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直接方法与直接空间精化程序相结合是从头算高分子晶体结构溶液通过衍射数据收集到原子或准原子分辨率。这里描述了一种完全直接空间方法：它包括一种基于最小叠加函数的自动Patterson反褶积方法，然后是一种有效的直接空间细化方法，包括电子密度修改的循环。新方法已在新版本的2004年新加坡元在从蛋白质数据库中选择的大量测试结构上进行编程和测试，数据分辨率高于1.6º，不对称单元中的非氢原子数高达2000个。事实证明，这一新程序在用原子分辨率数据和重原子求解晶体结构方面非常高效和快速：它们的求解和精化所需的计算时间与求解小分子晶体结构所需的计算时间大致相当通过现代计算机程序。它显著地克服了直接方法，即使是对于原子数据分辨率和最重原子种类（高达钙）的晶体结构，以及具有准原子数据分辨率的晶体结构(即1.2-1.6 Å). Patterson方法被证明是松散依赖于结构复杂性的。
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