-H键长的大范围分布(0.886至0.997Ω)和ADP的形状所示(见图3[链接]()]. 然而,ADP的非典型键长和形状在无序结构中并不罕见。

3.结论

总之,我们已经证明,可以成功地使用XRD准确测定冰VI的高压无序结构。这种结构分析具有挑战性,因为X射线是从电子散射而来的,因此,它们“看到”氢原子(只有一个电子)的清晰度不如重原子。在部分占据氢位置的无序结构的情况下,情况更糟。幸运的是,在冰VI的情况下,已知氢位置的部分占有率至少为0.5,而在其他情况下,如冰III或V的占有率偏离0.5,也必须加以改进。另一个挑战与高压测量有关,因为它们需要使用DAC。这将限制对互易空间因此,减少了所收集数据的完整性和冗余性。然而,随着实验高压技术的进步,数据采集质量的提高,以及实验数据分析和解释方法的改进,现在可以用XRD解决这些问题。这无疑为探索水的相图开辟了新的可能性。我们的结果来自高压单晶同步加速器和内部源X射线数据采集,结合HAR,获得H2O冰VI和氘化冰VI在压力下的结构,导致键长和ADP值与相应的单晶中子衍射数据非常一致。对于D的同步加速器数据,O-H键长的平均差异等于0.019Ω2O、 0.016Å用于D的内部源数据2O和0.031º(H)2O冰VI。也可以获得类似于中子衍射获得的氢ADP。然而,一些定性差异是可见的,对于某些数据集,X射线数据中的ADP与中子衍射数据中的差异很大。结果表明,利用XRD结合HAR可以获得高压无序冰的精确结构精细化,但这不能被视为理所当然,因为它强烈依赖于所收集数据的质量。

4.方法

4.1. 单晶的制备

冰晶VI、氘化冰晶VI和混合冰晶(50%D2O/50%高2O) 在DAC中获得了冰VI(图S7)。压力室中充满了D2O.逐渐增加DAC室中的压力,直到样品在等温条件下以多晶形式冻结。通过提高温度,除一个晶粒外,所有晶粒都熔化。然后缓慢降低温度,直到单晶在等容条件下生长,在室温下完全充满压力室。

所有实验数据的实验细节2在先进光源(美国阿贡国家实验室)的内部衍射仪和同步加速器束线上进行的O,如表S1所示支持信息.

4.2. 室内X射线衍射测量

压力用红色荧光法(Piermarini等。, 1975【Piermarini,G.J.,Block,S.,Barnett,J.D.&Forman,R.A.(1975),《应用物理学杂志》第46期,第2774-2780页。】). 使用衬垫阴影法将带有冰VI样品的DAC对准SuperNova衍射仪(Budzianowski,2004)【Budzianowski,A.K.A.(2004),《高压晶体学》,第101-111页。多德雷赫特:克鲁沃学院出版社。]). X射线测量在室温下进行。图像是用处理的CrysAlis专业(里加库OD,2014年[Rigaku OD(2014),CrysAlis PRO.安捷伦科技有限公司,英国牛津郡雅顿。]). 通过以下方法求解和细化结构货架XS(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。])和Olex2型,分别在Olex2型套件(多洛曼诺夫等。, 2009【Dolomanov,O.V.、Bourhis,L.J.、Gildea,R.J.、Howard,J.A.K.和Puschmann,H.(2009),《应用结晶杂志》第42期,第339-341页。】). 有关结构和数据采集参数的详细信息,请参阅支持信息.

4.3. 同步辐射X射线衍射测量

数据分15批收集,每个批次的特征是在0-330°范围内具有不同的chi位置。在每批中,记录四次不同暴露时间(1、10、25和50 s)的运行。每个特定批次中收集的帧一起处理。最后,将所有15个批次的数据合并为一个香港特别行政区文件。有关结构和数据收集参数的详细信息,请参见支持信息.

4.4. 数据分析

对于HAR,是本地修改的Olex2型(多洛曼诺夫等。, 2009【Dolomanov,O.V.、Bourhis,L.J.、Gildea,R.J.、Howard,J.A.K.和Puschmann,H.(2009),《应用结晶杂志》第42期,第339-341页。】)在包含开发版本discamb2tsc公司(乔德基维茨等。, 2020[Chodkiewicz,M.L.,Woiñska,M.&Woźniak,K.(2020),国际癌症联盟,第7期,第1199-1215页。]; 古玛等。, 2019【Kumar,P.、Gruza,B.、Bojarowski,S.A.和Dominiak,P.M.(2019),《水晶学报》A75、398-408。】; 吉尔迪等。, 2011[吉尔迪·R·J、布尔希斯·L·J、多洛曼诺夫·O·V、格罗斯·昆斯特里夫·R·W、普希曼·H、亚当斯·P·D和霍华德·J·A·K(2011),《应用结晶杂志》第44期,第1259-1263页。])基于DiSCaMB公司图书馆(Chodkiewicz等。, 2018【Chodkiewicz,M.L.、Migacz,S.、Rudnicki,W.、Makal,A.、Kalinowski,J.A.、Moriarty,N.W.、Grosse-Kunstleve,R.W.,Afonine,P.V.、Adams,P.D.和Dominiak,P.M.(2018),《应用结晶杂志》,第51期,193-199页。】)它以tsc格式生成具有原子形式因子的文件(Kleemis等。, 2021[Kleemis,F.,Dolomanov,O.V.,Bodensteiner,M.,Peyerimhoff,N.,Midgley,L.,Bourhis,L.J.,Genoni,A.,Malaspina,L.A.,Jayatilaka,D.,Spencer,J.L.,White,F.、Grundkötter-Stock,B.,Steinhauer,S.,Lentz,D.,Puschmann,H.&Grabowsky,S.(2021)。《化学科学》第12期,1675-1692页。]; 米德利等。, 2019[Midgley,L.、Bourhis,L.J.、Dolomanov,O.、Peyerimhoff,N.和Puschmann,H.(2019)。arXiv:1911.08847。]). 然后将这些文件导入Olex2型并用于精细化。Chodkiewicz给出了实现的详细信息等。(2022[Chodkiewicz,M.,Pawlędzio,S.,Woiñska,M.&Woźniak,K.(2022).国际癌症杂志,9,298-315.]). 采用密度泛函方法和B3LYP泛函和cc-pVTZ基组计算电子密度。量子力学计算是用ORCA公司(内斯等。, 2020[Nese,F.,Wennmohs,F.,Becker,U.和Riplinger,C.(2020)。化学物理杂志152224108]).

4.5. 数据可用性

应合理要求,可从相应作者处获得支持本研究结果的数据。本研究中报告的晶体结构是通过CCDC/FIZ Karlsruhe联合沉积服务沉积的,CCDC编号为2160500–2160510。本研究中使用的计算机代码可根据MC的要求提供。

5.相关文献

以下参考文献在支持信息:小松等。(2016[小松,K.,北洋,F.,马奇达,S.,Sano-Furukawa,A.,服部,T.,Yamane,R.&Kagi,H.(2016).科学报告6,28920.]); Rosu-Finsen和Salzmann(2019年【Rosu-Finsen,A.&Salzmann,C.G.(2019),《化学科学》第10期,第515-523页。】); 萨尔兹曼(2019【Salzmann,C.G.(2019),《化学物理杂志》,150,060901。】); Shephard&Salzmann(2015年【Shephard,J.J.和Salzmann,C.G.(2015),《化学物理快报》637、63-66。】); Thoeny公司等。(2019【Thoeny,A.V.、Gasser,T.M.和Loerting,T.(2019),《物理化学化学物理》第21期,第15452-15462页。】); 鲸鱼等。(2013[Whale,T.F.,Clark,S.J.,Finney,J.L.和Salzmann,C.G.(2013)。拉曼光谱杂志,44290-298。]).

支持信息


计算详细信息顶部

数据收集:CrysAlis专业对于D2O_DESY_IAM、D2O_home_IAM、H2O_D2O_home _IAM,1.171.40.67a(里加库OD,2019)。单元格精细化: CrysAlis专业对于D2O_DESY_IAM、D2O_home_IAM、H2O_D2O_home _IAM,1.171.40.67a(里加库OD,2019)。数据缩减:CrysAlis专业对于D2O_DESY_IAM、D2O_home_IAM、H2O_D2O_home _IAM,1.171.40.67a(里加库OD,2019)。用于求解结构的程序:SHELXS公司(谢尔德里克,2008),针对D2O_DESY_IAM、D2O_home_IAM、H2O_D2O_home _IAM。用于优化结构的程序:olex2.refine 1.3(Bourhis等。,2015)用于D2O_APS_HAR_mod1、D2O_APS_HAR、D2O_APS_IAM、D2O_DESY_HAR、D2O_home_HAR、H2O_D2O_home_HAR、H2O_home_HAR;olex2.定义1.5(布尔希斯等。,2015),适用于D2O_DESY_IAM、D2O_home_IAM、H2O_D2O_home _IAM。分子图形:Olex2 1.3(Dolomanov等。,2009)针对D2O_APS_HAR_mod1、D2O_APS_HAR、D2O_APPS_IAM、D2O_DESY_HAR,D2O_home_HAR和H2O_D2O_home _HAR;Olex2 1.5(多洛曼诺夫等。,2009),适用于D2O_DESY_IAM、D2O_home_IAM、H2O_D2O_home _IAM。用于准备出版材料的软件:Olex2 1.3(Dolomanov等。,2009)针对D2O_APS_HAR_mod1、D2O_APS_HAR、D2O_APPS_IAM、D2O_DESY_HAR,D2O_home_HAR和H2O_D2O_home _HAR;Olex2 1.5(多洛曼诺夫等。,2009),适用于D2O_DESY_IAM、D2O_home_IAM、H2O_D2O_home _IAM。

(D2O_APS_HAR_mod1)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.380毫克
M(M)第页= 18.02同步辐射,λ= 0.27552 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)922次反射的细胞参数
= 6.1732 (3) Åθ= 1.8–16.1°
c(c)= 5.6881 (5) ŵ=0.03毫米1
V(V)= 216.76 (2) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 99.9500.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
Esperanto-CrysAlisPro-abstract测角仪导入的世界语图像
衍射仪
R(右)整数= 0.0000
辐射源:同步加速器θ最大值= 20.0°,θ最小值= 1.8°
同步加速器单色仪小时= 114
629次测量反射k= 010
622独立反射= 012
364次反射 2个()
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.033所有H原子参数都经过细化
水风险(F类2) = 0.083 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.023P(P))2]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 1.44(Δ/σ)最大值= 0.001
622次反射Δρ最大值=0.30埃
36个参数Δρ最小值=0.29埃
特殊细节 顶部

精炼Hirshfeld原子精炼

使用基于DiSCaMB库的软件计算的形状系数。使用NoSpherA2进行优化,这是Olex2中NOn-SPHER原子形态因子的实现。

量子化学方法:B3LYP基础集:cc-pVTZ量子化学软件:ORCA QM部分:单H2O分子MM部分:电荷和偶极子

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52944 (4)0.750.12894 (5)0.03827 (11)
氧气0.250.750.250.04005 (14)
D1A公司0.4686 (19)0.630 (2)0.210 (2)0.049 (3)0.500000
D1B型0.690 (2)0.750.128 (2)0.037 (4)0.500000
D2类0.137 (4)0.750.137 (3)0.044 (4)0.500000
D1C公司0.462 (3)0.750.023 (3)0.039 (4)0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.03106 (14)0.04247 (16)0.04129 (19)00.00084 (8)0
氧气0.04362 (19)0.04362 (19)0.0329 (2)000
D1A公司0.047 (7)0.052 (8)0.049 (6)0.002 (6)0.006 (6)0.025 (6)
第1b页0.023 (6)0.036 (8)0.052 (12)00.003 (4)0
第2页0.059 (10)0.041 (10)0.031 (9)00.022 (8)0
D1C公司0.034 (8)0.044 (9)0.040 (11)00.001 (6)0
几何参数(λ,º) 顶部
O1-D1A型0.952 (12)O2-D2型iv(四)0.951 (15)
O1-D1A型0.952 (12)O2-D2型0.951 (15)
O1-D1B型0.990 (14)D1A-D1Av(v)0.97 (2)
O1-D1C型0.962 (16)D1B-D1B不及物动词0.74 (3)
O2-D2型ii(ii)0.951 (15)D2-D1C型ii(ii)0.89 (2)
O2-D2型0.951 (15)
D1A公司-O1-D1A型102.7 (17)D2类-O2-D2型117.3 (14)
D1B-O1-D1A型113.3 (9)D2类ii(ii)-O2-D2型95 (3)
D1B-O1-D1A型113.3 (9)D2类-O2-D2型iv(四)95 (3)
D1C-O1-D1A型105.3 (11)D2类ii(ii)-O2-D2型iv(四)117.3 (14)
D1C-O1-D1A型105.3 (11)D1A公司v(v)-D1A-O1型164.0 (8)
D1C-O1-D1B型115.7 (13)D1B型不及物动词-D1B-O1型179.8 (8)
D2-O2-D2型iv(四)117.3 (14)D1C公司ii(ii)-D2-O2型iv(四)176 (3)
D2类-O2-D2型ii(ii)117.3 (14)第2页ii(ii)-D1C-O1型163 (3)
O1-D1A-D1Av(v)-O1公司v(v)16 (12)O1公司vii(七)-D1A公司v(v)-D1A-O1型16 (12)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iv)1/2,x个+1/2,z(z)1/2; (v)+1,x个+1,z(z)+1/2; (vi)x个+3/2,+3/2,z(z); (vii)1/2,x个+1,z(z)+1/2.
(D2O_APS_HAR)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.380毫克
M(M)第页= 18.02同步辐射,λ= 0.27552 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)922次反射的细胞参数
= 6.1732 (3) Åθ= 1.8–16.1°
c(c)= 5.6881 (5) ŵ=0.03毫米1
V(V)= 216.76 (2) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 99.9500.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
Esperanto-CrysAlisPro-abstract测角仪导入的世界语图像
衍射仪
R(右)整数= 0.0000
辐射源:同步加速器θ最大值= 20.0°,θ最小值= 1.8°
同步加速器单色仪小时= 114
629次测量反射k= 010
622独立反射= 012
364次反射 2个()
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.031所有氢原子参数均已细化
水风险(F类2) = 0.079 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0217P(P))2]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 1.39(Δ/σ)最大值= 0.001
622次反射Δρ最大值=0.30埃
36个参数Δρ最小值=0.29埃
特殊细节 顶部

精炼Hirshfeld原子精炼

使用基于DiSCaMB库的软件计算的形状系数。使用NoSpherA2进行优化,这是Olex2中NOn-SPHER原子形态因子的实现。

量子化学方法:B3LYP基础集:cc-pVTZ量子化学软件:ORCA QM部分:5 H2O单位MM部分:电荷和偶极子

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52946 (4)0.750.12895 (5)0.03814 (11)
氧气0.250.750.250.03994 (14)
D1A公司0.4682 (19)0.631 (2)0.210 (3)0.053 (3)0.500000
第1b页0.689 (2)0.750.128 (2)0.041 (4)0.500000
D2类0.137 (3)0.750.137 (3)0.047 (4)0.500000
D1C公司0.462 (3)0.750.022 (3)0.043 (4)0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.03078 (13)0.04247 (15)0.04117 (18)00.00086 (8)0
氧气0.04365 (18)0.04365 (18)0.0325 (2)000
D1A公司0.051 (7)0.053 (7)0.055 (6)0.004 (5)0.006 (6)0.025 (6)
D1B型0.026 (5)0.041 (8)0.057 (11)00.001 (5)0
第2页0.058 (10)0.046 (10)0.037 (10)00.019 (7)0
D1C公司0.040 (9)0.050 (9)0.037 (10)00.003 (6)0
几何参数(λ,º) 顶部
O1-D1A型0.947 (12)O2-D2型iv(四)0.951 (15)
O1-D1A型0.947 (12)O2-D2型0.951 (15)
O1-D1B型0.988 (15)D1A-D1Av(v)0.98 (2)
O1-D1C型0.954 (15)D1B-D1B不及物动词0.75 (3)
O2-D2型ii(ii)0.951 (15)D2-D1C型ii(ii)0.89 (2)
O2-D2型0.951 (15)
D1A公司-O1-D1A型102.1 (17)D2类-O2-D2型117.3 (14)
D1B-O1-D1A型113.7 (9)D2类ii(ii)-O2-D2型95 (2)
D1B-O1-D1A型113.7 (9)第2页-O2-D2型iv(四)95 (2)
D1C-O1-D1A型105.1 (11)D2类ii(ii)-O2-D2型iv(四)117.3 (14)
D1C-O1-D1A型105.1 (11)D1A公司v(v)-D1A-O1型164.3 (8)
D1C-O1-D1B型115.8 (13)第1b页不及物动词-D1B-O1型179.8 (8)
D2-O2-D2型iv(四)117.3 (14)D1C公司ii(ii)-D2-O2型iv(四)175 (3)
D2类-O2-D2型ii(ii)117.3 (14)第2页ii(ii)-D1C-O1型163 (3)
O1-D1A-D1Av(v)-O1公司v(v)16 (13)O1公司vii(七)-D1A公司v(v)-D1A-O1型16 (13)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iv)1/2,x个+1/2,z(z)1/2; (v)+1,x个+1,z(z)+1/2; (vi)x个+3/2,+3/2,z(z); (vii)1/2,x个+1,z(z)+1/2.
(D2O_APS_IAM)顶部
水晶数据 顶部
0.5(高4O(运行)2)D类x个=1.380毫克
M(M)第页= 18.02同步辐射,λ= 0.27552 Å
四方的,P(P)42/n个c(c)922次反射的细胞参数
= 6.1732 (3) Åθ= 1.8–16.1°
c(c)= 5.6881 (5) ŵ=0.03毫米1
V(V)= 216.76 (2) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 99.9500.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
Esperanto-CrysAlisPro-abstract测角仪导入的世界语图像
衍射仪
R(右)整数= 0.0000
辐射源:同步加速器θ最大值= 20.0°,θ最小值= 1.8°
同步加速器单色仪小时= 114
629次测量反射k= 010
622独立反射= 012
364次反射 2个()
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.031所有氢原子参数均已细化
水风险(F类2) = 0.079 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0217P(P))2]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 1.40(Δ/σ)最大值= 0.0003
622次反射Δρ最大值=0.30埃
36个参数Δρ最小值=0.26埃
分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52944 (4)0.750.12894 (6)0.03851 (11)
氧气0.250.750.250.04028 (14)
D1A公司0.4809 (15)0.6488 (17)0.198 (2)0.042 (2)0.500000
D1B型0.662 (2)0.750.128 (2)0.038 (3)0.500000
D2类0.153 (2)0.750.156 (2)0.038 (3)0.500000
D1C公司0.475 (3)0.750.001 (2)0.038 (4)0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.03114 (13)0.04285 (16)0.04155 (19)00.00085 (8)0
氧气0.04401 (19)0.04401 (19)0.0328 (2)000
D1A公司0.046 (5)0.035 (5)0.045 (5)0.001 (4)0.007 (4)0.022 (5)
D1B型0.020 (5)0.041 (7)0.053 (9)00.002 (4)0
第2页0.037 (6)0.049 (8)0.030 (7)00.015 (5)0
D1C公司0.040 (7)0.049 (8)0.025 (9)00.001 (5)0
几何参数(λ,º) 顶部
O1-D1A型0.797 (9)O2-D2型0.806 (13)
O1-D1A型0.797 (9)O2-D2型0.806 (13)
O1-D1B型0.819 (13)O2-D2型iv(四)0.806 (13)
O1-D1C型0.810 (13)D1B-D1Bv(v)1.08 (3)
O2-D2型ii(ii)0.806 (13)
D1A公司-O1-D1A型103.1 (16)D2类-O2-D2型ii(ii)116.3 (12)
D1B-O1-D1A112.4 (8)D2类-O2-D2型116.3 (12)
D1B-O1-D1A型112.4 (8)D2类ii(ii)-O2-D2型96 (2)
D1C-O1-D1A型107.0 (10)D2类-O2-D2型iv(四)96 (2)
D1C-O1-D1A型107.0 (10)D2-O2-D2型iv(四)116.3 (12)
D1C-O1-D1B型114.1 (13)D1B型v(v)-D1B-O1型179.5 (8)
D2类ii(ii)-O2-D2型iv(四)116.3 (12)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iv)1/2,x个+1/2,z(z)1/2; (v)x个+3/2,+3/2,z(z).
(D2O_DESY_HAR)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.384毫克/米
M(M)第页= 18.02同步辐射,λ= 0.50014 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)594次反射的细胞参数
= 6.1711 (3) Åθ= 2.3–23.2°
c(c)= 5.6747 (5) ŵ=0.07毫米1
V(V)= 216.11 (3) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 100.0370.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
Esperanto-CrysAlisPro-abstract测角仪导入的世界语图像
衍射仪
174次反射 2个()
辐射源:同步加速器R(右)整数= 0.023
同步加速器单色仪θ最大值= 23.0°,θ最小值= 3.3°
探测器分辨率:5.8140像素mm-1小时=77
1022次测量反射k=77
187次独立反射=77
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.020所有氢原子参数均已细化
水风险(F类2) = 0.060 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0242P(P))2+ 0.0073P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 1.38(Δ/σ)最大值= 0.001
187次反射Δρ最大值=0.10埃
31个参数Δρ最小值=0.09埃
特殊细节 顶部

精炼Hirshfeld原子精炼

使用基于DiSCaMB库的软件计算的形状系数。使用NoSpherA2进行优化,这是Olex2中NOn-SPHER原子形态因子的实现。

量子化学方法:B3LYP基础集:cc-pVTZ量子化学软件:ORCA QM部分:5 H2O单位MM部分:电荷和偶极子

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52932 (11)0.750.12904 (14)0.0414 (3)
氧气0.250.750.250.0428 (4)
第1天0.467 (3)0.644 (4)0.217 (5)0.054 (5)*0.500000
D1B型0.657 (9)0.750.126 (8)0.088 (14)0.500000
D2类0.141 (7)0.750.152 (9)0.084 (12)0.500000
D1C公司0.466 (6)0.750.022 (6)0.067 (10)0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0312 (4)0.0445 (5)0.0485 (5)00.0011 (3)0
氧气0.0448 (6)0.0448 (6)0.0388 (7)000
D1B型0.13 (4)0.021 (16)0.11 (3)00.05 (3)0
D2类0.06 (2)0.08 (3)0.11 (4)00.02 (2)0
D1C公司0.07 (2)0.09 (3)0.04 (2)00.004 (19)0
几何参数(λ,º) 顶部
O1-D1A型0.91 (3)O2-D2型ii(ii)0.87 (4)
O1-D1A型0.91 (3)O2-D2型0.87 (4)
O1-D1B型0.79 (6)O2-D2型iv(四)0.87 (4)
O1-D1C型0.94 (4)D1A-D1Av(v)1.04 (5)
O2-D2型0.87 (4)D2-D1C型0.99 (6)
第1天-O1-D1A型92 (3)D2类ii(ii)-O2-D2型114 (3)
D1B-O1-D1A型116 (2)D2类-O2-D2型101 (6)
D1B-O1-D1A型116 (2)D2类ii(ii)-O2-D2型iv(四)101 (6)
D1C-O1-D1A型109 (2)D2类-O2-D2型iv(四)114 (3)
D1C-O1-D1A型109 (2)D1A公司v(v)-D1A-O1型162 (3)
D1C-O1-D1B型113 (4)D1C公司-D2-O2型iv(四)171 (7)
D2-O2-D2型iv(四)114 (3)D2类-D1C-O1型162 (5)
D2类ii(ii)-O2-D2型114 (3)
O1-D1A-D1Av(v)-O1公司v(v)93 (11)O1公司不及物动词-D1A公司v(v)-D1A-O193 (11)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iv)1/2,x个+1/2,z(z)1/2; (v)+1,x个+1,z(z)+1/2; (vi)1/2,x个+1,z(z)+1/2.
(D2O_DESY_IAM)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.384毫克
M(M)第页= 18.02同步辐射,λ= 0.50014 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)594次反射的细胞参数
= 6.1711 (3) Åθ= 2.3–23.2°
c(c)= 5.6747 (5) ŵ=0.07毫米1
V(V)= 216.11 (3) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 100.0440.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
Esperanto-CrysAlisPro-abstract测角仪导入的世界语图像
衍射仪
191次独立思考
辐射源:同步加速器178次反射 2个()
同步加速器单色仪R(右)整数= 0.023
探测器分辨率:5.8140像素mm-1θ最大值= 23.0°,θ最小值= 3.3°
φ扫描小时=77
吸收校正:多扫描
CrysAlisPro 1.171.40.67a(Rigaku-Oxford Diffraction,2019)使用球面谐波的经验吸收校正,在SCALE3 ABSPACK缩放算法中实现。
k=77
T型最小值= 0.613,T型最大值= 1.000=77
1022次测量反射
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整初级原子位点定位:结构不变的直接方法
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.078所有氢原子参数均已细化
水风险(F类2) = 0.149 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.1575P(P))2]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 0.94(Δ/σ)最大值= 0.002
191次反射Δρ最大值=0.82埃
22个参数Δρ最小值=0.53埃
7个约束
分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52952 (12)0.750.12898 (11)0.0412 (5)
氧气0.250.750.250.0427 (6)
H1a型0.468 (3)0.644 (3)0.216 (3)0.037 (4)*0.500000
H1b型0.675 (2)0.750.127 (3)0.042 (8)*0.500000
氢气0.129 (4)0.750.157 (6)0.053 (8)*0.500000
H1c型0.463 (8)0.750.018 (6)0.10 (3)*0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0321 (7)0.0436 (7)0.0479 (7)00.0008 (2)0
氧气0.0445 (7)0.0445 (7)0.0391 (7)000
几何参数(λ,º) 顶部
O1-H1a型0.905 (15)氧气-氢气iv(四)0.916 (18)
O1-H1a型0.905 (15)氧气-氢气0.916 (18)
O1-H1b型0.896 (15)H1a-H1a型v(v)1.05 (3)
O1-H1c型0.930 (18)H1b-H1b型不及物动词0.93 (3)
氧气-氢气ii(ii)0.916 (18)H2-H1civ(四)0.97 (3)
2小时0.916 (18)
H1a型-O1-H1a型93 (3)氢气-氧气-氢气110 (2)
H1b-O1-H1a115.2 (14)氢气iv(四)-氧气-氢气109 (4)
H1b-O1-H1a115.2 (14)氢气-氧气-氢气ii(ii)109 (4)
H1c-O1-H1a108 (3)氢气iv(四)-2小时ii(ii)110 (2)
H1c-O1-H1a108 (3)H1a型v(v)-H1a-O1型162 (3)
H1c-O1-H1b116 (3)H1b型不及物动词-H1b-O1型179.3 (12)
H2-O2-H2ii(ii)110 (2)H1c型iv(四)-过氧化氢ii(ii)161 (6)
氢气-氧气-氢气iv(四)110 (2)氢气iv(四)-H1c-O1型171 (7)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)1/2,x个+1/2,z(z)1/2; (iii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iv)x个+1/2,+3/2,z(z); (v)+1,x个+1,z(z)+1/2; (vi)x个+3/2,+3/2,z(z).
(D2O_home_HAR)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.367毫克
M(M)第页= 18.02K(K)α辐射,λ= 0.56087 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)1022次反射的细胞参数
= 6.1918 (4) Åθ= 3.7–23.6°
c(c)= 5.7067 (4) ŵ=0.09毫米1
V(V)= 218.79 (2) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 100.0550.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
SuperNova,偏移/远距单震源,Eos
衍射仪
182次反射 2个()
辐射源:微焦点密封X射线管、SuperNova(Ag)X射线源R(右)整数= 0.036
镜面单色仪θ最大值= 26.7°,θ最小值= 3.7°
探测器分辨率:16.0128像素mm-1小时=98
2579次测量反射k=99
240个独立反射=99
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.015所有氢原子参数均已细化
水风险(F类2) = 0.026 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.010P(P))2+ 0.001P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 0.93(Δ/σ)最大值= 0.001
240次反射Δρ最大值=0.15埃
36个参数Δρ最小值=0.12埃
特殊细节 顶部

精炼Hirshfeld原子精炼

使用基于DiSCaMB库的软件计算的形状系数。使用NoSpherA2进行优化,这是Olex2中NOn-SPHER原子形态因子的实现。

量子化学方法:B3LYP基础集:cc-pVTZ量子化学软件:ORCA QM部分:5 H2O单位MM部分:电荷和偶极子

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52946 (7)0.750.12893 (8)0.0379 (2)
氧气0.250.750.250.0399 (3)
D1A公司0.4641 (14)0.635 (2)0.2067 (18)0.052 (3)0.500000
第1b页0.680 (3)0.750.1208 (19)0.047 (4)0.500000
D2类0.139 (3)0.750.145 (2)0.055 (4)0.500000
D1C公司0.465 (2)0.750.016 (3)0.049 (4)0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0304 (3)0.0426 (3)0.0406 (3)00.00111 (18)0
氧气0.0438 (4)0.0438 (4)0.0320 (4)000
D1A公司0.044 (7)0.053 (7)0.057 (7)0.003 (5)0.001 (5)0.005 (6)
D1B型0.040 (12)0.054 (11)0.046 (7)00.004 (6)0
D2类0.054 (13)0.058 (11)0.054 (10)00.006 (7)0
D1C公司0.052 (10)0.059 (11)0.036 (8)00.004 (8)0
几何参数(λ,º) 顶部
O1-D1A型0.930 (13)O2-D2型iv(四)0.913 (18)
O1-D1A型0.930 (13)O2-D2型0.913 (18)
O1-D1B型0.93 (2)D1A-D1Av(v)1.00 (2)
O1-D1C型0.917 (17)D1B-D1B不及物动词0.87 (4)
O2-D2型ii(ii)0.913 (18)D2-D1C型ii(ii)0.98 (3)
O2-D2型0.913 (18)
D1A公司-O1-D1A型99.5 (12)D2类-O2-D2型115.7 (10)
D1B-O1-D1A型117.3 (6)D2类ii(ii)-O2-D2型97.7 (19)
D1B-O1-D1A型117.3 (6)D2类-O2-D2型iv(四)97.7 (19)
D1C-O1-D1A型103.9 (8)D2类ii(ii)-O2-D2型iv(四)115.7 (10)
D1C-O1-D1A型103.9 (8)D1A公司v(v)-D1A-O1型166.6 (3)
D1C-O1-D1B型113.0 (10)D1B型不及物动词-D1B-O1型177.1 (7)
D2-O2-D2型iv(四)115.7 (10)D1C公司ii(ii)-D2-O2型iv(四)172 (2)
D2类-O2-D2型ii(ii)115.7 (10)第2页ii(ii)-D1C-O1型164.8 (18)
O1-D1A-D1Av(v)-O1公司v(v)1 (10)O1公司vii(七)-D1A公司v(v)-D1A-O1型1 (10)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iv)1/2,x个+1/2,z(z)1/2; (v)+1,x个+1,z(z)+1/2; (vi)x个+3/2,+3/2,z(z); (vii)1/2,x个+1,z(z)+1/2.
(D2O_home_IAM)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.367毫克
M(M)第页= 18.02K(K)α辐射,λ= 0.56087 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)1022次反射的细胞参数
= 6.1918 (4) Åθ= 3.7–23.6°
c(c)= 5.7067 (4) ŵ=0.09毫米1
V(V)= 218.79 (2) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 100.0580.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
SuperNova,偏移/远距单震源,Eos
衍射仪
240个独立反射
辐射源:微焦点密封X射线管、SuperNova(Ag)X射线源182次反射 2个()
镜面单色仪R(右)整数= 0.036
探测器分辨率:16.0128像素mm-1θ最大值= 26.7°,θ最小值= 3.7°
ω扫描小时=98
吸收校正:多扫描
CrysAlisPro 1.171.40.67a(Rigaku-Oxford Diffraction,2019)使用球面谐波的经验吸收校正,在SCALE3 ABSPACK缩放算法中实现。
k=99
T型最小值= 0.809,T型最大值= 1.000=99
2579次测量反射
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.016所有H原子参数都经过细化
水风险(F类2) = 0.027 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.010P(P))2+ 0.0009P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 0.94(Δ/σ)最大值= 0.0001
240次反射Δρ最大值=0.16埃
22个参数Δρ最小值=0.14埃
分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52948 (6)0.750.12889 (6)0.03794 (15)
氧气0.250.750.250.0398 (2)
H1a型0.4786 (9)0.6531 (13)0.1921 (11)0.039 (2)*0.500000
H1b型0.6531 (17)0.750.1231 (13)0.034 (3)*0.500000
氢气0.1550 (18)0.750.1667 (15)0.040 (3)*0.500000
H1c型0.4762 (13)0.750.0056 (18)0.034 (2)*0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0303 (3)0.0427 (2)0.0409 (2)00.00103 (15)0
氧气0.0436 (3)0.0436 (3)0.0321 (3)000
几何参数(λ,º) 顶部
O1-H1a型0.768 (7)氧气-氢气ii(ii)0.756 (10)
O1-H1a型0.768 (7)氧气-氢气0.756 (10)
O1-H1b型0.766 (10)氧气-氢气iv(四)0.756 (10)
O1-H1c型0.777 (10)氧气-氢气0.756 (10)
H1a型-O1-H1a型102.8 (10)H2-O2-H2ii(ii)113.3 (8)
H1b-O1-H1a115.5 (5)氢气iv(四)-氧气-氢气113.3 (8)
H1b-O1-H1a115.5 (5)氢气iv(四)-氧气-氢气ii(ii)102.2 (16)
H1c-O1-H1a104.5 (6)氢气-2小时ii(ii)113.3 (8)
H1c-O1-H1a104.5 (6)氢气iv(四)-氧气-氢气113.3 (8)
H1c-O1-H1b112.7 (9)氢气-2小时102.2 (16)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)1/2,x个+1/2,z(z)1/2; (iii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iv)+1,x个+1,z(z)1/2.
(H2O_D2O_home_HAR)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.381毫克
M(M)第页= 18.02K(K)α辐射,λ= 0.56087 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)1312次反射的细胞参数
= 6.1737 (5) Åθ= 3.7–23.7°
c(c)= 5.6843 (3) ŵ=0.09毫米1
V(V)= 216.66 (3) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 100.0550.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
SuperNova,偏移/远距单震源,Eos
衍射仪
175次反射 2个()
辐射源:微焦点密封X射线管、SuperNova(Ag)X射线源R(右)整数= 0.057
镜面单色仪θ最大值= 26.8°,θ最小值= 3.7°
探测器分辨率:16.0128像素mm-1小时=99
3861次测量反射k=88
238个独立反射=98
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.030所有氢原子参数均已细化
水风险(F类2) = 0.071 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0249P(P))2+ 0.0125P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 1.17(Δ/σ)最大值= 0.001
238次反射Δρ最大值=0.26埃
36个参数Δρ最小值=0.27埃
特殊细节 顶部

精炼Hirshfeld原子精炼

使用基于DiSCaMB库的软件计算的形状系数。使用NoSpherA2进行优化,这是Olex2中NOn-SPHER原子形态因子的实现。

量子化学方法:B3LYP基础集:cc-pVTZ量子化学软件:ORCA QM部分:5 H2O单位MM部分:电荷和偶极子

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52984 (16)0.750.12913 (17)0.0379 (4)
氧气0.250.750.250.0403 (5)
D1A公司0.460 (4)0.628 (5)0.215 (5)0.057 (8)0.500000
D1B型0.687 (7)0.750.127 (5)0.070 (15)0.500000
D2类0.136 (8)0.750.144 (8)0.073 (13)0.500000
D1C公司0.470 (7)0.750.013 (8)0.070 (15)0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0307 (7)0.0431 (6)0.0399 (6)00.0007 (4)0
氧气0.0437 (8)0.0437 (8)0.0334 (8)000
D1A公司0.08 (2)0.034 (17)0.060 (17)0.008 (13)0.027 (17)0.000 (15)
D1B型0.01 (2)0.13 (5)0.07 (3)00.019 (16)0
D2类0.06 (4)0.06 (3)0.10 (5)00.01 (2)0
D1C公司0.07 (4)0.10 (4)0.04 (2)00.01 (2)0
几何参数(λ,º) 顶部
O1-D1A型1.00 (3)O2-D2型iv(四)0.93 (5)
O1-D1A型1.00 (3)O2-D2型0.93 (5)
O1-D1B型0.97 (4)D1A-D1Av(v)0.86 (6)
O1-D1C型0.89 (5)D1B-D1B不及物动词0.78 (9)
O2-D2型ii(ii)0.93 (5)D2-D1C型ii(ii)0.99 (8)
O2-D2型0.93 (5)
D1A公司-O1-D1A型98 (3)D2类-O2-D2型115 (3)
D1B-O1-D1A116.0 (17)D2类ii(ii)-O2-D2型99 (6)
D1B-O1-D1A116.0 (17)第2页-O2-D2型iv(四)99 (6)
D1C-O1-D1A型105 (2)D2类ii(ii)-O2-D2型iv(四)115 (3)
D1C-O1-D1A型105 (2)D1A公司v(v)-D1A-O1型166.5 (11)
D1C-O1-D1B型114 (3)D1B型不及物动词-D1B-O1型179.3 (18)
D2-O2-D2型iv(四)115 (3)D1C公司ii(ii)-D2-O2型iv(四)171 (7)
D2类-O2-D2型ii(ii)115 (3)D2类ii(ii)-D1C-O1型164 (6)
O1-D1A-D1Av(v)-O1v(v)20 (30)O1公司vii(七)-D1A公司v(v)-D1A-O1型20 (30)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iv)1/2,x个+1/2,z(z)1/2; (v)+1,x个+1,z(z)+1/2; (vi)x个+3/2,+3/2,z(z); (vii)1/2,x个+1,z(z)+1/2.
(H2O_D2O_home_IAM)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.381毫克/米
M(M)第页= 18.02K(K)α辐射,λ= 0.56087 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)1312次反射的细胞参数
= 6.1737 (5) Åθ= 3.7–23.7°
c(c)= 5.6843 (3) ŵ=0.09毫米1
V(V)= 216.65 (3) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 100.0580.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
SuperNova,偏移/远距单震源,Eos
衍射仪
175次反射 2个()
辐射源:微焦点密封X射线管、SuperNova(Ag)X射线源R(右)整数= 0.057
镜面单色仪θ最大值= 26.8°,θ最小值= 3.7°
探测器分辨率:16.0128像素mm-1小时=99
ω扫描k=88
3861次测量反射=98
238个独立反射
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.031所有氢原子参数均已细化
水风险(F类2) = 0.075 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0262P(P))2+ 0.0138P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 1.16(Δ/σ)最大值=0.001
238次反射Δρ最大值=0.27埃
22个参数Δρ最小值=0.28埃
分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52972 (15)0.750.12897 (15)0.0375 (4)
氧气0.250.750.250.0398 (5)
H1a型0.477 (3)0.851 (4)0.196 (4)0.046 (6)*0.500000
氢气0.159 (6)0.750.172 (5)0.048 (9)*0.500000
H1b型0.650 (5)0.750.129 (4)0.041 (8)*0.500000
H1c型0.480 (4)0.750.011 (6)0.038 (8)*0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0300 (6)0.0426 (6)0.0399 (5)00.0007 (3)0
氧气0.0432 (7)0.0432 (7)0.0329 (8)000
几何参数(λ,º) 顶部
O1-H1a型0.80 (2)2小时0.71 (3)
O1-H1a型0.80 (2)氧气-氢气0.71 (3)
O1-H1b型0.74 (3)氧气-氢气iv(四)0.71 (3)
O1-H1c型0.73 (3)H2-H2(H2-H2)ii(ii)1.12 (7)
氧气-氢气ii(ii)0.71 (3)
H1a-O1-H1a102 (3)氢气-氧气-氢气ii(ii)112 (3)
H1b-O1-H1a113.9 (15)氢气-氧气-氢气112 (3)
H1b-O1-H1a113.9 (15)氢气ii(ii)-氧气-氢气104 (5)
H1c-O1-H1a105.7 (19)氢气-氧气-氢气iv(四)104 (5)
H1c-O1-H1a105.7 (19)H2-O2-H2iv(四)112 (3)
H1c-O1-H1b114 (3)氢气ii(ii)-硫化氢iv(四)38 (2)
氢气ii(ii)-氧气-氢气iv(四)112 (3)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iv)1/2,x个+1/2,z(z)1/2.
(H2O_home_HAR)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.386毫克
M(M)第页= 18.02K(K)α辐射,λ= 0.56087 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)1521次反射的单元参数
= 6.1665 (3) Åθ= 3.7–22.9°
c(c)= 5.6756 (4) ŵ=0.09毫米1
V(V)= 215.82 (2) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 100.0550.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
SuperNova,偏移/远距单震源,Eos
衍射仪
198次反射 2个()
辐射源:微焦点密封X射线管、SuperNova(Ag)X射线源R(右)整数= 0.035
镜面单色仪θ最大值= 26.9°,θ最小值= 3.7°
探测器分辨率:16.0128像素mm-1小时=99
4280次测量反射k=88
259个独立反射=88
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.016所有氢原子参数均已细化
水风险(F类2) = 0.029 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.010P(P))2+ 0.0017P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 1.06(Δ/σ)最大值= 0.001
259次反射Δρ最大值=0.17埃
36个参数Δρ最小值=0.21埃
特殊细节 顶部

精炼Hirshfeld原子精炼

使用基于DiSCaMB库的软件计算的形状系数。使用NoSpherA2进行优化,这是Olex2中NOn-SPHER原子形态因子的实现。

量子化学方法:B3LYP基础集:cc-pVTZ量子化学软件:ORCA QM部分:5 H2O单位MM部分:电荷和偶极子

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52984 (8)0.750.12901 (9)0.0364 (2)
氧气0.250.750.250.0383 (3)
甲型H1A0.4654 (17)0.637 (2)0.208 (2)0.056 (3)0.500000
H1B型0.680 (3)0.750.120 (3)0.062 (5)0.500000
氢气0.138 (3)0.750.149 (3)0.064 (5)0.500000
H1C型0.467 (3)0.750.012 (4)0.060 (5)0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0291 (3)0.0403 (3)0.0397 (3)00.0009 (2)0
氧气0.0416 (4)0.0416 (4)0.0318 (5)000
甲型H1A0.067 (8)0.045 (7)0.057 (9)0.013 (6)0.009 (7)0.000 (6)
H1B型0.041 (12)0.080 (15)0.066 (12)00.006 (8)0
氢气0.046 (13)0.071 (13)0.075 (18)00.001 (9)0
H1C型0.044 (12)0.068 (14)0.069 (16)00.000 (12)0
几何参数(λ,º) 顶部
O1-H1A型0.919 (15)2小时iv(四)0.90 (2)
O1-H1A型0.919 (15)氧气-氢气0.90 (2)
O1-H1B型0.93 (2)H1A-H1A型v(v)1.01 (3)
O1-H1C型0.89 (2)H1B-H1B型不及物动词0.86 (4)
氧气-氢气ii(ii)0.90 (2)H2-H1C型ii(ii)1.01 (4)
氧气-氢气0.90 (2)
甲型H1A-O1-H1A型98.9 (15)氢气-氧气-氢气114.0 (13)
H1B-O1-H1A型117.3 (8)氢气ii(ii)-氧气-氢气101 (2)
H1B-O1-H1A型117.3 (8)氢气-氧气-氢气iv(四)101 (2)
H1C-O1-H1A型104.3 (10)氢气ii(ii)-氧气-氢气iv(四)114.0 (13)
H1C-O1-H1A型104.3 (10)甲型H1Av(v)-H1A-O1型166.5 (5)
H1C-O1-H1B型112.7 (15)H1B型不及物动词-H1B-O1型176.7 (9)
H2-O2-H2iv(四)114.0 (13)H1C型ii(ii)-硫化氢iv(四)169 (3)
氢气-氧气-氢气ii(ii)114.0 (13)氢气ii(ii)-H1C-O1型166 (3)
O1-H1A-H1A型v(v)-O1v(v)13 (11)O1-H1C-H2ii(ii)-氧气0
O1公司vii(七)-甲型H1Av(v)-H1A-O1型13 (11)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iv)1/2,x个+1/2,z(z)1/2; (v)+1,x个+1,z(z)+1/2; (vi)x个+3/2,+3/2,z(z); (vii)1/2,x个+1,z(z)+1/2.
(H2O_home_IAM)顶部
水晶数据 顶部
H(H)2O(运行)D类x个=1.386毫克
M(M)第页= 18.02K(K)α辐射,λ= 0.56087 Å
正方形,P(P)42/n个c(c)1521次反射的单元参数
= 6.1665 (3) Åθ= 3.7–22.9°
c(c)= 5.6756 (4) ŵ=0.09毫米1
V(V)= 215.82 (2) ÅT型=293千
Z轴= 10光盘,无色
F类(000) = 100.0510.3×0.2×0.2毫米
数据收集 顶部
SuperNova,偏移/远距单震源,Eos
衍射仪
259个独立反射
辐射源:微焦点密封X射线管、SuperNova(Ag)X射线源198次反射 2个()
镜面单色仪R(右)整数= 0.035
探测器分辨率:16.0128像素mm-1θ最大值= 26.9°,θ最小值= 3.7°
吸收校正:多扫描
CrysAlisPro 1.171.40.67a(Rigaku-Oxford Diffraction,2019)使用球面谐波的经验吸收校正,在SCALE3 ABSPACK缩放算法中实现。
小时=99
T型最小值= 0.685,T型最大值= 1.000k=88
4280次测量反射=88
精炼 顶部
优化于F类20个约束
最小二乘矩阵:完整0个约束
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.017所有氢原子参数均已细化
水风险(F类2) = 0.029 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.010P(P))2+ 0.0017P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
S公司= 1.04(Δ/σ)最大值= 0.0003
259次反射Δρ最大值=0.18埃
22个参数Δρ最小值=0.16埃
分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式开路特性。(<1)
O1公司0.52976 (7)0.750.12893 (8)0.03641 (15)
氧气0.250.750.250.0383 (2)
H1a型0.4797 (10)0.6541 (14)0.1927 (14)0.039 (3)*0.500000
H1b型0.650 (2)0.750.1232 (17)0.044 (4)*0.500000
氢气0.155 (2)0.750.171 (2)0.043 (3)*0.500000
H1c型0.4794 (17)0.750.009 (2)0.037 (3)*0.500000
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
O1公司0.0290 (2)0.0406 (3)0.0396 (2)00.00105 (17)0
氧气0.0416 (3)0.0416 (3)0.0316 (4)000
几何参数(λ,º) 顶部
O1-H1a型0.759 (8)氧气-氢气0.736 (11)
O1-H1a型0.759 (8)氧气-氢气ii(ii)0.736 (11)
O1-H1b型0.740 (12)氧气-氢气0.736 (11)
O1-H1c型0.746 (13)2小时iv(四)0.736 (11)
H1a型-O1-H1a型102.3 (12)H2-O2-H2iv(四)111.9 (10)
H1b-O1-H1a115.3 (7)氢气-氧气-氢气111.9 (10)
H1b-O1-H1a型115.3 (7)氢气-氧气-氢气iv(四)105 (2)
H1c-O1-H1a105.3 (8)氢气ii(ii)-氧气-氢气iv(四)111.9 (10)
H1c-O1-H1a105.3 (8)氢气-氧气-氢气ii(ii)111.9 (10)
H1c-O1-H1b112.1 (12)氢气ii(ii)-2小时105 (2)
对称代码:(i)x个,+3/2,z(z); (ii)x个+1/2,+3/2,z(z); (iii)+1,x个+1,z(z)1/2; (iv)1/2,x个+1/2,z(z)1/2.
 

致谢

同步辐射实验在APS(提案编号GUP-71134)和DESY(提案编号I-20200083 EC)进行。MC执行HAR;RG在DAC内制备单晶并进行高压内部X射线衍射数据采集,处理同步加速器数据并进行IAM细化;BL进行了同步辐射X射线数据采集。ST、VBP和PD监督同步加速器测量。KW构思、规划并监督了该项目。MC、RG和KW编写了手稿的第一个版本。这份手稿的最终版本是由所有作者撰写的,并被所有作者接受。作者声明没有相互竞争的利益。

资金筹措信息

感谢波兰国家科学中心通过OPUS 21(授予编号DEC-2021/41/B/ST4/03010)、高级光子科学(授予编号GUP-71134)和德国电子同步加速器(授予EC的编号I-20200083)对这项工作提供的支持。这项工作的一部分是在华沙大学生物和化学研究中心进行的,该中心是在2007-2013年创新经济业务方案下由欧盟欧洲区域发展基金共同资助的项目范围内设立的。这项工作是在TEAM TECH核心设施完成的,该设施用于晶体和生物物理研究,以支持由波兰科学基金会(FNP)赞助的医药产品开发。

工具书类

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IUCrJ大学
第9卷| 第5部分| 2022年9月| 第573-579页
国际标准编号:2052-2525